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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c (file contents):
Revision 507 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC vs.
Revision 1513 by gezelter, Tue Oct 19 18:40:54 2010 UTC

# Line 1 | Line 1
1   /*
2 <  File autogenerated by gengetopt version 2.11
2 >  File autogenerated by gengetopt version 2.22
3    generated with the following command:
4 <  /home/maul/gezelter/tim/bin/gengetopt -F StaticPropsCmd
4 >  gengetopt -F StaticPropsCmd -u
5  
6    The developers of gengetopt consider the fixed text that goes in all
7    gengetopt output files to be in the public domain:
8    we make no copyright claims on it.
9   */
10  
11
12 #include <stdio.h>
13 #include <stdlib.h>
14 #include <string.h>
15
11   /* If we use autoconf.  */
12   #ifdef HAVE_CONFIG_H
13   #include "config.h"
14   #endif
15  
16 + #include <stdio.h>
17 + #include <stdlib.h>
18 + #include <string.h>
19 +
20   #include "getopt.h"
21  
22   #include "StaticPropsCmd.h"
23  
24 + const char *gengetopt_args_info_purpose = "";
25 +
26 + const char *gengetopt_args_info_usage = "Usage: StaticProps [OPTIONS]... [FILES]...";
27 +
28 + const char *gengetopt_args_info_description = "";
29 +
30 + const char *gengetopt_args_info_help[] = {
31 +  "  -h, --help                    Print help and exit",
32 +  "  -V, --version                 Print version and exit",
33 +  "  -i, --input=filename          input dump file",
34 +  "  -o, --output=filename         output file name",
35 +  "  -n, --step=INT                process every n frame  (default=`1')",
36 +  "  -b, --nbins=INT               number of bins (general purpose)  \n                                  (default=`100')",
37 +  "  -x, --nbins_x=INT             number of bins in x axis  (default=`100')",
38 +  "  -y, --nbins_y=INT             number of bins in y axis  (default=`100')",
39 +  "      --nbins_z=INT             number of bins in z axis  (default=`100')",
40 +  "  -a, --nanglebins=INT          number of bins for cos(angle)  (default=`50')",
41 +  "  -c, --rcut=DOUBLE             cutoff radius (rcut)",
42 +  "      --dz=DOUBLE               slab width (dz)",
43 +  "      --length=DOUBLE           maximum length (Defaults to 1/2 smallest length \n                                  of first frame)",
44 +  "      --zlength=DOUBLE          maximum length (Defaults to 1/2 smallest length \n                                  of first frame)",
45 +  "  -z, --zoffset=DOUBLE          Where to set the zero for the slab_density \n                                  calculation  (default=`0')",
46 +  "      --sele1=selection script  select the first stuntdouble set",
47 +  "      --sele2=selection script  select the second stuntdouble set",
48 +  "      --sele3=selection script  select the third stuntdouble set",
49 +  "      --refsele=selection script\n                                select reference (use and only use with --gxyz)",
50 +  "      --comsele=selection script\n                                select stunt doubles for center-of-mass \n                                  reference point",
51 +  "      --molname=STRING          molecule name",
52 +  "      --begin=INT               begin internal index",
53 +  "      --end=INT                 end internal index",
54 +  "      --radius=DOUBLE           nanoparticle radius",
55 +  "\n Group: staticProps\n   an option of this group is required",
56 +  "      --bo                      bond order parameter (--rcut must be specified)",
57 +  "      --bor                     bond order parameter as a function of radius \n                                  (--rcut must be specified)",
58 +  "      --bad                     N(theta) bond angle density within (--rcut must \n                                  be specified)",
59 +  "      --count                   count of molecules matching selection criteria \n                                  (and associated statistics)",
60 +  "  -g, --gofr                    g(r)",
61 +  "      --gofz                    g(z)",
62 +  "      --r_theta                 g(r, cos(theta))",
63 +  "      --r_omega                 g(r, cos(omega))",
64 +  "      --r_z                     g(r, z)",
65 +  "      --theta_omega             g(cos(theta), cos(omega))",
66 +  "      --gxyz                    g(x, y, z)",
67 +  "      --twodgofr                2D g(r) (Slab width --dz must be specified)",
68 +  "  -p, --p2                      p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be \n                                  specified)",
69 +  "      --rp2                     rp2 order parameter (--sele1 and --sele2 must \n                                  be specified)",
70 +  "  -s, --scd                     scd order parameter (either --sele1, --sele2, \n                                  --sele3 are specified or --molname, --begin, \n                                  --end are specified)",
71 +  "  -d, --density                 density plot",
72 +  "      --slab_density            slab density",
73 +  "      --p_angle                 p(cos(theta))",
74 +  "      --hxy                     hxy",
75 +  "      --rho_r                   rho of R",
76 +  "      --hullvol                 hull volume of nanoparticle",
77 +    0
78 + };
79 +
80 + typedef enum {ARG_NO
81 +  , ARG_STRING
82 +  , ARG_INT
83 +  , ARG_DOUBLE
84 + } cmdline_parser_arg_type;
85 +
86 + static
87 + void clear_given (struct gengetopt_args_info *args_info);
88 + static
89 + void clear_args (struct gengetopt_args_info *args_info);
90 +
91 + static int
92 + cmdline_parser_internal (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
93 +                        struct cmdline_parser_params *params, const char *additional_error);
94 +
95 + static int
96 + cmdline_parser_required2 (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name, const char *additional_error);
97 +
98 + static char *
99 + gengetopt_strdup (const char *s);
100 +
101 + static
102 + void clear_given (struct gengetopt_args_info *args_info)
103 + {
104 +  args_info->help_given = 0 ;
105 +  args_info->version_given = 0 ;
106 +  args_info->input_given = 0 ;
107 +  args_info->output_given = 0 ;
108 +  args_info->step_given = 0 ;
109 +  args_info->nbins_given = 0 ;
110 +  args_info->nbins_x_given = 0 ;
111 +  args_info->nbins_y_given = 0 ;
112 +  args_info->nbins_z_given = 0 ;
113 +  args_info->nanglebins_given = 0 ;
114 +  args_info->rcut_given = 0 ;
115 +  args_info->dz_given = 0 ;
116 +  args_info->length_given = 0 ;
117 +  args_info->zlength_given = 0 ;
118 +  args_info->zoffset_given = 0 ;
119 +  args_info->sele1_given = 0 ;
120 +  args_info->sele2_given = 0 ;
121 +  args_info->sele3_given = 0 ;
122 +  args_info->refsele_given = 0 ;
123 +  args_info->comsele_given = 0 ;
124 +  args_info->molname_given = 0 ;
125 +  args_info->begin_given = 0 ;
126 +  args_info->end_given = 0 ;
127 +  args_info->radius_given = 0 ;
128 +  args_info->bo_given = 0 ;
129 +  args_info->bor_given = 0 ;
130 +  args_info->bad_given = 0 ;
131 +  args_info->count_given = 0 ;
132 +  args_info->gofr_given = 0 ;
133 +  args_info->gofz_given = 0 ;
134 +  args_info->r_theta_given = 0 ;
135 +  args_info->r_omega_given = 0 ;
136 +  args_info->r_z_given = 0 ;
137 +  args_info->theta_omega_given = 0 ;
138 +  args_info->gxyz_given = 0 ;
139 +  args_info->twodgofr_given = 0 ;
140 +  args_info->p2_given = 0 ;
141 +  args_info->rp2_given = 0 ;
142 +  args_info->scd_given = 0 ;
143 +  args_info->density_given = 0 ;
144 +  args_info->slab_density_given = 0 ;
145 +  args_info->p_angle_given = 0 ;
146 +  args_info->hxy_given = 0 ;
147 +  args_info->rho_r_given = 0 ;
148 +  args_info->hullvol_given = 0 ;
149 +  args_info->staticProps_group_counter = 0 ;
150 + }
151 +
152 + static
153 + void clear_args (struct gengetopt_args_info *args_info)
154 + {
155 +  args_info->input_arg = NULL;
156 +  args_info->input_orig = NULL;
157 +  args_info->output_arg = NULL;
158 +  args_info->output_orig = NULL;
159 +  args_info->step_arg = 1;
160 +  args_info->step_orig = NULL;
161 +  args_info->nbins_arg = 100;
162 +  args_info->nbins_orig = NULL;
163 +  args_info->nbins_x_arg = 100;
164 +  args_info->nbins_x_orig = NULL;
165 +  args_info->nbins_y_arg = 100;
166 +  args_info->nbins_y_orig = NULL;
167 +  args_info->nbins_z_arg = 100;
168 +  args_info->nbins_z_orig = NULL;
169 +  args_info->nanglebins_arg = 50;
170 +  args_info->nanglebins_orig = NULL;
171 +  args_info->rcut_orig = NULL;
172 +  args_info->dz_orig = NULL;
173 +  args_info->length_orig = NULL;
174 +  args_info->zlength_orig = NULL;
175 +  args_info->zoffset_arg = 0;
176 +  args_info->zoffset_orig = NULL;
177 +  args_info->sele1_arg = NULL;
178 +  args_info->sele1_orig = NULL;
179 +  args_info->sele2_arg = NULL;
180 +  args_info->sele2_orig = NULL;
181 +  args_info->sele3_arg = NULL;
182 +  args_info->sele3_orig = NULL;
183 +  args_info->refsele_arg = NULL;
184 +  args_info->refsele_orig = NULL;
185 +  args_info->comsele_arg = NULL;
186 +  args_info->comsele_orig = NULL;
187 +  args_info->molname_arg = NULL;
188 +  args_info->molname_orig = NULL;
189 +  args_info->begin_orig = NULL;
190 +  args_info->end_orig = NULL;
191 +  args_info->radius_orig = NULL;
192 +  
193 + }
194 +
195 + static
196 + void init_args_info(struct gengetopt_args_info *args_info)
197 + {
198 +
199 +
200 +  args_info->help_help = gengetopt_args_info_help[0] ;
201 +  args_info->version_help = gengetopt_args_info_help[1] ;
202 +  args_info->input_help = gengetopt_args_info_help[2] ;
203 +  args_info->output_help = gengetopt_args_info_help[3] ;
204 +  args_info->step_help = gengetopt_args_info_help[4] ;
205 +  args_info->nbins_help = gengetopt_args_info_help[5] ;
206 +  args_info->nbins_x_help = gengetopt_args_info_help[6] ;
207 +  args_info->nbins_y_help = gengetopt_args_info_help[7] ;
208 +  args_info->nbins_z_help = gengetopt_args_info_help[8] ;
209 +  args_info->nanglebins_help = gengetopt_args_info_help[9] ;
210 +  args_info->rcut_help = gengetopt_args_info_help[10] ;
211 +  args_info->dz_help = gengetopt_args_info_help[11] ;
212 +  args_info->length_help = gengetopt_args_info_help[12] ;
213 +  args_info->zlength_help = gengetopt_args_info_help[13] ;
214 +  args_info->zoffset_help = gengetopt_args_info_help[14] ;
215 +  args_info->sele1_help = gengetopt_args_info_help[15] ;
216 +  args_info->sele2_help = gengetopt_args_info_help[16] ;
217 +  args_info->sele3_help = gengetopt_args_info_help[17] ;
218 +  args_info->refsele_help = gengetopt_args_info_help[18] ;
219 +  args_info->comsele_help = gengetopt_args_info_help[19] ;
220 +  args_info->molname_help = gengetopt_args_info_help[20] ;
221 +  args_info->begin_help = gengetopt_args_info_help[21] ;
222 +  args_info->end_help = gengetopt_args_info_help[22] ;
223 +  args_info->radius_help = gengetopt_args_info_help[23] ;
224 +  args_info->bo_help = gengetopt_args_info_help[25] ;
225 +  args_info->bor_help = gengetopt_args_info_help[26] ;
226 +  args_info->bad_help = gengetopt_args_info_help[27] ;
227 +  args_info->count_help = gengetopt_args_info_help[28] ;
228 +  args_info->gofr_help = gengetopt_args_info_help[29] ;
229 +  args_info->gofz_help = gengetopt_args_info_help[30] ;
230 +  args_info->r_theta_help = gengetopt_args_info_help[31] ;
231 +  args_info->r_omega_help = gengetopt_args_info_help[32] ;
232 +  args_info->r_z_help = gengetopt_args_info_help[33] ;
233 +  args_info->theta_omega_help = gengetopt_args_info_help[34] ;
234 +  args_info->gxyz_help = gengetopt_args_info_help[35] ;
235 +  args_info->twodgofr_help = gengetopt_args_info_help[36] ;
236 +  args_info->p2_help = gengetopt_args_info_help[37] ;
237 +  args_info->rp2_help = gengetopt_args_info_help[38] ;
238 +  args_info->scd_help = gengetopt_args_info_help[39] ;
239 +  args_info->density_help = gengetopt_args_info_help[40] ;
240 +  args_info->slab_density_help = gengetopt_args_info_help[41] ;
241 +  args_info->p_angle_help = gengetopt_args_info_help[42] ;
242 +  args_info->hxy_help = gengetopt_args_info_help[43] ;
243 +  args_info->rho_r_help = gengetopt_args_info_help[44] ;
244 +  args_info->hullvol_help = gengetopt_args_info_help[45] ;
245 +  
246 + }
247 +
248   void
249   cmdline_parser_print_version (void)
250   {
251    printf ("%s %s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, CMDLINE_PARSER_VERSION);
252   }
253  
254 + static void print_help_common(void) {
255 +  cmdline_parser_print_version ();
256 +
257 +  if (strlen(gengetopt_args_info_purpose) > 0)
258 +    printf("\n%s\n", gengetopt_args_info_purpose);
259 +
260 +  if (strlen(gengetopt_args_info_usage) > 0)
261 +    printf("\n%s\n", gengetopt_args_info_usage);
262 +
263 +  printf("\n");
264 +
265 +  if (strlen(gengetopt_args_info_description) > 0)
266 +    printf("%s\n", gengetopt_args_info_description);
267 + }
268 +
269   void
270   cmdline_parser_print_help (void)
271   {
272 <  cmdline_parser_print_version ();
273 <  printf("\n"
274 <         "Usage: %s [OPTIONS]...\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
275 <  printf("\n");
38 <  printf("  -h, --help                      Print help and exit\n");
39 <  printf("  -V, --version                   Print version and exit\n");
40 <  printf("  -i, --input=filename            input dump file\n");
41 <  printf("  -o, --output=filename           output file name\n");
42 <  printf("  -n, --step=INT                  process every n frame  (default=`1')\n");
43 <  printf("  -r, --nrbins=INT                number of bins for distance  (default=`100')\n");
44 <  printf("  -a, --nanglebins=INT            number of bins for cos(angle)  (default=\n                                    `50')\n");
45 <  printf("  -l, --length=DOUBLE             maximum length (Defaults to 1/2 smallest \n                                    length of first frame)\n");
46 <  printf("      --sele1=selection script    select first stuntdouble set\n");
47 <  printf("      --sele2=selection script    select second stuntdouble set\n");
48 <  printf("      --refsele=selection script  select reference (use and only use with \n                                    --gxyz)\n");
49 <  printf("\n");
50 <  printf(" Group: staticProps  an option of this group is required\n");
51 <  printf("      --gofr                      g(r)\n");
52 <  printf("      --r_theta                   g(r, cos(theta))\n");
53 <  printf("      --r_omega                   g(r, cos(omega))\n");
54 <  printf("      --theta_omega               g(cos(theta), cos(omega))\n");
55 <  printf("      --gxyz                      g(x, y, z)\n");
272 >  int i = 0;
273 >  print_help_common();
274 >  while (gengetopt_args_info_help[i])
275 >    printf("%s\n", gengetopt_args_info_help[i++]);
276   }
277  
278 + void
279 + cmdline_parser_init (struct gengetopt_args_info *args_info)
280 + {
281 +  clear_given (args_info);
282 +  clear_args (args_info);
283 +  init_args_info (args_info);
284  
285 < static char *gengetopt_strdup (const char *s);
285 >  args_info->inputs = NULL;
286 >  args_info->inputs_num = 0;
287 > }
288  
289 < /* gengetopt_strdup() */
290 < /* strdup.c replacement of strdup, which is not standard */
289 > void
290 > cmdline_parser_params_init(struct cmdline_parser_params *params)
291 > {
292 >  if (params)
293 >    {
294 >      params->override = 0;
295 >      params->initialize = 1;
296 >      params->check_required = 1;
297 >      params->check_ambiguity = 0;
298 >      params->print_errors = 1;
299 >    }
300 > }
301 >
302 > struct cmdline_parser_params *
303 > cmdline_parser_params_create(void)
304 > {
305 >  struct cmdline_parser_params *params =
306 >    (struct cmdline_parser_params *)malloc(sizeof(struct cmdline_parser_params));
307 >  cmdline_parser_params_init(params);  
308 >  return params;
309 > }
310 >
311 > static void
312 > free_string_field (char **s)
313 > {
314 >  if (*s)
315 >    {
316 >      free (*s);
317 >      *s = 0;
318 >    }
319 > }
320 >
321 >
322 > static void
323 > cmdline_parser_release (struct gengetopt_args_info *args_info)
324 > {
325 >  unsigned int i;
326 >  free_string_field (&(args_info->input_arg));
327 >  free_string_field (&(args_info->input_orig));
328 >  free_string_field (&(args_info->output_arg));
329 >  free_string_field (&(args_info->output_orig));
330 >  free_string_field (&(args_info->step_orig));
331 >  free_string_field (&(args_info->nbins_orig));
332 >  free_string_field (&(args_info->nbins_x_orig));
333 >  free_string_field (&(args_info->nbins_y_orig));
334 >  free_string_field (&(args_info->nbins_z_orig));
335 >  free_string_field (&(args_info->nanglebins_orig));
336 >  free_string_field (&(args_info->rcut_orig));
337 >  free_string_field (&(args_info->dz_orig));
338 >  free_string_field (&(args_info->length_orig));
339 >  free_string_field (&(args_info->zlength_orig));
340 >  free_string_field (&(args_info->zoffset_orig));
341 >  free_string_field (&(args_info->sele1_arg));
342 >  free_string_field (&(args_info->sele1_orig));
343 >  free_string_field (&(args_info->sele2_arg));
344 >  free_string_field (&(args_info->sele2_orig));
345 >  free_string_field (&(args_info->sele3_arg));
346 >  free_string_field (&(args_info->sele3_orig));
347 >  free_string_field (&(args_info->refsele_arg));
348 >  free_string_field (&(args_info->refsele_orig));
349 >  free_string_field (&(args_info->comsele_arg));
350 >  free_string_field (&(args_info->comsele_orig));
351 >  free_string_field (&(args_info->molname_arg));
352 >  free_string_field (&(args_info->molname_orig));
353 >  free_string_field (&(args_info->begin_orig));
354 >  free_string_field (&(args_info->end_orig));
355 >  free_string_field (&(args_info->radius_orig));
356 >  
357 >  
358 >  for (i = 0; i < args_info->inputs_num; ++i)
359 >    free (args_info->inputs [i]);
360 >
361 >  if (args_info->inputs_num)
362 >    free (args_info->inputs);
363 >
364 >  clear_given (args_info);
365 > }
366 >
367 >
368 > static void
369 > write_into_file(FILE *outfile, const char *opt, const char *arg, char *values[])
370 > {
371 >  if (arg) {
372 >    fprintf(outfile, "%s=\"%s\"\n", opt, arg);
373 >  } else {
374 >    fprintf(outfile, "%s\n", opt);
375 >  }
376 > }
377 >
378 >
379 > int
380 > cmdline_parser_dump(FILE *outfile, struct gengetopt_args_info *args_info)
381 > {
382 >  int i = 0;
383 >
384 >  if (!outfile)
385 >    {
386 >      fprintf (stderr, "%s: cannot dump options to stream\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
387 >      return EXIT_FAILURE;
388 >    }
389 >
390 >  if (args_info->help_given)
391 >    write_into_file(outfile, "help", 0, 0 );
392 >  if (args_info->version_given)
393 >    write_into_file(outfile, "version", 0, 0 );
394 >  if (args_info->input_given)
395 >    write_into_file(outfile, "input", args_info->input_orig, 0);
396 >  if (args_info->output_given)
397 >    write_into_file(outfile, "output", args_info->output_orig, 0);
398 >  if (args_info->step_given)
399 >    write_into_file(outfile, "step", args_info->step_orig, 0);
400 >  if (args_info->nbins_given)
401 >    write_into_file(outfile, "nbins", args_info->nbins_orig, 0);
402 >  if (args_info->nbins_x_given)
403 >    write_into_file(outfile, "nbins_x", args_info->nbins_x_orig, 0);
404 >  if (args_info->nbins_y_given)
405 >    write_into_file(outfile, "nbins_y", args_info->nbins_y_orig, 0);
406 >  if (args_info->nbins_z_given)
407 >    write_into_file(outfile, "nbins_z", args_info->nbins_z_orig, 0);
408 >  if (args_info->nanglebins_given)
409 >    write_into_file(outfile, "nanglebins", args_info->nanglebins_orig, 0);
410 >  if (args_info->rcut_given)
411 >    write_into_file(outfile, "rcut", args_info->rcut_orig, 0);
412 >  if (args_info->dz_given)
413 >    write_into_file(outfile, "dz", args_info->dz_orig, 0);
414 >  if (args_info->length_given)
415 >    write_into_file(outfile, "length", args_info->length_orig, 0);
416 >  if (args_info->zlength_given)
417 >    write_into_file(outfile, "zlength", args_info->zlength_orig, 0);
418 >  if (args_info->zoffset_given)
419 >    write_into_file(outfile, "zoffset", args_info->zoffset_orig, 0);
420 >  if (args_info->sele1_given)
421 >    write_into_file(outfile, "sele1", args_info->sele1_orig, 0);
422 >  if (args_info->sele2_given)
423 >    write_into_file(outfile, "sele2", args_info->sele2_orig, 0);
424 >  if (args_info->sele3_given)
425 >    write_into_file(outfile, "sele3", args_info->sele3_orig, 0);
426 >  if (args_info->refsele_given)
427 >    write_into_file(outfile, "refsele", args_info->refsele_orig, 0);
428 >  if (args_info->comsele_given)
429 >    write_into_file(outfile, "comsele", args_info->comsele_orig, 0);
430 >  if (args_info->molname_given)
431 >    write_into_file(outfile, "molname", args_info->molname_orig, 0);
432 >  if (args_info->begin_given)
433 >    write_into_file(outfile, "begin", args_info->begin_orig, 0);
434 >  if (args_info->end_given)
435 >    write_into_file(outfile, "end", args_info->end_orig, 0);
436 >  if (args_info->radius_given)
437 >    write_into_file(outfile, "radius", args_info->radius_orig, 0);
438 >  if (args_info->bo_given)
439 >    write_into_file(outfile, "bo", 0, 0 );
440 >  if (args_info->bor_given)
441 >    write_into_file(outfile, "bor", 0, 0 );
442 >  if (args_info->bad_given)
443 >    write_into_file(outfile, "bad", 0, 0 );
444 >  if (args_info->count_given)
445 >    write_into_file(outfile, "count", 0, 0 );
446 >  if (args_info->gofr_given)
447 >    write_into_file(outfile, "gofr", 0, 0 );
448 >  if (args_info->gofz_given)
449 >    write_into_file(outfile, "gofz", 0, 0 );
450 >  if (args_info->r_theta_given)
451 >    write_into_file(outfile, "r_theta", 0, 0 );
452 >  if (args_info->r_omega_given)
453 >    write_into_file(outfile, "r_omega", 0, 0 );
454 >  if (args_info->r_z_given)
455 >    write_into_file(outfile, "r_z", 0, 0 );
456 >  if (args_info->theta_omega_given)
457 >    write_into_file(outfile, "theta_omega", 0, 0 );
458 >  if (args_info->gxyz_given)
459 >    write_into_file(outfile, "gxyz", 0, 0 );
460 >  if (args_info->twodgofr_given)
461 >    write_into_file(outfile, "twodgofr", 0, 0 );
462 >  if (args_info->p2_given)
463 >    write_into_file(outfile, "p2", 0, 0 );
464 >  if (args_info->rp2_given)
465 >    write_into_file(outfile, "rp2", 0, 0 );
466 >  if (args_info->scd_given)
467 >    write_into_file(outfile, "scd", 0, 0 );
468 >  if (args_info->density_given)
469 >    write_into_file(outfile, "density", 0, 0 );
470 >  if (args_info->slab_density_given)
471 >    write_into_file(outfile, "slab_density", 0, 0 );
472 >  if (args_info->p_angle_given)
473 >    write_into_file(outfile, "p_angle", 0, 0 );
474 >  if (args_info->hxy_given)
475 >    write_into_file(outfile, "hxy", 0, 0 );
476 >  if (args_info->rho_r_given)
477 >    write_into_file(outfile, "rho_r", 0, 0 );
478 >  if (args_info->hullvol_given)
479 >    write_into_file(outfile, "hullvol", 0, 0 );
480 >  
481 >
482 >  i = EXIT_SUCCESS;
483 >  return i;
484 > }
485 >
486 > int
487 > cmdline_parser_file_save(const char *filename, struct gengetopt_args_info *args_info)
488 > {
489 >  FILE *outfile;
490 >  int i = 0;
491 >
492 >  outfile = fopen(filename, "w");
493 >
494 >  if (!outfile)
495 >    {
496 >      fprintf (stderr, "%s: cannot open file for writing: %s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, filename);
497 >      return EXIT_FAILURE;
498 >    }
499 >
500 >  i = cmdline_parser_dump(outfile, args_info);
501 >  fclose (outfile);
502 >
503 >  return i;
504 > }
505 >
506 > void
507 > cmdline_parser_free (struct gengetopt_args_info *args_info)
508 > {
509 >  cmdline_parser_release (args_info);
510 > }
511 >
512 > /** @brief replacement of strdup, which is not standard */
513   char *
514   gengetopt_strdup (const char *s)
515   {
516 <  char *result = (char*)malloc(strlen(s) + 1);
516 >  char *result = NULL;
517 >  if (!s)
518 >    return result;
519 >
520 >  result = (char*)malloc(strlen(s) + 1);
521    if (result == (char*)0)
522      return (char*)0;
523    strcpy(result, s);
524    return result;
525   }
526  
527 < int
528 < cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info)
527 > static void
528 > reset_group_staticProps(struct gengetopt_args_info *args_info)
529   {
530 <  int c;        /* Character of the parsed option.  */
531 <  int missing_required_options = 0;
78 <  int staticProps_group_counter = 0;
530 >  if (! args_info->staticProps_group_counter)
531 >    return;
532    
533 <
534 <  args_info->help_given = 0 ;
535 <  args_info->version_given = 0 ;
536 <  args_info->input_given = 0 ;
84 <  args_info->output_given = 0 ;
85 <  args_info->step_given = 0 ;
86 <  args_info->nrbins_given = 0 ;
87 <  args_info->nanglebins_given = 0 ;
88 <  args_info->length_given = 0 ;
89 <  args_info->sele1_given = 0 ;
90 <  args_info->sele2_given = 0 ;
91 <  args_info->refsele_given = 0 ;
533 >  args_info->bo_given = 0 ;
534 >  args_info->bor_given = 0 ;
535 >  args_info->bad_given = 0 ;
536 >  args_info->count_given = 0 ;
537    args_info->gofr_given = 0 ;
538 +  args_info->gofz_given = 0 ;
539    args_info->r_theta_given = 0 ;
540    args_info->r_omega_given = 0 ;
541 +  args_info->r_z_given = 0 ;
542    args_info->theta_omega_given = 0 ;
543    args_info->gxyz_given = 0 ;
544 < #define clear_args() {                          \
545 <    args_info->input_arg = NULL;                \
546 <    args_info->output_arg = NULL;               \
547 <    args_info->step_arg = 1 ;                   \
548 <    args_info->nrbins_arg = 100 ;               \
549 <    args_info->nanglebins_arg = 50 ;            \
550 <    args_info->sele1_arg = NULL;                \
551 <    args_info->sele2_arg = NULL;                \
552 <    args_info->refsele_arg = NULL;              \
553 <  }
544 >  args_info->twodgofr_given = 0 ;
545 >  args_info->p2_given = 0 ;
546 >  args_info->rp2_given = 0 ;
547 >  args_info->scd_given = 0 ;
548 >  args_info->density_given = 0 ;
549 >  args_info->slab_density_given = 0 ;
550 >  args_info->p_angle_given = 0 ;
551 >  args_info->hxy_given = 0 ;
552 >  args_info->rho_r_given = 0 ;
553 >  args_info->hullvol_given = 0 ;
554  
555 <  clear_args();
555 >  args_info->staticProps_group_counter = 0;
556 > }
557 >
558 > int
559 > cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info)
560 > {
561 >  return cmdline_parser2 (argc, argv, args_info, 0, 1, 1);
562 > }
563 >
564 > int
565 > cmdline_parser_ext (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
566 >                   struct cmdline_parser_params *params)
567 > {
568 >  int result;
569 >  result = cmdline_parser_internal (argc, argv, args_info, params, NULL);
570 >
571 >  if (result == EXIT_FAILURE)
572 >    {
573 >      cmdline_parser_free (args_info);
574 >      exit (EXIT_FAILURE);
575 >    }
576 >  
577 >  return result;
578 > }
579 >
580 > int
581 > cmdline_parser2 (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info, int override, int initialize, int check_required)
582 > {
583 >  int result;
584 >  struct cmdline_parser_params params;
585 >  
586 >  params.override = override;
587 >  params.initialize = initialize;
588 >  params.check_required = check_required;
589 >  params.check_ambiguity = 0;
590 >  params.print_errors = 1;
591 >
592 >  result = cmdline_parser_internal (argc, argv, args_info, &params, NULL);
593 >
594 >  if (result == EXIT_FAILURE)
595 >    {
596 >      cmdline_parser_free (args_info);
597 >      exit (EXIT_FAILURE);
598 >    }
599 >  
600 >  return result;
601 > }
602 >
603 > int
604 > cmdline_parser_required (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name)
605 > {
606 >  int result = EXIT_SUCCESS;
607 >
608 >  if (cmdline_parser_required2(args_info, prog_name, NULL) > 0)
609 >    result = EXIT_FAILURE;
610 >
611 >  if (result == EXIT_FAILURE)
612 >    {
613 >      cmdline_parser_free (args_info);
614 >      exit (EXIT_FAILURE);
615 >    }
616 >  
617 >  return result;
618 > }
619 >
620 > int
621 > cmdline_parser_required2 (struct gengetopt_args_info *args_info, const char *prog_name, const char *additional_error)
622 > {
623 >  int error = 0;
624 >
625 >  /* checks for required options */
626 >  if (! args_info->input_given)
627 >    {
628 >      fprintf (stderr, "%s: '--input' ('-i') option required%s\n", prog_name, (additional_error ? additional_error : ""));
629 >      error = 1;
630 >    }
631 >  
632 >  if (args_info->staticProps_group_counter == 0)
633 >    {
634 >      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required.%s\n", prog_name, args_info->staticProps_group_counter, (additional_error ? additional_error : ""));
635 >      error = 1;
636 >    }
637 >  
638 >
639 >  /* checks for dependences among options */
640  
641 +  return error;
642 + }
643 +
644 +
645 + static char *package_name = 0;
646 +
647 + /**
648 + * @brief updates an option
649 + * @param field the generic pointer to the field to update
650 + * @param orig_field the pointer to the orig field
651 + * @param field_given the pointer to the number of occurrence of this option
652 + * @param prev_given the pointer to the number of occurrence already seen
653 + * @param value the argument for this option (if null no arg was specified)
654 + * @param possible_values the possible values for this option (if specified)
655 + * @param default_value the default value (in case the option only accepts fixed values)
656 + * @param arg_type the type of this option
657 + * @param check_ambiguity @see cmdline_parser_params.check_ambiguity
658 + * @param override @see cmdline_parser_params.override
659 + * @param no_free whether to free a possible previous value
660 + * @param multiple_option whether this is a multiple option
661 + * @param long_opt the corresponding long option
662 + * @param short_opt the corresponding short option (or '-' if none)
663 + * @param additional_error possible further error specification
664 + */
665 + static
666 + int update_arg(void *field, char **orig_field,
667 +               unsigned int *field_given, unsigned int *prev_given,
668 +               char *value, char *possible_values[], const char *default_value,
669 +               cmdline_parser_arg_type arg_type,
670 +               int check_ambiguity, int override,
671 +               int no_free, int multiple_option,
672 +               const char *long_opt, char short_opt,
673 +               const char *additional_error)
674 + {
675 +  char *stop_char = 0;
676 +  const char *val = value;
677 +  int found;
678 +  char **string_field;
679 +
680 +  stop_char = 0;
681 +  found = 0;
682 +
683 +  if (!multiple_option && prev_given && (*prev_given || (check_ambiguity && *field_given)))
684 +    {
685 +      if (short_opt != '-')
686 +        fprintf (stderr, "%s: `--%s' (`-%c') option given more than once%s\n",
687 +               package_name, long_opt, short_opt,
688 +               (additional_error ? additional_error : ""));
689 +      else
690 +        fprintf (stderr, "%s: `--%s' option given more than once%s\n",
691 +               package_name, long_opt,
692 +               (additional_error ? additional_error : ""));
693 +      return 1; /* failure */
694 +    }
695 +
696 +    
697 +  if (field_given && *field_given && ! override)
698 +    return 0;
699 +  if (prev_given)
700 +    (*prev_given)++;
701 +  if (field_given)
702 +    (*field_given)++;
703 +  if (possible_values)
704 +    val = possible_values[found];
705 +
706 +  switch(arg_type) {
707 +  case ARG_INT:
708 +    if (val) *((int *)field) = strtol (val, &stop_char, 0);
709 +    break;
710 +  case ARG_DOUBLE:
711 +    if (val) *((double *)field) = strtod (val, &stop_char);
712 +    break;
713 +  case ARG_STRING:
714 +    if (val) {
715 +      string_field = (char **)field;
716 +      if (!no_free && *string_field)
717 +        free (*string_field); /* free previous string */
718 +      *string_field = gengetopt_strdup (val);
719 +    }
720 +    break;
721 +  default:
722 +    break;
723 +  };
724 +
725 +  /* check numeric conversion */
726 +  switch(arg_type) {
727 +  case ARG_INT:
728 +  case ARG_DOUBLE:
729 +    if (val && !(stop_char && *stop_char == '\0')) {
730 +      fprintf(stderr, "%s: invalid numeric value: %s\n", package_name, val);
731 +      return 1; /* failure */
732 +    }
733 +    break;
734 +  default:
735 +    ;
736 +  };
737 +
738 +  /* store the original value */
739 +  switch(arg_type) {
740 +  case ARG_NO:
741 +    break;
742 +  default:
743 +    if (value && orig_field) {
744 +      if (no_free) {
745 +        *orig_field = value;
746 +      } else {
747 +        if (*orig_field)
748 +          free (*orig_field); /* free previous string */
749 +        *orig_field = gengetopt_strdup (value);
750 +      }
751 +    }
752 +  };
753 +
754 +  return 0; /* OK */
755 + }
756 +
757 +
758 + int
759 + cmdline_parser_internal (int argc, char * const *argv, struct gengetopt_args_info *args_info,
760 +                        struct cmdline_parser_params *params, const char *additional_error)
761 + {
762 +  int c;        /* Character of the parsed option.  */
763 +
764 +  int error = 0;
765 +  struct gengetopt_args_info local_args_info;
766 +  
767 +  int override;
768 +  int initialize;
769 +  int check_required;
770 +  int check_ambiguity;
771 +  
772 +  package_name = argv[0];
773 +  
774 +  override = params->override;
775 +  initialize = params->initialize;
776 +  check_required = params->check_required;
777 +  check_ambiguity = params->check_ambiguity;
778 +
779 +  if (initialize)
780 +    cmdline_parser_init (args_info);
781 +
782 +  cmdline_parser_init (&local_args_info);
783 +
784    optarg = 0;
785 <  optind = 1;
786 <  opterr = 1;
785 >  optind = 0;
786 >  opterr = params->print_errors;
787    optopt = '?';
788  
789    while (1)
790      {
791        int option_index = 0;
118      char *stop_char;
792  
793        static struct option long_options[] = {
794          { "help",       0, NULL, 'h' },
# Line 123 | Line 796 | cmdline_parser (int argc, char * const *argv, struct g
796          { "input",      1, NULL, 'i' },
797          { "output",     1, NULL, 'o' },
798          { "step",       1, NULL, 'n' },
799 <        { "nrbins",     1, NULL, 'r' },
799 >        { "nbins",      1, NULL, 'b' },
800 >        { "nbins_x",    1, NULL, 'x' },
801 >        { "nbins_y",    1, NULL, 'y' },
802 >        { "nbins_z",    1, NULL, 0 },
803          { "nanglebins", 1, NULL, 'a' },
804 <        { "length",     1, NULL, 'l' },
804 >        { "rcut",       1, NULL, 'c' },
805 >        { "dz", 1, NULL, 0 },
806 >        { "length",     1, NULL, 0 },
807 >        { "zlength",    1, NULL, 0 },
808 >        { "zoffset",    1, NULL, 'z' },
809          { "sele1",      1, NULL, 0 },
810          { "sele2",      1, NULL, 0 },
811 +        { "sele3",      1, NULL, 0 },
812          { "refsele",    1, NULL, 0 },
813 <        { "gofr",       0, NULL, 0 },
813 >        { "comsele",    1, NULL, 0 },
814 >        { "molname",    1, NULL, 0 },
815 >        { "begin",      1, NULL, 0 },
816 >        { "end",        1, NULL, 0 },
817 >        { "radius",     1, NULL, 0 },
818 >        { "bo", 0, NULL, 0 },
819 >        { "bor",        0, NULL, 0 },
820 >        { "bad",        0, NULL, 0 },
821 >        { "count",      0, NULL, 0 },
822 >        { "gofr",       0, NULL, 'g' },
823 >        { "gofz",       0, NULL, 0 },
824          { "r_theta",    0, NULL, 0 },
825          { "r_omega",    0, NULL, 0 },
826 +        { "r_z",        0, NULL, 0 },
827          { "theta_omega",        0, NULL, 0 },
828          { "gxyz",       0, NULL, 0 },
829 +        { "twodgofr",   0, NULL, 0 },
830 +        { "p2", 0, NULL, 'p' },
831 +        { "rp2",        0, NULL, 0 },
832 +        { "scd",        0, NULL, 's' },
833 +        { "density",    0, NULL, 'd' },
834 +        { "slab_density",       0, NULL, 0 },
835 +        { "p_angle",    0, NULL, 0 },
836 +        { "hxy",        0, NULL, 0 },
837 +        { "rho_r",      0, NULL, 0 },
838 +        { "hullvol",    0, NULL, 0 },
839          { NULL, 0, NULL, 0 }
840        };
841  
842 <      stop_char = 0;
141 <      c = getopt_long (argc, argv, "hVi:o:n:r:a:l:", long_options, &option_index);
842 >      c = getopt_long (argc, argv, "hVi:o:n:b:x:y:a:c:z:gpsd", long_options, &option_index);
843  
844        if (c == -1) break;       /* Exit from `while (1)' loop.  */
845  
846        switch (c)
847          {
848          case 'h':       /* Print help and exit.  */
148          clear_args ();
849            cmdline_parser_print_help ();
850 +          cmdline_parser_free (&local_args_info);
851            exit (EXIT_SUCCESS);
852  
853          case 'V':       /* Print version and exit.  */
153          clear_args ();
854            cmdline_parser_print_version ();
855 +          cmdline_parser_free (&local_args_info);
856            exit (EXIT_SUCCESS);
857  
858          case 'i':       /* input dump file.  */
859 <          if (args_info->input_given)
860 <            {
861 <              fprintf (stderr, "%s: `--input' (`-i') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
862 <              clear_args ();
863 <              exit (EXIT_FAILURE);
864 <            }
865 <          args_info->input_given = 1;
866 <          args_info->input_arg = gengetopt_strdup (optarg);
867 <          break;
868 <
859 >        
860 >        
861 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->input_arg),
862 >               &(args_info->input_orig), &(args_info->input_given),
863 >              &(local_args_info.input_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
864 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
865 >              "input", 'i',
866 >              additional_error))
867 >            goto failure;
868 >        
869 >          break;
870          case 'o':       /* output file name.  */
871 <          if (args_info->output_given)
872 <            {
873 <              fprintf (stderr, "%s: `--output' (`-o') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
874 <              clear_args ();
875 <              exit (EXIT_FAILURE);
876 <            }
877 <          args_info->output_given = 1;
878 <          args_info->output_arg = gengetopt_strdup (optarg);
871 >        
872 >        
873 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->output_arg),
874 >               &(args_info->output_orig), &(args_info->output_given),
875 >              &(local_args_info.output_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
876 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
877 >              "output", 'o',
878 >              additional_error))
879 >            goto failure;
880 >        
881            break;
178
882          case 'n':       /* process every n frame.  */
883 <          if (args_info->step_given)
884 <            {
885 <              fprintf (stderr, "%s: `--step' (`-n') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
886 <              clear_args ();
887 <              exit (EXIT_FAILURE);
888 <            }
889 <          args_info->step_given = 1;
890 <          args_info->step_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
883 >        
884 >        
885 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->step_arg),
886 >               &(args_info->step_orig), &(args_info->step_given),
887 >              &(local_args_info.step_given), optarg, 0, "1", ARG_INT,
888 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
889 >              "step", 'n',
890 >              additional_error))
891 >            goto failure;
892 >        
893            break;
894 <
895 <        case 'r':       /* number of bins for distance.  */
896 <          if (args_info->nrbins_given)
897 <            {
898 <              fprintf (stderr, "%s: `--nrbins' (`-r') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
899 <              clear_args ();
900 <              exit (EXIT_FAILURE);
901 <            }
902 <          args_info->nrbins_given = 1;
903 <          args_info->nrbins_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
894 >        case 'b':       /* number of bins (general purpose).  */
895 >        
896 >        
897 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_arg),
898 >               &(args_info->nbins_orig), &(args_info->nbins_given),
899 >              &(local_args_info.nbins_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
900 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
901 >              "nbins", 'b',
902 >              additional_error))
903 >            goto failure;
904 >        
905            break;
906 <
906 >        case 'x':       /* number of bins in x axis.  */
907 >        
908 >        
909 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_x_arg),
910 >               &(args_info->nbins_x_orig), &(args_info->nbins_x_given),
911 >              &(local_args_info.nbins_x_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
912 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
913 >              "nbins_x", 'x',
914 >              additional_error))
915 >            goto failure;
916 >        
917 >          break;
918 >        case 'y':       /* number of bins in y axis.  */
919 >        
920 >        
921 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_y_arg),
922 >               &(args_info->nbins_y_orig), &(args_info->nbins_y_given),
923 >              &(local_args_info.nbins_y_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
924 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
925 >              "nbins_y", 'y',
926 >              additional_error))
927 >            goto failure;
928 >        
929 >          break;
930          case 'a':       /* number of bins for cos(angle).  */
931 <          if (args_info->nanglebins_given)
932 <            {
933 <              fprintf (stderr, "%s: `--nanglebins' (`-a') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
934 <              clear_args ();
935 <              exit (EXIT_FAILURE);
936 <            }
937 <          args_info->nanglebins_given = 1;
938 <          args_info->nanglebins_arg = strtol (optarg,&stop_char,0);
931 >        
932 >        
933 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->nanglebins_arg),
934 >               &(args_info->nanglebins_orig), &(args_info->nanglebins_given),
935 >              &(local_args_info.nanglebins_given), optarg, 0, "50", ARG_INT,
936 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
937 >              "nanglebins", 'a',
938 >              additional_error))
939 >            goto failure;
940 >        
941            break;
942 <
943 <        case 'l':       /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
944 <          if (args_info->length_given)
945 <            {
946 <              fprintf (stderr, "%s: `--length' (`-l') option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
947 <              clear_args ();
948 <              exit (EXIT_FAILURE);
949 <            }
950 <          args_info->length_given = 1;
951 <          args_info->length_arg = strtod (optarg, NULL);
942 >        case 'c':       /* cutoff radius (rcut).  */
943 >        
944 >        
945 >          if (update_arg( (void *)&(args_info->rcut_arg),
946 >               &(args_info->rcut_orig), &(args_info->rcut_given),
947 >              &(local_args_info.rcut_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
948 >              check_ambiguity, override, 0, 0,
949 >              "rcut", 'c',
950 >              additional_error))
951 >            goto failure;
952 >        
953            break;
954 +        case 'z':       /* Where to set the zero for the slab_density calculation.  */
955 +        
956 +        
957 +          if (update_arg( (void *)&(args_info->zoffset_arg),
958 +               &(args_info->zoffset_orig), &(args_info->zoffset_given),
959 +              &(local_args_info.zoffset_given), optarg, 0, "0", ARG_DOUBLE,
960 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
961 +              "zoffset", 'z',
962 +              additional_error))
963 +            goto failure;
964 +        
965 +          break;
966 +        case 'g':       /* g(r).  */
967 +        
968 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
969 +            reset_group_staticProps (args_info);
970 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
971 +        
972 +          if (update_arg( 0 ,
973 +               0 , &(args_info->gofr_given),
974 +              &(local_args_info.gofr_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
975 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
976 +              "gofr", 'g',
977 +              additional_error))
978 +            goto failure;
979 +        
980 +          break;
981 +        case 'p':       /* p2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */
982 +        
983 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
984 +            reset_group_staticProps (args_info);
985 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
986 +        
987 +          if (update_arg( 0 ,
988 +               0 , &(args_info->p2_given),
989 +              &(local_args_info.p2_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
990 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
991 +              "p2", 'p',
992 +              additional_error))
993 +            goto failure;
994 +        
995 +          break;
996 +        case 's':       /* scd order parameter (either --sele1, --sele2, --sele3 are specified or --molname, --begin, --end are specified).  */
997 +        
998 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
999 +            reset_group_staticProps (args_info);
1000 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1001 +        
1002 +          if (update_arg( 0 ,
1003 +               0 , &(args_info->scd_given),
1004 +              &(local_args_info.scd_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1005 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1006 +              "scd", 's',
1007 +              additional_error))
1008 +            goto failure;
1009 +        
1010 +          break;
1011 +        case 'd':       /* density plot.  */
1012 +        
1013 +          if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1014 +            reset_group_staticProps (args_info);
1015 +          args_info->staticProps_group_counter += 1;
1016 +        
1017 +          if (update_arg( 0 ,
1018 +               0 , &(args_info->density_given),
1019 +              &(local_args_info.density_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1020 +              check_ambiguity, override, 0, 0,
1021 +              "density", 'd',
1022 +              additional_error))
1023 +            goto failure;
1024 +        
1025 +          break;
1026  
223
1027          case 0: /* Long option with no short option */
1028 <          /* select first stuntdouble set.  */
