ViewVC Help
View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing
root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents):
Revision 1504 by gezelter, Sat Oct 2 20:41:53 2010 UTC vs.
Revision 1528 by gezelter, Fri Dec 17 20:11:05 2010 UTC

# Line 48 | Line 48 | namespace OpenMD {
48    InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
49    map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
50    map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
51 +
52 +  LJ* InteractionManager::lj_ = new LJ();
53 +  GB* InteractionManager::gb_ = new GB();
54 +  Sticky* InteractionManager::sticky_ = new Sticky();
55 +  Morse* InteractionManager::morse_ = new Morse();
56 +  EAM* InteractionManager::eam_ = new EAM();
57 +  SC* InteractionManager::sc_ = new SC();
58 +  Electrostatic* InteractionManager::electrostatic_ = new Electrostatic();
59  
60    InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
61      if (!_instance) {
# Line 58 | Line 66 | namespace OpenMD {
66  
67    void InteractionManager::initialize() {
68      
61 –    lj_ = new LJ();
62 –    gb_ = new GB();
63 –    sticky_ = new Sticky();
64 –    eam_ = new EAM();
65 –    sc_ = new SC();
66 –    morse_ = new Morse();
67 –    electrostatic_ = new Electrostatic();
68 –
69      lj_->setForceField(forceField_);
70      gb_->setForceField(forceField_);
71      sticky_->setForceField(forceField_);
# Line 232 | Line 232 | namespace OpenMD {
232      }
233    }
234    
235 <  void InteractionManager::do_prepair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
235 >  void InteractionManager::doPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
236      
237      if (!initialized_) initialize();
238            
# Line 256 | Line 256 | namespace OpenMD {
256      return;    
257    }
258    
259 <  void InteractionManager::do_preforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
259 >  void InteractionManager::doPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
260  
261      if (!initialized_) initialize();
262            
# Line 279 | Line 279 | namespace OpenMD {
279      return;    
280    }
281  
282 <  void InteractionManager::do_pair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
282 >  void InteractionManager::doPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
283      
284      if (!initialized_) initialize();
285      
# Line 331 | Line 331 | namespace OpenMD {
331      return;    
332    }
333  
334 <  void InteractionManager::do_skip_correction(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
334 >  void InteractionManager::doSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
335  
336      if (!initialized_) initialize();
337      
# Line 377 | Line 377 | namespace OpenMD {
377      return;    
378    }
379  
380 <  void InteractionManager::do_self_correction(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
380 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
381  
382      if (!initialized_) initialize();
383      
# Line 403 | Line 403 | namespace OpenMD {
403      t[2] = scdat.t.z();
404  
405      return;    
406 +  }
407 +
408 +
409 +  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
410 +    if (!initialized_) initialize();
411 +    
412 +    AtomType* atype = typeMap_[*atid];
413 +
414 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
415 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
416 +    RealType cutoff = 0.0;
417 +    
418 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
419 +      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
420 +    return cutoff;    
421    }
422  
423 +  RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(AtomType* atype) {
424 +    if (!initialized_) initialize();
425 +    
426 +    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(atype, atype);
427 +    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
428 +    RealType cutoff = 0.0;
429 +    
430 +    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
431 +      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
432 +    return cutoff;    
433 +  }
434 +
435   } //end namespace OpenMD
436  
437   extern "C" {
# Line 419 | Line 446 | extern "C" {
446    void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
447                          RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
448              
449 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_prepair(atid1, atid2, rij,
450 <                                                              rho_i_at_j,  
451 <                                                              rho_j_at_i);
449 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPrePair(atid1, atid2, rij,
450 >                                                             rho_i_at_j,  
451 >                                                             rho_j_at_i);
452    }
453 <  void fortranDoPreforce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
453 >  void fortranDoPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
454                           RealType *dfrhodrho) {  
455      
456 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_preforce(atid, rho, frho,
457 <                                                               dfrhodrho);    
456 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPreForce(atid, rho, frho,
457 >                                                              dfrhodrho);    
458    }
459    
460    void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
# Line 439 | Line 466 | extern "C" {
466                       RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1,
467                       RealType *fshift2){
468      
469 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_pair(atid1, atid2, d, r, r2, rcut,
470 <                                                           sw, vdwMult, electroMult, pot,
471 <                                                           vpair, f1, eFrame1, eFrame2,
472 <                                                           A1, A2, t1, t2, rho1, rho2,
473 <                                                           dfrho1, dfrho2, fshift1, fshift2);
469 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPair(atid1, atid2, d, r,
470 >                                                          r2, rcut, sw,
471 >                                                          vdwMult, electroMult,
472 >                                                          pot, vpair, f1,
473 >                                                          eFrame1, eFrame2,
474 >                                                          A1, A2, t1, t2, rho1,
475 >                                                          rho2, dfrho1, dfrho2,
476 >                                                          fshift1, fshift2);
477    }
478 <
479 <  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
480 <                               RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2,
481 <                               RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot,
478 >  
479 >  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d,
480 >                               RealType *r, RealType *skippedCharge1,
481 >                               RealType *skippedCharge2, RealType *sw,
482 >                               RealType *electroMult, RealType *pot,
483                                 RealType *vpair, RealType *f1,
484                                 RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
485                                 RealType *t1, RealType *t2){
486      
487 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_skip_correction(atid1, atid2, d, r,
488 <                                                                      skippedCharge1,
489 <                                                                      skippedCharge2,
490 <                                                                      sw, electroMult, pot,
491 <                                                                      vpair, f1, eFrame1,
492 <                                                                      eFrame2, t1, t2);
487 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSkipCorrection(atid1,
488 >                                                                    atid2, d,
489 >                                                                    r,
490 >                                                                    skippedCharge1,
491 >                                                                    skippedCharge2,
492 >                                                                    sw, electroMult, pot,
493 >                                                                    vpair, f1, eFrame1,
494 >                                                                    eFrame2, t1, t2);
495    }
496 <
496 >  
497    void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
498                                 RealType *pot, RealType *t) {
499      
500 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->do_self_correction(atid, eFrame,
501 <                                                                      skippedCharge,
502 <                                                                      pot, t);
500 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSelfCorrection(atid,
501 >                                                                    eFrame,
502 >                                                                    skippedCharge,
503 >                                                                    pot, t);
504    }
505 <  RealType fortranGetCutoff() {
506 <    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getCutoff();
505 >  RealType fortranGetCutoff(int *atid) {    
506 >    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getSuggestedCutoffRadius(atid);
507    }
508   }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines