ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1502 by gezelter, Sat Oct 2 19:53:32 2010 UTC vs.
Revision 1586 by gezelter, Tue Jun 21 06:34:35 2011 UTC

# Line 42 | Line 42 | namespace OpenMD {
42   #include "nonbonded/InteractionManager.hpp"
43  
44   namespace OpenMD {
45 –
46 –  bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 –  ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
48 –  InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
49 –  map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
50 –  map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
51 –
52 –  InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
53 –    if (!_instance) {
54 –      _instance = new InteractionManager();
55 –    }
56 –    return _instance;
57 –  }
45  
46 <  void InteractionManager::initialize() {
47 <    
46 >  InteractionManager::InteractionManager() {
47 >
48 >    initialized_ = false;
49 >        
50      lj_ = new LJ();
51      gb_ = new GB();
52      sticky_ = new Sticky();
53 +    morse_ = new Morse();
54      eam_ = new EAM();
55      sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
56      electrostatic_ = new Electrostatic();
57 +    maw_ = new MAW();
58 +  }
59  
60 +  void InteractionManager::initialize() {
61 +    
62 +    ForceField* forceField_ = info_->getForceField();
63 +    
64      lj_->setForceField(forceField_);
65      gb_->setForceField(forceField_);
66      sticky_->setForceField(forceField_);
67      eam_->setForceField(forceField_);
68      sc_->setForceField(forceField_);
69      morse_->setForceField(forceField_);
70 +    electrostatic_->setSimInfo(info_);
71      electrostatic_->setForceField(forceField_);
72 +    maw_->setForceField(forceField_);
73  
74      ForceField::AtomTypeContainer* atomTypes = forceField_->getAtomTypes();
75      ForceField::AtomTypeContainer::MapTypeIterator i1, i2;
# Line 143 | Line 140 | namespace OpenMD {
140          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
141          // two atom types.
142          NonBondedInteractionType* nbiType = forceField_->getNonBondedInteractionType(atype1->getName(), atype2->getName());
143 +        
144 +        if (nbiType != NULL) {
145  
146 <        if (nbiType->isLennardJones()) {
147 <          // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
148 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
149 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
150 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
151 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
152 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
146 >          if (nbiType->isLennardJones()) {
147 >            // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
148 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
149 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
150 >            for (it = interactions_[key].begin();
151 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
152 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
153 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
154 >            }
155 >            interactions_[key].insert(lj_);
156 >            vdwExplicit = true;
157            }
158 <          interactions_[key].insert(lj_);
159 <          vdwExplicit = true;
160 <        }
161 <
162 <        if (nbiType->isMorse()) {
163 <          if (vdwExplicit) {
164 <            sprintf( painCave.errMsg,
165 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
166 <                     "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
167 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
168 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
169 <            painCave.isFatal = 1;
170 <            simError();
158 >          
159 >          if (nbiType->isMorse()) {
160 >            if (vdwExplicit) {
161 >              sprintf( painCave.errMsg,
162 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
163 >                       "explicit \n"
164 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
165 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
166 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
167 >              painCave.isFatal = 1;
168 >              simError();
169 >            }
170 >            // We found an explicit Morse interaction.  
171 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
172 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
173 >            for (it = interactions_[key].begin();
174 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
175 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
176 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
177 >            }
178 >            interactions_[key].insert(morse_);
179 >            vdwExplicit = true;
180            }
181 <          // We found an explicit Morse interaction.  
182 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
183 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
184 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
185 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
186 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
181 >          
182 >          if (nbiType->isEAM()) {
183 >            // We found an explicit EAM interaction.  
184 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
185 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
186 >            for (it = interactions_[key].begin();
187 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
188 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
189 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
190 >            }
191 >            interactions_[key].insert(eam_);
192 >            metExplicit = true;
193            }
194 <          interactions_[key].insert(morse_);
195 <          vdwExplicit = true;
196 <        }
197 <
198 <        if (nbiType->isEAM()) {
199 <          // We found an explicit EAM interaction.  
200 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
201 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
202 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
203 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
204 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
194 >          
195 >          if (nbiType->isSC()) {
196 >            if (metExplicit) {
197 >              sprintf( painCave.errMsg,
198 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
199 >                       "explicit\n"
200 >                       "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
201 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
202 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
203 >              painCave.isFatal = 1;
204 >              simError();
205 >            }
206 >            // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
207 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
208 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
209 >            for (it = interactions_[key].begin();
210 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
211 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
212 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
213 >            }
214 >            interactions_[key].insert(sc_);
215 >            metExplicit = true;
216            }
217 <          interactions_[key].insert(eam_);
218 <          metExplicit = true;
217 >          
218 >          if (nbiType->isMAW()) {
219 >            if (vdwExplicit) {
220 >              sprintf( painCave.errMsg,
221 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
222 >                       "explicit\n"
223 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
224 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
225 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
226 >              painCave.isFatal = 1;
227 >              simError();
228 >            }
229 >            // We found an explicit MAW interaction.  
230 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
231 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
232 >            for (it = interactions_[key].begin();
233 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
234 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
235 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
236 >            }
237 >            interactions_[key].insert(maw_);
238 >            vdwExplicit = true;
239 >          }        
240          }
191 –
192 –        if (nbiType->isSC()) {
193 –          if (metExplicit) {
194 –            sprintf( painCave.errMsg,
195 –                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
196 –                     "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
197 –                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
198 –            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
199 –            painCave.isFatal = 1;
200 –            simError();
201 –          }
202 –          // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
203 –          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
204 –          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
205 –          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
206 –            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
207 –            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
208 –          }
209 –          interactions_[key].insert(sc_);
210 –          metExplicit = true;
211 –        }
241        }
242      }
243      
244 <    // make sure every pair of atom types has a non-bonded interaction:
245 <    for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
246 <         atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
247 <      for (atype2 = atomTypes->beginType(i2); atype2 != NULL;
248 <           atype2 = atomTypes->nextType(i2)) {
244 >    
245 >    // Make sure every pair of atom types in this simulation has a
246 >    // non-bonded interaction.  If not, just inform the user.
247 >
248 >    set<AtomType*> simTypes = info_->getSimulatedAtomTypes();
249 >    set<AtomType*>::iterator it, jt;
250 >
251 >    for (it = simTypes.begin(); it != simTypes.end(); ++it) {
252 >      atype1 = (*it);
253 >      for (jt = it; jt != simTypes.end(); ++jt) {
254 >        atype2 = (*jt);
255          key = make_pair(atype1, atype2);
256          
257          if (interactions_[key].size() == 0) {
258            sprintf( painCave.errMsg,
259 <                   "InteractionManager unable to find an appropriate non-bonded\n"
260 <                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n",
259 >                   "InteractionManager could not find a matching non-bonded\n"
260 >                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n"
261 >                   "\tProceeding without this interaction.\n",
262                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
263            painCave.severity = OPENMD_INFO;
264 <          painCave.isFatal = 1;
264 >          painCave.isFatal = 0;
265            simError();
266          }
267        }
268      }
233 –  }
269  
270 +    initialized_ = true;
271 +  }
272  
273 <  void InteractionManager::doPrePair(AtomType* atype1,
274 <                                     AtomType* atype2,
275 <                                     RealType rij,
239 <                                     RealType &rho_i_at_j,
240 <                                     RealType &rho_j_at_i) {
241 <    
273 >  void InteractionManager::setCutoffRadius(RealType rcut) {
274 >    electrostatic_->setCutoffRadius(rcut);
275 >    eam_->setCutoffRadius(rcut);
276    }
277 <  
278 <  void InteractionManager::doPreForce(AtomType* atype,
279 <                                      RealType rho,      
246 <                                      RealType &frho,
247 <                                      RealType &dfrhodrho) {
277 >
278 >  void InteractionManager::setSwitchingRadius(RealType rswitch) {
279 >    electrostatic_->setSwitchingRadius(rswitch);
280    }
281 +  
282 +  void InteractionManager::doPrePair(InteractionData idat){
283 +    
284 +    if (!initialized_) initialize();
285 +        
286 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
287  
288 <  void InteractionManager::doSkipCorrection(AtomType* atype1,      
289 <                                            AtomType* atype2,
290 <                                            Vector3d d,
291 <                                            RealType rij,
292 <                                            RealType &skippedCharge1,
293 <                                            RealType &skippedCharge2,
294 <                                            RealType sw,
295 <                                            RealType electroMult,
258 <                                            RealType &pot,
259 <                                            RealType &vpair,
260 <                                            Vector3d &f1,
261 <                                            Mat3x3d eFrame1,
262 <                                            Mat3x3d eFrame2,
263 <                                            Vector3d &t1,
264 <                                            Vector3d &t2) {
288 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
289 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
290 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
291 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
292 >      }
293 >    }
294 >    
295 >    return;    
296    }
297    
298 <  void InteractionManager::doSelfCorrection(AtomType* atype,
268 <                                            Mat3x3d eFrame,
269 <                                            RealType skippedCharge,
270 <                                            RealType &pot,
271 <                                            Vector3d &t) {
272 <  }
298 >  void InteractionManager::doPreForce(SelfData sdat){
299  
274 –  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
275 –    
300      if (!initialized_) initialize();
277 –    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
278 –    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
301      
302 <    doPrePair(atype1, atype2, *rij, *rho_i_at_j, *rho_j_at_i);
302 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
303 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
304      
305 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
306 +      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
307 +        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
308 +      }
309 +    }
310 +    
311      return;    
312    }
313  
314 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
314 >  void InteractionManager::doPair(InteractionData idat){
315 >    
316 >    if (!initialized_) initialize();
317 >  
318 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
319  
320 <    if (!initialized_) initialize();    
321 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
322 <
290 <    doPreForce(atype, *rho, *frho, *dfrhodrho);
320 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
321 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it)
322 >      (*it)->calcForce(idat);
323      
324      return;    
325    }
326  
327 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
327 >  void InteractionManager::doSkipCorrection(InteractionData idat){
328  
329 <    if (!initialized_) initialize();
298 <          
299 <    InteractionData idat;
329 >    if (!initialized_) initialize();  
330  
301 –    idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
302 –    idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
303 –    idat.d = Vector3d(d);
304 –    idat.rij = *r;
305 –    idat.r2 = *r2;
306 –    idat.rcut = *rcut;
307 –    idat.sw = *sw;
308 –    idat.vdwMult = *vdwMult;
309 –    idat.electroMult = *electroMult;
310 –    idat.pot = *pot;
311 –    idat.vpair = *vpair;
312 –    idat.f1 = Vector3d(f1);
313 –    idat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
314 –    idat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
315 –    idat.A1 = RotMat3x3d(A1);
316 –    idat.A2 = RotMat3x3d(A2);
317 –    idat.t1 = Vector3d(t1);
318 –    idat.t2 = Vector3d(t2);
319 –    idat.rho1 = *rho1;
320 –    idat.rho2 = *rho2;
321 –    idat.dfrho1 = *dfrho1;
322 –    idat.dfrho2 = *dfrho2;
323 –    idat.fshift1 = *fshift1;
324 –    idat.fshift2 = *fshift2;
325 –
326 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(idat.atype1, idat.atype2);
331      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
332  
333 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
334 <      (*it)->calcForce(idat);
333 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
334 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
335 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
336 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSkipCorrection(idat);
337 >      }
338 >    }
339      
332 –    f1[0] = idat.f1.x();
333 –    f1[1] = idat.f1.y();
334 –    f1[2] = idat.f1.z();
335 –    
336 –    t1[0] = idat.t1.x();
337 –    t1[1] = idat.t1.y();
338 –    t1[2] = idat.t1.z();
339 –    
340 –    t2[0] = idat.t2.x();
341 –    t2[1] = idat.t2.y();
342 –    t2[2] = idat.t2.z();
343 –
340      return;    
341    }
342  
343 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
343 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(SelfData sdat){
344  
345      if (!initialized_) initialize();
350 –          
351 –    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
352 –    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
353 –    Vector3d disp(d);
354 –    Vector3d frc(f1);
355 –    Vector3d trq1(t1);
356 –    Vector3d trq2(t2);
357 –    Mat3x3d eFi(eFrame1);
358 –    Mat3x3d eFj(eFrame2);
359 –      
360 –    doSkipCorrection(atype1, atype2, disp, *r, *skippedCharge1, *skippedCharge2, *sw,
361 –                     *electroMult, *pot,  *vpair, frc, eFi, eFj, trq1, trq2);
362 –
363 –    f1[0] = frc.x();
364 –    f1[1] = frc.y();
365 –    f1[2] = frc.z();
346      
347 <    t1[0] = trq1.x();
348 <    t1[1] = trq1.y();
369 <    t1[2] = trq1.z();
370 <    
371 <    t2[0] = trq2.x();
372 <    t2[1] = trq2.y();
373 <    t2[2] = trq2.z();
347 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
348 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
349  
350 <    return;
350 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
351 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
352 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
353 >      }
354 >    }
355 >      
356 >    return;    
357    }
358  
359 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
379 <
359 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
360      if (!initialized_) initialize();
361 <          
361 >    
362      AtomType* atype = typeMap_[*atid];
383 –    Mat3x3d eFi(eFrame);
384 –    Vector3d trq1(t);
385 –      
386 –    doSelfCorrection(atype, eFi, *skippedCharge, *pot, trq1);
363  
364 <    t[0] = trq1.x();
365 <    t[1] = trq1.y();
366 <    t[2] = trq1.z();
391 <
392 <    return;
393 <  }
394 <
395 < } //end namespace OpenMD
396 <
397 < extern "C" {
398 <  
399 < #define fortranDoPrePair FC_FUNC(do_prepair, DO_PREPAIR)
400 < #define fortranDoPreForce FC_FUNC(do_preforce, DO_PREFORCE)
401 < #define fortranDoPair FC_FUNC(do_pair, DO_PAIR)
402 < #define fortranDoSkipCorrection FC_FUNC(do_skip_correction, DO_SKIP_CORRECTION)
403 < #define fortranDoSelfCorrection FC_FUNC(do_self_correction, DO_SELF_CORRECTION)
404 < #define fortranGetCutoff FC_FUNC(get_cutoff, GET_CUTOFF)
405 <
406 <  void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
407 <                        RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
408 <            
409 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
410 <                                                              rho_i_at_j,  
411 <                                                              rho_j_at_i);
412 <  }
413 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
414 <                         RealType *dfrhodrho) {  
364 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
365 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
366 >    RealType cutoff = 0.0;
367      
368 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
369 <                                                               dfrhodrho);    
368 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
369 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
370 >    return cutoff;    
371    }
419 –  
420 –  void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
421 –                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,
422 –                     RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1,
423 –                     RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
424 –                     RealType *t1, RealType *t2,
425 –                     RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2,
426 –                     RealType *fshift1, RealType *fshift2){
427 –    
428 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
429 –                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
430 –                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
431 –                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
432 –                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
433 –  }
372  
373 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
374 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
437 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
438 <                               RealType *vpair, RealType *f1,
439 <                               RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
440 <                               RealType *t1, RealType *t2){
373 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
374 >    if (!initialized_) initialize();
375      
376 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
377 <                                                                      skippedCharge1,
378 <                                                                      skippedCharge2,
445 <                                                                      sw, electroMult, pot,
446 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
447 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
448 <  }
449 <
450 <  void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
451 <                               RealType *pot, RealType *t) {
376 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
377 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
378 >    RealType cutoff = 0.0;
379      
380 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
381 <                                                                      skippedCharge,
382 <                                                                      pot, t);
380 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
381 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
382 >    return cutoff;    
383    }
384 <  RealType fortranGetCutoff() {
458 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
459 <  }
460 < }
384 > } //end namespace OpenMD

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines