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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1502 by gezelter, Sat Oct 2 19:53:32 2010 UTC vs.
Revision 1825 by gezelter, Wed Jan 9 19:27:52 2013 UTC

# Line 36 | Line 36
36   * [1]  Meineke, et al., J. Comp. Chem. 26, 252-271 (2005).            
37   * [2]  Fennell & Gezelter, J. Chem. Phys. 124, 234104 (2006).          
38   * [3]  Sun, Lin & Gezelter, J. Chem. Phys. 128, 24107 (2008).          
39 < * [4]  Vardeman & Gezelter, in progress (2009).                        
39 > * [4]  Kuang & Gezelter,  J. Chem. Phys. 133, 164101 (2010).
40 > * [5]  Vardeman, Stocker & Gezelter, J. Chem. Theory Comput. 7, 834 (2011).
41   */
42  
43   #include "nonbonded/InteractionManager.hpp"
44  
45   namespace OpenMD {
45 –
46 –  bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 –  ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
48 –  InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
49 –  map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
50 –  map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
51 –
52 –  InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
53 –    if (!_instance) {
54 –      _instance = new InteractionManager();
55 –    }
56 –    return _instance;
57 –  }
46  
47 <  void InteractionManager::initialize() {
48 <    
47 >  InteractionManager::InteractionManager() {
48 >
49 >    initialized_ = false;
50 >        
51      lj_ = new LJ();
52      gb_ = new GB();
53      sticky_ = new Sticky();
54 +    morse_ = new Morse();
55 +    repulsivePower_ = new RepulsivePower();
56      eam_ = new EAM();
57      sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
58      electrostatic_ = new Electrostatic();
59 +    maw_ = new MAW();
60 +  }
61  
62 +  void InteractionManager::initialize() {
63 +
64 +    if (initialized_) return;
65 +
66 +    ForceField* forceField_ = info_->getForceField();
67 +    
68      lj_->setForceField(forceField_);
69      gb_->setForceField(forceField_);
70      sticky_->setForceField(forceField_);
71      eam_->setForceField(forceField_);
72      sc_->setForceField(forceField_);
73      morse_->setForceField(forceField_);
74 +    electrostatic_->setSimInfo(info_);
75      electrostatic_->setForceField(forceField_);
76 +    maw_->setForceField(forceField_);
77 +    repulsivePower_->setForceField(forceField_);
78  
79      ForceField::AtomTypeContainer* atomTypes = forceField_->getAtomTypes();
80      ForceField::AtomTypeContainer::MapTypeIterator i1, i2;
# Line 85 | Line 87 | namespace OpenMD {
87           atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
88        
89        // add it to the map:
88 –      AtomTypeProperties atp = atype1->getATP();    
90        
91        pair<map<int,AtomType*>::iterator,bool> ret;    
92 <      ret = typeMap_.insert( pair<int, AtomType*>(atp.ident, atype1) );
92 >      ret = typeMap_.insert( pair<int, AtomType*>(atype1->getIdent(), atype1) );
93        if (ret.second == false) {
94          sprintf( painCave.errMsg,
95                   "InteractionManager already had a previous entry with ident %d\n",
96 <                 atp.ident);
96 >                 atype1->getIdent());
97          painCave.severity = OPENMD_INFO;
98          painCave.isFatal = 0;
99          simError();                
# Line 110 | Line 111 | namespace OpenMD {
111          
112          bool vdwExplicit = false;
113          bool metExplicit = false;
114 <        bool hbExplicit = false;
114 >        // bool hbExplicit = false;
115                        
116          key = make_pair(atype1, atype2);
117          
# Line 143 | Line 144 | namespace OpenMD {
144          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
145          // two atom types.
146          NonBondedInteractionType* nbiType = forceField_->getNonBondedInteractionType(atype1->getName(), atype2->getName());
147 +        
148 +        if (nbiType != NULL) {
149  
150 <        if (nbiType->isLennardJones()) {
151 <          // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
152 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
153 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
154 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
155 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
156 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
150 >          if (nbiType->isLennardJones()) {
151 >            // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
152 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
153 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
154 >            for (it = interactions_[key].begin();
155 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
156 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
157 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
158 >            }
159 >            interactions_[key].insert(lj_);
160 >            vdwExplicit = true;
161            }
162 <          interactions_[key].insert(lj_);
163 <          vdwExplicit = true;
164 <        }
165 <
166 <        if (nbiType->isMorse()) {
167 <          if (vdwExplicit) {
168 <            sprintf( painCave.errMsg,
169 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
170 <                     "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
171 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
172 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
173 <            painCave.isFatal = 1;
174 <            simError();
162 >          
163 >          if (nbiType->isMorse()) {
164 >            if (vdwExplicit) {
165 >              sprintf( painCave.errMsg,
166 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
167 >                       "explicit \n"
168 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
169 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
170 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
171 >              painCave.isFatal = 1;
172 >              simError();
173 >            }
174 >            // We found an explicit Morse interaction.  
175 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
176 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
177 >            for (it = interactions_[key].begin();
178 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
179 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
180 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
181 >            }
182 >            interactions_[key].insert(morse_);
183 >            vdwExplicit = true;
184            }
169 –          // We found an explicit Morse interaction.  
170 –          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
171 –          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
172 –          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
173 –            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
174 –            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
175 –          }
176 –          interactions_[key].insert(morse_);
177 –          vdwExplicit = true;
178 –        }
185  
186 <        if (nbiType->isEAM()) {
187 <          // We found an explicit EAM interaction.  
188 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
189 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
190 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
191 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
192 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
193 <          }
194 <          interactions_[key].insert(eam_);
195 <          metExplicit = true;
196 <        }
197 <
198 <        if (nbiType->isSC()) {
199 <          if (metExplicit) {
200 <            sprintf( painCave.errMsg,
201 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
202 <                     "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
203 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
204 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
205 <            painCave.isFatal = 1;
206 <            simError();
186 >          if (nbiType->isRepulsivePower()) {
187 >            if (vdwExplicit) {
188 >              sprintf( painCave.errMsg,
189 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
190 >                       "explicit \n"
191 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
192 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
193 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
194 >              painCave.isFatal = 1;
195 >              simError();
196 >            }
197 >            // We found an explicit RepulsivePower interaction.  
198 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
199 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
200 >            for (it = interactions_[key].begin();
201 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
202 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
203 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
204 >            }
205 >            interactions_[key].insert(repulsivePower_);
206 >            vdwExplicit = true;
207            }
208 <          // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
209 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
210 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
211 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
212 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
213 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
208 >          
209 >          
210 >          if (nbiType->isEAM()) {
211 >            // We found an explicit EAM interaction.  
212 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
213 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
214 >            for (it = interactions_[key].begin();
215 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
216 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
217 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
218 >            }
219 >            interactions_[key].insert(eam_);
220 >            metExplicit = true;
221            }
222 <          interactions_[key].insert(sc_);
223 <          metExplicit = true;
222 >          
223 >          if (nbiType->isSC()) {
224 >            if (metExplicit) {
225 >              sprintf( painCave.errMsg,
226 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
227 >                       "explicit\n"
228 >                       "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
229 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
230 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
231 >              painCave.isFatal = 1;
232 >              simError();
233 >            }
234 >            // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
235 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
236 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
237 >            for (it = interactions_[key].begin();
238 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
239 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
240 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
241 >            }
242 >            interactions_[key].insert(sc_);
243 >            metExplicit = true;
244 >          }
245 >          
246 >          if (nbiType->isMAW()) {
247 >            if (vdwExplicit) {
248 >              sprintf( painCave.errMsg,
249 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
250 >                       "explicit\n"
251 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
252 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
253 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
254 >              painCave.isFatal = 1;
255 >              simError();
256 >            }
257 >            // We found an explicit MAW interaction.  
258 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
259 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
260 >            for (it = interactions_[key].begin();
261 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
262 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
263 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
264 >            }
265 >            interactions_[key].insert(maw_);
266 >            vdwExplicit = true;
267 >          }        
268          }
269        }
270      }
271      
272 <    // make sure every pair of atom types has a non-bonded interaction:
273 <    for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
274 <         atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
275 <      for (atype2 = atomTypes->beginType(i2); atype2 != NULL;
276 <           atype2 = atomTypes->nextType(i2)) {
272 >    
273 >    // Make sure every pair of atom types in this simulation has a
274 >    // non-bonded interaction.  If not, just inform the user.
