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root/OpenMD/branches/development/src/primitives/CutoffGroup.hpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/primitives/CutoffGroup.hpp (file contents):
Revision 246 by gezelter, Wed Jan 12 22:41:40 2005 UTC vs.
Revision 1211 by gezelter, Wed Jan 23 16:38:22 2008 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 47 | Line 47 | namespace oopse {
47   #include "math/Vector3.hpp"
48  
49   namespace oopse {
50 < class CutoffGroup {
51 <    public:
50 >  class CutoffGroup {
51 >  public:
52 >    
53 >    CutoffGroup() {
54 >      haveTotalMass = false;
55 >      totalMass = 0.0;
56 >    }
57 >    
58 >    void addAtom(Atom *atom) {
59 >      cutoffAtomList.push_back(atom);
60 >    }
61 >    
62 >    Atom *beginAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
63 >      i = cutoffAtomList.begin();
64 >      return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
65 >    }
66 >    
67 >    Atom *nextAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
68 >      i++;
69 >      return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
70 >    }
71  
72 <        CutoffGroup() {
73 <            haveTotalMass = false;
74 <            totalMass = 0.0;
75 <        }
76 <
77 <        void addAtom(Atom *atom) {
78 <            cutoffAtomList.push_back(atom);
79 <        }
80 <
81 <        Atom *beginAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
82 <            i = cutoffAtomList.begin();
83 <            return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
84 <        }
85 <
86 <        Atom *nextAtom(std::vector<Atom *>::iterator & i) {
87 <            i++;
88 <            return i != cutoffAtomList.end() ? *i : NULL;
89 <        }
90 <
91 <        double getMass() {
92 <            std::vector<Atom *>::iterator i;
93 <            Atom * atom;
94 <            double mass;
95 <
96 <            if (!haveTotalMass) {
97 <                totalMass = 0;
98 <
99 <                for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
100 <                    mass = atom->getMass();
101 <                    totalMass += mass;
102 <                }
103 <
104 <                haveTotalMass = true;
105 <            }
106 <
107 <            return totalMass;
108 <        }
109 <
110 <        void getCOM(Vector3d & com) {
111 <            std::vector<Atom *>::iterator i;
112 <            Atom * atom;
113 <            Vector3d pos;
114 <            double mass;
115 <
116 <            com[0] = 0;
117 <            com[1] = 0;
118 <            com[2] = 0;
119 <            totalMass = getMass();
120 <
121 <            if (cutoffAtomList.size() == 1) {
122 <                com = beginAtom(i)->getPos();
123 <            } else {
124 <                for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
125 <                    mass = atom->getMass();
126 <                    pos = atom->getPos();
127 <                    com += pos * mass;
128 <                }
129 <
130 <                com /= totalMass;
131 <            }
132 <        }
133 <
134 <        int getNumAtom() {
135 <            return cutoffAtomList.size();
117 <        }
118 <
119 <        int getGlobalIndex() {
120 <            return globalIndex;
121 <        }
122 <
123 <        void setGlobalIndex(int id) {
124 <            this->globalIndex = id;
125 <        }
126 <
127 <    private:
128 <
129 <        std::vector<Atom *>cutoffAtomList;
130 <        bool haveTotalMass;
131 <        double totalMass;
132 <        int globalIndex;
133 < };
134 <
135 < }      //end namespace oopse
136 <
72 >    std::vector<Atom*> getAtoms() { return cutoffAtomList; }
73 >    RealType getMass() {
74 >      std::vector<Atom *>::iterator i;
75 >      Atom * atom;
76 >      RealType mass;
77 >      
78 >      if (!haveTotalMass) {
79 >        totalMass = 0;
80 >        
81 >        for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
82 >          mass = atom->getMass();
83 >          totalMass += mass;
84 >        }
85 >        
86 >        haveTotalMass = true;
87 >      }
88 >      
89 >      return totalMass;
90 >    }
91 >    
92 >    void getCOM(Vector3d & com) {
93 >      std::vector<Atom *>::iterator i;
94 >      Atom * atom;
95 >      Vector3d pos;
96 >      RealType mass;
97 >      
98 >      com[0] = 0;
99 >      com[1] = 0;
100 >      com[2] = 0;
101 >      totalMass = getMass();
102 >      
103 >      if (cutoffAtomList.size() == 1) {
104 >        com = beginAtom(i)->getPos();
105 >      } else {
106 >        for(atom = beginAtom(i); atom != NULL; atom = nextAtom(i)) {
107 >          mass = atom->getMass();
108 >          pos = atom->getPos();
109 >          com += pos * mass;
110 >        }
111 >        
112 >        com /= totalMass;
113 >      }
114 >    }
115 >    
116 >    int getNumAtom() {
117 >      return cutoffAtomList.size();
118 >    }
119 >    
120 >    int getGlobalIndex() {
121 >      return globalIndex;
122 >    }
123 >    
124 >    void setGlobalIndex(int id) {
125 >      this->globalIndex = id;
126 >    }
127 >    
128 >  private:
129 >    
130 >    std::vector<Atom *>cutoffAtomList;
131 >    bool haveTotalMass;
132 >    RealType totalMass;
133 >    int globalIndex;
134 >  };  
135 > } //end namespace oopse
136   #endif //PRIMITIVES_CUTOFFGROUP_HPP  

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> Changed lines