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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.cpp
(Generate patch)

Comparing:
trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c (file contents), Revision 840 by tim, Mon Jan 9 22:14:32 2006 UTC vs.
trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.cpp (file contents), Revision 2015 by gezelter, Wed Aug 13 20:42:43 2014 UTC

# Line 1 | Line 1
1   /*
2 <  File autogenerated by gengetopt version 2.11
2 >  File autogenerated by gengetopt version 2.22.4
3    generated with the following command:
4 <  /home/maul/gezelter/tim/program/gengetopt-2.11/src/gengetopt -F StaticPropsCmd
4 >  gengetopt --file-name=StaticPropsCmd --unamed-opts
5  
6    The developers of gengetopt consider the fixed text that goes in all
7    gengetopt output files to be in the public domain:
8    we make no copyright claims on it.
9   */
10  
11 + /* If we use autoconf.  */
12 + #ifdef HAVE_CONFIG_H
13 + #include "config.h"
14 + #endif
15  
16   #include <stdio.h>
17   #include <stdlib.h>
18   #include <string.h>
19  
20 < /* If we use autoconf.  */
21 < #ifdef HAVE_CONFIG_H
18 < #include "config.h"
20 > #ifndef FIX_UNUSED
21 > #define FIX_UNUSED(X) (void) (X) /* avoid warnings for unused params */
22   #endif
23  
24 < #include "getopt.h"
24 > #ifdef WIN32
25 > #include "utils/wingetopt.h"
26 > #else
27 > #include <getopt.h>
28 > #endif
29  
30   #include "StaticPropsCmd.h"
31  
32 < void
26 < cmdline_parser_print_version (void)
27 < {
28 <  printf ("%s %s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, CMDLINE_PARSER_VERSION);
29 < }
32 > const char *gengetopt_args_info_purpose = "";
33  
34 < void
32 < cmdline_parser_print_help (void)
33 < {
34 <  cmdline_parser_print_version ();
35 <  printf("\n"
36 <  "Usage: %s [OPTIONS]...\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
37 <  printf("\n");
38 <  printf("  -h, --help                      Print help and exit\n");
39 <  printf("  -V, --version                   Print version and exit\n");
40 <  printf("  -i, --input=filename            input dump file\n");
41 <  printf("  -o, --output=filename           output file name\n");
42 <  printf("  -n, --step=INT                  process every n frame  (default=`1')\n");
43 <  printf("  -r, --nrbins=INT                number of bins for distance  (default=`100')\n");
44 <  printf("  -a, --nanglebins=INT            number of bins for cos(angle)  (default=\n                                    `50')\n");
45 <  printf("  -l, --length=DOUBLE             maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                    length of first frame)\n");
46 <  printf("      --sele1=selection script    select the first stuntdouble set\n");
47 <  printf("      --sele2=selection script    select the second stuntdouble set\n");
48 <  printf("      --sele3=selection script    select the third stuntdouble set\n");
49 <  printf("      --refsele=selection script  select reference (use and only use with \n                                    --gxyz)\n");
50 <  printf("      --molname=STRING            molecule name\n");
51 <  printf("      --begin=INT                 begin interanl index\n");
52 <  printf("      --end=INT                   end internal index\n");
53 <  printf("\n");
54 <  printf(" Group: staticProps  an option of this group is required\n");
55 <  printf("      --gofr                      g(r)\n");
56 <  printf("      --r_theta                   g(r, cos(theta))\n");
57 <  printf("      --r_omega                   g(r, cos(omega))\n");
58 <  printf("      --theta_omega               g(cos(theta), cos(omega))\n");
59 <  printf("      --gxyz                      g(x, y, z)\n");
60 <  printf("      --p2                        p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must \n                                    be specified)\n");
61 <  printf("      --scd                       scd order parameter(either --sele1, --sele2, \n                                    --sele3 are specified or --molname, \n                                    --begin, --end are specified)\n");
62 <  printf("      --density                   density plot (--sele1 must be specified)\n");
63 <  printf("      --slab_density              slab density (--sele1 must be specified)\n");
64 < }
34 > const char *gengetopt_args_info_usage = "Usage: StaticProps [OPTIONS]... [FILES]...";
35  
36 + const char *gengetopt_args_info_description = "";
37  
38 < static char *gengetopt_strdup (const char *s);
38 > const char *gengetopt_args_info_help[] = {
39 >  "  -h, --help                    Print help and exit",
40 >  "  -V, --version                 Print version and exit",
41 >  "  -i, --input=filename          input dump file",
42 >  "  -o, --output=filename         output file name",
43 >  "  -n, --step=INT                process every n frame  (default=`1')",
44 >  "  -b, --nbins=INT               number of bins (general purpose)  \n                                  (default=`100')",
45 >  "  -x, --nbins_x=INT             number of bins in x axis  (default=`100')",
46 >  "  -y, --nbins_y=INT             number of bins in y axis  (default=`100')",
47 >  "      --nbins_z=INT             number of bins in z axis  (default=`100')",
48 >  "  -a, --nanglebins=INT          number of bins for cos(angle)  (default=`50')",
49 >  "  -c, --rcut=DOUBLE             cutoff radius (rcut)",
50 >  "      --dz=DOUBLE               slab width (dz)",
51 >  "      --length=DOUBLE           maximum length (Defaults to 1/2 smallest length \n                                  of first frame)",
52 >  "      --zlength=DOUBLE          maximum length (Defaults to 1/2 smallest length \n                                  of first frame)",
53 >  "  -z, --zoffset=DOUBLE          Where to set the zero for the slab_density \n                                  calculation  (default=`0')",
54 >  "      --sele1=selection script  select the first stuntdouble set",
55 >  "      --sele2=selection script  select the second stuntdouble set",
56 >  "      --sele3=selection script  select the third stuntdouble set",
57 >  "      --refsele=selection script\n                                select reference (use and only use with --gxyz)",
58 >  "      --comsele=selection script\n                                select stunt doubles for center-of-mass \n                                  reference point",
59 >  "      --seleoffset=INT          global index offset for a second object (used \n                                  to define a vector between sites in molecule)",
60 >  "      --seleoffset2=INT         global index offset for a third object (used to \n                                  define a vector between sites in molecule)",
61 >  "      --molname=STRING          molecule name",
62 >  "      --begin=INT               begin internal index",
63 >  "      --end=INT                 end internal index",
64 >  "      --radius=DOUBLE           nanoparticle radius",
65 >  "  -v, --voxelSize=DOUBLE        voxel size (angstroms)",
66 >  "      --gaussWidth=DOUBLE       Gaussian width (angstroms)",
67 >  "\n Group: staticProps\n   an option of this group is required",
68 >  "      --bo                      bond order parameter (--rcut must be specified)",
69 >  "      --ior                     icosahedral bond order parameter as a function \n                                  of radius (--rcut must be specified)",
70 >  "      --for                     FCC bond order parameter as a function of \n                                  radius (--rcut must be specified)",
71 >  "      --bad                     N(theta) bond angle density within (--rcut must \n                                  be specified)",
72 >  "      --count                   count of molecules matching selection criteria \n                                  (and associated statistics)",
73 >  "  -g, --gofr                    g(r)",
74 >  "      --gofz                    g(z)",
75 >  "      --r_theta                 g(r, cos(theta))",
76 >  "      --r_omega                 g(r, cos(omega))",
77 >  "      --r_z                     g(r, z)",
78 >  "      --theta_omega             g(cos(theta), cos(omega))",
79 >  "      --gxyz                    g(x, y, z)",
80 >  "      --twodgofr                2D g(r) (Slab width --dz must be specified)",
81 >  "  -p, --p2                      p2 order parameter (--sele1 must be specified, \n                                  --sele2 is optional)",
82 >  "      --rp2                     rp2 order parameter (--sele1 and --sele2 must \n                                  be specified)",
83 >  "  -s, --scd                     scd order parameter (either --sele1, --sele2, \n                                  --sele3 are specified or --molname, --begin, \n                                  --end are specified)",
84 >  "  -d, --density                 density plot",
85 >  "      --slab_density            slab density",
86 >  "      --p_angle                 p(cos(theta)) (--sele1 must be specified, \n                                  --sele2 is optional)",
87 >  "      --hxy                     hxy",
88 >  "      --rho_r                   rho of R",
89 >  "      --angle_r                 angle of R",
90 >  "      --hullvol                 hull volume of nanoparticle",
91 >  "      --rodlength               length of nanorod",
92 >  "  -Q, --tet_param               tetrahedrality order parameter (Qk)",
93 >  "      --tet_param_z             spatially-resolved tetrahedrality order \n                                  parameter Qk(z)",
94 >  "      --tet_param_xyz           volume-resolved tetrahedrality order parameter \n                                  Qk(x,y,z).  (voxelSize, rcut, and gaussWidth \n                                  must be specified)",
95 >  "      --rnemdz                  slab-resolved RNEMD statistics (temperature, \n                                  density, velocity)",
96 >  "      --rnemdr                  shell-resolved RNEMD statistics (temperature, \n                                  density, angular velocity)",
97 >  "      --rnemdrt                 shell and angle-resolved RNEMD statistics \n                                  (temperature, density, angular velocity)",
98 >  "      --nitrile                 electrostatic potential to frequency map based \n                                  on the Cho nitrile fits",
99 >  "  -m, --multipole               average multipole moments contained within \n                                  cutoff spheres as a function of radius",
100 >    0
101 > };
102  
103 < /* gengetopt_strdup() */
104 < /* strdup.c replacement of strdup, which is not standard */
105 < char *
106 < gengetopt_strdup (const char *s)
107 < {
74 <  char *result = (char*)malloc(strlen(s) + 1);
75 <  if (result == (char*)0)
76 <    return (char*)0;
77 <  strcpy(result, s);
78 <  return result;
79 < }
103 > typedef enum {ARG_NO
104 >  , ARG_STRING
105 >  , ARG_INT
106 >  , ARG_DOUBLE
107 > } cmdline_parser_arg_type;
108  
109 < int
110 < cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info)
111 < {
112 <  int c;        /* Character of the parsed option.  */
85 <  int missing_required_options = 0;
86 <  int staticProps_group_counter = 0;
87 <  
109 > static
110 > void clear_given (struct gengetopt_args_info *args_info);
111 > static
112 > void clear_args (struct gengetopt_args_info *args_info);
113  
114 + static int
115 + cmdline_parser_internal (int argc, char **argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
116 +                        struct cmdline_parser_params *params, const char *additional_error);
117 +
118 + static int
119 + cmdline_parser_required2 (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name, const char *additional_error);
120 +
121 + static char *
122 + gengetopt_strdup (const char *s);
123 +
124 + static
125 + void clear_given (struct gengetopt_args_info *args_info)
126 + {
127    args_info->help_given = 0 ;
128    args_info->version_given = 0 ;
129    args_info->input_given = 0 ;
130    args_info->output_given = 0 ;
131    args_info->step_given = 0 ;
132 <  args_info->nrbins_given = 0 ;
132 >  args_info->nbins_given = 0 ;
133 >  args_info->nbins_x_given = 0 ;
