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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1454 by gezelter, Wed Jun 23 19:25:02 2010 UTC vs.
Revision 1998 by gezelter, Fri May 30 19:48:35 2014 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include <iostream>
44   #include <fstream>
45   #include <string>
46  
46 – #include "brains/Register.hpp"
47   #include "brains/SimCreator.hpp"
48   #include "brains/SimInfo.hpp"
49   #include "io/DumpReader.hpp"
# Line 64 | Line 64
64   #include "applications/staticProps/RippleOP.hpp"
65   #include "applications/staticProps/SCDOrderParameter.hpp"
66   #include "applications/staticProps/DensityPlot.hpp"
67 + #include "applications/staticProps/ObjectCount.hpp"
68   #include "applications/staticProps/RhoZ.hpp"
69   #include "applications/staticProps/pAngle.hpp"
70   #include "applications/staticProps/BondAngleDistribution.hpp"
71   #include "applications/staticProps/NanoVolume.hpp"
72 + #include "applications/staticProps/NanoLength.hpp"
73   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
74   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
75   #endif
76   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamZ.hpp"
80 + #include "applications/staticProps/RNEMDStats.hpp"
81 + #include "applications/staticProps/NitrileFrequencyMap.hpp"
82 + #include "applications/staticProps/MultipoleSum.hpp"
83  
84   using namespace OpenMD;
85  
86   int main(int argc, char* argv[]){
87    
88 <    //register force fields
89 <    registerForceFields();
90 <
91 <    gengetopt_args_info args_info;
92 <
93 <    //parse the command line option
94 <    if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
95 <        exit(1) ;
96 <    }
97 <
98 <    //get the dumpfile name
99 <    std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
100 <    std::string sele1;
101 <    std::string sele2;
102 <    bool userSpecifiedSelect1;
103 <    bool userSpecifiedSelect2;
104 <
105 <    // check the first selection argument, or set it to the environment
106 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
107 <
108 <    if (args_info.sele1_given) {
109 <        sele1 = args_info.sele1_arg;
88 >  
89 >  gengetopt_args_info args_info;
90 >  
91 >  //parse the command line option
92 >  if (cmdline_parser (argc, argv, &args_info) != 0) {
93 >    exit(1) ;
94 >  }
95 >  
96 >  //get the dumpfile name
97 >  std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
98 >  std::string sele1;
99 >  std::string sele2;
100 >  
101 >  // check the first selection argument, or set it to the environment
102 >  // variable, or failing that, set it to "select all"
103 >  
104 >  if (args_info.sele1_given) {
105 >    sele1 = args_info.sele1_arg;
106 >  } else {
107 >    char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
108 >    if (sele1Env) {
109 >      sele1 = sele1Env;
110      } else {
111 <        char*  sele1Env= getenv("SELECTION1");
104 <        if (sele1Env) {
105 <            sele1 = sele1Env;
106 <        } else {
107 <            sele1 = "select all";
108 <        }
111 >      sele1 = "select all";
112      }
113 <
111 <    // check the second selection argument, or set it to the environment
112 <    // variable, or failing that, set it to "select all"
113 >  }
114    
115 <    if (args_info.sele2_given) {
116 <        sele2 = args_info.sele2_arg;
117 <    } else {
118 <        char* sele2Env = getenv("SELECTION1");
119 <        if (sele2Env) {
120 <            sele2 = sele2Env;            
121 <        } else {
122 <            sele2 = "select all";
123 <        }
115 >  // check the second selection argument, or set it to the environment
116 >  // variable, or failing that, set it to the first selection
117 >  
118 >  if (args_info.sele2_given) {
119 >    sele2 = args_info.sele2_arg;
120 >  } else {
121 >    char* sele2Env = getenv("SELECTION2");
122 >    if (sele2Env) {
123 >      sele2 = sele2Env;            
124 >    } else {
125 >      //If sele2 is not specified, then the default behavior
126 >      //should be what is already intended for sele1
127 >      sele2 = sele1;
128      }
129 +  }
130  
131 <
132 <    // Problems if sele1 wasn't specified, but
133 < // if (!args_info.scd_given) {
134 < //       sprintf( painCave.errMsg,
135 < //                "neither --sele1 option nor $SELECTION1 is set");
136 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
137 < //       painCave.isFatal = 1;
138 < //       simError();
139 < //     }
134 < //   }
135 <
136 <    // Problems if sele1 wasn't specified
137 <
138 < //     if(!args_info.scd_given && !args_info.density_given && !args_info.slab_density_given)  {
139 < //       sprintf( painCave.errMsg,
140 < //                "neither --sele2 option nor $SELECTION1 is set");
141 < //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
142 < //       painCave.isFatal = 1;
143 < //       simError();        
144 < //     }
145 < //   }
146 <
147 <    bool batchMode;
148 <    if (args_info.scd_given){
149 <        if (args_info.sele1_given && args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
150 <            batchMode = false;
151 <        } else if (args_info.molname_given && args_info.begin_given && args_info.end_given) {
152 <            if (args_info.begin_arg < 0 || args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
153 <                sprintf( painCave.errMsg,
154 <                         "below conditions are not satisfied:\n"
155 <                         "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
156 <                painCave.severity = OPENMD_ERROR;
157 <                painCave.isFatal = 1;
158 <                simError();                    
159 <            }
160 <            batchMode = true;        
161 <        } else{
162 <            sprintf( painCave.errMsg,
163 <                     "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
164 <                     " or --molname, --begin, --end are specified\n");
165 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
166 <            painCave.isFatal = 1;
167 <            simError();        
168 <    
169 <        }
170 <    }
171 <
172 <    //parse md file and set up the system
173 <    SimCreator creator;
174 <    std::cout << "dumpFile = " << dumpFileName << "\n";
175 <    SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
176 <
177 <    RealType maxLen;
178 <    RealType zmaxLen;
179 <    if (args_info.length_given) {
180 <        maxLen = args_info.length_arg;
181 <        if (args_info.zlength_given){
182 <            zmaxLen = args_info.zlength_arg;
183 <        }
184 <    } else {
185 <        Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
186 <        maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
187 <        zmaxLen = hmat(2,2);    
188 <    }    
189 <
190 <    StaticAnalyser* analyser;
191 <    if (args_info.gofr_given){
192 <        analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
193 <                           args_info.nbins_arg);        
194 <    } else if (args_info.gofz_given) {
195 <        analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
196 <                           args_info.nbins_arg);
197 <    } else if (args_info.r_z_given) {
198 <        analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
199 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
200 <    } else if (args_info.r_theta_given) {
201 <        analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
202 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
203 <    } else if (args_info.r_omega_given) {
204 <        analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
205 <                                  args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
206 <    } else if (args_info.theta_omega_given) {
207 <        analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
208 <                                  args_info.nanglebins_arg);
209 <    } else if (args_info.gxyz_given) {
210 <        if (args_info.refsele_given) {
211 <            analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
212 <                                 maxLen, args_info.nbins_arg);        
213 <        } else {
214 <            sprintf( painCave.errMsg,
215 <                     "--refsele must set when --gxyz is used");
216 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
217 <            painCave.isFatal = 1;
218 <            simError();  
219 <        }
220 <    } else if (args_info.twodgofr_given){
221 <      if (args_info.dz_given) {
222 <        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
223 <                               args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
224 <      } else {
131 >  bool batchMode;
132 >  if (args_info.scd_given){
133 >    if (args_info.sele1_given &&
134 >        args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
135 >      batchMode = false;
136 >    } else if (args_info.molname_given &&
137 >               args_info.begin_given && args_info.end_given) {
138 >      if (args_info.begin_arg < 0 ||
139 >          args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
140          sprintf( painCave.errMsg,
141 <                 "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
141 >                 "below conditions are not satisfied:\n"
142 >                 "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
143          painCave.severity = OPENMD_ERROR;
144          painCave.isFatal = 1;
145 <        simError();
145 >        simError();                    
146        }
147 <    } else if (args_info.p2_given) {
148 <        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
149 <    } else if (args_info.rp2_given){
150 <        analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
151 <    } else if (args_info.bo_given){
152 <        if (args_info.rcut_given) {
153 <            analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
154 <                                              args_info.rcut_arg,
155 <                                              args_info.nbins_arg);
156 <        } else {
157 <            sprintf( painCave.errMsg,
158 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
159 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
160 <            painCave.isFatal = 1;
161 <            simError();
162 <        }
163 <    } else if (args_info.bor_given){
164 <        if (args_info.rcut_given) {
165 <            analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
166 <                                  args_info.nbins_arg, maxLen);
167 <        } else {
252 <            sprintf( painCave.errMsg,
253 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
254 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
255 <            painCave.isFatal = 1;
256 <            simError();
257 <        }
258 <    } else if (args_info.bad_given){
259 <        if (args_info.rcut_given) {
260 <            analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
261 <                                                 args_info.nbins_arg);
262 <        } else {
263 <            sprintf( painCave.errMsg,
264 <                     "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
265 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
266 <            painCave.isFatal = 1;
267 <            simError();
268 <        }
269 <    } else if (args_info.scd_given) {
270 <        if (batchMode) {
271 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
272 <                                              args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
273 <        } else{
274 <            std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
275 <            analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
276 <        }
277 <    }else if (args_info.density_given) {
278 <        analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
279 <                                  args_info.nbins_arg);  
280 <    } else if (args_info.slab_density_given) {
281 <        analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
282 <    } else if (args_info.p_angle_given) {
283 <        analyser = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
284 < #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
285 <    }else if (args_info.hxy_given) {
286 <        analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
287 <                           args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
288 < #endif
289 <    }else if (args_info.rho_r_given) {
290 <        if (args_info.radius_given){
291 <            analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
292 <        }else{
293 <            sprintf( painCave.errMsg,
294 <                     "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
295 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
296 <            painCave.isFatal = 1;
297 <            simError();
298 <        }
299 <    }else if (args_info.hullvol_given) {
300 <        analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
147 >      batchMode = true;        
148 >    } else{
149 >      sprintf( painCave.errMsg,
150 >               "either --sele1, --sele2, --sele3 are specified,"
151 >               " or --molname, --begin, --end are specified\n");
152 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
153 >      painCave.isFatal = 1;
154 >      simError();
155 >    }
156 >  }
157 >  
158 >  //parse md file and set up the system
159 >  SimCreator creator;
160 >  SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
161 >
162 >  RealType maxLen;
163 >  RealType zmaxLen;
164 >  if (args_info.length_given) {
165 >    maxLen = args_info.length_arg;
166 >    if (args_info.zlength_given){
167 >      zmaxLen = args_info.zlength_arg;
168      }
169 +  } else {
170 +    Mat3x3d hmat = info->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot()->getHmat();
171 +    maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
172 +    zmaxLen = hmat(2,2);    
173 +  }    
174    
175 <    if (args_info.output_given) {
176 <        analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
175 >  StaticAnalyser* analyser;
176 >  if (args_info.gofr_given){
177 >    analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
178 >                       args_info.nbins_arg);        
179 >  } else if (args_info.gofz_given) {
180 >    analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
181 >                       args_info.nbins_arg);
182 >  } else if (args_info.r_z_given) {
183 >    analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
184 >                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
185 >  } else if (args_info.r_theta_given) {
186 >    analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
187 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
188 >  } else if (args_info.r_omega_given) {
189 >    analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
190 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
191 >  } else if (args_info.theta_omega_given) {
192 >    analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
193 >                              args_info.nanglebins_arg);
194 >  } else if (args_info.gxyz_given) {
195 >    if (args_info.refsele_given) {
196 >      analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,
197 >                           args_info.refsele_arg, maxLen, args_info.nbins_arg);
198 >    } else {
199 >      sprintf( painCave.errMsg,
200 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
201 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
202 >      painCave.isFatal = 1;
203 >      simError();  
204      }
205 <    if (args_info.step_given) {
206 <        analyser->setStep(args_info.step_arg);
205 >  } else if (args_info.twodgofr_given){
206 >    if (args_info.dz_given) {
207 >      analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
208 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
209 >    } else {
210 >      sprintf( painCave.errMsg,
211 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
212 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
213 >      painCave.isFatal = 1;
214 >      simError();
215 >    }    
216 >  } else if (args_info.p2_given) {
217 >    if (args_info.sele1_given) {    
218 >      if (args_info.sele2_given)
219 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
220 >      else
221 >        if (args_info.seleoffset_given)
222 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
223 >                                           args_info.seleoffset_arg);
224 >        else
225 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1);
226 >    } else {
227 >      sprintf( painCave.errMsg,
228 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when calculating P2 order parameters");
229 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
230 >      painCave.isFatal = 1;
231 >      simError();
232      }
233 <
234 <    analyser->process();
235 <
236 <    delete analyser;    
237 <    delete info;
238 <
239 <    return 0;  
233 >  } else if (args_info.rp2_given){
234 >    analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
235 >  } else if (args_info.bo_given){
236 >    if (args_info.rcut_given) {
237 >      analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
238 >                                        args_info.rcut_arg,
239 >                                        args_info.nbins_arg);
240 >    } else {
241 >      sprintf( painCave.errMsg,
242 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
243 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
244 >      painCave.isFatal = 1;
245 >      simError();
246 >    }
247 >  } else if (args_info.multipole_given){
248 >    if (args_info.rcut_given) {
249 >      analyser = new MultipoleSum(info, dumpFileName, sele1,
250 >                                        args_info.rcut_arg);
251 >    } else {
252 >      sprintf( painCave.errMsg,
253 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Multipole Sums");
254 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
255 >      painCave.isFatal = 1;
256 >      simError();
257 >    }
258 >    
259 >  } else if (args_info.tet_param_given) {
260 >    if (args_info.rcut_given) {  
261 >      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
262 >                                         args_info.rcut_arg,
263 >                                         args_info.nbins_arg);
264 >    } else {
265 >      sprintf( painCave.errMsg,
266 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
267 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
268 >      painCave.isFatal = 1;
269 >      simError();
270 >    }
271 >  } else if (args_info.tet_param_z_given) {
272 >    if (args_info.rcut_given) {  
273 >      analyser = new TetrahedralityParamZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
274 >                                          args_info.rcut_arg,
275 >                                          args_info.nbins_arg);
276 >    } else {
277 >      sprintf( painCave.errMsg,
278 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
279 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
280 >      painCave.isFatal = 1;
281 >      simError();
282 >    }
283 >  } else if (args_info.ior_given){
284 >    if (args_info.rcut_given) {
285 >      analyser = new IcosahedralOfR(info, dumpFileName, sele1,
286 >                                    args_info.rcut_arg,
287 >                                    args_info.nbins_arg, maxLen);
288 >    } else {
289 >      sprintf( painCave.errMsg,
290 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
291 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
292 >      painCave.isFatal = 1;
293 >      simError();
294 >    }
295 >  } else if (args_info.for_given){
296 >    if (args_info.rcut_given) {
297 >      analyser = new FCCOfR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
298 >                            args_info.nbins_arg, maxLen);
299 >    } else {
300 >      sprintf( painCave.errMsg,
301 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
302 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
303 >      painCave.isFatal = 1;
304 >      simError();
305 >    }
306 >  } else if (args_info.bad_given){
307 >    if (args_info.rcut_given) {
308 >      analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1,
309 >                                           args_info.rcut_arg,
310 >                                           args_info.nbins_arg);
311 >    } else {
312 >      sprintf( painCave.errMsg,
313 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
314 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
315 >      painCave.isFatal = 1;
316 >      simError();
317 >    }
318 >  } else if (args_info.scd_given) {
319 >    if (batchMode) {
320 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
321 >                                        args_info.molname_arg,
322 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
323 >    } else{
324 >      std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
325 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
326 >                                        sele1, sele2, sele3);
327 >    }
328 >  }else if (args_info.density_given) {
329 >    analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
330 >                              args_info.nbins_arg);  
331 >  } else if (args_info.count_given) {
332 >    analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
333 >  } else if (args_info.slab_density_given) {
334 >    analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
335 >  } else if (args_info.rnemdz_given) {
336 >    analyser = new RNEMDZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
337 >  } else if (args_info.rnemdr_given) {
338 >    analyser = new RNEMDR(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
339 >  } else if (args_info.rnemdrt_given) {
340 >    analyser = new RNEMDRTheta(info, dumpFileName, sele1,
341 >                               args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
342 >  } else if (args_info.nitrile_given) {
343 >    analyser = new NitrileFrequencyMap(info, dumpFileName, sele1,
344 >                                       args_info.nbins_arg);
345 >  } else if (args_info.p_angle_given) {
346 >    if (args_info.sele1_given) {    
347 >      if (args_info.sele2_given)
348 >        analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, sele2,
349 >                               args_info.nbins_arg);
350 >      else
351 >        if (args_info.seleoffset_given) {
352 >          if (args_info.seleoffset2_given) {
353 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
354 >                                   args_info.seleoffset_arg,
355 >                                   args_info.seleoffset2_arg,
356 >                                   args_info.nbins_arg);
357 >          } else {
358 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
359 >                                   args_info.seleoffset_arg,
360 >                                   args_info.nbins_arg);
361 >          }
362 >        } else
363 >          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
364 >                                 args_info.nbins_arg);
365 >    } else {
366 >      sprintf( painCave.errMsg,
367 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when "
368 >               "calculating P(angle) distributions");
369 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
370 >      painCave.isFatal = 1;
371 >      simError();
372 >    }
373 > #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
374 >  }else if (args_info.hxy_given) {
375 >    analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
376 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
377 > #endif
378 >  }else if (args_info.rho_r_given) {
379 >    if (args_info.radius_given){
380 >      analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
381 >    }else{
382 >      sprintf( painCave.errMsg,
383 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
384 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
385 >      painCave.isFatal = 1;
386 >      simError();
387 >    }
388 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
389 >    analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
390 >  } else if (args_info.rodlength_given) {
391 >    analyser = new NanoLength(info, dumpFileName, sele1);
392 >  } else if (args_info.angle_r_given) {
393 >    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
394 >  }
395 >  
396 >  if (args_info.output_given) {
397 >    analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
398 >  }
399 >  if (args_info.step_given) {
400 >    analyser->setStep(args_info.step_arg);
401 >  }
402 >  
403 >  analyser->process();
404 >  
405 >  delete analyser;    
406 >  delete info;
407 >  
408 >  return 0;  
409   }
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