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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1503 by gezelter, Sat Oct 2 19:53:32 2010 UTC vs.
Revision 1504 by gezelter, Sat Oct 2 20:41:53 2010 UTC

# Line 231 | Line 231 | namespace OpenMD {
231        }
232      }
233    }
234 –
235 –
236 –  void InteractionManager::doPrePair(AtomType* atype1,
237 –                                     AtomType* atype2,
238 –                                     RealType rij,
239 –                                     RealType &rho_i_at_j,
240 –                                     RealType &rho_j_at_i) {
241 –    
242 –  }
234    
244 –  void InteractionManager::doPreForce(AtomType* atype,
245 –                                      RealType rho,      
246 –                                      RealType &frho,
247 –                                      RealType &dfrhodrho) {
248 –  }
249 –
250 –  void InteractionManager::doSkipCorrection(AtomType* atype1,      
251 –                                            AtomType* atype2,
252 –                                            Vector3d d,
253 –                                            RealType rij,
254 –                                            RealType &skippedCharge1,
255 –                                            RealType &skippedCharge2,
256 –                                            RealType sw,
257 –                                            RealType electroMult,
258 –                                            RealType &pot,
259 –                                            RealType &vpair,
260 –                                            Vector3d &f1,
261 –                                            Mat3x3d eFrame1,
262 –                                            Mat3x3d eFrame2,
263 –                                            Vector3d &t1,
264 –                                            Vector3d &t2) {
265 –  }
266 –  
267 –  void InteractionManager::doSelfCorrection(AtomType* atype,
268 –                                            Mat3x3d eFrame,
269 –                                            RealType skippedCharge,
270 –                                            RealType &pot,
271 –                                            Vector3d &t) {
272 –  }
273 –
235    void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
236      
237      if (!initialized_) initialize();
238 <    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
239 <    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
240 <    
241 <    doPrePair(atype1, atype2, *rij, *rho_i_at_j, *rho_j_at_i);
238 >          
239 >    DensityData ddat;
240 >
241 >    ddat.atype1 = typeMap_[*atid1];
242 >    ddat.atype2 = typeMap_[*atid2];
243 >    ddat.rij = *rij;
244 >    ddat.rho_i_at_j = *rho_i_at_j;
245 >    ddat.rho_j_at_i = *rho_j_at_i;
246 >
247 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(ddat.atype1, ddat.atype2);
248 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
249 >
250 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
251 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
252 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(ddat);
253 >      }
254 >    }
255      
256      return;    
257    }
258 <
258 >  
259    void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
260  
261 <    if (!initialized_) initialize();    
262 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
261 >    if (!initialized_) initialize();
262 >          
263 >    FunctionalData fdat;
264  
265 <    doPreForce(atype, *rho, *frho, *dfrhodrho);
265 >    fdat.atype = typeMap_[*atid];
266 >    fdat.rho = *rho;
267 >    fdat.frho = *frho;
268 >    fdat.dfrhodrho = *dfrhodrho;
269 >
270 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(fdat.atype, fdat.atype);
271 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
272      
273 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
274 +      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
275 +        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(fdat);
276 +      }
277 +    }
278 +    
279      return;    
280    }
281  
282    void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
283 <
283 >    
284      if (!initialized_) initialize();
285 <          
285 >    
286      InteractionData idat;
287 <
287 >    
288      idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
289      idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
290      idat.d = Vector3d(d);
# Line 347 | Line 334 | namespace OpenMD {
334    void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
335  
336      if (!initialized_) initialize();
337 <          
338 <    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
339 <    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
340 <    Vector3d disp(d);
341 <    Vector3d frc(f1);
342 <    Vector3d trq1(t1);
343 <    Vector3d trq2(t2);
344 <    Mat3x3d eFi(eFrame1);
345 <    Mat3x3d eFj(eFrame2);
346 <      
347 <    doSkipCorrection(atype1, atype2, disp, *r, *skippedCharge1, *skippedCharge2, *sw,
348 <                     *electroMult, *pot,  *vpair, frc, eFi, eFj, trq1, trq2);
337 >    
338 >    SkipCorrectionData skdat;
339 >    
340 >    skdat.atype1 = typeMap_[*atid1];
341 >    skdat.atype2 = typeMap_[*atid2];
342 >    skdat.d = Vector3d(d);
343 >    skdat.rij = *r;
344 >    skdat.skippedCharge1 = *skippedCharge1;
345 >    skdat.skippedCharge2 = *skippedCharge2;
346 >    skdat.sw = *sw;
347 >    skdat.electroMult = *electroMult;
348 >    skdat.pot = *pot;
349 >    skdat.vpair = *vpair;
350 >    skdat.f1 = Vector3d(f1);
351 >    skdat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
352 >    skdat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
353 >    skdat.t1 = Vector3d(t1);
354 >    skdat.t2 = Vector3d(t2);
355  
356 <    f1[0] = frc.x();
357 <    f1[1] = frc.y();
358 <    f1[2] = frc.z();
356 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(skdat.atype1, skdat.atype2);
357 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
358 >
359 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
360 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
361 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSkipCorrection(skdat);
362 >      }
363 >    }
364      
365 <    t1[0] = trq1.x();
366 <    t1[1] = trq1.y();
367 <    t1[2] = trq1.z();
365 >    f1[0] = skdat.f1.x();
366 >    f1[1] = skdat.f1.y();
367 >    f1[2] = skdat.f1.z();
368      
369 <    t2[0] = trq2.x();
370 <    t2[1] = trq2.y();
371 <    t2[2] = trq2.z();
369 >    t1[0] = skdat.t1.x();
370 >    t1[1] = skdat.t1.y();
371 >    t1[2] = skdat.t1.z();
372 >    
373 >    t2[0] = skdat.t2.x();
374 >    t2[1] = skdat.t2.y();
375 >    t2[2] = skdat.t2.z();
376  
377 <    return;
377 >    return;    
378    }
379  
380    void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
381  
382      if (!initialized_) initialize();
383 <          
384 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
385 <    Mat3x3d eFi(eFrame);
386 <    Vector3d trq1(t);
387 <      
388 <    doSelfCorrection(atype, eFi, *skippedCharge, *pot, trq1);
383 >    
384 >    SelfCorrectionData scdat;
385 >    
386 >    scdat.atype = typeMap_[*atid];
387 >    scdat.eFrame = Mat3x3d(eFrame);
388 >    scdat.skippedCharge = *skippedCharge;
389 >    scdat.pot = *pot;
390 >    scdat.t = Vector3d(t);
391  
392 <    t[0] = trq1.x();
393 <    t[1] = trq1.y();
390 <    t[2] = trq1.z();
392 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(scdat.atype, scdat.atype);
393 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
394  
395 <    return;
395 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
396 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
397 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(scdat);
398 >      }
399 >    }
400 >        
401 >    t[0] = scdat.t.x();
402 >    t[1] = scdat.t.y();
403 >    t[2] = scdat.t.z();
404 >
405 >    return;    
406    }
407  
408   } //end namespace OpenMD
# Line 418 | Line 431 | extern "C" {
431    }
432    
433    void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
434 <                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,
435 <                     RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1,
436 <                     RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
437 <                     RealType *t1, RealType *t2,
438 <                     RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2,
439 <                     RealType *fshift1, RealType *fshift2){
434 >                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw,
435 >                     RealType *vdwMult, RealType *electroMult, RealType *pot,
436 >                     RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1,
437 >                     RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
438 >                     RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2,
439 >                     RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1,
440 >                     RealType *fshift2){
441      
442      return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
443                                                             sw, vdwMult, electroMult, pot,

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