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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1454 by gezelter, Wed Jun 23 19:25:02 2010 UTC vs.
Revision 2031 by jmichalk, Fri Oct 31 18:40:40 2014 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include <iostream>
44   #include <fstream>
45   #include <string>
46  
46 – #include "brains/Register.hpp"
47   #include "brains/SimCreator.hpp"
48   #include "brains/SimInfo.hpp"
49   #include "io/DumpReader.hpp"
# Line 64 | Line 64
64   #include "applications/staticProps/RippleOP.hpp"
65   #include "applications/staticProps/SCDOrderParameter.hpp"
66   #include "applications/staticProps/DensityPlot.hpp"
67 + #include "applications/staticProps/ObjectCount.hpp"
68   #include "applications/staticProps/RhoZ.hpp"
69   #include "applications/staticProps/pAngle.hpp"
70   #include "applications/staticProps/BondAngleDistribution.hpp"
71   #include "applications/staticProps/NanoVolume.hpp"
72 + #include "applications/staticProps/NanoLength.hpp"
73   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
74   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
75   #endif
76   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamZ.hpp"
80 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamXYZ.hpp"
81 + #include "applications/staticProps/RNEMDStats.hpp"
82 + #include "applications/staticProps/NitrileFrequencyMap.hpp"
83 + #include "applications/staticProps/MultipoleSum.hpp"
84 + #include "applications/staticProps/SurfaceDiffusion.hpp"
85  
86   using namespace OpenMD;
87  
88   int main(int argc, char* argv[]){
89    
90 <    //register force fields
91 <    registerForceFields();
92 <
93 <    gengetopt_args_info args_info;
94 <
95 <    //parse the command line option
96 <    if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
97 <        exit(1) ;
98 <    }
99 <
100 <    //get the dumpfile name
101 <    std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
102 <    std::string sele1;
103 <    std::string sele2;
104 <    bool userSpecifiedSelect1;
105 <    bool userSpecifiedSelect2;
106 <
107 <    // check the first selection argument, or set it to the environment
108 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
109 <
110 <    if (args_info.sele1_given) {
111 <        sele1 = args_info.sele1_arg;
90 >  
91 >  gengetopt_args_info args_info;
92 >  
93 >  //parse the command line option
94 >  if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
95 >    exit(1) ;
96 >  }
97 >  
98 >  //get the dumpfile name
99 >  std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
100 >  std::string sele1;
101 >  std::string sele2;
102 >  std::string sele3;
103 >  
104 >  // check the first selection argument, or set it to the environment
105 >  // variable, or failing that, set it to "select all"
106 >  
107 >  if (args_info.sele1_given) {
108 >    sele1 = args_info.sele1_arg;
109 >  } else {
110 >    char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
111 >    if (sele1Env) {
112 >      sele1 = sele1Env;
113      } else {
114 <        char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
104 <        if (sele1Env) {
105 <            sele1 = sele1Env;
106 <        } else {
107 <            sele1 = "select all";
108 <        }
114 >      sele1 = "select all";
115      }
116 <
111 <    // check the second selection argument, or set it to the environment
112 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
116 >  }
117    
118 <    if (args_info.sele2_given) {
119 <        sele2 = args_info.sele2_arg;
120 <    } else {
121 <        char* sele2Env = getenv("SELECTION1");
122 <        if (sele2Env) {
123 <            sele2 = sele2Env;            
124 <        } else {
125 <            sele2 = "select all";
126 <        }
118 >  // check the second selection argument, or set it to the environment
119 >  // variable, or failing that, set it to the first selection
120 >  
121 >  if (args_info.sele2_given) {
122 >    sele2 = args_info.sele2_arg;
123 >  } else {
124 >    char* sele2Env = getenv("SELECTION2");
125 >    if (sele2Env) {
126 >      sele2 = sele2Env;            
127 >    } else {
128 >      //If sele2 is not specified, then the default behavior
129 >      //should be what is already intended for sele1
130 >      sele2 = sele1;
131      }
132 +  }
133  
134 +  // check the third selection argument, which is only set if
135 +  // requested by the user
136  
137 <    // Problems if sele1 wasn't specified, but
127 < // if (!args_info.scd_given) {
128 < //       sprintf( painCave.errMsg,
129 < //                "neither --sele1 option nor $SELECTION1 is set");
130 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
131 < //       painCave.isFatal = 1;
132 < //       simError();
133 < //     }
134 < //   }
137 >  if (args_info.sele3_given) sele3 = args_info.sele3_arg;
138  
139 <    // Problems if sele1 wasn't specified
140 <
141 < //     if(!args_info.scd_given && !args_info.density_given && !args_info.slab_density_given)  {
142 < //       sprintf( painCave.errMsg,
143 < //                "neither --sele2 option nor $SELECTION1 is set");
144 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
145 < //       painCave.isFatal = 1;
146 < //       simError();        
147 < //     }
145 < //   }
146 <
147 <    bool batchMode;
148 <    if (args_info.scd_given){
149 <        if (args_info.sele1_given && args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
150 <            batchMode = false;
151 <        } else if (args_info.molname_given && args_info.begin_given && args_info.end_given) {
152 <            if (args_info.begin_arg < 0 || args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
153 <                sprintf( painCave.errMsg,
154 <                         "below conditions are not satisfied:\n"
155 <                         "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
156 <                painCave.severity = OPENMD_ERROR;
157 <                painCave.isFatal = 1;
158 <                simError();                    
159 <            }
160 <            batchMode = true;        
161 <        } else{
162 <            sprintf( painCave.errMsg,
163 <                     "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
164 <                     " or --molname, --begin, --end are specified\n");
165 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
166 <            painCave.isFatal = 1;
167 <            simError();        
168 <    
169 <        }
170 <    }
171 <
172 <    //parse md file and set up the system
173 <    SimCreator creator;
174 <    std::cout << "dumpFile = " << dumpFileName << "\n";
175 <    SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
176 <
177 <    RealType maxLen;
178 <    RealType zmaxLen;
179 <    if (args_info.length_given) {
180 <        maxLen = args_info.length_arg;
181 <        if (args_info.zlength_given){
182 <            zmaxLen = args_info.zlength_arg;
183 <        }
184 <    } else {
185 <        Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
186 <        maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
187 <        zmaxLen = hmat(2,2);    
188 <    }    
189 <
190 <    StaticAnalyser* analyser;
191 <    if (args_info.gofr_given){
192 <        analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
193 <                           args_info.nbins_arg);        
194 <    } else if (args_info.gofz_given) {
195 <        analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
196 <                           args_info.nbins_arg);
197 <    } else if (args_info.r_z_given) {
198 <        analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
199 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
200 <    } else if (args_info.r_theta_given) {
201 <        analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
202 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
203 <    } else if (args_info.r_omega_given) {
204 <        analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
205 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
206 <    } else if (args_info.theta_omega_given) {
207 <        analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
208 <                                  args_info.nanglebins_arg);
209 <    } else if (args_info.gxyz_given) {
210 <        if (args_info.refsele_given) {
211 <            analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
212 <                                 maxLen, args_info.nbins_arg);        
213 <        } else {
214 <            sprintf( painCave.errMsg,
215 <                     "--refsele must set when --gxyz is used");
216 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
217 <            painCave.isFatal = 1;
218 <            simError();  
219 <        }
220 <    } else if (args_info.twodgofr_given){
221 <      if (args_info.dz_given) {
222 <        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
223 <                               args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
224 <      } else {
139 >  bool batchMode;
140 >  if (args_info.scd_given){
141 >    if (args_info.sele1_given &&
142 >        args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
143 >      batchMode = false;
144 >    } else if (args_info.molname_given &&
145 >               args_info.begin_given && args_info.end_given) {
146 >      if (args_info.begin_arg < 0 ||
147 >          args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
148          sprintf( painCave.errMsg,
149 <                 "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
149 >                 "below conditions are not satisfied:\n"
150 >                 "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
151          painCave.severity = OPENMD_ERROR;
152          painCave.isFatal = 1;
153 <        simError();
153 >        simError();                    
154        }
155 <    } else if (args_info.p2_given) {
156 <        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
157 <    } else if (args_info.rp2_given){
158 <        analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
159 <    } else if (args_info.bo_given){
160 <        if (args_info.rcut_given) {
161 <            analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
162 <                                              args_info.rcut_arg,
239 <                                              args_info.nbins_arg);
240 <        } else {
241 <            sprintf( painCave.errMsg,
242 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
243 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
244 <            painCave.isFatal = 1;
245 <            simError();
246 <        }
247 <    } else if (args_info.bor_given){
248 <        if (args_info.rcut_given) {
249 <            analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
250 <                                  args_info.nbins_arg, maxLen);
251 <        } else {
252 <            sprintf( painCave.errMsg,
253 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
254 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
255 <            painCave.isFatal = 1;
256 <            simError();
257 <        }
258 <    } else if (args_info.bad_given){
259 <        if (args_info.rcut_given) {
260 <            analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
261 <                                                 args_info.nbins_arg);
262 <        } else {
263 <            sprintf( painCave.errMsg,
264 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
265 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
266 <            painCave.isFatal = 1;
267 <            simError();
268 <        }
269 <    } else if (args_info.scd_given) {
270 <        if (batchMode) {
271 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
272 <                                              args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
273 <        } else{
274 <            std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
275 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
276 <        }
277 <    }else if (args_info.density_given) {
278 <        analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
279 <                                  args_info.nbins_arg);  
280 <    } else if (args_info.slab_density_given) {
281 <        analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
282 <    } else if (args_info.p_angle_given) {
283 <        analyser = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
284 < #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
285 <    }else if (args_info.hxy_given) {
286 <        analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
287 <                           args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
288 < #endif
289 <    }else if (args_info.rho_r_given) {
290 <        if (args_info.radius_given){
291 <            analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
292 <        }else{
293 <            sprintf( painCave.errMsg,
294 <                     "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
295 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
296 <            painCave.isFatal = 1;
297 <            simError();
298 <        }
299 <    }else if (args_info.hullvol_given) {
300 <        analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
155 >      batchMode = true;        
156 >    } else{
157 >      sprintf( painCave.errMsg,
158 >               "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
159 >               " or --molname, --begin, --end are specified\n");
160 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
161 >      painCave.isFatal = 1;
162 >      simError();
163      }
164 +  }
165    
166 <    if (args_info.output_given) {
167 <        analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
166 >  //parse md file and set up the system
167 >  SimCreator creator;
168 >  SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
169 >
170 >  RealType maxLen;
171 >  RealType zmaxLen;
172 >  if (args_info.length_given) {
173 >    maxLen = args_info.length_arg;
174 >    if (args_info.zlength_given){
175 >      zmaxLen = args_info.zlength_arg;
176      }
177 <    if (args_info.step_given) {
178 <        analyser->setStep(args_info.step_arg);
179 <    }
177 >  } else {
178 >    Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
179 >    maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
180 >    zmaxLen = hmat(2,2);    
181 >  }    
182 >  
183 >  StaticAnalyser* analyser;
184 >  if (args_info.gofr_given){
185 >    analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
186 >                       args_info.nbins_arg);        
187 >  } else if (args_info.gofz_given) {
188 >    analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
189 >                       args_info.nbins_arg);
190 >  } else if (args_info.r_z_given) {
191 >    analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
192 >                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
193 >  } else if (args_info.r_theta_given) {
194 >    if (args_info.sele3_given)
195 >      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3, maxLen,
196 >                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
197 >    else
198 >      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
199 >                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
200 >  } else if (args_info.r_omega_given) {
201 >    if (args_info.sele3_given)
202 >      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3, maxLen,
203 >                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
204 >    else
205 >      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
206 >                                args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
207  
208 <    analyser->process();
209 <
210 <    delete analyser;    
211 <    delete info;
212 <
213 <    return 0;  
208 >  } else if (args_info.theta_omega_given) {
209 >    if (args_info.sele3_given)
210 >      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3,
211 >                                args_info.nanglebins_arg);
212 >    else
213 >      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
214 >                                args_info.nanglebins_arg);
215 >  } else if (args_info.gxyz_given) {
216 >    if (args_info.refsele_given) {
217 >      analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,
218 >                           args_info.refsele_arg, maxLen, args_info.nbins_arg);
219 >    } else {
220 >      sprintf( painCave.errMsg,
221 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
222 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
223 >      painCave.isFatal = 1;
224 >      simError();  
225 >    }
226 >  } else if (args_info.twodgofr_given){
227 >    if (args_info.dz_given) {
228 >      analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
229 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
230 >    } else {
231 >      sprintf( painCave.errMsg,
232 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
233 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
234 >      painCave.isFatal = 1;
235 >      simError();
236 >    }    
237 >  } else if (args_info.p2_given) {
238 >    if (args_info.sele1_given) {    
239 >      if (args_info.sele2_given)
240 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
241 >      else
242 >        if (args_info.seleoffset_given)
243 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
244 >                                           args_info.seleoffset_arg);
245 >        else
246 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1);
247 >    } else {
248 >      sprintf( painCave.errMsg,
249 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when calculating P2 order parameters");
250 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
251 >      painCave.isFatal = 1;
252 >      simError();
253 >    }
254 >  } else if (args_info.rp2_given){
255 >    analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
256 >  } else if (args_info.bo_given){
257 >    if (args_info.rcut_given) {
258 >      analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
259 >                                        args_info.rcut_arg,
260 >                                        args_info.nbins_arg);
261 >    } else {
262 >      sprintf( painCave.errMsg,
263 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
264 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
265 >      painCave.isFatal = 1;
266 >      simError();
267 >    }
268 >  } else if (args_info.multipole_given){
269 >    analyser = new MultipoleSum(info, dumpFileName, sele1,
270 >                                maxLen, args_info.nbins_arg);
271 >  } else if (args_info.tet_param_given) {
272 >    if (args_info.rcut_given) {  
273 >      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
274 >                                         args_info.rcut_arg,
275 >                                         args_info.nbins_arg);
276 >    } else {
277 >      sprintf( painCave.errMsg,
278 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
279 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
280 >      painCave.isFatal = 1;
281 >      simError();
282 >    }
283 >  } else if (args_info.tet_param_z_given) {
284 >    if (args_info.rcut_given) {  
285 >      analyser = new TetrahedralityParamZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
286 >                                          args_info.rcut_arg,
287 >                                          args_info.nbins_arg);
288 >    } else {
289 >      sprintf( painCave.errMsg,
290 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
291 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
292 >      painCave.isFatal = 1;
293 >      simError();
294 >    }
295 >  } else if (args_info.tet_param_xyz_given) {
296 >    if (!args_info.rcut_given) {
297 >      sprintf( painCave.errMsg,
298 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating"
299 >               " Tetrahedrality Parameters");
300 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
301 >      painCave.isFatal = 1;
302 >      simError();
303 >    }
304 >    if (!args_info.voxelSize_given) {
305 >      sprintf( painCave.errMsg,
306 >               "A voxel size must be specified when calculating"
307 >               " volume-resolved Tetrahedrality Parameters");
308 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
309 >      painCave.isFatal = 1;
310 >      simError();
311 >    }
312 >    if (!args_info.gaussWidth_given) {
313 >      sprintf( painCave.errMsg,
314 >               "A gaussian width must be specified when calculating"
315 >               " volume-resolved Tetrahedrality Parameters");
316 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
317 >      painCave.isFatal = 1;
318 >      simError();
319 >    }
320 >    analyser = new TetrahedralityParamXYZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
321 >                                          args_info.rcut_arg,
322 >                                          args_info.voxelSize_arg,
323 >                                          args_info.gaussWidth_arg);
324 >  } else if (args_info.ior_given){
325 >    if (args_info.rcut_given) {
326 >      analyser = new IcosahedralOfR(info, dumpFileName, sele1,
327 >                                    args_info.rcut_arg,
328 >                                    args_info.nbins_arg, maxLen);
329 >    } else {
330 >      sprintf( painCave.errMsg,
331 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
332 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
333 >      painCave.isFatal = 1;
334 >      simError();
335 >    }
336 >  } else if (args_info.for_given){
337 >    if (args_info.rcut_given) {
338 >      analyser = new FCCOfR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
339 >                            args_info.nbins_arg, maxLen);
340 >    } else {
341 >      sprintf( painCave.errMsg,
342 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
343 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
344 >      painCave.isFatal = 1;
345 >      simError();
346 >    }
347 >  } else if (args_info.bad_given){
348 >    if (args_info.rcut_given) {
349 >      analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1,
350 >                                           args_info.rcut_arg,
351 >                                           args_info.nbins_arg);
352 >    } else {
353 >      sprintf( painCave.errMsg,
354 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
355 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
356 >      painCave.isFatal = 1;
357 >      simError();
358 >    }
359 >  } else if (args_info.scd_given) {
360 >    if (batchMode) {
361 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
362 >                                        args_info.molname_arg,
363 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
364 >    } else{
365 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
366 >                                        sele1, sele2, sele3);
367 >    }
368 >  }else if (args_info.density_given) {
369 >    analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
370 >                              args_info.nbins_arg);  
371 >  } else if (args_info.count_given) {
372 >    analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
373 >  } else if (args_info.slab_density_given) {
374 >    analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
375 >  } else if (args_info.rnemdz_given) {
376 >    analyser = new RNEMDZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
377 >  } else if (args_info.rnemdr_given) {
378 >    analyser = new RNEMDR(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
379 >  } else if (args_info.rnemdrt_given) {
380 >    analyser = new RNEMDRTheta(info, dumpFileName, sele1,
381 >                               args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
382 >  } else if (args_info.nitrile_given) {
383 >    analyser = new NitrileFrequencyMap(info, dumpFileName, sele1,
384 >                                       args_info.nbins_arg);
385 >  } else if (args_info.p_angle_given) {
386 >    if (args_info.sele1_given) {    
387 >      if (args_info.sele2_given)
388 >        analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, sele2,
389 >                               args_info.nbins_arg);
390 >      else
391 >        if (args_info.seleoffset_given) {
392 >          if (args_info.seleoffset2_given) {
393 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
394 >                                   args_info.seleoffset_arg,
395 >                                   args_info.seleoffset2_arg,
396 >                                   args_info.nbins_arg);
397 >          } else {
398 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
399 >                                   args_info.seleoffset_arg,
400 >                                   args_info.nbins_arg);
401 >          }
402 >        } else
403 >          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
404 >                                 args_info.nbins_arg);
405 >    } else {
406 >      sprintf( painCave.errMsg,
407 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when "
408 >               "calculating P(angle) distributions");
409 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
410 >      painCave.isFatal = 1;
411 >      simError();
412 >    }
413 > #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
414 >  }else if (args_info.hxy_given) {
415 >    analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
416 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
417 > #endif
418 >  }else if (args_info.surfDiffusion_given){
419 >    analyser = new SurfaceDiffusion(info, dumpFileName, sele1, maxLen);
420 >  }else if (args_info.rho_r_given) {
421 >    if (args_info.radius_given){
422 >      analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
423 >    }else{
424 >      sprintf( painCave.errMsg,
425 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
426 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
427 >      painCave.isFatal = 1;
428 >      simError();
429 >    }
430 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
431 >    analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
432 >  } else if (args_info.rodlength_given) {
433 >    analyser = new NanoLength(info, dumpFileName, sele1);
434 >  } else if (args_info.angle_r_given) {
435 >    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
436 >  }
437 >  
438 >  if (args_info.output_given) {
439 >    analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
440 >  }
441 >  if (args_info.step_given) {
442 >    analyser->setStep(args_info.step_arg);
443 >  }
444 >  
445 >  analyser->process();
446 >  
447 >  delete analyser;    
448 >  delete info;
449 >  
450 >  return 0;  
451   }
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