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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1874 by gezelter, Wed May 15 15:09:35 2013 UTC vs.
Revision 1877 by gezelter, Thu Jun 6 15:43:35 2013 UTC

# Line 121 | Line 121 | namespace OpenMD {
121          atype2 = (*it2).second;
122                                
123          key = make_pair(atype1, atype2);
124 +
125 +        iHash_[key] = 0;
126          
127          if (atype1->isLennardJones() && atype2->isLennardJones()) {
128            interactions_[key].insert(lj_);
129 +          iHash_[key] |= LJ_PAIR;
130          }
131          if (atype1->isElectrostatic() && atype2->isElectrostatic() ) {
132            interactions_[key].insert(electrostatic_);
133 +          iHash_[key] |= ELECTROSTATIC_PAIR;
134          }
135          if (atype1->isSticky() && atype2->isSticky() ) {
136            interactions_[key].insert(sticky_);
137 +          iHash_[key] |= STICKY_PAIR;
138          }
139          if (atype1->isStickyPower() && atype2->isStickyPower() ) {
140            interactions_[key].insert(sticky_);
141 +          iHash_[key] |= STICKY_PAIR;
142          }
143          if (atype1->isEAM() && atype2->isEAM() ) {
144            interactions_[key].insert(eam_);
145 +          iHash_[key] |= EAM_PAIR;
146          }
147          if (atype1->isSC() && atype2->isSC() ) {
148            interactions_[key].insert(sc_);
149 +          iHash_[key] |= SC_PAIR;
150          }
151          if (atype1->isGayBerne() && atype2->isGayBerne() ) {
152            interactions_[key].insert(gb_);
153 +          iHash_[key] |= GB_PAIR;
154          }
155          if ((atype1->isGayBerne() && atype2->isLennardJones())
156              || (atype1->isLennardJones() && atype2->isGayBerne())) {
157            interactions_[key].insert(gb_);
158 +          iHash_[key] |= GB_PAIR;
159          }
160          
161          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
# Line 165 | Line 175 | namespace OpenMD {
175              for (it = interactions_[key].begin();
176                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
177                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
178 <              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
178 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) {
179 >                interactions_[key].erase(*it);
180 >                // work on iHash here;
181 >              }
182              }
183              interactions_[key].insert(lj_);
184 +            iHash_[key] |= LJ_PAIR;
185              vdwExplicit = true;
186            }
187            
# Line 188 | Line 202 | namespace OpenMD {
202              for (it = interactions_[key].begin();
203                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
204                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
205 <              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
205 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) {
206 >                interactions_[key].erase(*it);
207 >                // work on iHash here;
208 >              }
209              }
210              interactions_[key].insert(morse_);
211 +            iHash_[key] |= MORSE_PAIR;
212              vdwExplicit = true;
213            }
214  
# Line 211 | Line 229 | namespace OpenMD {
229              for (it = interactions_[key].begin();
230                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
231                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
232 <              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
232 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) {
233 >                interactions_[key].erase(*it);
234 >                // work on iHash here;
235 >              }
236              }
237              interactions_[key].insert(repulsivePower_);
238 +            iHash_[key] |= REPULSIVEPOWER_PAIR;
239              vdwExplicit = true;
240            }
241            
# Line 225 | Line 247 | namespace OpenMD {
247              for (it = interactions_[key].begin();
248                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
249                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
250 <              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
250 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) {
251 >                interactions_[key].erase(*it);
252 >                // work on iHash here;
253 >              }
254              }
255              interactions_[key].insert(eam_);
256 +            iHash_[key] |= EAM_PAIR;
257              metExplicit = true;
258            }
259            
# Line 248 | Line 274 | namespace OpenMD {
274              for (it = interactions_[key].begin();
275                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
276                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
277 <              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
277 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) {
278 >                interactions_[key].erase(*it);
279 >                // work on iHash here;
280 >              }
281              }
282              interactions_[key].insert(sc_);
283 +            iHash_[key] |= SC_PAIR;
284              metExplicit = true;
285            }
286            
# Line 271 | Line 301 | namespace OpenMD {
301              for (it = interactions_[key].begin();
302                   it != interactions_[key].end(); ++it) {
303                InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
304 <              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
304 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) {
305 >                interactions_[key].erase(*it);
306 >                // work on iHash here;
307 >              }
308              }
309              interactions_[key].insert(maw_);
310 +            iHash_[key] |= MAW_PAIR;
311              vdwExplicit = true;
312            }        
313          }
# Line 322 | Line 356 | namespace OpenMD {
356      // excluded interaction, so just return
357      if (idat.excluded) return;
358  
359 <    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
359 >    int& iHash = iHash_[idat.atypes];
360  
361 <    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
362 <         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
363 <      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
364 <        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
365 <      }
366 <    }
361 >    if ((iHash & EAM_PAIR) != 0) eam_->calcDensity(idat);
362 >    if ((iHash & SC_PAIR) != 0)  sc_->calcDensity(idat);
363 >
364 >    // set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
365 >
366 >    // for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
367 >    //      it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
368 >    //   if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
369 >    //     dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
370 >    //   }
371 >    // }
372      
373      return;    
374    }
# Line 338 | Line 377 | namespace OpenMD {
377  
378      if (!initialized_) initialize();
379      
380 <    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
381 <    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
380 >    // pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
381 >
382 >    int& iHash = iHash_[ make_pair(sdat.atype, sdat.atype) ];
383 >
384 >    if ((iHash & EAM_PAIR) != 0) eam_->calcFunctional(sdat);
385 >    if ((iHash & SC_PAIR) != 0)  sc_->calcFunctional(sdat);
386 >
387 >    // set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
388      
389 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
390 <      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
391 <        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
392 <      }
393 <    }
389 >    // for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
390 >    //   if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
391 >    //     dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
392 >    //   }
393 >    // }
394      
395      return;    
396    }
# Line 354 | Line 399 | namespace OpenMD {
399      
400      if (!initialized_) initialize();
401  
402 <    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
402 >    int& iHash = iHash_[idat.atypes];
403  
404 <    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
405 <         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
404 >    if ((iHash & ELECTROSTATIC_PAIR) != 0) electrostatic_->calcForce(idat);
405 >      
406 >    // electrostatics still has to worry about indirect
407 >    // contributions from excluded pairs of atoms, but nothing else does:
408  
409 <      // electrostatics still has to worry about indirect
363 <      // contributions from excluded pairs of atoms:
409 >    if (idat.excluded) return;
410  
411 <      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
412 <        (*it)->calcForce(idat);
413 <      }
414 <    }
411 >    if ((iHash & LJ_PAIR) != 0)             lj_->calcForce(idat);
412 >    if ((iHash & GB_PAIR) != 0)             gb_->calcForce(idat);
413 >    if ((iHash & STICKY_PAIR) != 0)         sticky_->calcForce(idat);
414 >    if ((iHash & MORSE_PAIR) != 0)          morse_->calcForce(idat);
415 >    if ((iHash & REPULSIVEPOWER_PAIR) != 0) repulsivePower_->calcForce(idat);
416 >    if ((iHash & EAM_PAIR) != 0)            eam_->calcForce(idat);
417 >    if ((iHash & SC_PAIR) != 0)             sc_->calcForce(idat);
418 >    if ((iHash & MAW_PAIR) != 0)            maw_->calcForce(idat);
419 >
420 >    // set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
421 >
422 >    // for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
423 >    //      it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
424 >
425 >    //   // electrostatics still has to worry about indirect
426 >    //   // contributions from excluded pairs of atoms:
427 >
428 >    //   if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
429 >    //     (*it)->calcForce(idat);
430 >    //   }
431 >    // }
432      
433      return;    
434    }
# Line 374 | Line 437 | namespace OpenMD {
437  
438      if (!initialized_) initialize();
439      
440 <    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
378 <    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
440 >    int& iHash = iHash_[ make_pair(sdat.atype, sdat.atype) ];
441  
442 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
443 <      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
444 <        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
445 <      }
446 <    }
442 >    if ((iHash & ELECTROSTATIC_PAIR) != 0) electrostatic_->calcSelfCorrection(sdat);
443 >
444 >
445 >    // pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
446 >    // set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
447 >
448 >    // for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
449 >    //   if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
450 >    //     dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
451 >    //   }
452 >    // }
453        
454      return;    
455    }

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