134 >  args_info->nbins_y_given = 0 ;
135 >  args_info->nbins_z_given = 0 ;
136    args_info->nanglebins_given = 0 ;
137 +  args_info->rcut_given = 0 ;
138 +  args_info->dz_given = 0 ;
139    args_info->length_given = 0 ;
140 +  args_info->zlength_given = 0 ;
141 +  args_info->zoffset_given = 0 ;
142    args_info->sele1_given = 0 ;
143    args_info->sele2_given = 0 ;
144    args_info->sele3_given = 0 ;
145    args_info->refsele_given = 0 ;
146 +  args_info->comsele_given = 0 ;
147 +  args_info->seleoffset_given = 0 ;
148 +  args_info->seleoffset2_given = 0 ;
149    args_info->molname_given = 0 ;
150    args_info->begin_given = 0 ;
151    args_info->end_given = 0 ;
152 +  args_info->radius_given = 0 ;
153 +  args_info->voxelSize_given = 0 ;
154 +  args_info->gaussWidth_given = 0 ;
155 +  args_info->bo_given = 0 ;
156 +  args_info->ior_given = 0 ;
157 +  args_info->for_given = 0 ;
158 +  args_info->bad_given = 0 ;
159 +  args_info->count_given = 0 ;
160    args_info->gofr_given = 0 ;
161 +  args_info->gofz_given = 0 ;
162    args_info->r_theta_given = 0 ;
163    args_info->r_omega_given = 0 ;
164 +  args_info->r_z_given = 0 ;
165    args_info->theta_omega_given = 0 ;
166    args_info->gxyz_given = 0 ;
167 +  args_info->twodgofr_given = 0 ;
168    args_info->p2_given = 0 ;
169 +  args_info->rp2_given = 0 ;
170    args_info->scd_given = 0 ;
171    args_info->density_given = 0 ;
172    args_info->slab_density_given = 0 ;
173 < #define clear_args() { \
174 <  args_info->input_arg = NULL; \
175 <  args_info->output_arg = NULL; \
176 <  args_info->step_arg = 1 ;\
177 <  args_info->nrbins_arg = 100 ;\
178 <  args_info->nanglebins_arg = 50 ;\
179 <  args_info->sele1_arg = NULL; \
180 <  args_info->sele2_arg = NULL; \
181 <  args_info->sele3_arg = NULL; \
182 <  args_info->refsele_arg = NULL; \
183 <  args_info->molname_arg = NULL; \
173 >  args_info->p_angle_given = 0 ;
174 >  args_info->hxy_given = 0 ;
175 >  args_info->rho_r_given = 0 ;
176 >  args_info->angle_r_given = 0 ;
177 >  args_info->hullvol_given = 0 ;
178 >  args_info->rodlength_given = 0 ;
179 >  args_info->tet_param_given = 0 ;
180 >  args_info->tet_param_z_given = 0 ;
181 >  args_info->tet_param_xyz_given = 0 ;
182 >  args_info->rnemdz_given = 0 ;
183 >  args_info->rnemdr_given = 0 ;
184 >  args_info->rnemdrt_given = 0 ;
185 >  args_info->nitrile_given = 0 ;
186 >  args_info->multipole_given = 0 ;
187 >  args_info->staticProps_group_counter = 0 ;
188   }
189  
190 <  clear_args();
190 > static
191 > void clear_args (struct gengetopt_args_info *args_info)
192 > {
193 >  FIX_UNUSED (args_info);
194 >  args_info->input_arg = NULL;
195 >  args_info->input_orig = NULL;
196 >  args_info->output_arg = NULL;
197 >  args_info->output_orig = NULL;
198 >  args_info->step_arg = 1;
199 >  args_info->step_orig = NULL;
200 >  args_info->nbins_arg = 100;
201 >  args_info->nbins_orig = NULL;
202 >  args_info->nbins_x_arg = 100;
203 >  args_info->nbins_x_orig = NULL;
204 >  args_info->nbins_y_arg = 100;
205 >  args_info->nbins_y_orig = NULL;
206 >  args_info->nbins_z_arg = 100;
207 >  args_info->nbins_z_orig = NULL;
208 >  args_info->nanglebins_arg = 50;
209 >  args_info->nanglebins_orig = NULL;
210 >  args_info->rcut_orig = NULL;
211 >  args_info->dz_orig = NULL;
212 >  args_info->length_orig = NULL;
213 >  args_info->zlength_orig = NULL;
214 >  args_info->zoffset_arg = 0;
215 >  args_info->zoffset_orig = NULL;
216 >  args_info->sele1_arg = NULL;
217 >  args_info->sele1_orig = NULL;
218 >  args_info->sele2_arg = NULL;
219 >  args_info->sele2_orig = NULL;
220 >  args_info->sele3_arg = NULL;
221 >  args_info->sele3_orig = NULL;
222 >  args_info->refsele_arg = NULL;
223 >  args_info->refsele_orig = NULL;
224 >  args_info->comsele_arg = NULL;
225 >  args_info->comsele_orig = NULL;
226 >  args_info->seleoffset_orig = NULL;
227 >  args_info->seleoffset2_orig = NULL;
228 >  args_info->molname_arg = NULL;
229 >  args_info->molname_orig = NULL;
230 >  args_info->begin_orig = NULL;
231 >  args_info->end_orig = NULL;
232 >  args_info->radius_orig = NULL;
233 >  args_info->voxelSize_orig = NULL;
234 >  args_info->gaussWidth_orig = NULL;
235 >  
236 > }
237  
238 + static
239 + void init_args_info(struct gengetopt_args_info *args_info)
240 + {
241 +
242 +
243 +  args_info->help_help = gengetopt_args_info_help[0] ;
244 +  args_info->version_help = gengetopt_args_info_help[1] ;
245 +  args_info->input_help = gengetopt_args_info_help[2] ;
246 +  args_info->output_help = gengetopt_args_info_help[3] ;
247 +  args_info->step_help = gengetopt_args_info_help[4] ;
248 +  args_info->nbins_help = gengetopt_args_info_help[5] ;
249 +  args_info->nbins_x_help = gengetopt_args_info_help[6] ;
250 +  args_info->nbins_y_help = gengetopt_args_info_help[7] ;
251 +  args_info->nbins_z_help = gengetopt_args_info_help[8] ;
252 +  args_info->nanglebins_help = gengetopt_args_info_help[9] ;
253 +  args_info->rcut_help = gengetopt_args_info_help[10] ;
254 +  args_info->dz_help = gengetopt_args_info_help[11] ;
255 +  args_info->length_help = gengetopt_args_info_help[12] ;
256 +  args_info->zlength_help = gengetopt_args_info_help[13] ;
257 +  args_info->zoffset_help = gengetopt_args_info_help[14] ;
258 +  args_info->sele1_help = gengetopt_args_info_help[15] ;
259 +  args_info->sele2_help = gengetopt_args_info_help[16] ;
260 +  args_info->sele3_help = gengetopt_args_info_help[17] ;
261 +  args_info->refsele_help = gengetopt_args_info_help[18] ;
262 +  args_info->comsele_help = gengetopt_args_info_help[19] ;
263 +  args_info->seleoffset_help = gengetopt_args_info_help[20] ;
264 +  args_info->seleoffset2_help = gengetopt_args_info_help[21] ;
265 +  args_info->molname_help = gengetopt_args_info_help[22] ;
266 +  args_info->begin_help = gengetopt_args_info_help[23] ;
267 +  args_info->end_help = gengetopt_args_info_help[24] ;
268 +  args_info->radius_help = gengetopt_args_info_help[25] ;
269 +  args_info->voxelSize_help = gengetopt_args_info_help[26] ;
270 +  args_info->gaussWidth_help = gengetopt_args_info_help[27] ;
271 +  args_info->bo_help = gengetopt_args_info_help[29] ;
272 +  args_info->ior_help = gengetopt_args_info_help[30] ;
273 +  args_info->for_help = gengetopt_args_info_help[31] ;
274 +  args_info->bad_help = gengetopt_args_info_help[32] ;
275 +  args_info->count_help = gengetopt_args_info_help[33] ;
276 +  args_info->gofr_help = gengetopt_args_info_help[34] ;
277 +  args_info->gofz_help = gengetopt_args_info_help[35] ;
278 +  args_info->r_theta_help = gengetopt_args_info_help[36] ;
279 +  args_info->r_omega_help = gengetopt_args_info_help[37] ;
280 +  args_info->r_z_help = gengetopt_args_info_help[38] ;
281 +  args_info->theta_omega_help = gengetopt_args_info_help[39] ;
282 +  args_info->gxyz_help = gengetopt_args_info_help[40] ;
283 +  args_info->twodgofr_help = gengetopt_args_info_help[41] ;
284 +  args_info->p2_help = gengetopt_args_info_help[42] ;
285 +  args_info->rp2_help = gengetopt_args_info_help[43] ;
286 +  args_info->scd_help = gengetopt_args_info_help[44] ;
287 +  args_info->density_help = gengetopt_args_info_help[45] ;
288 +  args_info->slab_density_help = gengetopt_args_info_help[46] ;
289 +  args_info->p_angle_help = gengetopt_args_info_help[47] ;
290 +  args_info->hxy_help = gengetopt_args_info_help[48] ;
291 +  args_info->rho_r_help = gengetopt_args_info_help[49] ;
292 +  args_info->angle_r_help = gengetopt_args_info_help[50] ;
293 +  args_info->hullvol_help = gengetopt_args_info_help[51] ;
294 +  args_info->rodlength_help = gengetopt_args_info_help[52] ;
295 +  args_info->tet_param_help = gengetopt_args_info_help[53] ;
296 +  args_info->tet_param_z_help = gengetopt_args_info_help[54] ;
297 +  args_info->tet_param_xyz_help = gengetopt_args_info_help[55] ;
298 +  args_info->rnemdz_help = gengetopt_args_info_help[56] ;
299 +  args_info->rnemdr_help = gengetopt_args_info_help[57] ;
300 +  args_info->rnemdrt_help = gengetopt_args_info_help[58] ;
301 +  args_info->nitrile_help = gengetopt_args_info_help[59] ;
302 +  args_info->multipole_help = gengetopt_args_info_help[60] ;
303 +  
304 + }
305 +
306 + void
307 + cmdline_parser_print_version (void)
308 + {
309 +  printf ("%s %s\n",
310 +     (strlen(CMDLINE_PARSER_PACKAGE_NAME) ? CMDLINE_PARSER_PACKAGE_NAME : CMDLINE_PARSER_PACKAGE),
311 +     CMDLINE_PARSER_VERSION);
312 + }
313 +
314 + static void print_help_common(void) {
315 +  cmdline_parser_print_version ();
316 +
317 +  if (strlen(gengetopt_args_info_purpose) > 0)
318 +    printf("\n%s\n", gengetopt_args_info_purpose);
319 +
320 +  if (strlen(gengetopt_args_info_usage) > 0)
321 +    printf("\n%s\n", gengetopt_args_info_usage);
322 +
323 +  printf("\n");
324 +
325 +  if (strlen(gengetopt_args_info_description) > 0)
326 +    printf("%s\n\n", gengetopt_args_info_description);
327 + }
328 +
329 + void
330 + cmdline_parser_print_help (void)
331 + {
332 +  int i = 0;
333 +  print_help_common();
334 +  while (gengetopt_args_info_help[i])
335 +    printf("%s\n", gengetopt_args_info_help[i++]);
336 + }
337 +
338 + void
339 + cmdline_parser_init (struct gengetopt_args_info *args_info)
340 + {
341 +  clear_given (args_info);
342 +  clear_args (args_info);
343 +  init_args_info (args_info);
344 +
345 +  args_info->inputs = 0;
346 +  args_info->inputs_num = 0;
347 + }
348 +
349 + void
350 + cmdline_parser_params_init(struct cmdline_parser_params *params)
351 + {
352 +  if (params)
353 +    {
354 +      params->override = 0;
355 +      params->initialize = 1;
356 +      params->check_required = 1;
357 +      params->check_ambiguity = 0;
358 +      params->print_errors = 1;
359 +    }
360 + }
361 +
362 + struct cmdline_parser_params *
363 + cmdline_parser_params_create(void)
364 + {
365 +  struct cmdline_parser_params *params =
366 +    (struct cmdline_parser_params *)malloc(sizeof(struct cmdline_parser_params));
367 +  cmdline_parser_params_init(params);  
368 +  return params;
369 + }
370 +
371 + static void
372 + free_string_field (char **s)
373 + {
374 +  if (*s)
375 +    {
376 +      free (*s);
377 +      *s = 0;
378 +    }
379 + }
380 +
381 +
382 + static void
383 + cmdline_parser_release (struct gengetopt_args_info *args_info)
384 + {
385 +  unsigned int i;
386 +  free_string_field (&(args_info->input_arg));
387 +  free_string_field (&(args_info->input_orig));
388 +  free_string_field (&(args_info->output_arg));
389 +  free_string_field (&(args_info->output_orig));
390 +  free_string_field (&(args_info->step_orig));
391 +  free_string_field (&(args_info->nbins_orig));
392 +  free_string_field (&(args_info->nbins_x_orig));
393 +  free_string_field (&(args_info->nbins_y_orig));
394 +  free_string_field (&(args_info->nbins_z_orig));
395 +  free_string_field (&(args_info->nanglebins_orig));
396 +  free_string_field (&(args_info->rcut_orig));
397 +  free_string_field (&(args_info->dz_orig));
398 +  free_string_field (&(args_info->length_orig));
399 +  free_string_field (&(args_info->zlength_orig));
400 +  free_string_field (&(args_info->zoffset_orig));
401 +  free_string_field (&(args_info->sele1_arg));
402 +  free_string_field (&(args_info->sele1_orig));
403 +  free_string_field (&(args_info->sele2_arg));
404 +  free_string_field (&(args_info->sele2_orig));
405 +  free_string_field (&(args_info->sele3_arg));
406 +  free_string_field (&(args_info->sele3_orig));
407 +  free_string_field (&(args_info->refsele_arg));
408 +  free_string_field (&(args_info->refsele_orig));
409 +  free_string_field (&(args_info->comsele_arg));
410 +  free_string_field (&(args_info->comsele_orig));
411 +  free_string_field (&(args_info->seleoffset_orig));
412 +  free_string_field (&(args_info->seleoffset2_orig));
413 +  free_string_field (&(args_info->molname_arg));
414 +  free_string_field (&(args_info->molname_orig));
415 +  free_string_field (&(args_info->begin_orig));
416 +  free_string_field (&(args_info->end_orig));
417 +  free_string_field (&(args_info->radius_orig));
418 +  free_string_field (&(args_info->voxelSize_orig));
419 +  free_string_field (&(args_info->gaussWidth_orig));
420 +  
421 +  
422 +  for (i = 0; i < args_info->inputs_num; ++i)
423 +    free (args_info->inputs [i]);
424 +
425 +  if (args_info->inputs_num)
426 +    free (args_info->inputs);
427 +
428 +  clear_given (args_info);
429 + }
430 +
431 +
432 + static void
433 + write_into_file(FILE *outfile, const char *opt, const char *arg, const char *values[])
434 + {
435 +  FIX_UNUSED (values);
436 +  if (arg) {
437 +    fprintf(outfile, "%s=\"%s\"\n", opt, arg);
438 +  } else {
439 +    fprintf(outfile, "%s\n", opt);
440 +  }
441 + }
442 +
443 +
444 + int
445 + cmdline_parser_dump(FILE *outfile, struct gengetopt_args_info *args_info)
446 + {
447 +  int i = 0;
448 +
449 +  if (!outfile)
450 +    {
451 +      fprintf (stderr, "%s: cannot dump options to stream\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
452 +      return EXIT_FAILURE;
453 +    }
454 +
455 +  if (args_info->help_given)
456 +    write_into_file(outfile, "help", 0, 0 );
457 +  if (args_info->version_given)
458 +    write_into_file(outfile, "version", 0, 0 );
459 +  if (args_info->input_given)
460 +    write_into_file(outfile, "input", args_info->input_orig, 0);
461 +  if (args_info->output_given)
462 +    write_into_file(outfile, "output", args_info->output_orig, 0);
463 +  if (args_info->step_given)
464 +    write_into_file(outfile, "step", args_info->step_orig, 0);
465 +  if (args_info->nbins_given)
466 +    write_into_file(outfile, "nbins", args_info->nbins_orig, 0);
467 +  if (args_info->nbins_x_given)
468 +    write_into_file(outfile, "nbins_x", args_info->nbins_x_orig, 0);
469 +  if (args_info->nbins_y_given)
470 +    write_into_file(outfile, "nbins_y", args_info->nbins_y_orig, 0);
471 +  if (args_info->nbins_z_given)
472 +    write_into_file(outfile, "nbins_z", args_info->nbins_z_orig, 0);
473 +  if (args_info->nanglebins_given)
474 +    write_into_file(outfile, "nanglebins", args_info->nanglebins_orig, 0);
475 +  if (args_info->rcut_given)
476 +    write_into_file(outfile, "rcut", args_info->rcut_orig, 0);
477 +  if (args_info->dz_given)
478 +    write_into_file(outfile, "dz", args_info->dz_orig, 0);
479 +  if (args_info->length_given)
480 +    write_into_file(outfile, "length", args_info->length_orig, 0);
481 +  if (args_info->zlength_given)
482 +    write_into_file(outfile, "zlength", args_info->zlength_orig, 0);
483 +  if (args_info->zoffset_given)
484 +    write_into_file(outfile, "zoffset", args_info->zoffset_orig, 0);
485 +  if (args_info->sele1_given)
486 +    write_into_file(outfile, "sele1", args_info->sele1_orig, 0);
487 +  if (args_info->sele2_given)
488 +    write_into_file(outfile, "sele2", args_info->sele2_orig, 0);
489 +  if (args_info->sele3_given)
490 +    write_into_file(outfile, "sele3", args_info->sele3_orig, 0);
491 +  if (args_info->refsele_given)
492 +    write_into_file(outfile, "refsele", args_info->refsele_orig, 0);
493 +  if (args_info->comsele_given)
494 +    write_into_file(outfile, "comsele", args_info->comsele_orig, 0);
495 +  if (args_info->seleoffset_given)
496 +    write_into_file(outfile, "seleoffset", args_info->seleoffset_orig, 0);
497 +  if (args_info->seleoffset2_given)
498 +    write_into_file(outfile, "seleoffset2", args_info->seleoffset2_orig, 0);
499 +  if (args_info->molname_given)
500 +    write_into_file(outfile, "molname", args_info->molname_orig, 0);
501 +  if (args_info->begin_given)
502 +    write_into_file(outfile, "begin", args_info->begin_orig, 0);
503 +  if (args_info->end_given)
504 +    write_into_file(outfile, "end", args_info->end_orig, 0);
505 +  if (args_info->radius_given)
506 +    write_into_file(outfile, "radius", args_info->radius_orig, 0);
507 +  if (args_info->voxelSize_given)
508 +    write_into_file(outfile, "voxelSize", args_info->voxelSize_orig, 0);
509 +  if (args_info->gaussWidth_given)
510 +    write_into_file(outfile, "gaussWidth", args_info->gaussWidth_orig, 0);
511 +  if (args_info->bo_given)
512 +    write_into_file(outfile, "bo", 0, 0 );
513 +  if (args_info->ior_given)
514 +    write_into_file(outfile, "ior", 0, 0 );
515 +  if (args_info->for_given)
516 +    write_into_file(outfile, "for", 0, 0 );
517 +  if (args_info->bad_given)
518 +    write_into_file(outfile, "bad", 0, 0 );
519 +  if (args_info->count_given)
520 +    write_into_file(outfile, "count", 0, 0 );
521 +  if (args_info->gofr_given)
522 +    write_into_file(outfile, "gofr", 0, 0 );
523 +  if (args_info->gofz_given)
524 +    write_into_file(outfile, "gofz", 0, 0 );
525 +  if (args_info->r_theta_given)
526 +    write_into_file(outfile, "r_theta", 0, 0 );
527 +  if (args_info->r_omega_given)
528 +    write_into_file(outfile, "r_omega", 0, 0 );
529 +  if (args_info->r_z_given)
530 +    write_into_file(outfile, "r_z", 0, 0 );
531 +  if (args_info->theta_omega_given)
532 +    write_into_file(outfile, "theta_omega", 0, 0 );
533 +  if (args_info->gxyz_given)
534 +    write_into_file(outfile, "gxyz", 0, 0 );
535 +  if (args_info->twodgofr_given)
536 +    write_into_file(outfile, "twodgofr", 0, 0 );
537 +  if (args_info->p2_given)
538 +    write_into_file(outfile, "p2", 0, 0 );
539 +  if (args_info->rp2_given)
540 +    write_into_file(outfile, "rp2", 0, 0 );
541 +  if (args_info->scd_given)
542 +    write_into_file(outfile, "scd", 0, 0 );
543 +  if (args_info->density_given)
544 +    write_into_file(outfile, "density", 0, 0 );
545 +  if (args_info->slab_density_given)
546 +    write_into_file(outfile, "slab_density", 0, 0 );
547 +  if (args_info->p_angle_given)
548 +    write_into_file(outfile, "p_angle", 0, 0 );
549 +  if (args_info->hxy_given)
550 +    write_into_file(outfile, "hxy", 0, 0 );
551 +  if (args_info->rho_r_given)
552 +    write_into_file(outfile, "rho_r", 0, 0 );
553 +  if (args_info->angle_r_given)
554 +    write_into_file(outfile, "angle_r", 0, 0 );
555 +  if (args_info->hullvol_given)
556 +    write_into_file(outfile, "hullvol", 0, 0 );
557 +  if (args_info->rodlength_given)
558 +    write_into_file(outfile, "rodlength", 0, 0 );
559 +  if (args_info->tet_param_given)
560 +    write_into_file(outfile, "tet_param", 0, 0 );
561 +  if (args_info->tet_param_z_given)
562 +    write_into_file(outfile, "tet_param_z", 0, 0 );
563 +  if (args_info->tet_param_xyz_given)
564 +    write_into_file(outfile, "tet_param_xyz", 0, 0 );
565 +  if (args_info->rnemdz_given)
566 +    write_into_file(outfile, "rnemdz", 0, 0 );
567 +  if (args_info->rnemdr_given)
568 +    write_into_file(outfile, "rnemdr", 0, 0 );
569 +  if (args_info->rnemdrt_given)
570 +    write_into_file(outfile, "rnemdrt", 0, 0 );
571 +  if (args_info->nitrile_given)
572 +    write_into_file(outfile, "nitrile", 0, 0 );
573 +  if (args_info->multipole_given)
574 +    write_into_file(outfile, "multipole", 0, 0 );
575 +  
576 +
577 +  i = EXIT_SUCCESS;
578 +  return i;
579 + }
580 +
581 + int
582 + cmdline_parser_file_save(const char *filename, struct gengetopt_args_info *args_info)
583 + {
584 +  FILE *outfile;
585 +  int i = 0;
586 +
587 +  outfile = fopen(filename, "w");
588 +
589 +  if (!outfile)
590 +    {
591 +      fprintf (stderr, "%s: cannot open file for writing: %s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, filename);
592 +      return EXIT_FAILURE;
593 +    }
594 +
595 +  i = cmdline_parser_dump(outfile, args_info);
596 +  fclose (outfile);
597 +
598 +  return i;
599 + }
600 +
601 + void
602 + cmdline_parser_free (struct gengetopt_args_info *args_info)
603 + {
604 +  cmdline_parser_release (args_info);
605 + }
606 +
607 + /** @brief replacement of strdup, which is not standard */
608 + char *
609 + gengetopt_strdup (const char *s)
610 + {
611 +  char *result = 0;
612 +  if (!s)
613 +    return result;
614 +
615 +  result = (char*)malloc(strlen(s) + 1);
616 +  if (result == (char*)0)
617 +    return (char*)0;
618 +  strcpy(result, s);
619 +  return result;
620 + }
621 +
622 + static void
623 + reset_group_staticProps(struct gengetopt_args_info *args_info)
624 + {
625 +  if (! args_info->staticProps_group_counter)
626 +    return;
627 +  
628 +  args_info->bo_given = 0 ;
629 +  args_info->ior_given = 0 ;
630 +  args_info->for_given = 0 ;
631 +  args_info->bad_given = 0 ;
632 +  args_info->count_given = 0 ;
633 +  args_info->gofr_given = 0 ;
634 +  args_info->gofz_given = 0 ;
635 +  args_info->r_theta_given = 0 ;
636 +  args_info->r_omega_given = 0 ;
637 +  args_info->r_z_given = 0 ;
638 +  args_info->theta_omega_given = 0 ;
639 +  args_info->gxyz_given = 0 ;
640 +  args_info->twodgofr_given = 0 ;
641 +  args_info->p2_given = 0 ;
642 +  args_info->rp2_given = 0 ;
643 +  args_info->scd_given = 0 ;
644 +  args_info->density_given = 0 ;
645 +  args_info->slab_density_given = 0 ;
646 +  args_info->p_angle_given = 0 ;
647 +  args_info->hxy_given = 0 ;
648 +  args_info->rho_r_given = 0 ;
649 +  args_info->angle_r_given = 0 ;
650 +  args_info->hullvol_given = 0 ;
651 +  args_info->rodlength_given = 0 ;
652 +  args_info->tet_param_given = 0 ;
653 +  args_info->tet_param_z_given = 0 ;
654 +  args_info->tet_param_xyz_given = 0 ;
655 +  args_info->rnemdz_given = 0 ;
656 +  args_info->rnemdr_given = 0 ;
657 +  args_info->rnemdrt_given = 0 ;
658 +  args_info->nitrile_given = 0 ;
659 +  args_info->multipole_given = 0 ;
660 +
661 +  args_info->staticProps_group_counter = 0;
662 + }
663 +
664 + int
665 + cmdline_parser (int argc, char **argv, struct gengetopt_args_info *args_info)
666 + {
667 +  return cmdline_parser2 (argc, argv, args_info, 0, 1, 1);
668 + }
669 +
670 + int
671 + cmdline_parser_ext (int argc, char **argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
672 +                   struct cmdline_parser_params *params)
673 + {
674 +  int result;
675 +  result = cmdline_parser_internal (argc, argv, args_info, params, 0);
676 +
677 +  if (result == EXIT_FAILURE)
678 +    {
679 +      cmdline_parser_free (args_info);
680 +      exit (EXIT_FAILURE);
681 +    }
682 +  
683 +  return result;
684 + }
685 +
686 + int
687 + cmdline_parser2 (int argc, char **argv, struct gengetopt_args_info *args_info, int override, int initialize, int check_required)
688 + {
689 +  int result;
690 +  struct cmdline_parser_params params;
691 +  
692 +  params.override = override;
693 +  params.initialize = initialize;
694 +  params.check_required = check_required;
695 +  params.check_ambiguity = 0;
696 +  params.print_errors = 1;
697 +
698 +  result = cmdline_parser_internal (argc, argv, args_info, &params, 0);
699 +
700 +  if (result == EXIT_FAILURE)
701 +    {
702 +      cmdline_parser_free (args_info);
703 +      exit (EXIT_FAILURE);
704 +    }
705 +  
706 +  return result;
707 + }
708 +
709 + int
710 + cmdline_parser_required (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name)
711 + {
712 +  int result = EXIT_SUCCESS;
713 +
714 +  if (cmdline_parser_required2(args_info, prog_name, 0) > 0)
715 +    result = EXIT_FAILURE;
716 +
717 +  if (result == EXIT_FAILURE)
718 +    {
719 +      cmdline_parser_free (args_info);
720 +      exit (EXIT_FAILURE);
721 +    }
722 +  
723 +  return result;
724 + }
725 +
726 + int
727 + cmdline_parser_required2 (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name, const char *additional_error)
728 + {
729 +  int error = 0;
730 +  FIX_UNUSED (additional_error);
731 +
732 +  /* checks for required options */
733 +  if (! args_info->input_given)
734 +    {
735 +      fprintf (stderr, "%s: '--input' ('-i') option required%s\n", prog_name, (additional_error ? additional_error : ""));
736 +      error = 1;
737 +    }
738 +  
739 +  if (args_info->staticProps_group_counter == 0)
740 +    {
741 +      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required%s.\n", prog_name, args_info->staticProps_group_counter, (additional_error ? additional_error : ""));
742 +      error = 1;
743 +    }
744 +  
745 +
746 +  /* checks for dependences among options */
747 +
748 +  return error;
749 + }
750 +
751 +
752 + static char *package_name = 0;
753 +
754 + /**
755 + * @brief updates an option
756 + * @param field the generic pointer to the field to update
757 + * @param orig_field the pointer to the orig field
758 + * @param field_given the pointer to the number of occurrence of this option
759 + * @param prev_given the pointer to the number of occurrence already seen
760 + * @param value the argument for this option (if null no arg was specified)
761 + * @param possible_values the possible values for this option (if specified)
762 + * @param default_value the default value (in case the option only accepts fixed values)
763 + * @param arg_type the type of this option
764 + * @param check_ambiguity @see cmdline_parser_params.check_ambiguity
765 + * @param override @see cmdline_parser_params.override
766 + * @param no_free whether to free a possible previous value
767 + * @param multiple_option whether this is a multiple option
768 + * @param long_opt the corresponding long option
769 + * @param short_opt the corresponding short option (or '-' if none)
770 + * @param additional_error possible further error specification
771 + */
772 + static
773 + int update_arg(void *field, char **orig_field,
774 +               unsigned int *field_given, unsigned int *prev_given,
775 +               char *value, const char *possible_values[],
776 +               const char *default_value,
777 +               cmdline_parser_arg_type arg_type,
778 +               int check_ambiguity, int override,
779 +               int no_free, int multiple_option,
780 +               const char *long_opt, char short_opt,
781 +               const char *additional_error)
782 + {
783 +  char *stop_char = 0;
784 +  const char *val = value;
785 +  int found;
786 +  char **string_field;
787 +  FIX_UNUSED (field);
788 +
789 +  stop_char = 0;
790 +  found = 0;
791 +
792 +  if (!multiple_option && prev_given && (*prev_given || (check_ambiguity && *field_given)))
793 +    {
794 +      if (short_opt != '-')
795 +        fprintf (stderr, "%s: `--%s' (`-%c') option given more than once%s\n",
796 +               package_name, long_opt, short_opt,
797 +               (additional_error ? additional_error : ""));
798 +      else
799 +        fprintf (stderr, "%s: `--%s' option given more than once%s\n",
800 +               package_name, long_opt,
801 +               (additional_error ? additional_error : ""));
802 +      return 1; /* failure */
803 +    }
804 +
805 +  FIX_UNUSED (default_value);
806 +    
807 +  if (field_given && *field_given && ! override)
808 +    return 0;
809 +  if (prev_given)
810 +    (*prev_given)++;
811 +  if (field_given)
812 +    (*field_given)++;
813 +  if (possible_values)
814 +    val = possible_values[found];
815 +
816 +  switch(arg_type) {
817 +  case ARG_INT:
818 +    if (val) *((int *)field) = strtol (val, &stop_char, 0);
819 +    break;
820 +  case ARG_DOUBLE:
821 +    if (val) *((double *)field) = strtod (val, &stop_char);
822 +    break;
823 +  case ARG_STRING:
824 +    if (val) {
825 +      string_field = (char **)field;
826 +      if (!no_free && *string_field)
827 +        free (*string_field); /* free previous string */
828 +      *string_field = gengetopt_strdup (val);
829 +    }
830 +    break;
831 +  default:
832 +    break;
833 +  };
834 +
835 +  /* check numeric conversion */
836 +  switch(arg_type) {
837 +  case ARG_INT:
838 +  case ARG_DOUBLE:
839 +    if (val && !(stop_char && *stop_char == '\0')) {
840 +      fprintf(stderr, "%s: invalid numeric value: %s\n", package_name, val);
841 +      return 1; /* failure */
842 +    }
843 +    break;
844 +  default:
845 +    ;
846 +  };
847 +
848 +  /* store the original value */
849 +  switch(arg_type) {
850 +  case ARG_NO:
851 +    break;
852 +  default:
853 +    if (value && orig_field) {
854 +      if (no_free) {
855 +        *orig_field = value;
856 +      } else {
857 +        if (*orig_field)
858 +          free (*orig_field); /* free previous string */
859 +        *orig_field = gengetopt_strdup (value);
860 +      }
861 +    }
862 +  };
863 +
864 +  return 0; /* OK */
865 + }
866 +
867 +
868 + int
869 + cmdline_parser_internal (
870 +  int argc, char **argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
871 +                        struct cmdline_parser_params *params, const char *additional_error)
872 + {
873 +  int c;        /* Character of the parsed option.  */
874 +
875 +  int error = 0;
876 +  struct gengetopt_args_info local_args_info;
877 +  
878 +  int override;
879 +  int initialize;
880 +  int check_required;
881 +  int check_ambiguity;
882 +  
883 +  package_name = argv[0];
884 +  
885 +  override = params->override;
886 +  initialize = params->initialize;
887 +  check_required = params->check_required;
888 +  check_ambiguity = params->check_ambiguity;
889 +
890 +  if (initialize)
891 +    cmdline_parser_init (args_info);
892 +
893 +  cmdline_parser_init (&local_args_info);
894 +
895    optarg = 0;
896 <  optind = 1;
897 <  opterr = 1;
896 >  optind = 0;
897 >  opterr = params->print_errors;
898    optopt = '?';
899  
900    while (1)
901      {
902        int option_index = 0;
136      char *stop_char;
903  
904        static struct option long_options[] = {
905          { "help",       0, NULL, 'h' },
# Line 141 | Line 907 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
907          { "input",      1, NULL, 'i' },
908          { "output",     1, NULL, 'o' },
909          { "step",       1, NULL, 'n' },
910 <        { "nrbins",     1, NULL, 'r' },
910 >        { "nbins",      1, NULL, 'b' },
911 >        { "nbins_x",    1, NULL, 'x' },
912 >        { "nbins_y",    1, NULL, 'y' },
913 >        { "nbins_z",    1, NULL, 0 },
914          { "nanglebins", 1, NULL, 'a' },
915 <        { "length",     1, NULL, 'l' },
915 >        { "rcut",       1, NULL, 'c' },
916 >        { "dz", 1, NULL, 0 },
917 >        { "length",     1, NULL, 0 },
918 >        { "zlength",    1, NULL, 0 },
919 >        { "zoffset",    1, NULL, 'z' },
920          { "sele1",      1, NULL, 0 },
921          { "sele2",      1, NULL, 0 },
922          { "sele3",      1, NULL, 0 },
923          { "refsele",    1, NULL, 0 },
924 +        { "comsele",    1, NULL, 0 },
925 +        { "seleoffset", 1, NULL, 0 },
926 +        { "seleoffset2",        1, NULL, 0 },
927          { "molname",    1, NULL, 0 },
928          { "begin",      1, NULL, 0 },
929          { "end",        1, NULL, 0 },
930 <        { "gofr",       0, NULL, 0 },
930 >        { "radius",     1, NULL, 0 },
931 >        { "voxelSize",  1, NULL, 'v' },
932 >        { "gaussWidth", 1, NULL, 0 },
933 >        { "bo", 0, NULL, 0 },
934 >        { "ior",        0, NULL, 0 },
935 >        { "for",        0, NULL, 0 },
936 >        { "bad",        0, NULL, 0 },
937 >        { "count",      0, NULL, 0 },
938 >        { "gofr",       0, NULL, 'g' },
939 >        { "gofz",       0, NULL, 0 },
940          { "r_theta",    0, NULL, 0 },
941          { "r_omega",    0, NULL, 0 },
942 +        { "r_z",        0, NULL, 0 },
943          { "theta_omega",        0, NULL, 0 },
944          { "gxyz",       0, NULL, 0 },
945 <        { "p2", 0, NULL, 0 },
946 <        { "scd",        0, NULL, 0 },
947 <        { "density",    0, NULL, 0 },
945 >        { "twodgofr",   0, NULL, 0 },
946 >        { "p2", 0, NULL, 'p' },
947 >        { "rp2",        0, NULL, 0 },
948 >        { "scd",        0, NULL, 's' },
949 >        { "density",    0, NULL, 'd' },
950          { "slab_density",       0, NULL, 0 },
951 <        { NULL, 0, NULL, 0 }
951 >        { "p_angle",    0, NULL, 0 },
952 >        { "hxy",        0, NULL, 0 },
953 >        { "rho_r",      0, NULL, 0 },
954 >        { "angle_r",    0, NULL, 0 },
955 >        { "hullvol",    0, NULL, 0 },
956 >        { "rodlength",  0, NULL, 0 },
957 >        { "tet_param",  0, NULL, 'Q' },
958 >        { "tet_param_z",        0, NULL, 0 },
959 >        { "tet_param_xyz",      0, NULL, 0 },
960 >        { "rnemdz",     0, NULL, 0 },
961 >        { "rnemdr",     0, NULL, 0 },
962 >        { "rnemdrt",    0, NULL, 0 },
963 >        { "nitrile",    0, NULL, 0 },
964 >        { "multipole",  0, NULL, 'm' },
965 >        { 0,  0, 0, 0 }
966        };
967  
968 <      stop_char = 0;
167 <      c = getopt_long (argc, argv, "hVi:o:n:r:a:l:", long_options, &option_index);
968 >      c = getopt_long (argc, argv, "hVi:o:n:b:x:y:a:c:z:v:gpsdQm", long_options, &option_index);
969  
970        if (c == -1) break;       /* Exit from `while (1)' loop.  */
971  
972        switch (c)
973          {
974          case 'h':       /* Print help and exit.  */
174          clear_args ();
975            cmdline_parser_print_help ();
976 +          cmdline_parser_free (&local_args_info);
977            exit (EXIT_SUCCESS);
978  
979          case 'V':       /* Print version and exit.  */
179          clear_args ();
980            cmdline_parser_print_version ();
981 +          cmdline_parser_free (&local_args_info);
982            exit (EXIT_SUCCESS);
983  
984          case 'i':       /* input dump file.  */
985 <          if (args_info->input_given)
986 <            {
987 <              fprintf (stderr, "%s: `--input' (`-i') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
988 <              clear_args ();
989 <              exit (EXIT_FAILURE);
990 <            }
991 <          args_info->input_given = 1;
992 <          args_info->input_arg = gengetopt_strdup (optarg);
985 >        
986 >        
987 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->input_arg),
988 >               &(args_info->input_orig), &(args_info->input_given),
989 >              &(local_args_info.input_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
990 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
991 >              "input", 'i',
992 >              additional_error))
993 >            goto failure;
994 >        
995            break;
193
996          case 'o':       /* output file name.  */
997 <          if (args_info->output_given)
998 <            {
999 <              fprintf (stderr, "%s: `--output' (`-o') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1000 <              clear_args ();
1001 <              exit (EXIT_FAILURE);
1002 <            }
1003 <          args_info->output_given = 1;
1004 <          args_info->output_arg = gengetopt_strdup (optarg);
997 >        
998 >        
999 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->output_arg),
1000 >               &(args_info->output_orig), &(args_info->output_given),
1001 >              &(local_args_info.output_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1002 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1003 >              "output", 'o',
1004 >              additional_error))
1005 >            goto failure;
1006 >        
1007            break;
204
1008          case 'n':       /* process every n frame.  */
1009 <          if (args_info->step_given)
1010 <            {
1011 <              fprintf (stderr, "%s: `--step' (`-n') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1012 <              clear_args ();
1013 <              exit (EXIT_FAILURE);
1014 <            }
1015 <          args_info->step_given = 1;
1016 <          args_info->step_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
1017 <          break;
1018 <
216 <        case 'r':       /* number of bins for distance.  */
217 <          if (args_info->nrbins_given)
218 <            {
219 <              fprintf (stderr, "%s: `--nrbins' (`-r') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
220 <              clear_args ();
221 <              exit (EXIT_FAILURE);
222 <            }
223 <          args_info->nrbins_given = 1;
224 <          args_info->nrbins_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
1009 >        
1010 >        
1011 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->step_arg),
1012 >               &(args_info->step_orig), &(args_info->step_given),
1013 >              &(local_args_info.step_given), optarg, 0, "1", ARG_INT,
1014 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1015 >              "step", 'n',
1016 >              additional_error))
1017 >            goto failure;
1018 >        
1019            break;
1020 <
1020 >        case 'b':       /* number of bins (general purpose).  */
1021 >        
1022 >        
1023 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_arg),
1024 >               &(args_info->nbins_orig), &(args_info->nbins_given),
1025 >              &(local_args_info.nbins_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
1026 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1027 >              "nbins", 'b',
1028 >              additional_error))
1029 >            goto failure;
1030 >        
1031 >          break;
1032 >        case 'x':       /* number of bins in x axis.  */
1033 >        
1034 >        
1035 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_x_arg),
1036 >               &(args_info->nbins_x_orig), &(args_info->nbins_x_given),
1037 >              &(local_args_info.nbins_x_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
1038 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1039 >              "nbins_x", 'x',
1040 >              additional_error))
1041 >            goto failure;
1042 >        
1043 >          break;
1044 >        case 'y':       /* number of bins in y axis.  */
1045 >        
1046 >        
1047 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_y_arg),
1048 >               &(args_info->nbins_y_orig), &(args_info->nbins_y_given),
1049 >              &(local_args_info.nbins_y_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
1050 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1051 >              "nbins_y", 'y',
1052 >              additional_error))
1053 >            goto failure;
1054 >        
1055 >          break;
1056          case 'a':       /* number of bins for cos(angle).  */
1057 <          if (args_info->nanglebins_given)
1058 <            {
1059 <              fprintf (stderr, "%s: `--nanglebins' (`-a') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1060 <              clear_args ();
1061 <              exit (EXIT_FAILURE);
1062 <            }
1063 <          args_info->nanglebins_given = 1;
1064 <          args_info->nanglebins_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
1057 >        
1058 >        
1059 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nanglebins_arg),
1060 >               &(args_info->nanglebins_orig), &(args_info->nanglebins_given),
1061 >              &(local_args_info.nanglebins_given), optarg, 0, "50", ARG_INT,
1062 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1063 >              "nanglebins", 'a',
1064 >              additional_error))
1065 >            goto failure;
1066 >        
1067            break;
1068 <
1069 <        case 'l':       /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
1070 <          if (args_info->length_given)
1071 <            {
1072 <              fprintf (stderr, "%s: `--length' (`-l') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1073 <              clear_args ();
1074 <              exit (EXIT_FAILURE);
1075 <            }
1076 <          args_info->length_given = 1;
1077 <          args_info->length_arg = strtod (optarg, NULL);
1068 >        case 'c':       /* cutoff radius (rcut).  */
1069 >        
1070 >        
1071 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->rcut_arg),
1072 >               &(args_info->rcut_orig), &(args_info->rcut_given),
1073 >              &(local_args_info.rcut_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1074 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
1075 >              "rcut", 'c',
1076 >              additional_error))
1077 >            goto failure;
1078 >        
1079            break;
1080 +        case 'z':       /* Where to set the zero for the slab_density calculation.  */
1081 +        
1082 +        
1083 +          if (update_arg( (void *)&(args_info->zoffset_arg),
1084 +               &(args_info->zoffset_orig), &(args_info->zoffset_given),
1085 +              &(local_args_info.zoffset_given), optarg, 0, "0", ARG_DOUBLE,
1086 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1087 +              "zoffset", 'z',
1088 +              additional_error))
1089 +            goto failure;
1090 +        
1091 +          break;
1092 +        case 'v':       /* voxel size (angstroms).  */
1093 +        
1094 +        
1095 +          if (update_arg( (void *)&(args_info->voxelSize_arg),
1096 +               &(args_info->voxelSize_orig), &(args_info->voxelSize_given),
1097 +              &(local_args_info.voxelSize_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1098 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1099 +              "voxelSize", 'v',
1100 +              additional_error))
1101 +            goto failure;
1102 +        
1103 +          break;
1104 +        case 'g':       /* g(r).  */
1105 +        
1106 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1107 +            reset_group_staticProps (args_info);
1108 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1109 +        
1110 +          if (update_arg( 0 ,
1111 +               0 , &(args_info->gofr_given),
1112 +              &(local_args_info.gofr_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1113 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1114 +              "gofr", 'g',
1115 +              additional_error))
1116 +            goto failure;
1117 +        
1118 +          break;
1119 +        case 'p':       /* p2 order parameter (--sele1 must be specified, --sele2 is optional).  */
1120 +        
1121 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1122 +            reset_group_staticProps (args_info);
1123 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1124 +        
1125 +          if (update_arg( 0 ,
1126 +               0 , &(args_info->p2_given),
1127 +              &(local_args_info.p2_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1128 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1129 +              "p2", 'p',
1130 +              additional_error))
1131 +            goto failure;
1132 +        
1133 +          break;
1134 +        case 's':       /* scd order parameter (either --sele1, --sele2, --sele3 are specified or --molname, --begin, --end are specified).  */
1135 +        
1136 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1137 +            reset_group_staticProps (args_info);
1138 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1139 +        
1140 +          if (update_arg( 0 ,
1141 +               0 , &(args_info->scd_given),
1142 +              &(local_args_info.scd_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1143 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1144 +              "scd", 's',
1145 +              additional_error))
1146 +            goto failure;
1147 +        
1148 +          break;
1149 +        case 'd':       /* density plot.  */
1150 +        
1151 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1152 +            reset_group_staticProps (args_info);
1153 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1154 +        
1155 +          if (update_arg( 0 ,
1156 +               0 , &(args_info->density_given),
1157 +              &(local_args_info.density_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1158 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1159 +              "density", 'd',
1160 +              additional_error))
1161 +            goto failure;
1162 +        
1163 +          break;
1164 +        case 'Q':       /* tetrahedrality order parameter (Qk).  */
1165 +        
1166 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1167 +            reset_group_staticProps (args_info);
1168 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1169 +        
1170 +          if (update_arg( 0 ,
1171 +               0 , &(args_info->tet_param_given),
1172 +              &(local_args_info.tet_param_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1173 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1174 +              "tet_param", 'Q',
1175 +              additional_error))
1176 +            goto failure;
1177 +        
1178 +          break;
1179 +        case 'm':       /* average multipole moments contained within cutoff spheres as a function of radius.  */
1180 +        
1181 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1182 +            reset_group_staticProps (args_info);
1183 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1184 +        
1185 +          if (update_arg( 0 ,
1186 +               0 , &(args_info->multipole_given),
1187 +              &(local_args_info.multipole_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1188 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1189 +              "multipole", 'm',
1190 +              additional_error))
1191 +            goto failure;
1192 +        
1193 +          break;
1194  
249
1195          case 0: /* Long option with no short option */
1196 <          /* select the first stuntdouble set.  */
1197 <          if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0)
1196 >          /* number of bins in z axis.  */
1197 >          if (strcmp (long_options[option_index].name, "nbins_z") == 0)
1198            {
1199 <            if (args_info->sele1_given)
1200 <              {
1201 <                fprintf (stderr, "%s: `--sele1' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1202 <                clear_args ();
1203 <                exit (EXIT_FAILURE);
1204 <              }
1205 <            args_info->sele1_given = 1;
1206 <            args_info->sele1_arg = gengetopt_strdup (optarg);
1207 <            break;
1199 >          
1200 >          
1201 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_z_arg),
1202 >                 &(args_info->nbins_z_orig), &(args_info->nbins_z_given),
1203 >                &(local_args_info.nbins_z_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
1204 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1205 >                "nbins_z", '-',
1206 >                additional_error))
1207 >              goto failure;
1208 >          
1209 >          }
1210 >          /* slab width (dz).  */
1211 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "dz") == 0)
1212 >          {
1213 >          
1214 >          
1215 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->dz_arg),
1216 >                 &(args_info->dz_orig), &(args_info->dz_given),
1217 >                &(local_args_info.dz_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1218 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1219 >                "dz", '-',
1220 >                additional_error))
1221 >              goto failure;
1222 >          
1223 >          }
1224 >          /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
1225 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "length") == 0)
1226 >          {
1227 >          
1228 >          
1229 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->length_arg),
1230 >                 &(args_info->length_orig), &(args_info->length_given),
1231 >                &(local_args_info.length_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1232 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1233 >                "length", '-',
1234 >                additional_error))
1235 >              goto failure;
1236 >          
1237 >          }
1238 >          /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
1239 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "zlength") == 0)
1240 >          {
1241 >          
1242 >          
1243 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->zlength_arg),
1244 >                 &(args_info->zlength_orig), &(args_info->zlength_given),
1245 >                &(local_args_info.zlength_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1246 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1247 >                "zlength", '-',
1248 >                additional_error))
1249 >              goto failure;
1250 >          
1251            }
1252 +          /* select the first stuntdouble set.  */
1253 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0)
1254 +          {
1255            
1256 +          
1257 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele1_arg),
1258 +                 &(args_info->sele1_orig), &(args_info->sele1_given),
1259 +                &(local_args_info.sele1_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1260 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1261 +                "sele1", '-',
1262 +                additional_error))
1263 +              goto failure;
1264 +          
1265 +          }
1266            /* select the second stuntdouble set.  */
1267            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele2") == 0)
1268            {
268            if (args_info->sele2_given)
269              {
