| 35 | 
  | 
  printf("\n" | 
| 36 | 
  | 
  "Usage: %s [OPTIONS]...\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 37 | 
  | 
  printf("\n"); | 
| 38 | 
< | 
  printf("  -h, --help                    Print help and exit\n"); | 
| 39 | 
< | 
  printf("  -V, --version                 Print version and exit\n"); | 
| 40 | 
< | 
  printf("  -i, --input=filename          input dump file\n"); | 
| 41 | 
< | 
  printf("  -o, --output=filename         output file name\n"); | 
| 42 | 
< | 
  printf("  -n, --step=INT                process every n frame  (default=`1')\n"); | 
| 43 | 
< | 
  printf("  -r, --nrbins=INT              number of bins for distance  (default=`50')\n"); | 
| 44 | 
< | 
  printf("  -a, --nanglebins=INT          number of bins for cos(angle)  (default=`50')\n"); | 
| 45 | 
< | 
  printf("  -l, --length=DOUBLE           maximum length (Defaults to cutoff radius)\n"); | 
| 46 | 
< | 
  printf("      --sele1=selection script  select first stuntdouble set\n"); | 
| 47 | 
< | 
  printf("      --sele2=selection script  select second stuntdouble set\n"); | 
| 38 | 
> | 
  printf("  -h, --help                      Print help and exit\n"); | 
| 39 | 
> | 
  printf("  -V, --version                   Print version and exit\n"); | 
| 40 | 
> | 
  printf("  -i, --input=filename            input dump file\n"); | 
| 41 | 
> | 
  printf("  -o, --output=filename           output file name\n"); | 
| 42 | 
> | 
  printf("  -n, --step=INT                  process every n frame  (default=`1')\n"); | 
| 43 | 
> | 
  printf("  -r, --nrbins=INT                number of bins for distance  (default=`100')\n"); | 
| 44 | 
> | 
  printf("  -a, --nanglebins=INT            number of bins for cos(angle)  (default=\n                                    `50')\n"); | 
| 45 | 
> | 
  printf("  -l, --length=DOUBLE             maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                    length of first frame)\n"); | 
| 46 | 
> | 
  printf("      --sele1=selection script    select first stuntdouble set\n"); | 
| 47 | 
> | 
  printf("      --sele2=selection script    select second stuntdouble set\n"); | 
| 48 | 
> | 
  printf("      --refsele=selection script  select reference (use and only use with \n                                    --gxyz)\n"); | 
| 49 | 
  | 
  printf("\n"); | 
| 50 | 
  | 
  printf(" Group: staticProps  an option of this group is required\n"); | 
| 51 | 
< | 
  printf("      --gofr                    g(r)\n"); | 
| 52 | 
< | 
  printf("      --r_theta                 g(r, cos(theta))\n"); | 
| 53 | 
< | 
  printf("      --r_omega                 g(r, cos(omega))\n"); | 
| 54 | 
< | 
  printf("      --theta_omega             g(cos(theta), cos(omega))\n"); | 
| 55 | 
< | 
  printf("      --xyz                     g(x, y, z)\n"); | 
| 51 | 
> | 
  printf("      --gofr                      g(r)\n"); | 
| 52 | 
> | 
  printf("      --r_theta                   g(r, cos(theta))\n"); | 
| 53 | 
> | 
  printf("      --r_omega                   g(r, cos(omega))\n"); | 
| 54 | 
> | 
  printf("      --theta_omega               g(cos(theta), cos(omega))\n"); | 
| 55 | 
> | 
  printf("      --gxyz                      g(x, y, z)\n"); | 
| 56 | 
  | 
} | 
| 57 | 
  | 
 | 
| 58 | 
  | 
 | 
| 88 | 
  | 
  args_info->length_given = 0 ; | 
| 89 | 
  | 
  args_info->sele1_given = 0 ; | 
| 90 | 
  | 
  args_info->sele2_given = 0 ; | 
| 91 | 
+ | 
  args_info->refsele_given = 0 ; | 
| 92 | 
  | 
  args_info->gofr_given = 0 ; | 
| 93 | 
  | 
  args_info->r_theta_given = 0 ; | 
| 94 | 
  | 
  args_info->r_omega_given = 0 ; | 
| 95 | 
  | 
  args_info->theta_omega_given = 0 ; | 
| 96 | 
< | 
  args_info->xyz_given = 0 ; | 
| 96 | 
> | 
  args_info->gxyz_given = 0 ; | 
| 97 | 
  | 
#define clear_args() { \ | 
| 98 | 
  | 
  args_info->input_arg = NULL; \ | 
| 99 | 
  | 
  args_info->output_arg = NULL; \ | 
| 100 | 
  | 
  args_info->step_arg = 1 ;\ | 
| 101 | 
< | 
  args_info->nrbins_arg = 50 ;\ | 
| 101 | 
> | 
  args_info->nrbins_arg = 100 ;\ | 
| 102 | 
  | 
  args_info->nanglebins_arg = 50 ;\ | 
| 103 | 
  | 
  args_info->sele1_arg = NULL; \ | 
| 104 | 
  | 
  args_info->sele2_arg = NULL; \ | 
| 105 | 
+ | 
  args_info->refsele_arg = NULL; \ | 
| 106 | 
  | 
} | 
| 107 | 
  | 
 | 
| 108 | 
  | 
  clear_args(); | 
| 128 | 
  | 
        { "length",     1, NULL, 'l' }, | 
| 129 | 
  | 
        { "sele1",      1, NULL, 0 }, | 
| 130 | 
  | 
        { "sele2",      1, NULL, 0 }, | 
| 131 | 
+ | 
        { "refsele",    1, NULL, 0 }, | 
| 132 | 
  | 
        { "gofr",       0, NULL, 0 }, | 
| 133 | 
  | 
        { "r_theta",    0, NULL, 0 }, | 
| 134 | 
  | 
        { "r_omega",    0, NULL, 0 }, | 
| 135 | 
  | 
        { "theta_omega",        0, NULL, 0 }, | 
| 136 | 
< | 
        { "xyz",        0, NULL, 0 }, | 
| 136 | 
> | 
        { "gxyz",       0, NULL, 0 }, | 
| 137 | 
  | 
        { NULL, 0, NULL, 0 } | 
| 138 | 
  | 
      }; | 
| 139 | 
  | 
 | 
| 209 | 
  | 
          args_info->nanglebins_arg = strtol (optarg,&stop_char,0); | 
| 210 | 
  | 
          break; | 
| 211 | 
  | 
 | 
| 212 | 
< | 
        case 'l':       /* maximum length (Defaults to cutoff radius).  */ | 
| 212 | 
> | 
        case 'l':       /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */ | 
| 213 | 
  | 
          if (args_info->length_given) | 
| 214 | 
  | 
            { | 
| 215 | 
  | 
              fprintf (stderr, "%s: `--length' (`-l') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 247 | 
  | 
              } | 
| 248 | 
  | 
            args_info->sele2_given = 1; | 
| 249 | 
  | 
            args_info->sele2_arg = gengetopt_strdup (optarg); | 
| 250 | 
+ | 
            break; | 
| 251 | 
+ | 
          } | 
| 252 | 
+ | 
           | 
| 253 | 
+ | 
          /* select reference (use and only use with --gxyz).  */ | 
| 254 | 
+ | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "refsele") == 0) | 
| 255 | 
+ | 
          { | 
| 256 | 
+ | 
            if (args_info->refsele_given) | 
| 257 | 
+ | 
              { | 
| 258 | 
+ | 
                fprintf (stderr, "%s: `--refsele' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 259 | 
+ | 
                clear_args (); | 
| 260 | 
+ | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 261 | 
+ | 
              } | 
| 262 | 
+ | 
            args_info->refsele_given = 1; | 
| 263 | 
+ | 
            args_info->refsele_arg = gengetopt_strdup (optarg); | 
| 264 | 
  | 
            break; | 
| 265 | 
  | 
          } | 
| 266 | 
  | 
           | 
| 321 | 
  | 
          } | 
| 322 | 
  | 
           | 
| 323 | 
  | 
          /* g(x, y, z).  */ | 
| 324 | 
< | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "xyz") == 0) | 
| 324 | 
> | 
          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gxyz") == 0) | 
| 325 | 
  | 
          { | 
| 326 | 
< | 
            if (args_info->xyz_given) | 
| 326 | 
> | 
            if (args_info->gxyz_given) | 
| 327 | 
  | 
              { | 
| 328 | 
< | 
                fprintf (stderr, "%s: `--xyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 328 | 
> | 
                fprintf (stderr, "%s: `--gxyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE); | 
| 329 | 
  | 
                clear_args (); | 
| 330 | 
  | 
                exit (EXIT_FAILURE); | 
| 331 | 
  | 
              } | 
| 332 | 
< | 
            args_info->xyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 332 | 
> | 
            args_info->gxyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1; | 
| 333 | 
  | 
           | 
| 334 | 
  | 
            break; | 
| 335 | 
  | 
          } |