275 >
276 >    set<AtomType*> simTypes = info_->getSimulatedAtomTypes();
277 >    set<AtomType*>::iterator it, jt;
278 >
279 >    for (it = simTypes.begin(); it != simTypes.end(); ++it) {
280 >      atype1 = (*it);
281 >      for (jt = it; jt != simTypes.end(); ++jt) {
282 >        atype2 = (*jt);
283          key = make_pair(atype1, atype2);
284          
285          if (interactions_[key].size() == 0) {
286            sprintf( painCave.errMsg,
287 <                   "InteractionManager unable to find an appropriate non-bonded\n"
288 <                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n",
287 >                   "InteractionManager could not find a matching non-bonded\n"
288 >                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n"
289 >                   "\tProceeding without this interaction.\n",
290                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
291            painCave.severity = OPENMD_INFO;
292 <          painCave.isFatal = 1;
292 >          painCave.isFatal = 0;
293            simError();
294          }
295        }
296      }
233 –  }
297  
298 +    initialized_ = true;
299 +  }
300  
301 <  void InteractionManager::doPrePair(AtomType* atype1,
237 <                                     AtomType* atype2,
238 <                                     RealType rij,
239 <                                     RealType &rho_i_at_j,
240 <                                     RealType &rho_j_at_i) {
301 >  void InteractionManager::setCutoffRadius(RealType rcut) {
302      
303 +    electrostatic_->setCutoffRadius(rcut);
304 +    eam_->setCutoffRadius(rcut);
305    }
243 –  
244 –  void InteractionManager::doPreForce(AtomType* atype,
245 –                                      RealType rho,      
246 –                                      RealType &frho,
247 –                                      RealType &dfrhodrho) {
248 –  }
306  
307 <  void InteractionManager::doSkipCorrection(AtomType* atype1,      
251 <                                            AtomType* atype2,
252 <                                            Vector3d d,
253 <                                            RealType rij,
254 <                                            RealType &skippedCharge1,
255 <                                            RealType &skippedCharge2,
256 <                                            RealType sw,
257 <                                            RealType electroMult,
258 <                                            RealType &pot,
259 <                                            RealType &vpair,
260 <                                            Vector3d &f1,
261 <                                            Mat3x3d eFrame1,
262 <                                            Mat3x3d eFrame2,
263 <                                            Vector3d &t1,
264 <                                            Vector3d &t2) {
265 <  }
266 <  
267 <  void InteractionManager::doSelfCorrection(AtomType* atype,
268 <                                            Mat3x3d eFrame,
269 <                                            RealType skippedCharge,
270 <                                            RealType &pot,
271 <                                            Vector3d &t) {
272 <  }
273 <
274 <  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
307 >  void InteractionManager::doPrePair(InteractionData idat){
308      
309      if (!initialized_) initialize();
310 <    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
311 <    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
310 >        
311 >    // excluded interaction, so just return
312 >    if (idat.excluded) return;
313 >
314 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
315 >
316 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
317 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
318 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
319 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
320 >      }
321 >    }
322      
280 –    doPrePair(atype1, atype2, *rij, *rho_i_at_j, *rho_j_at_i);
281 –    
323      return;    
324    }
325 +  
326 +  void InteractionManager::doPreForce(SelfData sdat){
327  
328 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
286 <
287 <    if (!initialized_) initialize();    
288 <    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
289 <
290 <    doPreForce(atype, *rho, *frho, *dfrhodrho);
328 >    if (!initialized_) initialize();
329      
330 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
331 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
332 +    
333 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
334 +      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
335 +        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
336 +      }
337 +    }
338 +    
339      return;    
340    }
341  
342 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
343 <
342 >  void InteractionManager::doPair(InteractionData idat){
343 >    
344      if (!initialized_) initialize();
298 –          
299 –    InteractionData idat;
345  
301 –    idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
302 –    idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
303 –    idat.d = Vector3d(d);
304 –    idat.rij = *r;
305 –    idat.r2 = *r2;
306 –    idat.rcut = *rcut;
307 –    idat.sw = *sw;
308 –    idat.vdwMult = *vdwMult;
309 –    idat.electroMult = *electroMult;
310 –    idat.pot = *pot;
311 –    idat.vpair = *vpair;
312 –    idat.f1 = Vector3d(f1);
313 –    idat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
314 –    idat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
315 –    idat.A1 = RotMat3x3d(A1);
316 –    idat.A2 = RotMat3x3d(A2);
317 –    idat.t1 = Vector3d(t1);
318 –    idat.t2 = Vector3d(t2);
319 –    idat.rho1 = *rho1;
320 –    idat.rho2 = *rho2;
321 –    idat.dfrho1 = *dfrho1;
322 –    idat.dfrho2 = *dfrho2;
323 –    idat.fshift1 = *fshift1;
324 –    idat.fshift2 = *fshift2;
325 –
326 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(idat.atype1, idat.atype2);
346      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
347  
348 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
349 <      (*it)->calcForce(idat);
331 <    
332 <    f1[0] = idat.f1.x();
333 <    f1[1] = idat.f1.y();
334 <    f1[2] = idat.f1.z();
335 <    
336 <    t1[0] = idat.t1.x();
337 <    t1[1] = idat.t1.y();
338 <    t1[2] = idat.t1.z();
339 <    
340 <    t2[0] = idat.t2.x();
341 <    t2[1] = idat.t2.y();
342 <    t2[2] = idat.t2.z();
348 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
349 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
350  
351 +      // electrostatics still has to worry about indirect
352 +      // contributions from excluded pairs of atoms:
353 +
354 +      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
355 +        (*it)->calcForce(idat);
356 +      }
357 +    }
358 +    
359      return;    
360    }
361  
362 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
362 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(SelfData sdat){
363  
364      if (!initialized_) initialize();
350 –          
351 –    AtomType* atype1 = typeMap_[*atid1];
352 –    AtomType* atype2 = typeMap_[*atid2];
353 –    Vector3d disp(d);
354 –    Vector3d frc(f1);
355 –    Vector3d trq1(t1);
356 –    Vector3d trq2(t2);
357 –    Mat3x3d eFi(eFrame1);
358 –    Mat3x3d eFj(eFrame2);
359 –      
360 –    doSkipCorrection(atype1, atype2, disp, *r, *skippedCharge1, *skippedCharge2, *sw,
361 –                     *electroMult, *pot,  *vpair, frc, eFi, eFj, trq1, trq2);
362 –
363 –    f1[0] = frc.x();
364 –    f1[1] = frc.y();
365 –    f1[2] = frc.z();
365      
366 <    t1[0] = trq1.x();
367 <    t1[1] = trq1.y();
369 <    t1[2] = trq1.z();
370 <    
371 <    t2[0] = trq2.x();
372 <    t2[1] = trq2.y();
373 <    t2[2] = trq2.z();
366 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
367 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
368  
369 <    return;
369 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
370 >      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
371 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
372 >      }
373 >    }
374 >      
375 >    return;    
376    }
377  
378 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
379 <
378 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
379      if (!initialized_) initialize();
380 <          
380 >
381      AtomType* atype = typeMap_[*atid];
383 –    Mat3x3d eFi(eFrame);
384 –    Vector3d trq1(t);
385 –      
386 –    doSelfCorrection(atype, eFi, *skippedCharge, *pot, trq1);
382  
383 <    t[0] = trq1.x();
384 <    t[1] = trq1.y();
385 <    t[2] = trq1.z();
391 <
392 <    return;
393 <  }
394 <
395 < } //end namespace OpenMD
396 <
397 < extern "C" {
398 <  
399 < #define fortranDoPrePair FC_FUNC(do_prepair, DO_PREPAIR)
400 < #define fortranDoPreForce FC_FUNC(do_preforce, DO_PREFORCE)
401 < #define fortranDoPair FC_FUNC(do_pair, DO_PAIR)
402 < #define fortranDoSkipCorrection FC_FUNC(do_skip_correction, DO_SKIP_CORRECTION)
403 < #define fortranDoSelfCorrection FC_FUNC(do_self_correction, DO_SELF_CORRECTION)
404 < #define fortranGetCutoff FC_FUNC(get_cutoff, GET_CUTOFF)
405 <
406 <  void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
407 <                        RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
408 <            
409 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
410 <                                                              rho_i_at_j,  
411 <                                                              rho_j_at_i);
412 <  }
413 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
414 <                         RealType *dfrhodrho) {  
383 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
384 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
385 >    RealType cutoff = 0.0;
386      
387 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
388 <                                                               dfrhodrho);    
387 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
388 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
389 >    return cutoff;    
390    }
419 –  
420 –  void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
421 –                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,
422 –                     RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1,
423 –                     RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
424 –                     RealType *t1, RealType *t2,
425 –                     RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2,
426 –                     RealType *fshift1, RealType *fshift2){
427 –    
428 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
429 –                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
430 –                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
431 –                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
432 –                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
433 –  }
391  
392 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
393 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
437 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
438 <                               RealType *vpair, RealType *f1,
439 <                               RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
440 <                               RealType *t1, RealType *t2){
392 >  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
393 >    if (!initialized_) initialize();
394      
395 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
396 <                                                                      skippedCharge1,
397 <                                                                      skippedCharge2,
445 <                                                                      sw, electroMult, pot,
446 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
447 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
448 <  }
449 <
450 <  void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
451 <                               RealType *pot, RealType *t) {
395 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
396 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
397 >    RealType cutoff = 0.0;
398      
399 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
400 <                                                                      skippedCharge,
401 <                                                                      pot, t);
399 >    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
400 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
401 >    return cutoff;    
402    }
403 <  RealType fortranGetCutoff() {
458 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
459 <  }
460 < }
403 > } //end namespace OpenMD

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