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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1513 by gezelter, Tue Oct 19 18:40:54 2010 UTC vs.
Revision 1994 by gezelter, Wed Apr 30 18:50:45 2014 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include <iostream>
44   #include <fstream>
45   #include <string>
46  
46 – #include "brains/Register.hpp"
47   #include "brains/SimCreator.hpp"
48   #include "brains/SimInfo.hpp"
49   #include "io/DumpReader.hpp"
# Line 69 | Line 69
69   #include "applications/staticProps/pAngle.hpp"
70   #include "applications/staticProps/BondAngleDistribution.hpp"
71   #include "applications/staticProps/NanoVolume.hpp"
72 + #include "applications/staticProps/NanoLength.hpp"
73   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
74   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
75   #endif
76   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParamZ.hpp"
80 + #include "applications/staticProps/RNEMDStats.hpp"
81 + #include "applications/staticProps/NitrileFrequencyMap.hpp"
82  
83   using namespace OpenMD;
84  
85   int main(int argc, char* argv[]){
86    
81 –  //register force fields
82 –  registerForceFields();
87    
88    gengetopt_args_info args_info;
89    
# Line 92 | Line 96 | int main(int argc, char* argv[]){
96    std::string dumpFileName = args_info.input_arg;
97    std::string sele1;
98    std::string sele2;
95 –  bool userSpecifiedSelect1;
96 –  bool userSpecifiedSelect2;
99    
100    // check the first selection argument, or set it to the environment
101    // variable, or failing that, set it to "select all"
# Line 110 | Line 112 | int main(int argc, char* argv[]){
112    }
113    
114    // check the second selection argument, or set it to the environment
115 <  // variable, or failing that, set it to "select all"
115 >  // variable, or failing that, set it to the first selection
116    
117    if (args_info.sele2_given) {
118      sele2 = args_info.sele2_arg;
119    } else {
120 <    char* sele2Env = getenv("SELECTION1");
120 >    char* sele2Env = getenv("SELECTION2");
121      if (sele2Env) {
122        sele2 = sele2Env;            
123      } else {
124 <      sele2 = "select all";
124 >      //If sele2 is not specified, then the default behavior
125 >      //should be what is already intended for sele1
126 >      sele2 = sele1;
127      }
128    }
129 <  
126 <  
127 <  // Problems if sele1 wasn't specified, but
128 <  // if (!args_info.scd_given) {
129 <  //       sprintf( painCave.errMsg,
130 <  //                "neither --sele1 option nor $SELECTION1 is set");
131 <  //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
132 <  //       painCave.isFatal = 1;
133 <  //       simError();
134 <  //     }
135 <  //   }
136 <  
137 <  // Problems if sele1 wasn't specified
138 <  
139 <  //     if(!args_info.scd_given && !args_info.density_given && !args_info.slab_density_given)  {
140 <  //       sprintf( painCave.errMsg,
141 <  //                "neither --sele2 option nor $SELECTION1 is set");
142 <  //       painCave.severity = OPENMD_ERROR;
143 <  //       painCave.isFatal = 1;
144 <  //       simError();        
145 <  //     }
146 <  //   }
147 <  
129 >
130    bool batchMode;
131    if (args_info.scd_given){
132 <    if (args_info.sele1_given && args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
132 >    if (args_info.sele1_given &&
133 >        args_info.sele2_given && args_info.sele3_given) {
134        batchMode = false;
135 <    } else if (args_info.molname_given && args_info.begin_given && args_info.end_given) {
136 <      if (args_info.begin_arg < 0 || args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
135 >    } else if (args_info.molname_given &&
136 >               args_info.begin_given && args_info.end_given) {
137 >      if (args_info.begin_arg < 0 ||
138 >          args_info.end_arg < 0 || args_info.begin_arg > args_info.end_arg-2) {
139          sprintf( painCave.errMsg,
140                   "below conditions are not satisfied:\n"
141                   "0 <= begin && 0<= end && begin <= end-2\n");
# Line 165 | Line 150 | int main(int argc, char* argv[]){
150                 " or --molname, --begin, --end are specified\n");
151        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
152        painCave.isFatal = 1;
153 <      simError();        
169 <      
153 >      simError();
154      }
155    }
156    
157    //parse md file and set up the system
158    SimCreator creator;
175 –  std::cout << "dumpFile = " << dumpFileName << "\n";
159    SimInfo* info = creator.createSim(dumpFileName);
160  
161    RealType maxLen;
# Line 187 | Line 170 | int main(int argc, char* argv[]){
170      maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
171      zmaxLen = hmat(2,2);    
172    }    
173 <
173 >  
174    StaticAnalyser* analyser;
175    if (args_info.gofr_given){
176      analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
177 <                       args_info.nbins_arg);        
177 >                       args_info.nbins_arg);        
178    } else if (args_info.gofz_given) {
179      analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
180 <                       args_info.nbins_arg);
180 >                       args_info.nbins_arg);
181    } else if (args_info.r_z_given) {
182      analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
183 <                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
183 >                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
184    } else if (args_info.r_theta_given) {
185      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
186 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
186 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
187    } else if (args_info.r_omega_given) {
188      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
189 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
189 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
190    } else if (args_info.theta_omega_given) {
191      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
192 <                              args_info.nanglebins_arg);
192 >                              args_info.nanglebins_arg);
193    } else if (args_info.gxyz_given) {
194      if (args_info.refsele_given) {
195 <      analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
196 <                           maxLen, args_info.nbins_arg);        
195 >      analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,
196 >                           args_info.refsele_arg, maxLen, args_info.nbins_arg);
197      } else {
198        sprintf( painCave.errMsg,
199 <               "--refsele must set when --gxyz is used");
199 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
200        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
201        painCave.isFatal = 1;
202        simError();  
# Line 221 | Line 204 | int main(int argc, char* argv[]){
204    } else if (args_info.twodgofr_given){
205      if (args_info.dz_given) {
206        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
207 <                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
207 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
208      } else {
209        sprintf( painCave.errMsg,
210 <               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
210 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
211        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
212        painCave.isFatal = 1;
213        simError();
214 <    }
214 >    }    
215    } else if (args_info.p2_given) {
216 <    analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
216 >    if (args_info.sele1_given) {    
217 >      if (args_info.sele2_given)
218 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
219 >      else
220 >        if (args_info.seleoffset_given)
221 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
222 >                                           args_info.seleoffset_arg);
223 >        else
224 >          analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1);
225 >    } else {
226 >      sprintf( painCave.errMsg,
227 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when calculating P2 order parameters");
228 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
229 >      painCave.isFatal = 1;
230 >      simError();
231 >    }
232    } else if (args_info.rp2_given){
233      analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
234    } else if (args_info.bo_given){
235      if (args_info.rcut_given) {
236        analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
237 <                                        args_info.rcut_arg,
238 <                                        args_info.nbins_arg);
237 >                                        args_info.rcut_arg,
238 >                                        args_info.nbins_arg);
239      } else {
240        sprintf( painCave.errMsg,
241 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
241 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
242        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
243        painCave.isFatal = 1;
244        simError();
245      }
246 <  } else if (args_info.bor_given){
246 >    
247 >  } else if (args_info.tet_param_given) {
248 >    if (args_info.rcut_given) {  
249 >      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
250 >                                         args_info.rcut_arg,
251 >                                         args_info.nbins_arg);
252 >    } else {
253 >      sprintf( painCave.errMsg,
254 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
255 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
256 >      painCave.isFatal = 1;
257 >      simError();
258 >    }
259 >  } else if (args_info.tet_param_z_given) {
260 >    if (args_info.rcut_given) {  
261 >      analyser = new TetrahedralityParamZ(info, dumpFileName, sele1, sele2,
262 >                                          args_info.rcut_arg,
263 >                                          args_info.nbins_arg);
264 >    } else {
265 >      sprintf( painCave.errMsg,
266 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
267 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
268 >      painCave.isFatal = 1;
269 >      simError();
270 >    }
271 >  } else if (args_info.ior_given){
272      if (args_info.rcut_given) {
273 <      analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
274 <                            args_info.nbins_arg, maxLen);
273 >      analyser = new IcosahedralOfR(info, dumpFileName, sele1,
274 >                                    args_info.rcut_arg,
275 >                                    args_info.nbins_arg, maxLen);
276      } else {
277        sprintf( painCave.errMsg,
278 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
278 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
279        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
280        painCave.isFatal = 1;
281        simError();
282      }
283 +  } else if (args_info.for_given){
284 +    if (args_info.rcut_given) {
285 +      analyser = new FCCOfR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
286 +                            args_info.nbins_arg, maxLen);
287 +    } else {
288 +      sprintf( painCave.errMsg,
289 +               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
290 +      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
291 +      painCave.isFatal = 1;
292 +      simError();
293 +    }
294    } else if (args_info.bad_given){
295      if (args_info.rcut_given) {
296 <      analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
297 <                                           args_info.nbins_arg);
296 >      analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1,
297 >                                           args_info.rcut_arg,
298 >                                           args_info.nbins_arg);
299      } else {
300        sprintf( painCave.errMsg,
301 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
301 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
302        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
303        painCave.isFatal = 1;
304        simError();
305      }
306    } else if (args_info.scd_given) {
307      if (batchMode) {
308 <      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
309 <                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
308 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
309 >                                        args_info.molname_arg,
310 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
311      } else{
312        std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
313 <      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
313 >      analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName,
314 >                                        sele1, sele2, sele3);
315      }
316    }else if (args_info.density_given) {
317      analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
318 <                              args_info.nbins_arg);  
318 >                              args_info.nbins_arg);  
319    } else if (args_info.count_given) {
320      analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
321    } else if (args_info.slab_density_given) {
322      analyser = new RhoZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
323 +  } else if (args_info.rnemdz_given) {
324 +    analyser = new RNEMDZ(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
325 +  } else if (args_info.rnemdr_given) {
326 +    analyser = new RNEMDR(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
327 +  } else if (args_info.rnemdrt_given) {
328 +    analyser = new RNEMDRTheta(info, dumpFileName, sele1,
329 +                               args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
330 +  } else if (args_info.nitrile_given) {
331 +    analyser = new NitrileFrequencyMap(info, dumpFileName, sele1,
332 +                                       args_info.nbins_arg);
333    } else if (args_info.p_angle_given) {
334 <    analyser = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_arg);
334 >    if (args_info.sele1_given) {    
335 >      if (args_info.sele2_given)
336 >        analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1, sele2,
337 >                               args_info.nbins_arg);
338 >      else
339 >        if (args_info.seleoffset_given) {
340 >          if (args_info.seleoffset2_given) {
341 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
342 >                                   args_info.seleoffset_arg,
343 >                                   args_info.seleoffset2_arg,
344 >                                   args_info.nbins_arg);
345 >          } else {
346 >            analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
347 >                                   args_info.seleoffset_arg,
348 >                                   args_info.nbins_arg);
349 >          }
350 >        } else
351 >          analyser  = new pAngle(info, dumpFileName, sele1,
352 >                                 args_info.nbins_arg);
353 >    } else {
354 >      sprintf( painCave.errMsg,
355 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when "
356 >               "calculating P(angle) distributions");
357 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
358 >      painCave.isFatal = 1;
359 >      simError();
360 >    }
361   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
362    }else if (args_info.hxy_given) {
363      analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
364 <                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
364 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
365   #endif
366    }else if (args_info.rho_r_given) {
367      if (args_info.radius_given){
368        analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
369      }else{
370        sprintf( painCave.errMsg,
371 <               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
371 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
372        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
373        painCave.isFatal = 1;
374        simError();
375      }
376 <  }else if (args_info.hullvol_given) {
376 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
377      analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
378 +  } else if (args_info.rodlength_given) {
379 +    analyser = new NanoLength(info, dumpFileName, sele1);
380 +  } else if (args_info.angle_r_given) {
381 +    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
382    }
383    
384    if (args_info.output_given) {
# Line 309 | Line 387 | int main(int argc, char* argv[]){
387    if (args_info.step_given) {
388      analyser->setStep(args_info.step_arg);
389    }
390 <
390 >  
391    analyser->process();
392 <
392 >  
393    delete analyser;    
394    delete info;
395 <
395 >  
396    return 0;  
397   }
320 –

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines