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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1502 by gezelter, Sat Oct 2 19:53:32 2010 UTC vs.
Revision 1665 by gezelter, Tue Nov 22 20:38:56 2011 UTC

# Line 36 | Line 36
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38   * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include "nonbonded/InteractionManager.hpp"
44  
45   namespace OpenMD {
45 –
46 –  bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 –  ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
48 –  InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
49 –  map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
50 –  map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
51 –
52 –  InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
53 –    if (!_instance) {
54 –      _instance = new InteractionManager();
55 –    }
56 –    return _instance;
57 –  }
46  
47 <  void InteractionManager::initialize() {
48 <    
47 >  InteractionManager::InteractionManager() {
48 >
49 >    initialized_ = false;
50 >        
51      lj_ = new LJ();
52      gb_ = new GB();
53      sticky_ = new Sticky();
54 +    morse_ = new Morse();
55 +    repulsivePower_ = new RepulsivePower();
56      eam_ = new EAM();
57      sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
58      electrostatic_ = new Electrostatic();
59 +    maw_ = new MAW();
60 +  }
61  
62 +  void InteractionManager::initialize() {
63 +    
64 +    ForceField* forceField_ = info_->getForceField();
65 +    
66      lj_->setForceField(forceField_);
67      gb_->setForceField(forceField_);
68      sticky_->setForceField(forceField_);
69      eam_->setForceField(forceField_);
70      sc_->setForceField(forceField_);
71      morse_->setForceField(forceField_);
72 +    electrostatic_->setSimInfo(info_);
73      electrostatic_->setForceField(forceField_);
74 +    maw_->setForceField(forceField_);
75 +    repulsivePower_->setForceField(forceField_);
76  
77      ForceField::AtomTypeContainer* atomTypes = forceField_->getAtomTypes();
78      ForceField::AtomTypeContainer::MapTypeIterator i1, i2;
# Line 143 | Line 143 | namespace OpenMD {
143          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
144          // two atom types.
145          NonBondedInteractionType* nbiType = forceField_->getNonBondedInteractionType(atype1->getName(), atype2->getName());
146 +        
147 +        if (nbiType != NULL) {
148  
149 <        if (nbiType->isLennardJones()) {
150 <          // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
151 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
152 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
153 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
154 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
155 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
149 >          if (nbiType->isLennardJones()) {
150 >            // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
151 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
152 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
153 >            for (it = interactions_[key].begin();
154 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
155 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
156 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
157 >            }
158 >            interactions_[key].insert(lj_);
159 >            vdwExplicit = true;
160            }
161 <          interactions_[key].insert(lj_);
162 <          vdwExplicit = true;
163 <        }
164 <
165 <        if (nbiType->isMorse()) {
166 <          if (vdwExplicit) {
167 <            sprintf( painCave.errMsg,
168 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
169 <                     "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
170 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
171 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
172 <            painCave.isFatal = 1;
173 <            simError();
161 >          
162 >          if (nbiType->isMorse()) {
163 >            if (vdwExplicit) {
164 >              sprintf( painCave.errMsg,
165 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
166 >                       "explicit \n"
167 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
168 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
169 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
170 >              painCave.isFatal = 1;
171 >              simError();
172 >            }
173 >            // We found an explicit Morse interaction.  
174 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
175 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
176 >            for (it = interactions_[key].begin();
177 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
178 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
179 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
180 >            }
181 >            interactions_[key].insert(morse_);
182 >            vdwExplicit = true;
183            }
169 –          // We found an explicit Morse interaction.  
170 –          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
171 –          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
172 –          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
173 –            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
174 –            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
175 –          }
176 –          interactions_[key].insert(morse_);
177 –          vdwExplicit = true;
178 –        }
184  
185 <        if (nbiType->isEAM()) {
186 <          // We found an explicit EAM interaction.  
187 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
188 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
189 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
190 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
191 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
192 <          }
193 <          interactions_[key].insert(eam_);
194 <          metExplicit = true;
195 <        }
196 <
197 <        if (nbiType->isSC()) {
198 <          if (metExplicit) {
199 <            sprintf( painCave.errMsg,
200 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
201 <                     "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
202 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
203 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
204 <            painCave.isFatal = 1;
205 <            simError();
201 <          }
202 <          // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
203 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
204 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
205 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
206 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
207 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
185 >          if (nbiType->isRepulsivePower()) {
186 >            if (vdwExplicit) {
187 >              sprintf( painCave.errMsg,
188 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
189 >                       "explicit \n"
190 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
191 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
192 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
193 >              painCave.isFatal = 1;
194 >              simError();
195 >            }
196 >            // We found an explicit RepulsivePower interaction.  
197 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
198 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
199 >            for (it = interactions_[key].begin();
200 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
201 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
202 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
203 >            }
204 >            interactions_[key].insert(repulsivePower_);
205 >            vdwExplicit = true;
206            }
207 <          interactions_[key].insert(sc_);
208 <          metExplicit = true;
207 >          
208 >          
209 >          if (nbiType->isEAM()) {
210 >            // We found an explicit EAM interaction.  
211 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
212 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
213 >            for (it = interactions_[key].begin();
214 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
215 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
216 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
217 >            }
218 >            interactions_[key].insert(eam_);
219 >            metExplicit = true;
220 >          }
221 >          
222 >          if (nbiType->isSC()) {
223 >            if (metExplicit) {
224 >              sprintf( painCave.errMsg,
225 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
226 >                       "explicit\n"
227 >                       "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
228 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
229 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
230 >              painCave.isFatal = 1;
231 >              simError();
232 >            }
233 >            // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
234 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
235 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
236 >            for (it = interactions_[key].begin();
237 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
238 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
239 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
240 >            }
241 >            interactions_[key].insert(sc_);
242 >            metExplicit = true;
243 >          }
244 >          
245 >          if (nbiType->isMAW()) {
246 >            if (vdwExplicit) {
247 >              sprintf( painCave.errMsg,
248 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
249 >                       "explicit\n"
250 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
251 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
252 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
253 >              painCave.isFatal = 1;
254 >              simError();
255 >            }
256 >            // We found an explicit MAW interaction.  
257 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
258 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
259 >            for (it = interactions_[key].begin();
260 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
261 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
262 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
263 >            }
264 >            interactions_[key].insert(maw_);
265 >            vdwExplicit = true;
266 >          }        
267          }
268        }
269      }
270      
271 <    // make sure every pair of atom types has a non-bonded interaction:
272 <    for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
273 <         atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
274 <      for (atype2 = atomTypes->beginType(i2); atype2 != NULL;
275 <           atype2 = atomTypes->nextType(i2)) {
271 >    
272 >    // Make sure every pair of atom types in this simulation has a
273 >    // non-bonded interaction.  If not, just inform the user.
274 >
275 >    set<AtomType*> simTypes = info_->getSimulatedAtomTypes();
276 >    set<AtomType*>::iterator it, jt;
277 >
278 >    for (it = simTypes.begin(); it != simTypes.end(); ++it) {
279 >      atype1 = (*it);
280 >      for (jt = it; jt != simTypes.end(); ++jt) {
281 >        atype2 = (*jt);
282          key = make_pair(atype1, atype2);
283          
284          if (interactions_[key].size() == 0) {
285            sprintf( painCave.errMsg,
286 <                   "InteractionManager unable to find an appropriate non-bonded\n"
287 <                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n",
286 >                   "InteractionManager could not find a matching non-bonded\n"
287 >                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n"
288 >                   "\tProceeding without this interaction.\n",
289                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
290            painCave.severity = OPENMD_INFO;
291 <          painCave.isFatal = 1;
291 >          painCave.isFatal = 0;
292            simError();
293          }
294        }
295      }
233 –  }
296  
297 +    initialized_ = true;
298 +  }
299  
300 <  void InteractionManager::doPrePair(AtomType* atype1,
237 <                                     AtomType* atype2,
238 <                                     RealType rij,
239 <                                     RealType &rho_i_at_j,
240 <                                     RealType &rho_j_at_i) {
300 >  void InteractionManager::setCutoffRadius(RealType rcut) {
301      
302 +    electrostatic_->setCutoffRadius(rcut);
303 +    eam_->setCutoffRadius(rcut);
304    }
243 –  
244 –  void InteractionManager::doPreForce(AtomType* atype,
245 –                                      RealType rho,      
246 –                                      RealType &frho,
247 –                                      RealType &dfrhodrho) {
248 –  }
305  
306 <  void InteractionManager::doSkipCorrection(AtomType* atype1,      
307 <                                            AtomType* atype2,
252 <                                            Vector3d d,
253 <                                            RealType rij,
254 <                                            RealType &skippedCharge1,
255 <                                            RealType &skippedCharge2,
256 <                                            RealType sw,
257 <                                            RealType electroMult,
258 <                                            RealType &pot,
259 <                                            RealType &vpair,
260 <                                            Vector3d &f1,
261 <                                            Mat3x3d eFrame1,
262 <                                            Mat3x3d eFrame2,
263 <                                            Vector3d &t1,
264 <                                            Vector3d &t2) {
306 >  void InteractionManager::setSwitchingRadius(RealType rswitch) {
307 >    electrostatic_->setSwitchingRadius(rswitch);
308    }
309    
310 <  void InteractionManager::doSelfCorrection(AtomType* atype,
268 <                                            Mat3x3d eFrame,
269 <                                            RealType skippedCharge,
270 <                                            RealType &pot,
271 <                                            Vector3d &t) {
272 <  }
273 <
274 <  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
310 >  void InteractionManager::doPrePair(InteractionData idat){
311      
312      if (!initialized_) initialize();
313 <    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
314 <    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
313 >        
314 >    // excluded interaction, so just return
315 >    if (idat.excluded) return;
316 >
317 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
318 >
319 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
320 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
321 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
322 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
323 >      }
324 >    }
325      
280 –    doPrePair(atype1, atype2, *rij, *rho_i_at_j, *rho_j_at_i);
281 –    
326      return;    
327    }
328 +  
329 +  void InteractionManager::doPreForce(SelfData sdat){
330  
331 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
286 <
287 <    if (!initialized_) initialize();    
288 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
289 <
290 <    doPreForce(atype, *rho, *frho, *dfrhodrho);
331 >    if (!initialized_) initialize();
332      
333 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
334 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
335 +    
336 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
337 +      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
338 +        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
339 +      }
340 +    }
341 +    
342      return;    
343    }
344  
345 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
346 <
345 >  void InteractionManager::doPair(InteractionData idat){
346 >    
347      if (!initialized_) initialize();
298 –          
299 –    InteractionData idat;
348  
301 –    idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
302 –    idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
303 –    idat.d = Vector3d(d);
304 –    idat.rij = *r;
305 –    idat.r2 = *r2;
306 –    idat.rcut = *rcut;
307 –    idat.sw = *sw;
308 –    idat.vdwMult = *vdwMult;
309 –    idat.electroMult = *electroMult;
310 –    idat.pot = *pot;
311 –    idat.vpair = *vpair;
312 –    idat.f1 = Vector3d(f1);
313 –    idat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
314 –    idat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
315 –    idat.A1 = RotMat3x3d(A1);
316 –    idat.A2 = RotMat3x3d(A2);
317 –    idat.t1 = Vector3d(t1);
318 –    idat.t2 = Vector3d(t2);
319 –    idat.rho1 = *rho1;
320 –    idat.rho2 = *rho2;
321 –    idat.dfrho1 = *dfrho1;
322 –    idat.dfrho2 = *dfrho2;
323 –    idat.fshift1 = *fshift1;
324 –    idat.fshift2 = *fshift2;
325 –
326 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(idat.atype1, idat.atype2);
349      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
350  
351 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
352 <      (*it)->calcForce(idat);
331 <    
332 <    f1[0] = idat.f1.x();
333 <    f1[1] = idat.f1.y();
334 <    f1[2] = idat.f1.z();
335 <    
336 <    t1[0] = idat.t1.x();
337 <    t1[1] = idat.t1.y();
338 <    t1[2] = idat.t1.z();
339 <    
340 <    t2[0] = idat.t2.x();
341 <    t2[1] = idat.t2.y();
342 <    t2[2] = idat.t2.z();
351 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
352 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
353  
354 +      // electrostatics still has to worry about indirect
355 +      // contributions from excluded pairs of atoms:
356 +
357 +      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
358 +        (*it)->calcForce(idat);
359 +      }
360 +    }
361 +    
362      return;    
363    }
364  
365 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
365 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(SelfData sdat){
366  
367      if (!initialized_) initialize();
350 –          
351 –    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
352 –    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
353 –    Vector3d disp(d);
354 –    Vector3d frc(f1);
355 –    Vector3d trq1(t1);
356 –    Vector3d trq2(t2);
357 –    Mat3x3d eFi(eFrame1);
358 –    Mat3x3d eFj(eFrame2);
359 –      
360 –    doSkipCorrection(atype1, atype2, disp, *r, *skippedCharge1, *skippedCharge2, *sw,
361 –                     *electroMult, *pot,  *vpair, frc, eFi, eFj, trq1, trq2);
362 –
363 –    f1[0] = frc.x();
364 –    f1[1] = frc.y();
365 –    f1[2] = frc.z();
368      
369 <    t1[0] = trq1.x();
370 <    t1[1] = trq1.y();
369 <    t1[2] = trq1.z();
370 <    
371 <    t2[0] = trq2.x();
372 <    t2[1] = trq2.y();
373 <    t2[2] = trq2.z();
369 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
370 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
371  
372 <    return;
372 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
373 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
374 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
375 >      }
376 >    }
377 >      
378 >    return;    
379    }
380  
381 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
379 <
381 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
382      if (!initialized_) initialize();
383 <          
383 >    
384      AtomType* atype = typeMap_[*atid];
383 –    Mat3x3d eFi(eFrame);
384 –    Vector3d trq1(t);
385 –      
386 –    doSelfCorrection(atype, eFi, *skippedCharge, *pot, trq1);
385  
386 <    t[0] = trq1.x();
387 <    t[1] = trq1.y();
388 <    t[2] = trq1.z();
391 <
392 <    return;
393 <  }
394 <
395 < } //end namespace OpenMD
396 <
397 < extern "C" {
398 <  
399 < #define fortranDoPrePair FC_FUNC(do_prepair, DO_PREPAIR)
400 < #define fortranDoPreForce FC_FUNC(do_preforce, DO_PREFORCE)
401 < #define fortranDoPair FC_FUNC(do_pair, DO_PAIR)
402 < #define fortranDoSkipCorrection FC_FUNC(do_skip_correction, DO_SKIP_CORRECTION)
403 < #define fortranDoSelfCorrection FC_FUNC(do_self_correction, DO_SELF_CORRECTION)
404 < #define fortranGetCutoff FC_FUNC(get_cutoff, GET_CUTOFF)
405 <
406 <  void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
407 <                        RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
408 <            
409 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
410 <                                                              rho_i_at_j,  
411 <                                                              rho_j_at_i);
412 <  }
413 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
414 <                         RealType *dfrhodrho) {  
386 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
387 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
388 >    RealType cutoff = 0.0;
389      
390 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
391 <                                                               dfrhodrho);    
390 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
391 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
392 >    return cutoff;    
393    }
419 –  
420 –  void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
421 –                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,
422 –                     RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1,
423 –                     RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
424 –                     RealType *t1, RealType *t2,
425 –                     RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2,
426 –                     RealType *fshift1, RealType *fshift2){
427 –    
428 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
429 –                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
430 –                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
431 –                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
432 –                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
433 –  }
394  
395 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
396 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
437 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
438 <                               RealType *vpair, RealType *f1,
439 <                               RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
440 <                               RealType *t1, RealType *t2){
395 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
396 >    if (!initialized_) initialize();
397      
398 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
399 <                                                                      skippedCharge1,
400 <                                                                      skippedCharge2,
445 <                                                                      sw, electroMult, pot,
446 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
447 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
448 <  }
449 <
450 <  void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
451 <                               RealType *pot, RealType *t) {
398 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
399 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
400 >    RealType cutoff = 0.0;
401      
402 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
403 <                                                                      skippedCharge,
404 <                                                                      pot, t);
402 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
403 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
404 >    return cutoff;    
405    }
406 <  RealType fortranGetCutoff() {
458 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
459 <  }
460 < }
406 > } //end namespace OpenMD

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