270                fprintf (stderr, "%s: `--sele2' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
271                clear_args ();
272                exit (EXIT_FAILURE);
273              }
274            args_info->sele2_given = 1;
275            args_info->sele2_arg = gengetopt_strdup (optarg);
276            break;
277          }
1269            
1270 +          
1271 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele2_arg),
1272 +                 &(args_info->sele2_orig), &(args_info->sele2_given),
1273 +                &(local_args_info.sele2_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1274 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1275 +                "sele2", '-',
1276 +                additional_error))
1277 +              goto failure;
1278 +          
1279 +          }
1280            /* select the third stuntdouble set.  */
1281            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele3") == 0)
1282            {
282            if (args_info->sele3_given)
283              {
284                fprintf (stderr, "%s: `--sele3' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
285                clear_args ();
286                exit (EXIT_FAILURE);
287              }
288            args_info->sele3_given = 1;
289            args_info->sele3_arg = gengetopt_strdup (optarg);
290            break;
291          }
1283            
1284 +          
1285 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele3_arg),
1286 +                 &(args_info->sele3_orig), &(args_info->sele3_given),
1287 +                &(local_args_info.sele3_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1288 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1289 +                "sele3", '-',
1290 +                additional_error))
1291 +              goto failure;
1292 +          
1293 +          }
1294            /* select reference (use and only use with --gxyz).  */
1295            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "refsele") == 0)
1296            {
1297 <            if (args_info->refsele_given)
1298 <              {
1299 <                fprintf (stderr, "%s: `--refsele' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1300 <                clear_args ();
1301 <                exit (EXIT_FAILURE);
1302 <              }
1303 <            args_info->refsele_given = 1;
1304 <            args_info->refsele_arg = gengetopt_strdup (optarg);
1305 <            break;
1297 >          
1298 >          
1299 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->refsele_arg),
1300 >                 &(args_info->refsele_orig), &(args_info->refsele_given),
1301 >                &(local_args_info.refsele_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1302 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1303 >                "refsele", '-',
1304 >                additional_error))
1305 >              goto failure;
1306 >          
1307            }
1308 +          /* select stunt doubles for center-of-mass reference point.  */
1309 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "comsele") == 0)
1310 +          {
1311            
1312 +          
1313 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->comsele_arg),
1314 +                 &(args_info->comsele_orig), &(args_info->comsele_given),
1315 +                &(local_args_info.comsele_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1316 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1317 +                "comsele", '-',
1318 +                additional_error))
1319 +              goto failure;
1320 +          
1321 +          }
1322 +          /* global index offset for a second object (used to define a vector between sites in molecule).  */
1323 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "seleoffset") == 0)
1324 +          {
1325 +          
1326 +          
1327 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->seleoffset_arg),
1328 +                 &(args_info->seleoffset_orig), &(args_info->seleoffset_given),
1329 +                &(local_args_info.seleoffset_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1330 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1331 +                "seleoffset", '-',
1332 +                additional_error))
1333 +              goto failure;
1334 +          
1335 +          }
1336 +          /* global index offset for a third object (used to define a vector between sites in molecule).  */
1337 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "seleoffset2") == 0)
1338 +          {
1339 +          
1340 +          
1341 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->seleoffset2_arg),
1342 +                 &(args_info->seleoffset2_orig), &(args_info->seleoffset2_given),
1343 +                &(local_args_info.seleoffset2_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1344 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1345 +                "seleoffset2", '-',
1346 +                additional_error))
1347 +              goto failure;
1348 +          
1349 +          }
1350            /* molecule name.  */
1351            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "molname") == 0)
1352            {
310            if (args_info->molname_given)
311              {
312                fprintf (stderr, "%s: `--molname' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
313                clear_args ();
314                exit (EXIT_FAILURE);
315              }
316            args_info->molname_given = 1;
317            args_info->molname_arg = gengetopt_strdup (optarg);
318            break;
319          }
1353            
1354 <          /* begin interanl index.  */
1354 >          
1355 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->molname_arg),
1356 >                 &(args_info->molname_orig), &(args_info->molname_given),
1357 >                &(local_args_info.molname_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1358 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1359 >                "molname", '-',
1360 >                additional_error))
1361 >              goto failure;
1362 >          
1363 >          }
1364 >          /* begin internal index.  */
1365            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "begin") == 0)
1366            {
324            if (args_info->begin_given)
325              {
326                fprintf (stderr, "%s: `--begin' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
327                clear_args ();
328                exit (EXIT_FAILURE);
329              }
330            args_info->begin_given = 1;
331            args_info->begin_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
332            break;
333          }
1367            
1368 +          
1369 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->begin_arg),
1370 +                 &(args_info->begin_orig), &(args_info->begin_given),
1371 +                &(local_args_info.begin_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1372 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1373 +                "begin", '-',
1374 +                additional_error))
1375 +              goto failure;
1376 +          
1377 +          }
1378            /* end internal index.  */
1379            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "end") == 0)
1380            {
1381 <            if (args_info->end_given)
1382 <              {
1383 <                fprintf (stderr, "%s: `--end' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1384 <                clear_args ();
1385 <                exit (EXIT_FAILURE);
1386 <              }
1387 <            args_info->end_given = 1;
1388 <            args_info->end_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
1389 <            break;
1381 >          
1382 >          
1383 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->end_arg),
1384 >                 &(args_info->end_orig), &(args_info->end_given),
1385 >                &(local_args_info.end_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1386 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1387 >                "end", '-',
1388 >                additional_error))
1389 >              goto failure;
1390 >          
1391            }
1392 +          /* nanoparticle radius.  */
1393 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "radius") == 0)
1394 +          {
1395            
1396 <          /* g(r).  */
1397 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofr") == 0)
1396 >          
1397 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->radius_arg),
1398 >                 &(args_info->radius_orig), &(args_info->radius_given),
1399 >                &(local_args_info.radius_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1400 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1401 >                "radius", '-',
1402 >                additional_error))
1403 >              goto failure;
1404 >          
1405 >          }
1406 >          /* Gaussian width (angstroms).  */
1407 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gaussWidth") == 0)
1408            {
352            if (args_info->gofr_given)
353              {
354                fprintf (stderr, "%s: `--gofr' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
355                clear_args ();
356                exit (EXIT_FAILURE);
357              }
358            args_info->gofr_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1409            
1410 <            break;
1410 >          
1411 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->gaussWidth_arg),
1412 >                 &(args_info->gaussWidth_orig), &(args_info->gaussWidth_given),
1413 >                &(local_args_info.gaussWidth_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1414 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1415 >                "gaussWidth", '-',
1416 >                additional_error))
1417 >              goto failure;
1418 >          
1419            }
1420 +          /* bond order parameter (--rcut must be specified).  */
1421 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "bo") == 0)
1422 +          {
1423            
1424 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1425 +              reset_group_staticProps (args_info);
1426 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1427 +          
1428 +            if (update_arg( 0 ,
1429 +                 0 , &(args_info->bo_given),
1430 +                &(local_args_info.bo_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1431 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1432 +                "bo", '-',
1433 +                additional_error))
1434 +              goto failure;
1435 +          
1436 +          }
1437 +          /* icosahedral bond order parameter as a function of radius (--rcut must be specified).  */
1438 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "ior") == 0)
1439 +          {
1440 +          
1441 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1442 +              reset_group_staticProps (args_info);
1443 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1444 +          
1445 +            if (update_arg( 0 ,
1446 +                 0 , &(args_info->ior_given),
1447 +                &(local_args_info.ior_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1448 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1449 +                "ior", '-',
1450 +                additional_error))
1451 +              goto failure;
1452 +          
1453 +          }
1454 +          /* FCC bond order parameter as a function of radius (--rcut must be specified).  */
1455 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "for") == 0)
1456 +          {
1457 +          
1458 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1459 +              reset_group_staticProps (args_info);
1460 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1461 +          
1462 +            if (update_arg( 0 ,
1463 +                 0 , &(args_info->for_given),
1464 +                &(local_args_info.for_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1465 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1466 +                "for", '-',
1467 +                additional_error))
1468 +              goto failure;
1469 +          
1470 +          }
1471 +          /* N(theta) bond angle density within (--rcut must be specified).  */
1472 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "bad") == 0)
1473 +          {
1474 +          
1475 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1476 +              reset_group_staticProps (args_info);
1477 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1478 +          
1479 +            if (update_arg( 0 ,
1480 +                 0 , &(args_info->bad_given),
1481 +                &(local_args_info.bad_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1482 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1483 +                "bad", '-',
1484 +                additional_error))
1485 +              goto failure;
1486 +          
1487 +          }
1488 +          /* count of molecules matching selection criteria (and associated statistics).  */
1489 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "count") == 0)
1490 +          {
1491 +          
1492 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1493 +              reset_group_staticProps (args_info);
1494 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1495 +          
1496 +            if (update_arg( 0 ,
1497 +                 0 , &(args_info->count_given),
1498 +                &(local_args_info.count_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1499 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1500 +                "count", '-',
1501 +                additional_error))
1502 +              goto failure;
1503 +          
1504 +          }
1505 +          /* g(z).  */
1506 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofz") == 0)
1507 +          {
1508 +          
1509 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1510 +              reset_group_staticProps (args_info);
1511 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1512 +          
1513 +            if (update_arg( 0 ,
1514 +                 0 , &(args_info->gofz_given),
1515 +                &(local_args_info.gofz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1516 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1517 +                "gofz", '-',
1518 +                additional_error))
1519 +              goto failure;
1520 +          
1521 +          }
1522            /* g(r, cos(theta)).  */
1523            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_theta") == 0)
1524            {
366            if (args_info->r_theta_given)
367              {
368                fprintf (stderr, "%s: `--r_theta' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
369                clear_args ();
370                exit (EXIT_FAILURE);
371              }
372            args_info->r_theta_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1525            
1526 <            break;
1527 <          }
1526 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1527 >              reset_group_staticProps (args_info);
1528 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1529            
1530 +            if (update_arg( 0 ,
1531 +                 0 , &(args_info->r_theta_given),
1532 +                &(local_args_info.r_theta_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1533 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1534 +                "r_theta", '-',
1535 +                additional_error))
1536 +              goto failure;
1537 +          
1538 +          }
1539            /* g(r, cos(omega)).  */
1540            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_omega") == 0)
1541            {
380            if (args_info->r_omega_given)
381              {
382                fprintf (stderr, "%s: `--r_omega' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
383                clear_args ();
384                exit (EXIT_FAILURE);
385              }
386            args_info->r_omega_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1542            
1543 <            break;
1543 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1544 >              reset_group_staticProps (args_info);
1545 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1546 >          
1547 >            if (update_arg( 0 ,
1548 >                 0 , &(args_info->r_omega_given),
1549 >                &(local_args_info.r_omega_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1550 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1551 >                "r_omega", '-',
1552 >                additional_error))
1553 >              goto failure;
1554 >          
1555            }
1556 +          /* g(r, z).  */
1557 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_z") == 0)
1558 +          {
1559            
1560 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1561 +              reset_group_staticProps (args_info);
1562 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1563 +          
1564 +            if (update_arg( 0 ,
1565 +                 0 , &(args_info->r_z_given),
1566 +                &(local_args_info.r_z_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1567 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1568 +                "r_z", '-',
1569 +                additional_error))
1570 +              goto failure;
1571 +          
1572 +          }
1573            /* g(cos(theta), cos(omega)).  */
1574            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "theta_omega") == 0)
1575            {
394            if (args_info->theta_omega_given)
395              {
396                fprintf (stderr, "%s: `--theta_omega' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
397                clear_args ();
398                exit (EXIT_FAILURE);
399              }
400            args_info->theta_omega_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1576            
1577 <            break;
1578 <          }
1577 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1578 >              reset_group_staticProps (args_info);
1579 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1580            
1581 +            if (update_arg( 0 ,
1582 +                 0 , &(args_info->theta_omega_given),
1583 +                &(local_args_info.theta_omega_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1584 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1585 +                "theta_omega", '-',
1586 +                additional_error))
1587 +              goto failure;
1588 +          
1589 +          }
1590            /* g(x, y, z).  */
1591            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gxyz") == 0)
1592            {
408            if (args_info->gxyz_given)
409              {
410                fprintf (stderr, "%s: `--gxyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
411                clear_args ();
412                exit (EXIT_FAILURE);
413              }
414            args_info->gxyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1593            
1594 <            break;
1594 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1595 >              reset_group_staticProps (args_info);
1596 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1597 >          
1598 >            if (update_arg( 0 ,
1599 >                 0 , &(args_info->gxyz_given),
1600 >                &(local_args_info.gxyz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1601 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1602 >                "gxyz", '-',
1603 >                additional_error))
1604 >              goto failure;
1605 >          
1606            }
1607 +          /* 2D g(r) (Slab width --dz must be specified).  */
1608 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "twodgofr") == 0)
1609 +          {
1610            
1611 <          /* p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */
1612 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "p2") == 0)
1611 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1612 >              reset_group_staticProps (args_info);
1613 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1614 >          
1615 >            if (update_arg( 0 ,
1616 >                 0 , &(args_info->twodgofr_given),
1617 >                &(local_args_info.twodgofr_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1618 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1619 >                "twodgofr", '-',
1620 >                additional_error))
1621 >              goto failure;
1622 >          
1623 >          }
1624 >          /* rp2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */
1625 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rp2") == 0)
1626            {
422            if (args_info->p2_given)
423              {
424                fprintf (stderr, "%s: `--p2' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
425                clear_args ();
426                exit (EXIT_FAILURE);
427              }
428            args_info->p2_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1627            
1628 <            break;
1628 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1629 >              reset_group_staticProps (args_info);
1630 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1631 >          
1632 >            if (update_arg( 0 ,
1633 >                 0 , &(args_info->rp2_given),
1634 >                &(local_args_info.rp2_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1635 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1636 >                "rp2", '-',
1637 >                additional_error))
1638 >              goto failure;
1639 >          
1640            }
1641 +          /* slab density.  */
1642 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "slab_density") == 0)
1643 +          {
1644            
1645 <          /* scd order parameter(either --sele1, --sele2, --sele3 are specified or --molname, --begin, --end are specified).  */
1646 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "scd") == 0)
1645 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1646 >              reset_group_staticProps (args_info);
1647 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1648 >          
1649 >            if (update_arg( 0 ,
1650 >                 0 , &(args_info->slab_density_given),
1651 >                &(local_args_info.slab_density_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1652 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1653 >                "slab_density", '-',
1654 >                additional_error))
1655 >              goto failure;
1656 >          
1657 >          }
1658 >          /* p(cos(theta)) (--sele1 must be specified, --sele2 is optional).  */
1659 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "p_angle") == 0)
1660            {
436            if (args_info->scd_given)
437              {
438                fprintf (stderr, "%s: `--scd' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
439                clear_args ();
440                exit (EXIT_FAILURE);
441              }
442            args_info->scd_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1661            
1662 <            break;
1662 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1663 >              reset_group_staticProps (args_info);
1664 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1665 >          
1666 >            if (update_arg( 0 ,
1667 >                 0 , &(args_info->p_angle_given),
1668 >                &(local_args_info.p_angle_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1669 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1670 >                "p_angle", '-',
1671 >                additional_error))
1672 >              goto failure;
1673 >          
1674            }
1675 +          /* hxy.  */
1676 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "hxy") == 0)
1677 +          {
1678            
1679 <          /* density plot (--sele1 must be specified).  */
1680 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "density") == 0)
1679 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1680 >              reset_group_staticProps (args_info);