1029 <          if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0)
1030 <            {
228 <              if (args_info->sele1_given)
229 <                {
230 <                  fprintf (stderr, "%s: `--sele1' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
231 <                  clear_args ();
232 <                  exit (EXIT_FAILURE);
233 <                }
234 <              args_info->sele1_given = 1;
235 <              args_info->sele1_arg = gengetopt_strdup (optarg);
236 <              break;
237 <            }
1028 >          /* number of bins in z axis.  */
1029 >          if (strcmp (long_options[option_index].name, "nbins_z") == 0)
1030 >          {
1031            
1032 <          /* select second stuntdouble set.  */
1032 >          
1033 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->nbins_z_arg),
1034 >                 &(args_info->nbins_z_orig), &(args_info->nbins_z_given),
1035 >                &(local_args_info.nbins_z_given), optarg, 0, "100", ARG_INT,
1036 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1037 >                "nbins_z", '-',
1038 >                additional_error))
1039 >              goto failure;
1040 >          
1041 >          }
1042 >          /* slab width (dz).  */
1043 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "dz") == 0)
1044 >          {
1045 >          
1046 >          
1047 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->dz_arg),
1048 >                 &(args_info->dz_orig), &(args_info->dz_given),
1049 >                &(local_args_info.dz_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1050 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1051 >                "dz", '-',
1052 >                additional_error))
1053 >              goto failure;
1054 >          
1055 >          }
1056 >          /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
1057 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "length") == 0)
1058 >          {
1059 >          
1060 >          
1061 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->length_arg),
1062 >                 &(args_info->length_orig), &(args_info->length_given),
1063 >                &(local_args_info.length_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1064 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1065 >                "length", '-',
1066 >                additional_error))
1067 >              goto failure;
1068 >          
1069 >          }
1070 >          /* maximum length (Defaults to 1/2 smallest length of first frame).  */
1071 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "zlength") == 0)
1072 >          {
1073 >          
1074 >          
1075 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->zlength_arg),
1076 >                 &(args_info->zlength_orig), &(args_info->zlength_given),
1077 >                &(local_args_info.zlength_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1078 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1079 >                "zlength", '-',
1080 >                additional_error))
1081 >              goto failure;
1082 >          
1083 >          }
1084 >          /* select the first stuntdouble set.  */
1085 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele1") == 0)
1086 >          {
1087 >          
1088 >          
1089 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele1_arg),
1090 >                 &(args_info->sele1_orig), &(args_info->sele1_given),
1091 >                &(local_args_info.sele1_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1092 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1093 >                "sele1", '-',
1094 >                additional_error))
1095 >              goto failure;
1096 >          
1097 >          }
1098 >          /* select the second stuntdouble set.  */
1099            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele2") == 0)
1100 <            {
242 <              if (args_info->sele2_given)
243 <                {
244 <                  fprintf (stderr, "%s: `--sele2' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
245 <                  clear_args ();
246 <                  exit (EXIT_FAILURE);
247 <                }
248 <              args_info->sele2_given = 1;
249 <              args_info->sele2_arg = gengetopt_strdup (optarg);
250 <              break;
251 <            }
1100 >          {
1101            
1102 +          
1103 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele2_arg),
1104 +                 &(args_info->sele2_orig), &(args_info->sele2_given),
1105 +                &(local_args_info.sele2_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1106 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1107 +                "sele2", '-',
1108 +                additional_error))
1109 +              goto failure;
1110 +          
1111 +          }
1112 +          /* select the third stuntdouble set.  */
1113 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "sele3") == 0)
1114 +          {
1115 +          
1116 +          
1117 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->sele3_arg),
1118 +                 &(args_info->sele3_orig), &(args_info->sele3_given),
1119 +                &(local_args_info.sele3_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1120 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1121 +                "sele3", '-',
1122 +                additional_error))
1123 +              goto failure;
1124 +          
1125 +          }
1126            /* select reference (use and only use with --gxyz).  */
1127            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "refsele") == 0)
1128 <            {
256 <              if (args_info->refsele_given)
257 <                {
258 <                  fprintf (stderr, "%s: `--refsele' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
259 <                  clear_args ();
260 <                  exit (EXIT_FAILURE);
261 <                }
262 <              args_info->refsele_given = 1;
263 <              args_info->refsele_arg = gengetopt_strdup (optarg);
264 <              break;
265 <            }
1128 >          {
1129            
267          /* g(r).  */
268          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofr") == 0)
269            {
270              if (args_info->gofr_given)
271                {
272                  fprintf (stderr, "%s: `--gofr' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
273                  clear_args ();
274                  exit (EXIT_FAILURE);
275                }
276              args_info->gofr_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1130            
1131 <              break;
1132 <            }
1131 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->refsele_arg),
1132 >                 &(args_info->refsele_orig), &(args_info->refsele_given),
1133 >                &(local_args_info.refsele_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1134 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1135 >                "refsele", '-',
1136 >                additional_error))
1137 >              goto failure;
1138            
1139 <          /* g(r, cos(theta)).  */
1140 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_theta") == 0)
1141 <            {
1142 <              if (args_info->r_theta_given)
285 <                {
286 <                  fprintf (stderr, "%s: `--r_theta' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
287 <                  clear_args ();
288 <                  exit (EXIT_FAILURE);
289 <                }
290 <              args_info->r_theta_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1139 >          }
1140 >          /* select stunt doubles for center-of-mass reference point.  */
1141 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "comsele") == 0)
1142 >          {
1143            
292              break;
293            }
1144            
1145 <          /* g(r, cos(omega)).  */
1146 <          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_omega") == 0)
1147 <            {
1148 <              if (args_info->r_omega_given)
1149 <                {
1150 <                  fprintf (stderr, "%s: `--r_omega' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
1151 <                  clear_args ();
302 <                  exit (EXIT_FAILURE);
303 <                }
304 <              args_info->r_omega_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1145 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->comsele_arg),
1146 >                 &(args_info->comsele_orig), &(args_info->comsele_given),
1147 >                &(local_args_info.comsele_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1148 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1149 >                "comsele", '-',
1150 >                additional_error))
1151 >              goto failure;
1152            
1153 <              break;
1154 <            }
1153 >          }
1154 >          /* molecule name.  */
1155 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "molname") == 0)
1156 >          {
1157            
309          /* g(cos(theta), cos(omega)).  */
310          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "theta_omega") == 0)
311            {
312              if (args_info->theta_omega_given)
313                {
314                  fprintf (stderr, "%s: `--theta_omega' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
315                  clear_args ();
316                  exit (EXIT_FAILURE);
317                }
318              args_info->theta_omega_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1158            
1159 <              break;
1160 <            }
1159 >            if (update_arg( (void *)&(args_info->molname_arg),
1160 >                 &(args_info->molname_orig), &(args_info->molname_given),
1161 >                &(local_args_info.molname_given), optarg, 0, 0, ARG_STRING,
1162 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1163 >                "molname", '-',
1164 >                additional_error))
1165 >              goto failure;
1166 >          
1167 >          }
1168 >          /* begin internal index.  */
1169 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "begin") == 0)
1170 >          {
1171            
1172 +          
1173 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->begin_arg),
1174 +                 &(args_info->begin_orig), &(args_info->begin_given),
1175 +                &(local_args_info.begin_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1176 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1177 +                "begin", '-',
1178 +                additional_error))
1179 +              goto failure;
1180 +          
1181 +          }
1182 +          /* end internal index.  */
1183 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "end") == 0)
1184 +          {
1185 +          
1186 +          
1187 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->end_arg),
1188 +                 &(args_info->end_orig), &(args_info->end_given),
1189 +                &(local_args_info.end_given), optarg, 0, 0, ARG_INT,
1190 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1191 +                "end", '-',
1192 +                additional_error))
1193 +              goto failure;
1194 +          
1195 +          }
1196 +          /* nanoparticle radius.  */
1197 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "radius") == 0)
1198 +          {
1199 +          
1200 +          
1201 +            if (update_arg( (void *)&(args_info->radius_arg),
1202 +                 &(args_info->radius_orig), &(args_info->radius_given),
1203 +                &(local_args_info.radius_given), optarg, 0, 0, ARG_DOUBLE,
1204 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1205 +                "radius", '-',
1206 +                additional_error))
1207 +              goto failure;
1208 +          
1209 +          }
1210 +          /* bond order parameter (--rcut must be specified).  */
1211 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "bo") == 0)
1212 +          {
1213 +          
1214 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1215 +              reset_group_staticProps (args_info);
1216 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1217 +          
1218 +            if (update_arg( 0 ,
1219 +                 0 , &(args_info->bo_given),
1220 +                &(local_args_info.bo_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1221 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1222 +                "bo", '-',
1223 +                additional_error))
1224 +              goto failure;
1225 +          
1226 +          }
1227 +          /* bond order parameter as a function of radius (--rcut must be specified).  */
1228 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "bor") == 0)
1229 +          {
1230 +          
1231 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1232 +              reset_group_staticProps (args_info);
1233 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1234 +          
1235 +            if (update_arg( 0 ,
1236 +                 0 , &(args_info->bor_given),
1237 +                &(local_args_info.bor_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1238 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1239 +                "bor", '-',
1240 +                additional_error))
1241 +              goto failure;
1242 +          
1243 +          }
1244 +          /* N(theta) bond angle density within (--rcut must be specified).  */
1245 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "bad") == 0)
1246 +          {
1247 +          
1248 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1249 +              reset_group_staticProps (args_info);
1250 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1251 +          
1252 +            if (update_arg( 0 ,
1253 +                 0 , &(args_info->bad_given),
1254 +                &(local_args_info.bad_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1255 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1256 +                "bad", '-',
1257 +                additional_error))
1258 +              goto failure;
1259 +          
1260 +          }
1261 +          /* count of molecules matching selection criteria (and associated statistics).  */
1262 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "count") == 0)
1263 +          {
1264 +          
1265 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1266 +              reset_group_staticProps (args_info);
1267 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1268 +          
1269 +            if (update_arg( 0 ,
1270 +                 0 , &(args_info->count_given),
1271 +                &(local_args_info.count_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1272 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1273 +                "count", '-',
1274 +                additional_error))
1275 +              goto failure;
1276 +          
1277 +          }
1278 +          /* g(z).  */
1279 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gofz") == 0)
1280 +          {
1281 +          
1282 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1283 +              reset_group_staticProps (args_info);
1284 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1285 +          
1286 +            if (update_arg( 0 ,
1287 +                 0 , &(args_info->gofz_given),
1288 +                &(local_args_info.gofz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1289 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1290 +                "gofz", '-',
1291 +                additional_error))
1292 +              goto failure;
1293 +          
1294 +          }
1295 +          /* g(r, cos(theta)).  */
1296 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_theta") == 0)
1297 +          {
1298 +          
1299 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1300 +              reset_group_staticProps (args_info);
1301 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1302 +          
1303 +            if (update_arg( 0 ,
1304 +                 0 , &(args_info->r_theta_given),
1305 +                &(local_args_info.r_theta_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1306 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1307 +                "r_theta", '-',
1308 +                additional_error))
1309 +              goto failure;
1310 +          
1311 +          }
1312 +          /* g(r, cos(omega)).  */
1313 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_omega") == 0)
1314 +          {
1315 +          
1316 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1317 +              reset_group_staticProps (args_info);
1318 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1319 +          
1320 +            if (update_arg( 0 ,
1321 +                 0 , &(args_info->r_omega_given),
1322 +                &(local_args_info.r_omega_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1323 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1324 +                "r_omega", '-',
1325 +                additional_error))
1326 +              goto failure;
1327 +          
1328 +          }
1329 +          /* g(r, z).  */
1330 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "r_z") == 0)
1331 +          {
1332 +          
1333 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1334 +              reset_group_staticProps (args_info);
1335 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1336 +          
1337 +            if (update_arg( 0 ,
1338 +                 0 , &(args_info->r_z_given),
1339 +                &(local_args_info.r_z_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1340 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1341 +                "r_z", '-',
1342 +                additional_error))
1343 +              goto failure;
1344 +          
1345 +          }
1346 +          /* g(cos(theta), cos(omega)).  */
1347 +          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "theta_omega") == 0)
1348 +          {
1349 +          
1350 +            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1351 +              reset_group_staticProps (args_info);
1352 +            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1353 +          
1354 +            if (update_arg( 0 ,
1355 +                 0 , &(args_info->theta_omega_given),
1356 +                &(local_args_info.theta_omega_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1357 +                check_ambiguity, override, 0, 0,
1358 +                "theta_omega", '-',
1359 +                additional_error))
1360 +              goto failure;
1361 +          
1362 +          }
1363            /* g(x, y, z).  */
1364            else if (strcmp (long_options[option_index].name, "gxyz") == 0)
1365 <            {
326 <              if (args_info->gxyz_given)
327 <                {
328 <                  fprintf (stderr, "%s: `--gxyz' option given more than once\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
329 <                  clear_args ();
330 <                  exit (EXIT_FAILURE);
331 <                }
332 <              args_info->gxyz_given = 1; staticProps_group_counter += 1;
1365 >          {
1366            
1367 <              break;
1368 <            }
1367 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1368 >              reset_group_staticProps (args_info);
1369 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1370            
1371 <
1371 >            if (update_arg( 0 ,
1372 >                 0 , &(args_info->gxyz_given),
1373 >                &(local_args_info.gxyz_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1374 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1375 >                "gxyz", '-',
1376 >                additional_error))
1377 >              goto failure;
1378 >          
1379 >          }
1380 >          /* 2D g(r) (Slab width --dz must be specified).  */
1381 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "twodgofr") == 0)
1382 >          {
1383 >          
1384 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1385 >              reset_group_staticProps (args_info);
1386 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1387 >          
1388 >            if (update_arg( 0 ,
1389 >                 0 , &(args_info->twodgofr_given),
1390 >                &(local_args_info.twodgofr_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1391 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1392 >                "twodgofr", '-',
1393 >                additional_error))
1394 >              goto failure;
1395 >          
1396 >          }
1397 >          /* rp2 order parameter (--sele1 and --sele2 must be specified).  */
1398 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rp2") == 0)
1399 >          {
1400 >          
1401 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1402 >              reset_group_staticProps (args_info);
1403 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1404 >          
1405 >            if (update_arg( 0 ,
1406 >                 0 , &(args_info->rp2_given),
1407 >                &(local_args_info.rp2_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1408 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1409 >                "rp2", '-',
1410 >                additional_error))
1411 >              goto failure;
1412 >          
1413 >          }
1414 >          /* slab density.  */
1415 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "slab_density") == 0)
1416 >          {
1417 >          
1418 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1419 >              reset_group_staticProps (args_info);
1420 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1421 >          
1422 >            if (update_arg( 0 ,
1423 >                 0 , &(args_info->slab_density_given),
1424 >                &(local_args_info.slab_density_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1425 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1426 >                "slab_density", '-',
1427 >                additional_error))
1428 >              goto failure;
1429 >          
1430 >          }
1431 >          /* p(cos(theta)).  */
1432 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "p_angle") == 0)
1433 >          {
1434 >          
1435 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1436 >              reset_group_staticProps (args_info);
1437 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1438 >          
1439 >            if (update_arg( 0 ,
1440 >                 0 , &(args_info->p_angle_given),
1441 >                &(local_args_info.p_angle_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1442 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1443 >                "p_angle", '-',
1444 >                additional_error))
1445 >              goto failure;
1446 >          
1447 >          }
1448 >          /* hxy.  */
1449 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "hxy") == 0)
1450 >          {
1451 >          
1452 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1453 >              reset_group_staticProps (args_info);
1454 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1455 >          
1456 >            if (update_arg( 0 ,
1457 >                 0 , &(args_info->hxy_given),
1458 >                &(local_args_info.hxy_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1459 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1460 >                "hxy", '-',
1461 >                additional_error))
1462 >              goto failure;
1463 >          
1464 >          }
1465 >          /* rho of R.  */
1466 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "rho_r") == 0)
1467 >          {
1468 >          
1469 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1470 >              reset_group_staticProps (args_info);
1471 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1472 >          
1473 >            if (update_arg( 0 ,
1474 >                 0 , &(args_info->rho_r_given),
1475 >                &(local_args_info.rho_r_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1476 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1477 >                "rho_r", '-',
1478 >                additional_error))
1479 >              goto failure;
1480 >          
1481 >          }
1482 >          /* hull volume of nanoparticle.  */
1483 >          else if (strcmp (long_options[option_index].name, "hullvol") == 0)
1484 >          {
1485 >          
1486 >            if (args_info->staticProps_group_counter && override)
1487 >              reset_group_staticProps (args_info);
1488 >            args_info->staticProps_group_counter += 1;
1489 >          
1490 >            if (update_arg( 0 ,
1491 >                 0 , &(args_info->hullvol_given),
1492 >                &(local_args_info.hullvol_given), optarg, 0, 0, ARG_NO,
1493 >                check_ambiguity, override, 0, 0,
1494 >                "hullvol", '-',
1495 >                additional_error))
1496 >              goto failure;
1497 >          
1498 >          }
1499 >          
1500 >          break;
1501          case '?':       /* Invalid option.  */
1502            /* `getopt_long' already printed an error message.  */
1503 <          exit (EXIT_FAILURE);
1503 >          goto failure;
1504  
1505          default:        /* bug: option not considered.  */
1506 <          fprintf (stderr, "%s: option unknown: %c\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, c);
1506 >          fprintf (stderr, "%s: option unknown: %c%s\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, c, (additional_error ? additional_error : ""));
1507            abort ();
1508          } /* switch */
1509      } /* while */
1510  
1511 <  if ( staticProps_group_counter != 1)
1511 >  if (args_info->staticProps_group_counter > 1)
1512      {
1513 <      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE, staticProps_group_counter);
1514 <      missing_required_options = 1;
1513 >      fprintf (stderr, "%s: %d options of group staticProps were given. One is required.%s\n", argv[0], args_info->staticProps_group_counter, (additional_error ? additional_error : ""));
1514 >      error = 1;
1515      }
1516    
1517  
1518 <  if (! args_info->input_given)
1518 >
1519 >  if (check_required)
1520      {
1521 <      fprintf (stderr, "%s: '--input' ('-i') option required\n", CMDLINE_PARSER_PACKAGE);
358 <      missing_required_options = 1;
1521 >      error += cmdline_parser_required2 (args_info, argv[0], additional_error);
1522      }
360  if ( missing_required_options )
361    exit (EXIT_FAILURE);
1523  
1524 +  cmdline_parser_release (&local_args_info);
1525 +
1526 +  if ( error )
1527 +    return (EXIT_FAILURE);
1528 +
1529 +  if (optind < argc)
1530 +    {
1531 +      int i = 0 ;
1532 +      int found_prog_name = 0;
1533 +      /* whether program name, i.e., argv[0], is in the remaining args
1534 +         (this may happen with some implementations of getopt,
1535 +          but surely not with the one included by gengetopt) */
1536 +
1537 +      i = optind;
1538 +      while (i < argc)
1539 +        if (argv[i++] == argv[0]) {
1540 +          found_prog_name = 1;
1541 +          break;
1542 +        }
1543 +      i = 0;
1544 +
1545 +      args_info->inputs_num = argc - optind - found_prog_name;
1546 +      args_info->inputs =
1547 +        (char **)(malloc ((args_info->inputs_num)*sizeof(char *))) ;
1548 +      while (optind < argc)
1549 +        if (argv[optind++] != argv[0])
1550 +          args_info->inputs[ i++ ] = gengetopt_strdup (argv[optind-1]) ;
1551 +    }
1552 +
1553    return 0;
1554 +
1555 + failure:
1556 +  
1557 +  cmdline_parser_release (&local_args_info);
1558 +  return (EXIT_FAILURE);
1559   }

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticPropsCmd.c (property svn:keywords):
Revision 507 by gezelter, Fri Apr 15 22:04:00 2005 UTC vs.
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