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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1504 by gezelter, Sat Oct 2 20:41:53 2010 UTC vs.
Revision 1529 by gezelter, Mon Dec 27 18:35:59 2010 UTC

# Line 44 | Line 44 | namespace OpenMD {
44   namespace OpenMD {
45  
46    bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 +  RealType InteractionManager::rCut_ = -1.0;
48 +  RealType InteractionManager::rSwitch_ = -1.0;
49    ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
50    InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
51    map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
52    map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
53 +
54 +  LJ* InteractionManager::lj_ = new LJ();
55 +  GB* InteractionManager::gb_ = new GB();
56 +  Sticky* InteractionManager::sticky_ = new Sticky();
57 +  Morse* InteractionManager::morse_ = new Morse();
58 +  EAM* InteractionManager::eam_ = new EAM();
59 +  SC* InteractionManager::sc_ = new SC();
60 +  Electrostatic* InteractionManager::electrostatic_ = new Electrostatic();
61  
62    InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
63      if (!_instance) {
# Line 58 | Line 68 | namespace OpenMD {
68  
69    void InteractionManager::initialize() {
70      
61 –    lj_ = new LJ();
62 –    gb_ = new GB();
63 –    sticky_ = new Sticky();
64 –    eam_ = new EAM();
65 –    sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
67 –    electrostatic_ = new Electrostatic();
68 –
71      lj_->setForceField(forceField_);
72      gb_->setForceField(forceField_);
73      sticky_->setForceField(forceField_);
# Line 232 | Line 234 | namespace OpenMD {
234      }
235    }
236    
237 <  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
237 >  void InteractionManager::doPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
238      
239      if (!initialized_) initialize();
240            
# Line 256 | Line 258 | namespace OpenMD {
258      return;    
259    }
260    
261 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
261 >  void InteractionManager::doPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
262  
263      if (!initialized_) initialize();
264            
# Line 279 | Line 281 | namespace OpenMD {
281      return;    
282    }
283  
284 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
284 >  void InteractionManager::doPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
285      
286      if (!initialized_) initialize();
287      
# Line 331 | Line 333 | namespace OpenMD {
333      return;    
334    }
335  
336 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
336 >  void InteractionManager::doSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
337  
338      if (!initialized_) initialize();
339      
# Line 377 | Line 379 | namespace OpenMD {
379      return;    
380    }
381  
382 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
382 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
383  
384      if (!initialized_) initialize();
385      
# Line 405 | Line 407 | namespace OpenMD {
407      return;    
408    }
409  
410 +
411 +  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
412 +    if (!initialized_) initialize();
413 +    
414 +    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
415 +
416 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
417 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
418 +    RealType cutoff = 0.0;
419 +    
420 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
421 +      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
422 +    return cutoff;    
423 +  }
424 +
425 +  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
426 +    if (!initialized_) initialize();
427 +    
428 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
429 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
430 +    RealType cutoff = 0.0;
431 +    
432 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
433 +      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
434 +    return cutoff;    
435 +  }
436 +
437   } //end namespace OpenMD
438  
439   extern "C" {
# Line 419 | Line 448 | extern "C" {
448    void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
449                          RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
450              
451 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
452 <                                                              rho_i_at_j,  
453 <                                                              rho_j_at_i);
451 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPrePair(atid1, atid2, rij,
452 >                                                             rho_i_at_j,  
453 >                                                             rho_j_at_i);
454    }
455 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
455 >  void fortranDoPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
456                           RealType *dfrhodrho) {  
457      
458 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
459 <                                                               dfrhodrho);    
458 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPreForce(atid, rho, frho,
459 >                                                              dfrhodrho);    
460    }
461    
462    void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
# Line 439 | Line 468 | extern "C" {
468                       RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1,
469                       RealType *fshift2){
470      
471 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
472 <                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
473 <                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
474 <                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
475 <                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
471 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPair(atid1, atid2, d, r,
472 >                                                          r2, rcut, sw,
473 >                                                          vdwMult, electroMult,
474 >                                                          pot, vpair, f1,
475 >                                                          eFrame1, eFrame2,
476 >                                                          A1, A2, t1, t2, rho1,
477 >                                                          rho2, dfrho1, dfrho2,
478 >                                                          fshift1, fshift2);
479    }
480 <
481 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
482 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
483 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
480 >  
481 >  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d,
482 >                               RealType *r, RealType *skippedCharge1,
483 >                               RealType *skippedCharge2, RealType *sw,
484 >                               RealType *electroMult, RealType *pot,
485                                 RealType *vpair, RealType *f1,
486                                 RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
487                                 RealType *t1, RealType *t2){
488      
489 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
490 <                                                                      skippedCharge1,
491 <                                                                      skippedCharge2,
492 <                                                                      sw, electroMult, pot,
493 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
494 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
489 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSkipCorrection(atid1,
490 >                                                                    atid2, d,
491 >                                                                    r,
492 >                                                                    skippedCharge1,
493 >                                                                    skippedCharge2,
494 >                                                                    sw, electroMult, pot,
495 >                                                                    vpair, f1, eFrame1,
496 >                                                                    eFrame2, t1, t2);
497    }
498 <
498 >  
499    void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
500                                 RealType *pot, RealType *t) {
501      
502 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
503 <                                                                      skippedCharge,
504 <                                                                      pot, t);
502 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSelfCorrection(atid,
503 >                                                                    eFrame,
504 >                                                                    skippedCharge,
505 >                                                                    pot, t);
506    }
507 <  RealType fortranGetCutoff() {
508 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
507 >  RealType fortranGetCutoff(int *atid) {    
508 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getSuggestedCutoffRadius(atid);
509    }
510   }

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