ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/trunk/src/applications/nanoRodBuilder/GeometryBuilder.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/applications/nanoRodBuilder/GeometryBuilder.cpp (file contents):
Revision 467 by chuckv, Mon Apr 11 21:37:30 2005 UTC vs.
Revision 542 by chuckv, Sun May 22 21:36:21 2005 UTC

# Line 19 | Line 19
19   *    publication of scientific results based in part on use of the
20   *    program.  An acceptable form of acknowledgement is citation of
21   *    the article in which the program was described (Matthew
22 <                                                                                                                                                                                                                        *    A. Meineke, Charles F. Vardeman II, Teng Lin, Christopher
23 <                                                                                                                                                                                                                        *    J. Fennell and J. Daniel Gezelter, "OOPSE: An Object-Oriented
22 > *    A. Meineke, Charles F. Vardeman II, Teng Lin, Christopher
23 > *    J. Fennell and J. Daniel Gezelter, "OOPSE: An Object-Oriented
24   *    Parallel Simulation Engine for Molecular Dynamics,"
25 <                                                                                                                                                                                                                        *    J. Comput. Chem. 26, pp. 252-271 (2005))
25 > *    J. Comput. Chem. 26, pp. 252-271 (2005))
26   *
27   * 2. Redistributions of source code must retain the above copyright
28   *    notice, this list of conditions and the following disclaimer.
# Line 60 | Line 60
60   #include <CGAL/aff_transformation_tags.h>
61   #include <iostream>
62   #include <algorithm>
63 + #include <fstream>
64 + #include <math.h>
65  
66 + using namespace std;
67   using namespace oopse;
68  
69   //typedef CGAL::Homogeneous<int>              Kernel;
# Line 92 | Line 95 | Polyhedron nanoRodPolyhedron;
95   //                                                                                                                              Kernel::RT s=RT(20),
96   //                                                                                                                              Kernel::RT hw = RT(1));
97  
98 +
99 +
100 +
101 +
102   // A modifier creating a triangle with the incremental builder.
103   template <class HDS>
104 < class Build_nanorod : public CGAL::Modifier_base<HDS> {
105 < public:
104 > class buildSingleCrystal : public CGAL::Modifier_base<HDS> {
105 > public:
106    Vertex_handle end1;
107    Vertex_handle neight1;
108 <                Vertex_handle end2;
108 >  Vertex_handle end2;
109    Vertex_handle neight2;
110 +  Vertex_handle neight3;
111    
112 <  Build_nanorod() {}
112 >  buildSingleCrystal() {}
113    void operator()( HDS& hds) {
114      // Postcondition: `hds' is a valid polyhedral surface.
115      CGAL::Polyhedron_incremental_builder_3<HDS> B( hds, true);
# Line 117 | Line 125 | class Build_nanorod : public CGAL::Modifier_base<HDS>
125      B.add_vertex( Point(-0.4874571845316,    0.4874571845315,  0.6709272557930));
126      B.add_vertex( Point(-0.7887222926324,   -0.4874571845315, -0.2562714077342)); //End vertex
127      end1 = B.add_vertex( Point( 0.0000000000000,    1.0000000000000,  0.0000000000000));
128 <    B.add_vertex( Point(-0.4874571845315,    -0.4874571845316,  0.6709272557930));
128 >    neight3 = B.add_vertex( Point(-0.4874571845315,    -0.4874571845316,  0.6709272557930));
129      neight1 = B.add_vertex( Point(-0.0000000000000,    0.4874571845316, -0.8293116961175));
130      B.add_vertex( Point( 0.0000000000000,    -0.4874571845316, -0.8293116961175));
131      B.add_vertex( Point( 0.4874571845315,    0.4874571845316,  0.6709272557930));
# Line 243 | Line 251 | bool GeometryBuilder::isInsidePolyhedron(double x, dou
251  
252   bool GeometryBuilder::isInsidePolyhedron(double x, double y, double z) {
253          
254 <        Point_3 point(x,y,z);
254 >  Point_3 point(x,y,z);
255    Plane_iterator i;
256    Facet_iterator j;
257    for ( i =nanoRodPolyhedron.planes_begin(), j = nanoRodPolyhedron.facets_begin(); i != nanoRodPolyhedron.planes_end() && j !=nanoRodPolyhedron.facets_end(); ++i, ++j) {
# Line 263 | Line 271 | GeometryBuilder::GeometryBuilder(double length,double
271  
272  
273   GeometryBuilder::GeometryBuilder(double length,double width) {
274 < // Create the geometry for nanorod
275 <  Build_nanorod<HalfedgeDS> nanorod;
274 >  // Create the geometry for nanorod
275 > buildSingleCrystal<HalfedgeDS> nanorod;
276    
277    nanoRodPolyhedron.delegate( nanorod);
278    
279 <        double y1 = nanorod.end1->point().y() - nanorod.neight1->point().y();
280 <        double y2 = nanorod.end2->point().y() - nanorod.neight2->point().y();
281 <        
282 <        CGAL::Aff_transformation_3<Kernel> aff_tranformation( width,
283 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
284 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
285 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
286 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
287 <                                                                                                                                                                                                                                length,
288 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
289 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
290 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
291 <                                                                                                                                                                                                                                0.0,
292 <                                                                                                                                                                                                                                width,
293 <                                                                                                                                                                                                                                0.0);  
294 <        std::transform( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(), nanoRodPolyhedron.points_begin(), aff_tranformation);
295 <        
296 <        Point_3 point1(nanorod.end1->point().x(), y1 + nanorod.neight1->point().y(), nanorod.end1->point().z());
297 <        Point_3 point2(nanorod.end2->point().x(), y2+ nanorod.neight2->point().y(), nanorod.end2->point().z());
298 <        nanorod.end1->point() = point1;
299 <        nanorod.end2->point() = point2;
279 >  double y1 = nanorod.end1->point().y() - nanorod.neight1->point().y();
280 >  double y2 = nanorod.end2->point().y() - nanorod.neight2->point().y();
281 >  
282 >  double endDist = sqrt(pow(nanorod.neight2->point().x() - nanorod.neight3->point().x(),2)+
283 >                        pow(nanorod.neight2->point().y() - nanorod.neight3->point().y(),2)+
284 >                        pow(nanorod.neight2->point().z() - nanorod.neight3->point().z(),2));
285 >  
286 >  double endRatio1 = y1/endDist;
287 >  double endRatio2 = y2/endDist;
288 >  
289 >  std::cout << "End dist is " << endDist <<" ratio " << endRatio1 << std::endl;
290 >  
291 >  CGAL::Aff_transformation_3<Kernel> aff_tranformation( width,
292 >                                                        0.0,
293 >                                                        0.0,
294 >                                                        0.0,
295 >                                                        0.0,
296 >                                                        length,
297 >                                                        0.0,
298 >                                                        0.0,
299 >                                                        0.0,
300 >                                                        0.0,
301 >                                                        width,
302 >                                                        0.0);  
303 >  std::transform( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(), nanoRodPolyhedron.points_begin(), aff_tranformation);
304          
293 –        // Construct normal vector for each face.
294 –        std::transform( nanoRodPolyhedron.facets_begin(), nanoRodPolyhedron.facets_end(), nanoRodPolyhedron.planes_begin(),
295 –                                                                        Normal_vector());
296 –        
305    
306 +  double endDist2 = sqrt(pow(nanorod.neight2->point().x() - nanorod.neight3->point().x(),2)+
307 +                        pow(nanorod.neight2->point().y() - nanorod.neight3->point().y(),2)+
308 +                        pow(nanorod.neight2->point().z() - nanorod.neight3->point().z(),2));
309 +  
310 +  Point_3 point1(nanorod.end1->point().x(), endDist2*endRatio1 + nanorod.neight1->point().y(), nanorod.end1->point().z());
311 +  Point_3 point2(nanorod.end2->point().x(), endDist2*endRatio2 + nanorod.neight2->point().y(), nanorod.end2->point().z());
312 +  nanorod.end1->point() = point1;
313 +  nanorod.end2->point() = point2;
314          
315 < }
315 >  // Construct normal vector for each face.
316 >  std::transform( nanoRodPolyhedron.facets_begin(), nanoRodPolyhedron.facets_end(), nanoRodPolyhedron.planes_begin(),
317 >                  Normal_vector());
318 > }      
319 >  void GeometryBuilder::dumpGeometry(const std::string& geomFileName){
320 >    
321 >     std::ofstream newGeomFile;
322 >    
323 >     //create new .md file based on old .md file
324 >     newGeomFile.open(geomFileName.c_str());
325 >    
326 >     // Write polyhedron in Object File Format (OFF).
327 >     CGAL::set_ascii_mode( std::cout);
328 >     newGeomFile << "OFF" << std::endl << nanoRodPolyhedron.size_of_vertices() << ' '
329 >        << nanoRodPolyhedron.size_of_facets() << " 0" << std::endl;
330 >     std::copy( nanoRodPolyhedron.points_begin(), nanoRodPolyhedron.points_end(),
331 >                std::ostream_iterator<Point_3>( newGeomFile, "\n"));
332 >     for (  Facet_iterator i = nanoRodPolyhedron.facets_begin(); i != nanoRodPolyhedron.facets_end(); ++i) {
333 >        Halfedge_facet_circulator j = i->facet_begin();
334 >        // Facets in polyhedral surfaces are at least triangles.
335 >        CGAL_assertion( CGAL::circulator_size(j) >= 3);
336 >        newGeomFile << CGAL::circulator_size(j) << ' ';
337 >        do {
338 >           newGeomFile << ' ' << std::distance(nanoRodPolyhedron.vertices_begin(), j->vertex());
339 >        } while ( ++j != i->facet_begin());
340 >        newGeomFile << std::endl;
341 >     }
342 >    
343 >     newGeomFile.close();
344 >    
345 >    
346 >  
347 >        
348 >  }
349  
350 +

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines