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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1502 by gezelter, Sat Oct 2 19:53:32 2010 UTC vs.
Revision 1874 by gezelter, Wed May 15 15:09:35 2013 UTC

# Line 35 | Line 35
35   *                                                                      
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38 < * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
38 > * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 234107 (2008).          
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include "nonbonded/InteractionManager.hpp"
44  
45   namespace OpenMD {
45 –
46 –  bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 –  ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
48 –  InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
49 –  map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
50 –  map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
51 –
52 –  InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
53 –    if (!_instance) {
54 –      _instance = new InteractionManager();
55 –    }
56 –    return _instance;
57 –  }
46  
47 <  void InteractionManager::initialize() {
48 <    
47 >  InteractionManager::InteractionManager() {
48 >
49 >    initialized_ = false;
50 >        
51      lj_ = new LJ();
52      gb_ = new GB();
53      sticky_ = new Sticky();
54 +    morse_ = new Morse();
55 +    repulsivePower_ = new RepulsivePower();
56      eam_ = new EAM();
57      sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
58      electrostatic_ = new Electrostatic();
59 +    maw_ = new MAW();
60 +  }
61  
62 +  InteractionManager::~InteractionManager() {
63 +    delete lj_;
64 +    delete gb_;
65 +    delete sticky_;
66 +    delete morse_;
67 +    delete repulsivePower_;
68 +    delete eam_;
69 +    delete sc_;
70 +    delete electrostatic_;
71 +    delete maw_;
72 +  }
73 +
74 +  void InteractionManager::initialize() {
75 +
76 +    if (initialized_) return;
77 +
78 +    ForceField* forceField_ = info_->getForceField();
79 +    
80      lj_->setForceField(forceField_);
81      gb_->setForceField(forceField_);
82      sticky_->setForceField(forceField_);
83      eam_->setForceField(forceField_);
84      sc_->setForceField(forceField_);
85      morse_->setForceField(forceField_);
86 +    electrostatic_->setSimInfo(info_);
87      electrostatic_->setForceField(forceField_);
88 +    maw_->setForceField(forceField_);
89 +    repulsivePower_->setForceField(forceField_);
90  
91      ForceField::AtomTypeContainer* atomTypes = forceField_->getAtomTypes();
92      ForceField::AtomTypeContainer::MapTypeIterator i1, i2;
93      AtomType* atype1;
94      AtomType* atype2;
95      pair<AtomType*, AtomType*> key;
82 –    pair<set<NonBondedInteraction*>::iterator, bool> ret;
96      
97      for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
98           atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
99        
100        // add it to the map:
88 –      AtomTypeProperties atp = atype1->getATP();    
101        
102        pair<map<int,AtomType*>::iterator,bool> ret;    
103 <      ret = typeMap_.insert( pair<int, AtomType*>(atp.ident, atype1) );
103 >      ret = typeMap_.insert( pair<int, AtomType*>(atype1->getIdent(), atype1) );
104        if (ret.second == false) {
105          sprintf( painCave.errMsg,
106                   "InteractionManager already had a previous entry with ident %d\n",
107 <                 atp.ident);
107 >                 atype1->getIdent());
108          painCave.severity = OPENMD_INFO;
109          painCave.isFatal = 0;
110          simError();                
# Line 107 | Line 119 | namespace OpenMD {
119  
120        for( it2 = typeMap_.begin(); it2 != typeMap_.end(); ++it2) {        
121          atype2 = (*it2).second;
122 <        
111 <        bool vdwExplicit = false;
112 <        bool metExplicit = false;
113 <        bool hbExplicit = false;
114 <                      
122 >                              
123          key = make_pair(atype1, atype2);
124          
125          if (atype1->isLennardJones() && atype2->isLennardJones()) {
# Line 143 | Line 151 | namespace OpenMD {
151          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
152          // two atom types.
153          NonBondedInteractionType* nbiType = forceField_->getNonBondedInteractionType(atype1->getName(), atype2->getName());
154 +        
155 +        if (nbiType != NULL) {
156  
157 <        if (nbiType->isLennardJones()) {
158 <          // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
159 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
150 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
151 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
152 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
153 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
154 <          }
155 <          interactions_[key].insert(lj_);
156 <          vdwExplicit = true;
157 <        }
157 >          bool vdwExplicit = false;
158 >          bool metExplicit = false;
159 >          // bool hbExplicit = false;
160  
161 <        if (nbiType->isMorse()) {
162 <          if (vdwExplicit) {
163 <            sprintf( painCave.errMsg,
164 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
165 <                     "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
166 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
167 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
168 <            painCave.isFatal = 1;
169 <            simError();
161 >          if (nbiType->isLennardJones()) {
162 >            // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
163 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
164 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
165 >            for (it = interactions_[key].begin();
166 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
167 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
168 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
169 >            }
170 >            interactions_[key].insert(lj_);
171 >            vdwExplicit = true;
172            }
173 <          // We found an explicit Morse interaction.  
174 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
175 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
176 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
177 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
178 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
173 >          
174 >          if (nbiType->isMorse()) {
175 >            if (vdwExplicit) {
176 >              sprintf( painCave.errMsg,
177 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
178 >                       "explicit \n"
179 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
180 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
181 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
182 >              painCave.isFatal = 1;
183 >              simError();
184 >            }
185 >            // We found an explicit Morse interaction.  
186 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
187 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
188 >            for (it = interactions_[key].begin();
189 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
190 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
191 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
192 >            }
193 >            interactions_[key].insert(morse_);
194 >            vdwExplicit = true;
195            }
176 –          interactions_[key].insert(morse_);
177 –          vdwExplicit = true;
178 –        }
196  
197 <        if (nbiType->isEAM()) {
198 <          // We found an explicit EAM interaction.  
199 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
200 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
201 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
202 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
203 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
197 >          if (nbiType->isRepulsivePower()) {
198 >            if (vdwExplicit) {
199 >              sprintf( painCave.errMsg,
200 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
201 >                       "explicit \n"
202 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
203 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
204 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
205 >              painCave.isFatal = 1;
206 >              simError();
207 >            }
208 >            // We found an explicit RepulsivePower interaction.  
209 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
210 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
211 >            for (it = interactions_[key].begin();
212 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
213 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
214 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
215 >            }
216 >            interactions_[key].insert(repulsivePower_);
217 >            vdwExplicit = true;
218            }
219 <          interactions_[key].insert(eam_);
220 <          metExplicit = true;
221 <        }
222 <
223 <        if (nbiType->isSC()) {
224 <          if (metExplicit) {
225 <            sprintf( painCave.errMsg,
226 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
227 <                     "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
228 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
229 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
230 <            painCave.isFatal = 1;
231 <            simError();
219 >          
220 >          
221 >          if (nbiType->isEAM()) {
222 >            // We found an explicit EAM interaction.  
223 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
224 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
225 >            for (it = interactions_[key].begin();
226 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
227 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
228 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
229 >            }
230 >            interactions_[key].insert(eam_);
231 >            metExplicit = true;
232            }
233 <          // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
234 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
235 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
236 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
237 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
238 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
233 >          
234 >          if (nbiType->isSC()) {
235 >            if (metExplicit) {
236 >              sprintf( painCave.errMsg,
237 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
238 >                       "explicit\n"
239 >                       "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
240 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
241 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
242 >              painCave.isFatal = 1;
243 >              simError();
244 >            }
245 >            // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
246 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
247 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
248 >            for (it = interactions_[key].begin();
249 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
250 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
251 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
252 >            }
253 >            interactions_[key].insert(sc_);
254 >            metExplicit = true;
255            }
256 <          interactions_[key].insert(sc_);
257 <          metExplicit = true;
256 >          
257 >          if (nbiType->isMAW()) {
258 >            if (vdwExplicit) {
259 >              sprintf( painCave.errMsg,
260 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
261 >                       "explicit\n"
262 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
263 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
264 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
265 >              painCave.isFatal = 1;
266 >              simError();
267 >            }
268 >            // We found an explicit MAW interaction.  
269 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
270 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
271 >            for (it = interactions_[key].begin();
272 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
273 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
274 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
275 >            }
276 >            interactions_[key].insert(maw_);
277 >            vdwExplicit = true;
278 >          }        
279          }
280        }
281      }
282      
283 <    // make sure every pair of atom types has a non-bonded interaction:
284 <    for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
285 <         atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
286 <      for (atype2 = atomTypes->beginType(i2); atype2 != NULL;
287 <           atype2 = atomTypes->nextType(i2)) {
283 >    
284 >    // Make sure every pair of atom types in this simulation has a
285 >    // non-bonded interaction.  If not, just inform the user.
286 >
287 >    set<AtomType*> simTypes = info_->getSimulatedAtomTypes();
288 >    set<AtomType*>::iterator it, jt;
289 >
290 >    for (it = simTypes.begin(); it != simTypes.end(); ++it) {
291 >      atype1 = (*it);
292 >      for (jt = it; jt != simTypes.end(); ++jt) {
293 >        atype2 = (*jt);
294          key = make_pair(atype1, atype2);
295          
296          if (interactions_[key].size() == 0) {
297            sprintf( painCave.errMsg,
298 <                   "InteractionManager unable to find an appropriate non-bonded\n"
299 <                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n",
298 >                   "InteractionManager could not find a matching non-bonded\n"
299 >                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n"
300 >                   "\tProceeding without this interaction.\n",
301                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
302            painCave.severity = OPENMD_INFO;
303 <          painCave.isFatal = 1;
303 >          painCave.isFatal = 0;
304            simError();
305          }
306        }
307      }
233 –  }
308  
309 +    initialized_ = true;
310 +  }
311  
312 <  void InteractionManager::doPrePair(AtomType* atype1,
237 <                                     AtomType* atype2,
238 <                                     RealType rij,
239 <                                     RealType &rho_i_at_j,
240 <                                     RealType &rho_j_at_i) {
312 >  void InteractionManager::setCutoffRadius(RealType rcut) {
313      
314 <  }
315 <  
244 <  void InteractionManager::doPreForce(AtomType* atype,
245 <                                      RealType rho,      
246 <                                      RealType &frho,
247 <                                      RealType &dfrhodrho) {
314 >    electrostatic_->setCutoffRadius(rcut);
315 >    eam_->setCutoffRadius(rcut);
316    }
317  
318 <  void InteractionManager::doSkipCorrection(AtomType* atype1,      
251 <                                            AtomType* atype2,
252 <                                            Vector3d d,
253 <                                            RealType rij,
254 <                                            RealType &skippedCharge1,
255 <                                            RealType &skippedCharge2,
256 <                                            RealType sw,
257 <                                            RealType electroMult,
258 <                                            RealType &pot,
259 <                                            RealType &vpair,
260 <                                            Vector3d &f1,
261 <                                            Mat3x3d eFrame1,
262 <                                            Mat3x3d eFrame2,
263 <                                            Vector3d &t1,
264 <                                            Vector3d &t2) {
265 <  }
266 <  
267 <  void InteractionManager::doSelfCorrection(AtomType* atype,
268 <                                            Mat3x3d eFrame,
269 <                                            RealType skippedCharge,
270 <                                            RealType &pot,
271 <                                            Vector3d &t) {
272 <  }
273 <
274 <  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
318 >  void InteractionManager::doPrePair(InteractionData idat){
319      
320      if (!initialized_) initialize();
321 <    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
322 <    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
321 >        
322 >    // excluded interaction, so just return
323 >    if (idat.excluded) return;
324 >
325 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
326 >
327 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
328 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
329 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
330 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
331 >      }
332 >    }
333      
280 –    doPrePair(atype1, atype2, *rij, *rho_i_at_j, *rho_j_at_i);
281 –    
334      return;    
335    }
336 +  
337 +  void InteractionManager::doPreForce(SelfData sdat){
338  
339 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
286 <
287 <    if (!initialized_) initialize();    
288 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
289 <
290 <    doPreForce(atype, *rho, *frho, *dfrhodrho);
339 >    if (!initialized_) initialize();
340      
341 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
342 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
343 +    
344 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
345 +      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
346 +        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
347 +      }
348 +    }
349 +    
350      return;    
351    }
352  
353 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
354 <
353 >  void InteractionManager::doPair(InteractionData idat){
354 >    
355      if (!initialized_) initialize();
298 –          
299 –    InteractionData idat;
356  
301 –    idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
302 –    idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
303 –    idat.d = Vector3d(d);
304 –    idat.rij = *r;
305 –    idat.r2 = *r2;
306 –    idat.rcut = *rcut;
307 –    idat.sw = *sw;
308 –    idat.vdwMult = *vdwMult;
309 –    idat.electroMult = *electroMult;
310 –    idat.pot = *pot;
311 –    idat.vpair = *vpair;
312 –    idat.f1 = Vector3d(f1);
313 –    idat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
314 –    idat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
315 –    idat.A1 = RotMat3x3d(A1);
316 –    idat.A2 = RotMat3x3d(A2);
317 –    idat.t1 = Vector3d(t1);
318 –    idat.t2 = Vector3d(t2);
319 –    idat.rho1 = *rho1;
320 –    idat.rho2 = *rho2;
321 –    idat.dfrho1 = *dfrho1;
322 –    idat.dfrho2 = *dfrho2;
323 –    idat.fshift1 = *fshift1;
324 –    idat.fshift2 = *fshift2;
325 –
326 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(idat.atype1, idat.atype2);
357      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
358  
359 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
360 <      (*it)->calcForce(idat);
331 <    
332 <    f1[0] = idat.f1.x();
333 <    f1[1] = idat.f1.y();
334 <    f1[2] = idat.f1.z();
335 <    
336 <    t1[0] = idat.t1.x();
337 <    t1[1] = idat.t1.y();
338 <    t1[2] = idat.t1.z();
339 <    
340 <    t2[0] = idat.t2.x();
341 <    t2[1] = idat.t2.y();
342 <    t2[2] = idat.t2.z();
359 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
360 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
361  
362 +      // electrostatics still has to worry about indirect
363 +      // contributions from excluded pairs of atoms:
364 +
365 +      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
366 +        (*it)->calcForce(idat);
367 +      }
368 +    }
369 +    
370      return;    
371    }
372  
373 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
373 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(SelfData sdat){
374  
375      if (!initialized_) initialize();
350 –          
351 –    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
352 –    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
353 –    Vector3d disp(d);
354 –    Vector3d frc(f1);
355 –    Vector3d trq1(t1);
356 –    Vector3d trq2(t2);
357 –    Mat3x3d eFi(eFrame1);
358 –    Mat3x3d eFj(eFrame2);
359 –      
360 –    doSkipCorrection(atype1, atype2, disp, *r, *skippedCharge1, *skippedCharge2, *sw,
361 –                     *electroMult, *pot,  *vpair, frc, eFi, eFj, trq1, trq2);
362 –
363 –    f1[0] = frc.x();
364 –    f1[1] = frc.y();
365 –    f1[2] = frc.z();
376      
377 <    t1[0] = trq1.x();
378 <    t1[1] = trq1.y();
369 <    t1[2] = trq1.z();
370 <    
371 <    t2[0] = trq2.x();
372 <    t2[1] = trq2.y();
373 <    t2[2] = trq2.z();
377 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
378 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
379  
380 <    return;
380 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
381 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
382 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
383 >      }
384 >    }
385 >      
386 >    return;    
387    }
388  
389 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
379 <
389 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
390      if (!initialized_) initialize();
391 <          
391 >
392      AtomType* atype = typeMap_[*atid];
383 –    Mat3x3d eFi(eFrame);
384 –    Vector3d trq1(t);
385 –      
386 –    doSelfCorrection(atype, eFi, *skippedCharge, *pot, trq1);
393  
394 <    t[0] = trq1.x();
395 <    t[1] = trq1.y();
396 <    t[2] = trq1.z();
391 <
392 <    return;
393 <  }
394 <
395 < } //end namespace OpenMD
396 <
397 < extern "C" {
398 <  
399 < #define fortranDoPrePair FC_FUNC(do_prepair, DO_PREPAIR)
400 < #define fortranDoPreForce FC_FUNC(do_preforce, DO_PREFORCE)
401 < #define fortranDoPair FC_FUNC(do_pair, DO_PAIR)
402 < #define fortranDoSkipCorrection FC_FUNC(do_skip_correction, DO_SKIP_CORRECTION)
403 < #define fortranDoSelfCorrection FC_FUNC(do_self_correction, DO_SELF_CORRECTION)
404 < #define fortranGetCutoff FC_FUNC(get_cutoff, GET_CUTOFF)
405 <
406 <  void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
407 <                        RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
408 <            
409 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
410 <                                                              rho_i_at_j,  
411 <                                                              rho_j_at_i);
412 <  }
413 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
414 <                         RealType *dfrhodrho) {  
394 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
395 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
396 >    RealType cutoff = 0.0;
397      
398 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
399 <                                                               dfrhodrho);    
398 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
399 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
400 >    return cutoff;    
401    }
419 –  
420 –  void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
421 –                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,
422 –                     RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1,
423 –                     RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
424 –                     RealType *t1, RealType *t2,
425 –                     RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2,
426 –                     RealType *fshift1, RealType *fshift2){
427 –    
428 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
429 –                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
430 –                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
431 –                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
432 –                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
433 –  }
402  
403 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
404 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
437 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
438 <                               RealType *vpair, RealType *f1,
439 <                               RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
440 <                               RealType *t1, RealType *t2){
403 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
404 >    if (!initialized_) initialize();
405      
406 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
407 <                                                                      skippedCharge1,
408 <                                                                      skippedCharge2,
445 <                                                                      sw, electroMult, pot,
446 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
447 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
448 <  }
449 <
450 <  void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
451 <                               RealType *pot, RealType *t) {
406 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
407 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
408 >    RealType cutoff = 0.0;
409      
410 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
411 <                                                                      skippedCharge,
412 <                                                                      pot, t);
410 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
411 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
412 >    return cutoff;    
413    }
414 <  RealType fortranGetCutoff() {
458 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
459 <  }
460 < }
414 > } //end namespace OpenMD

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