ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1454 by gezelter, Wed Jun 23 19:25:02 2010 UTC vs.
Revision 2049 by gezelter, Tue Jan 6 21:44:10 2015 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include <iostream>
44   #include <fstream>
45   #include <string>
46  
46 – #include "brains/Register.hpp"
47   #include "brains/SimCreator.hpp"
48   #include "brains/SimInfo.hpp"
49   #include "io/DumpReader.hpp"
# Line 64 | Line 64
64   #include "applications/staticProps/RippleOP.hpp"
65   #include "applications/staticProps/SCDOrderParameter.hpp"
66   #include "applications/staticProps/DensityPlot.hpp"
67 + #include "applications/staticProps/ObjectCount.hpp"
68   #include "applications/staticProps/RhoZ.hpp"
69   #include "applications/staticProps/pAngle.hpp"
70   #include "applications/staticProps/BondAngleDistribution.hpp"
71   #include "applications/staticProps/NanoVolume.hpp"
72 + #include "applications/staticProps/NanoLength.hpp"
73   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
74   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
75   #endif
76   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamZ.hpp"
80 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamXYZ.hpp"
81 + #include "applications/staticProps/RNEMDStats.hpp"
82 + #include "applications/staticProps/NitrileFrequencyMap.hpp"
83 + #include "applications/staticProps/MultipoleSum.hpp"
84 + #include "applications/staticProps/SurfaceDiffusion.hpp"
85 + #include "applications/staticProps/HBondGeometric.hpp"
86  
87   using namespace OpenMD;
88  
89   int main(int argc, char* argv[]){
90    
91 <    //register force fields
92 <    registerForceFields();
93 <
94 <    gengetopt_args_info args_info;
95 <
96 <    //parse the command line option
97 <    if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
98 <        exit(1) ;
99 <    }
100 <
101 <    //get the dumpfile name
102 <    std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
103 <    std::string sele1;
104 <    std::string sele2;
105 <    bool userSpecifiedSelect1;
106 <    bool userSpecifiedSelect2;
107 <
108 <    // check the first selection argument, or set it to the environment
109 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
110 <
111 <    if (args_info.sele1_given) {
112 <        sele1 = args_info.sele1_arg;
91 >  
92 >  gengetopt_args_info args_info;
93 >  
94 >  //parse the command line option
95 >  if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
96 >    exit(1) ;
97 >  }
98 >  
99 >  //get the dumpfile name
100 >  std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
101 >  std::string sele1;
102 >  std::string sele2;
103 >  std::string sele3;
104 >  
105 >  // check the first selection argument, or set it to the environment
106 >  // variable, or failing that, set it to "select all"
107 >  
108 >  if (args_info.sele1_given) {
109 >    sele1 = args_info.sele1_arg;
110 >  } else {
111 >    char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
112 >    if (sele1Env) {
113 >      sele1 = sele1Env;
114      } else {
115 <        char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
104 <        if (sele1Env) {
105 <            sele1 = sele1Env;
106 <        } else {
107 <            sele1 = "select all";
108 <        }
115 >      sele1 = "select all";
116      }
117 <
111 <    // check the second selection argument, or set it to the environment
112 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
117 >  }
118    
119 <    if (args_info.sele2_given) {
120 <        sele2 = args_info.sele2_arg;
121 <    } else {
122 <        char* sele2Env = getenv("SELECTION1");
123 <        if (sele2Env) {
124 <            sele2 = sele2Env;            
125 <        } else {
126 <            sele2 = "select all";
127 <        }
119 >  // check the second selection argument, or set it to the environment
120 >  // variable, or failing that, set it to the first selection
121 >  
122 >  if (args_info.sele2_given) {
123 >    sele2 = args_info.sele2_arg;
124 >  } else {
125 >    char* sele2Env = getenv("SELECTION2");
126 >    if (sele2Env) {
127 >      sele2 = sele2Env;            
128 >    } else {
129 >      //If sele2 is not specified, then the default behavior
130 >      //should be what is already intended for sele1
131 >      sele2 = sele1;
132      }
133 +  }
134  
135 +  // check the third selection argument, which is only set if
136 +  // requested by the user
137  
138 <    // Problems if sele1 wasn't specified, but
127 < // if (!args_info.scd_given) {
128 < //       sprintf( painCave.errMsg,
129 < //                "neither --sele1 option nor $SELECTION1 is set");
130 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
131 < //       painCave.isFatal = 1;
132 < //       simError();
133 < //     }
134 < //   }
138 >  if (args_info.sele3_given) sele3 = args_info.sele3_arg;
139  
140 <    // Problems if sele1 wasn't specified
140 >  bool batchMode;
141 >  if (args_info.scd_given){
142 >    if (args_info.sele1_given &&
143 >        args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
144 >      batchMode = false;
145 >    } else if (args_info.molname_given &&
146 >               args_info.begin_given && args_info.end_given) {
147 >      if (args_info.begin_arg < 0 ||
148 >          args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
149 >        sprintf( painCave.errMsg,
150 >                 "below conditions are not satisfied:\n"
151 >                 "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
152 >        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
153 >        painCave.isFatal = 1;
154 >        simError();                    
155 >      }
156 >      batchMode = true;        
157 >    } else{
158 >      sprintf( painCave.errMsg,
159 >               "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
160 >               " or --molname, --begin, --end are specified\n");
161 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
162 >      painCave.isFatal = 1;
163 >      simError();
164 >    }
165 >  }
166 >  
167 >  //parse md file and set up the system
168 >  SimCreator creator;
169 >  SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
170  
171 < //     if(!args_info.scd_given && !args_info.density_given && !args_info.slab_density_given)  {
172 < //       sprintf( painCave.errMsg,
173 < //                "neither --sele2 option nor $SELECTION1 is set");
174 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
175 < //       painCave.isFatal = 1;
176 < //       simError();        
144 < //     }
145 < //   }
146 <
147 <    bool batchMode;
148 <    if (args_info.scd_given){
149 <        if (args_info.sele1_given && args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
150 <            batchMode = false;
151 <        } else if (args_info.molname_given && args_info.begin_given && args_info.end_given) {
152 <            if (args_info.begin_arg < 0 || args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
153 <                sprintf( painCave.errMsg,
154 <                         "below conditions are not satisfied:\n"
155 <                         "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
156 <                painCave.severity = OPENMD_ERROR;
157 <                painCave.isFatal = 1;
158 <                simError();                    
159 <            }
160 <            batchMode = true;        
161 <        } else{
162 <            sprintf( painCave.errMsg,
163 <                     "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
164 <                     " or --molname, --begin, --end are specified\n");
165 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
166 <            painCave.isFatal = 1;
167 <            simError();        
168 <    
169 <        }
171 >  RealType maxLen;
172 >  RealType zmaxLen;
173 >  if (args_info.length_given) {
174 >    maxLen = args_info.length_arg;
175 >    if (args_info.zlength_given){
176 >      zmaxLen = args_info.zlength_arg;
177      }
178 +  } else {
179 +    Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
180 +    maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
181 +    zmaxLen = hmat(2,2);    
182 +  }    
183 +  
184 +  StaticAnalyser* analyser;
185 +  if (args_info.gofr_given){
186 +    analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
187 +                       args_info.nbins_arg);        
188 +  } else if (args_info.gofz_given) {
189 +    analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
190 +                       args_info.nbins_arg);
191 +  } else if (args_info.r_z_given) {
192 +    analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
193 +                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
194 +  } else if (args_info.r_theta_given) {
195 +    if (args_info.sele3_given)
196 +      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3, maxLen,
197 +                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
198 +    else
199 +      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
200 +                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
201 +  } else if (args_info.r_omega_given) {
202 +    if (args_info.sele3_given)
203 +      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3, maxLen,
204 +                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
205 +    else
206 +      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
207 +                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
208  
209 <    //parse md file and set up the system
210 <    SimCreator creator;
211 <    std::cout << "dumpFile = " << dumpFileName << "\n";
212 <    SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
213 <
214 <    RealType maxLen;
215 <    RealType zmaxLen;
216 <    if (args_info.length_given) {
217 <        maxLen = args_info.length_arg;
218 <        if (args_info.zlength_given){
219 <            zmaxLen = args_info.zlength_arg;
183 <        }
209 >  } else if (args_info.theta_omega_given) {
210 >    if (args_info.sele3_given)
211 >      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3,
212 >                                args_info.nanglebins_arg);
213 >    else
214 >      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
215 >                                args_info.nanglebins_arg);
216 >  } else if (args_info.gxyz_given) {
217 >    if (args_info.refsele_given) {
218 >      analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,
219 >                           args_info.refsele_arg, maxLen, args_info.nbins_arg);
220      } else {
221 <        Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
222 <        maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
223 <        zmaxLen = hmat(2,2);    
221 >      sprintf( painCave.errMsg,
222 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
223 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
224 >      painCave.isFatal = 1;
225 >      simError();  
226 >    }
227 >  } else if (args_info.twodgofr_given){
228 >    if (args_info.dz_given) {
229 >      analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
230 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
231 >    } else {
232 >      sprintf( painCave.errMsg,
233 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
234 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
235 >      painCave.isFatal = 1;
236 >      simError();
237      }    
238 <
239 <    StaticAnalyser* analyser;
240 <    if (args_info.gofr_given){
241 <        analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
242 <                           args_info.nbins_arg);        
243 <    } else if (args_info.gofz_given) {
244 <        analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
245 <                           args_info.nbins_arg);
246 <    } else if (args_info.r_z_given) {
247 <        analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
248 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
249 <    } else if (args_info.r_theta_given) {
250 <        analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
251 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
252 <    } else if (args_info.r_omega_given) {
253 <        analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
254 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
255 <    } else if (args_info.theta_omega_given) {
256 <        analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
257 <                                  args_info.nanglebins_arg);
258 <    } else if (args_info.gxyz_given) {
259 <        if (args_info.refsele_given) {
260 <            analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
261 <                                 maxLen, args_info.nbins_arg);        
262 <        } else {
263 <            sprintf( painCave.errMsg,
264 <                     "--refsele must set when --gxyz is used");
265 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
266 <            painCave.isFatal = 1;
267 <            simError();  
268 <        }
269 <    } else if (args_info.twodgofr_given){
270 <      if (args_info.dz_given) {
271 <        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
272 <                               args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
238 >  } else if (args_info.p2_given) {
239 >    if (args_info.sele1_given) {    
240 >      if (args_info.sele2_given)
241 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
242 >      else
243 >        if (args_info.seleoffset_given)
244 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
245 >                                           args_info.seleoffset_arg);
246 >        else
247 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1);
248 >    } else {
249 >      sprintf( painCave.errMsg,
250 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when calculating P2 order parameters");
251 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
252 >      painCave.isFatal = 1;
253 >      simError();
254 >    }
255 >  } else if (args_info.rp2_given){
256 >    analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
257 >  } else if (args_info.bo_given){
258 >    if (args_info.rcut_given) {
259 >      analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
260 >                                        args_info.rcut_arg,
261 >                                        args_info.nbins_arg);
262 >    } else {
263 >      sprintf( painCave.errMsg,
264 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
265 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
266 >      painCave.isFatal = 1;
267 >      simError();
268 >    }
269 >  } else if (args_info.multipole_given){
270 >    analyser = new MultipoleSum(info, dumpFileName, sele1,
271 >                                maxLen, args_info.nbins_arg);
272 >  } else if (args_info.tet_param_given) {
273 >    if (args_info.rcut_given) {  
274 >      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
275 >                                         args_info.rcut_arg,
276 >                                         args_info.nbins_arg);
277 >    } else {
278 >      sprintf( painCave.errMsg,
279 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
280 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
281 >      painCave.isFatal = 1;
282 >      simError();
283 >    }
284 >  } else if (args_info.tet_param_z_given) {
285 >    if (args_info.rcut_given) {  
286 >      analyser = new TetrahedralityParamZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
287 >                                          args_info.rcut_arg,
288 >                                          args_info.nbins_arg);
289 >    } else {
290 >      sprintf( painCave.errMsg,
291 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
292 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
293 >      painCave.isFatal = 1;
294 >      simError();
295 >    }
296 >  } else if (args_info.tet_param_xyz_given) {
297 >    if (!args_info.rcut_given) {
298 >      sprintf( painCave.errMsg,
299 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating"
300 >               " Tetrahedrality Parameters");
301 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
302 >      painCave.isFatal = 1;
303 >      simError();
304 >    }
305 >    if (!args_info.voxelSize_given) {
306 >      sprintf( painCave.errMsg,
307 >               "A voxel size must be specified when calculating"
308 >               " volume-resolved Tetrahedrality Parameters");
309 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
310 >      painCave.isFatal = 1;
311 >      simError();
312 >    }
313 >    if (!args_info.gaussWidth_given) {
314 >      sprintf( painCave.errMsg,
315 >               "A gaussian width must be specified when calculating"
316 >               " volume-resolved Tetrahedrality Parameters");
317 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
318 >      painCave.isFatal = 1;
319 >      simError();
320 >    }
321 >    analyser = new TetrahedralityParamXYZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
322 >                                          args_info.rcut_arg,
323 >                                          args_info.voxelSize_arg,
324 >                                          args_info.gaussWidth_arg);
325 >  } else if (args_info.ior_given){
326 >    if (args_info.rcut_given) {
327 >      analyser = new IcosahedralOfR(info, dumpFileName, sele1,
328 >                                    args_info.rcut_arg,
329 >                                    args_info.nbins_arg, maxLen);
330 >    } else {
331 >      sprintf( painCave.errMsg,
332 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
333 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
334 >      painCave.isFatal = 1;
335 >      simError();
336 >    }
337 >  } else if (args_info.for_given){
338 >    if (args_info.rcut_given) {
339 >      analyser = new FCCOfR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
340 >                            args_info.nbins_arg, maxLen);
341 >    } else {
342 >      sprintf( painCave.errMsg,
343 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
344 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
345 >      painCave.isFatal = 1;
346 >      simError();
347 >    }
348 >  } else if (args_info.bad_given){
349 >    if (args_info.rcut_given) {
350 >      analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1,
351 >                                           args_info.rcut_arg,
352 >                                           args_info.nbins_arg);
353 >    } else {
354 >      sprintf( painCave.errMsg,
355 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
356 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
357 >      painCave.isFatal = 1;
358 >      simError();
359 >    }
360 >  } else if (args_info.scd_given) {
361 >    if (batchMode) {
362 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
363 >                                        args_info.molname_arg,
364 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
365 >    } else{
366 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
367 >                                        sele1, sele2, sele3);
368 >    }
369 >  }else if (args_info.density_given) {
370 >    analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
371 >                              args_info.nbins_arg);  
372 >  } else if (args_info.count_given) {
373 >    analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
374 >  } else if (args_info.slab_density_given) {
375 >    analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
376 >  } else if (args_info.rnemdz_given) {
377 >    analyser = new RNEMDZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
378 >  } else if (args_info.rnemdr_given) {
379 >    analyser = new RNEMDR(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
380 >  } else if (args_info.rnemdrt_given) {
381 >    analyser = new RNEMDRTheta(info, dumpFileName, sele1,
382 >                               args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
383 >  } else if (args_info.nitrile_given) {
384 >    analyser = new NitrileFrequencyMap(info, dumpFileName, sele1,
385 >                                       args_info.nbins_arg);
386 >  } else if (args_info.p_angle_given) {
387 >    if (args_info.sele1_given) {    
388 >      if (args_info.sele2_given)
389 >        analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, sele2,
390 >                               args_info.nbins_arg);
391 >      else
392 >        if (args_info.seleoffset_given) {
393 >          if (args_info.seleoffset2_given) {
394 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
395 >                                   args_info.seleoffset_arg,
396 >                                   args_info.seleoffset2_arg,
397 >                                   args_info.nbins_arg);
398 >          } else {
399 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
400 >                                   args_info.seleoffset_arg,
401 >                                   args_info.nbins_arg);
402 >          }
403 >        } else
404 >          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
405 >                                 args_info.nbins_arg);
406 >    } else {
407 >      sprintf( painCave.errMsg,
408 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when "
409 >               "calculating P(angle) distributions");
410 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
411 >      painCave.isFatal = 1;
412 >      simError();
413 >    }
414 > #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
415 >  }else if (args_info.hxy_given) {
416 >    analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
417 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
418 > #endif
419 >  }else if (args_info.surfDiffusion_given){
420 >    analyser = new SurfaceDiffusion(info, dumpFileName, sele1, maxLen);
421 >  }else if (args_info.rho_r_given) {
422 >    if (args_info.radius_given){
423 >      analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
424 >    }else{
425 >      sprintf( painCave.errMsg,
426 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
427 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
428 >      painCave.isFatal = 1;
429 >      simError();
430 >    }
431 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
