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root/OpenMD/trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/staticProps/StaticProps.cpp (file contents):
Revision 1513 by gezelter, Tue Oct 19 18:40:54 2010 UTC vs.
Revision 1542 by gezelter, Thu Mar 3 20:32:49 2011 UTC

# Line 73 | Line 73
73   #include "applications/staticProps/Hxy.hpp"
74   #endif
75   #include "applications/staticProps/RhoR.hpp"
76 + #include "applications/staticProps/AngleR.hpp"
77 + #include "applications/staticProps/RhoAngleR.hpp"
78 + #include "applications/staticProps/TetrahedralityParam.hpp"
79  
80   using namespace OpenMD;
81  
# Line 187 | Line 190 | int main(int argc, char* argv[]){
190      maxLen = std::min(std::min(hmat(0, 0), hmat(1, 1)), hmat(2, 2)) /2.0;
191      zmaxLen = hmat(2,2);    
192    }    
193 <
193 >  
194    StaticAnalyser* analyser;
195    if (args_info.gofr_given){
196      analyser= new GofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
197 <                       args_info.nbins_arg);        
197 >                       args_info.nbins_arg);        
198    } else if (args_info.gofz_given) {
199      analyser= new GofZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
200 <                       args_info.nbins_arg);
200 >                       args_info.nbins_arg);
201    } else if (args_info.r_z_given) {
202      analyser  = new GofRZ(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen, zmaxLen,
203 <                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
203 >                          args_info.nbins_arg, args_info.nbins_z_arg);
204    } else if (args_info.r_theta_given) {
205      analyser  = new GofRTheta(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
206 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
206 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
207    } else if (args_info.r_omega_given) {
208      analyser  = new GofROmega(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
209 <                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
209 >                              args_info.nbins_arg, args_info.nanglebins_arg);
210    } else if (args_info.theta_omega_given) {
211      analyser  = new GofAngle2(info, dumpFileName, sele1, sele2,
212 <                              args_info.nanglebins_arg);
212 >                              args_info.nanglebins_arg);
213    } else if (args_info.gxyz_given) {
214      if (args_info.refsele_given) {
215        analyser= new GofXyz(info, dumpFileName, sele1, sele2,args_info.refsele_arg,
216 <                           maxLen, args_info.nbins_arg);        
216 >                           maxLen, args_info.nbins_arg);        
217      } else {
218        sprintf( painCave.errMsg,
219 <               "--refsele must set when --gxyz is used");
219 >               "--refsele must set when --gxyz is used");
220        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
221        painCave.isFatal = 1;
222        simError();  
# Line 221 | Line 224 | int main(int argc, char* argv[]){
224    } else if (args_info.twodgofr_given){
225      if (args_info.dz_given) {
226        analyser= new TwoDGofR(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
227 <                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
227 >                             args_info.dz_arg, args_info.nbins_arg);        
228      } else {
229        sprintf( painCave.errMsg,
230 <               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
230 >               "A slab width (dz) must be specified when calculating TwoDGofR");
231        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
232        painCave.isFatal = 1;
233        simError();
234 <    }
234 >    }    
235    } else if (args_info.p2_given) {
236 <    analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
236 >    if (args_info.sele1_given) {    
237 >      if (args_info.sele2_given)
238 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2);
239 >      else
240 >        analyser  = new P2OrderParameter(info, dumpFileName, sele1);
241 >    } else {
242 >      sprintf( painCave.errMsg,
243 >               "At least one selection script (--sele1) must be specified when calculating P2 order parameters");
244 >      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
245 >      painCave.isFatal = 1;
246 >      simError();
247 >    }
248    } else if (args_info.rp2_given){
249      analyser = new RippleOP(info, dumpFileName, sele1, sele2);
250    } else if (args_info.bo_given){
251      if (args_info.rcut_given) {
252        analyser = new BondOrderParameter(info, dumpFileName, sele1,
253 <                                        args_info.rcut_arg,
254 <                                        args_info.nbins_arg);
253 >                                        args_info.rcut_arg,
254 >                                        args_info.nbins_arg);
255      } else {
256        sprintf( painCave.errMsg,
257 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
257 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
258        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
259        painCave.isFatal = 1;
260        simError();
261      }
262 +    
263 +  } else if (args_info.tet_param_given) {
264 +    if (args_info.rcut_given) {  
265 +      analyser = new TetrahedralityParam(info, dumpFileName, sele1,
266 +                                         args_info.rcut_arg,
267 +                                         args_info.nbins_arg);
268 +    } else {
269 +      sprintf( painCave.errMsg,
270 +               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Tetrahedrality Parameters");
271 +      painCave.severity = OPENMD_ERROR;
272 +      painCave.isFatal = 1;
273 +      simError();
274 +    }
275    } else if (args_info.bor_given){
276      if (args_info.rcut_given) {
277        analyser = new BOPofR(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
278 <                            args_info.nbins_arg, maxLen);
278 >                            args_info.nbins_arg, maxLen);
279      } else {
280        sprintf( painCave.errMsg,
281 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
281 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Order Parameters");
282        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
283        painCave.isFatal = 1;
284        simError();
# Line 259 | Line 286 | int main(int argc, char* argv[]){
286    } else if (args_info.bad_given){
287      if (args_info.rcut_given) {
288        analyser = new BondAngleDistribution(info, dumpFileName, sele1, args_info.rcut_arg,
289 <                                           args_info.nbins_arg);
289 >                                           args_info.nbins_arg);
290      } else {
291        sprintf( painCave.errMsg,
292 <               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
292 >               "A cutoff radius (rcut) must be specified when calculating Bond Angle Distributions");
293        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
294        painCave.isFatal = 1;
295        simError();
296 <    }
296 >      }
297    } else if (args_info.scd_given) {
298      if (batchMode) {
299        analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, args_info.molname_arg,
300 <                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
300 >                                        args_info.begin_arg, args_info.end_arg);
301      } else{
302        std::string sele3 = args_info.sele3_arg;
303        analyser  = new SCDOrderParameter(info, dumpFileName, sele1, sele2, sele3);
304      }
305    }else if (args_info.density_given) {
306      analyser= new DensityPlot(info, dumpFileName, sele1, sele2, maxLen,
307 <                              args_info.nbins_arg);  
307 >                              args_info.nbins_arg);  
308    } else if (args_info.count_given) {
309      analyser = new ObjectCount(info, dumpFileName, sele1 );
310    } else if (args_info.slab_density_given) {
# Line 287 | Line 314 | int main(int argc, char* argv[]){
314   #if defined(HAVE_FFTW_H) || defined(HAVE_DFFTW_H) || defined(HAVE_FFTW3_H)
315    }else if (args_info.hxy_given) {
316      analyser = new Hxy(info, dumpFileName, sele1, args_info.nbins_x_arg,
317 <                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
317 >                       args_info.nbins_y_arg, args_info.nbins_arg);
318   #endif
319    }else if (args_info.rho_r_given) {
320      if (args_info.radius_given){
321        analyser = new RhoR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg,args_info.radius_arg);
322      }else{
323        sprintf( painCave.errMsg,
324 <               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
324 >               "A particle radius (radius) must be specified when calculating Rho(r)");
325        painCave.severity = OPENMD_ERROR;
326        painCave.isFatal = 1;
327        simError();
328      }
329 <  }else if (args_info.hullvol_given) {
329 >  } else if (args_info.hullvol_given) {
330      analyser = new NanoVolume(info, dumpFileName, sele1);
331 +  } else if (args_info.angle_r_given) {
332 +    analyser = new AngleR(info, dumpFileName, sele1, maxLen,args_info.nbins_arg);
333    }
334 <  
334 >    
335    if (args_info.output_given) {
336      analyser->setOutputName(args_info.output_arg);
337    }
338    if (args_info.step_given) {
339      analyser->setStep(args_info.step_arg);
340    }
341 <
341 >  
342    analyser->process();
343 <
343 >  
344    delete analyser;    
345    delete info;
346  

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> Changed lines