1681 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1682 >          
1683 >            if (update_arg( 0 ,
1684 >                 0 , &(args_info->hxy_given),
1685 >                &(local_args_info.hxy_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1686 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1687 >                "hxy", '-',
1688 >                additional_error))
1689 >              goto failure;
1690 >          
1691 >          }
1692 >          /* rho of R.  */
1693 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rho_r") == 0)
1694            {
450            if (args_info->density_given)
451              {
452                fprintf (stderr, "%s: `--density' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
453                clear_args ();
454                exit (EXIT_FAILURE);
455              }
456            args_info->density_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1695            
1696 <            break;
1696 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1697 >              reset_group_staticProps (args_info);
1698 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1699 >          
1700 >            if (update_arg( 0 ,
1701 >                 0 , &(args_info->rho_r_given),
1702 >                &(local_args_info.rho_r_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1703 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1704 >                "rho_r", '-',
1705 >                additional_error))
1706 >              goto failure;
1707 >          
1708            }
1709 +          /* angle of R.  */
1710 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "angle_r") == 0)
1711 +          {
1712            
1713 <          /* slab density (--sele1 must be specified).  */
1714 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "slab_density") == 0)
1713 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1714 >              reset_group_staticProps (args_info);
1715 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1716 >          
1717 >            if (update_arg( 0 ,
1718 >                 0 , &(args_info->angle_r_given),
1719 >                &(local_args_info.angle_r_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1720 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1721 >                "angle_r", '-',
1722 >                additional_error))
1723 >              goto failure;
1724 >          
1725 >          }
1726 >          /* hull volume of nanoparticle.  */
1727 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "hullvol") == 0)
1728            {
464            if (args_info->slab_density_given)
465              {
466                fprintf (stderr, "%s: `--slab_density' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
467                clear_args ();
468                exit (EXIT_FAILURE);
469              }
470            args_info->slab_density_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1729            
1730 <            break;
1730 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1731 >              reset_group_staticProps (args_info);
1732 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1733 >          
1734 >            if (update_arg( 0 ,
1735 >                 0 , &(args_info->hullvol_given),
1736 >                &(local_args_info.hullvol_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1737 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1738 >                "hullvol", '-',
1739 >                additional_error))
1740 >              goto failure;
1741 >          
1742            }
1743 +          /* length of nanorod.  */
1744 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rodlength") == 0)
1745 +          {
1746            
1747 <
1747 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1748 >              reset_group_staticProps (args_info);
1749 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1750 >          
1751 >            if (update_arg( 0 ,
1752 >                 0 , &(args_info->rodlength_given),
1753 >                &(local_args_info.rodlength_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1754 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1755 >                "rodlength", '-',
1756 >                additional_error))
1757 >              goto failure;
1758 >          
1759 >          }
1760 >          /* spatially-resolved tetrahedrality order parameter Qk(z).  */
1761 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "tet_param_z") == 0)
1762 >          {
1763 >          
1764 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1765 >              reset_group_staticProps (args_info);
1766 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1767 >          
1768 >            if (update_arg( 0 ,
1769 >                 0 , &(args_info->tet_param_z_given),
1770 >                &(local_args_info.tet_param_z_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1771 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1772 >                "tet_param_z", '-',
1773 >                additional_error))
1774 >              goto failure;
1775 >          
1776 >          }
1777 >          /* volume-resolved tetrahedrality order parameter Qk(x,y,z).  (voxelSize, rcut, and gaussWidth must be specified).  */
1778 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "tet_param_xyz") == 0)
1779 >          {
1780 >          
1781 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1782 >              reset_group_staticProps (args_info);
1783 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1784 >          
1785 >            if (update_arg( 0 ,
1786 >                 0 , &(args_info->tet_param_xyz_given),
1787 >                &(local_args_info.tet_param_xyz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1788 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1789 >                "tet_param_xyz", '-',
1790 >                additional_error))
1791 >              goto failure;
1792 >          
1793 >          }
1794 >          /* slab-resolved RNEMD statistics (temperature, density, velocity).  */
1795 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rnemdz") == 0)
1796 >          {
1797 >          
1798 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1799 >              reset_group_staticProps (args_info);
1800 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1801 >          
1802 >            if (update_arg( 0 ,
1803 >                 0 , &(args_info->rnemdz_given),
1804 >                &(local_args_info.rnemdz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1805 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1806 >                "rnemdz", '-',
1807 >                additional_error))
1808 >              goto failure;
1809 >          
1810 >          }
1811 >          /* shell-resolved RNEMD statistics (temperature, density, angular velocity).  */
1812 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rnemdr") == 0)
1813 >          {
1814 >          
1815 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1816 >              reset_group_staticProps (args_info);
1817 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1818 >          
1819 >            if (update_arg( 0 ,
1820 >                 0 , &(args_info->rnemdr_given),
1821 >                &(local_args_info.rnemdr_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1822 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1823 >                "rnemdr", '-',
1824 >                additional_error))
1825 >              goto failure;
1826 >          
1827 >          }
1828 >          /* shell and angle-resolved RNEMD statistics (temperature, density, angular velocity).  */
1829 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rnemdrt") == 0)
1830 >          {
1831 >          
1832 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1833 >              reset_group_staticProps (args_info);
1834 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1835 >          
1836 >            if (update_arg( 0 ,
1837 >                 0 , &(args_info->rnemdrt_given),
1838 >                &(local_args_info.rnemdrt_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1839 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1840 >                "rnemdrt", '-',
1841 >                additional_error))
1842 >              goto failure;
1843 >          
1844 >          }
1845 >          /* electrostatic potential to frequency map based on the Cho nitrile fits.  */
1846 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "nitrile") == 0)
1847 >          {
1848 >          
1849 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1850 >              reset_group_staticProps (args_info);
1851 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1852 >          
1853 >            if (update_arg( 0 ,
1854 >                 0 , &(args_info->nitrile_given),
1855 >                &(local_args_info.nitrile_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1856 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1857 >                "nitrile", '-',
1858 >                additional_error))
1859 >              goto failure;
1860 >          
1861 >          }
1862 >          
1863 >          break;
1864          case '?':       /* Invalid option.  */
1865            /* `getopt_long' already printed an error message.  */
1866 <          exit (EXIT_FAILURE);
1866 >          goto failure;
1867  
1868          default:        /* bug: option not considered.  */
1869 <          fprintf (stderr, "%s: option unknown: %c\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, c);
1869 >          fprintf (stderr, "%s: option unknown: %c%s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, c, (additional_error ? additional_error : ""));
1870            abort ();
1871          } /* switch */
1872      } /* while */
1873  
1874 <  if ( staticProps_group_counter != 1)
1874 >  if (args_info->staticProps_group_counter > 1)
1875      {
1876 <      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, staticProps_group_counter);
1877 <      missing_required_options = 1;
1876 >      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required%s.\n", argv[0], args_info->staticProps_group_counter, (additional_error ? additional_error : ""));
1877 >      error = 1;
1878      }
1879    
1880  
1881 <  if (! args_info->input_given)
1881 >
1882 >  if (check_required)
1883      {
1884 <      fprintf (stderr, "%s: '--input' ('-i') option required\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
496 <      missing_required_options = 1;
1884 >      error += cmdline_parser_required2 (args_info, argv[0], additional_error);
1885      }
498  if ( missing_required_options )
499    exit (EXIT_FAILURE);
1886  
1887 +  cmdline_parser_release (&local_args_info);
1888 +
1889 +  if ( error )
1890 +    return (EXIT_FAILURE);
1891 +
1892 +  if (optind < argc)
1893 +    {
1894 +      int i = 0 ;
1895 +      int found_prog_name = 0;
1896 +      /* whether program name, i.e., argv[0], is in the remaining args
1897 +         (this may happen with some implementations of getopt,
1898 +          but surely not with the one included by gengetopt) */
1899 +
1900 +      i = optind;
1901 +      while (i < argc)
1902 +        if (argv[i++] == argv[0]) {
1903 +          found_prog_name = 1;
1904 +          break;
1905 +        }
1906 +      i = 0;
1907 +
1908 +      args_info->inputs_num = argc - optind - found_prog_name;
1909 +      args_info->inputs =
1910 +        (char **)(malloc ((args_info->inputs_num)*sizeof(char *))) ;
1911 +      while (optind < argc)
1912 +        if (argv[optind++] != argv[0])
1913 +          args_info->inputs[ i++ ] = gengetopt_strdup (argv[optind-1]) ;
1914 +    }
1915 +
1916    return 0;
1917 +
1918 + failure:
1919 +  
1920 +  cmdline_parser_release (&local_args_info);
1921 +  return (EXIT_FAILURE);
1922   }

Comparing:
trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c (property svn:keywords), Revision 840 by tim, Mon Jan 9 22:14:32 2006 UTC vs.
trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.cpp (property svn:keywords), Revision 2015 by gezelter, Wed Aug 13 20:42:43 2014 UTC

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