432 >    analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
433 >  } else if (args_info.rodlength_given) {
434 >    analyser = new NanoLength(info, dumpFileName, sele1);
435 >  } else if (args_info.angle_r_given) {
436 >    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
437 >  } else if (args_info.hbond_given){
438 >    if (args_info.rcut_given) {
439 >      if (args_info.thetacut_given) {
440 >        
441 >        analyser = new HBondGeometric(info, dumpFileName, sele1, sele2,
442 >                                      args_info.rcut_arg,
443 >                                      args_info.thetacut_arg,
444 >                                      args_info.nbins_arg);
445        } else {
446          sprintf( painCave.errMsg,
447 <                 "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
447 >                 "A cutoff angle (thetacut) must be specified when calculating Hydrogen Bonding Statistics");
448          painCave.severity = OPENMD_ERROR;
449          painCave.isFatal = 1;
450          simError();
451        }
452 <    } else if (args_info.p2_given) {
453 <        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
454 <    } else if (args_info.rp2_given){
455 <        analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
456 <    } else if (args_info.bo_given){
457 <        if (args_info.rcut_given) {
458 <            analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
459 <                                              args_info.rcut_arg,
239 <                                              args_info.nbins_arg);
240 <        } else {
241 <            sprintf( painCave.errMsg,
242 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
243 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
244 <            painCave.isFatal = 1;
245 <            simError();
246 <        }
247 <    } else if (args_info.bor_given){
248 <        if (args_info.rcut_given) {
249 <            analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
250 <                                  args_info.nbins_arg, maxLen);
251 <        } else {
252 <            sprintf( painCave.errMsg,
253 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
254 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
255 <            painCave.isFatal = 1;
256 <            simError();
257 <        }
258 <    } else if (args_info.bad_given){
259 <        if (args_info.rcut_given) {
260 <            analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
261 <                                                 args_info.nbins_arg);
262 <        } else {
263 <            sprintf( painCave.errMsg,
264 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
265 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
266 <            painCave.isFatal = 1;
267 <            simError();
268 <        }
269 <    } else if (args_info.scd_given) {
270 <        if (batchMode) {
271 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
272 <                                              args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
273 <        } else{
274 <            std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
275 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
276 <        }
277 <    }else if (args_info.density_given) {
278 <        analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
279 <                                  args_info.nbins_arg);  
280 <    } else if (args_info.slab_density_given) {
281 <        analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
282 <    } else if (args_info.p_angle_given) {
283 <        analyser = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
284 < #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
285 <    }else if (args_info.hxy_given) {
286 <        analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
287 <                           args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
288 < #endif
289 <    }else if (args_info.rho_r_given) {
290 <        if (args_info.radius_given){
291 <            analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
292 <        }else{
293 <            sprintf( painCave.errMsg,
294 <                     "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
295 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
296 <            painCave.isFatal = 1;
297 <            simError();
298 <        }
299 <    }else if (args_info.hullvol_given) {
300 <        analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
301 <    }
452 >    } else {
453 >      sprintf( painCave.errMsg,
454 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Hydrogen Bonding Statistics");
455 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
456 >      painCave.isFatal = 1;
457 >      simError();
458 >    }    
459 >  }
460    
461 <    if (args_info.output_given) {
462 <        analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
463 <    }
464 <    if (args_info.step_given) {
465 <        analyser->setStep(args_info.step_arg);
466 <    }
467 <
468 <    analyser->process();
469 <
470 <    delete analyser;    
471 <    delete info;
472 <
473 <    return 0;  
461 >  if (args_info.output_given) {
462 >    analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
463 >  }
464 >  if (args_info.step_given) {
465 >    analyser->setStep(args_info.step_arg);
466 >  }
467 >  
468 >  analyser->process();
469 >  
470 >  delete analyser;    
471 >  delete info;
472 >  
473 >  return 0;  
474   }
317 –

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines