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root/OpenMD/branches/development/src/nonbonded/Electrostatic.cpp
(Generate patch)

Comparing branches/development/src/nonbonded/Electrostatic.cpp (file contents):
Revision 1553 by gezelter, Wed Apr 27 18:38:15 2011 UTC vs.
Revision 1554 by gezelter, Sat Apr 30 02:54:02 2011 UTC

# Line 463 | Line 463 | namespace OpenMD {
463      
464      if (!initialized_) initialize();
465      
466 <    ElectrostaticAtomData data1 = ElectrostaticMap[idat.atypes.first];
467 <    ElectrostaticAtomData data2 = ElectrostaticMap[idat.atypes.second];
466 >    ElectrostaticAtomData data1 = ElectrostaticMap[idat.atypes->first];
467 >    ElectrostaticAtomData data2 = ElectrostaticMap[idat.atypes->second];
468      
469      // some variables we'll need independent of electrostatic type:
470  
471 <    riji = 1.0 / idat.rij;
472 <    Vector3d rhat = idat.d  * riji;
471 >    riji = 1.0 /  *(idat.rij) ;
472 >    Vector3d rhat =  *(idat.d)   * riji;
473  
474      // logicals
475  
# Line 488 | Line 488 | namespace OpenMD {
488  
489      if (i_is_Dipole) {
490        mu_i = data1.dipole_moment;
491 <      uz_i = idat.eFrame1.getColumn(2);
491 >      uz_i = idat.eFrame1->getColumn(2);
492        
493        ct_i = dot(uz_i, rhat);
494  
# Line 504 | Line 504 | namespace OpenMD {
504        qyy_i = Q_i.y();
505        qzz_i = Q_i.z();
506        
507 <      ux_i = idat.eFrame1.getColumn(0);
508 <      uy_i = idat.eFrame1.getColumn(1);
509 <      uz_i = idat.eFrame1.getColumn(2);
507 >      ux_i = idat.eFrame1->getColumn(0);
508 >      uy_i = idat.eFrame1->getColumn(1);
509 >      uz_i = idat.eFrame1->getColumn(2);
510  
511        cx_i = dot(ux_i, rhat);
512        cy_i = dot(uy_i, rhat);
# Line 522 | Line 522 | namespace OpenMD {
522  
523      if (j_is_Dipole) {
524        mu_j = data2.dipole_moment;
525 <      uz_j = idat.eFrame2.getColumn(2);
525 >      uz_j = idat.eFrame2->getColumn(2);
526        
527        ct_j = dot(uz_j, rhat);
528  
# Line 538 | Line 538 | namespace OpenMD {
538        qyy_j = Q_j.y();
539        qzz_j = Q_j.z();
540        
541 <      ux_j = idat.eFrame2.getColumn(0);
542 <      uy_j = idat.eFrame2.getColumn(1);
543 <      uz_j = idat.eFrame2.getColumn(2);
541 >      ux_j = idat.eFrame2->getColumn(0);
542 >      uy_j = idat.eFrame2->getColumn(1);
543 >      uz_j = idat.eFrame2->getColumn(2);
544  
545        cx_j = dot(ux_j, rhat);
546        cy_j = dot(uy_j, rhat);
# Line 559 | Line 559 | namespace OpenMD {
559        if (j_is_Charge) {
560          if (screeningMethod_ == DAMPED) {
561            // assemble the damping variables
562 <          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
562 >          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
563            erfcVal = res.first;
564            derfcVal = res.second;
565            c1 = erfcVal * riji;
# Line 569 | Line 569 | namespace OpenMD {
569            c2 = c1 * riji;
570          }
571  
572 <        preVal = idat.electroMult * pre11_ * q_i * q_j;
572 >        preVal =  *(idat.electroMult) * pre11_ * q_i * q_j;
573          
574          if (summationMethod_ == esm_SHIFTED_POTENTIAL) {
575            vterm = preVal * (c1 - c1c_);
576 <          dudr  = -idat.sw * preVal * c2;
576 >          dudr  = - *(idat.sw)  * preVal * c2;
577  
578          } else if (summationMethod_ == esm_SHIFTED_FORCE)  {
579 <          vterm = preVal * ( c1 - c1c_ + c2c_*(idat.rij - cutoffRadius_) );
580 <          dudr  = idat.sw * preVal * (c2c_ - c2);
579 >          vterm = preVal * ( c1 - c1c_ + c2c_*( *(idat.rij)  - cutoffRadius_) );
580 >          dudr  =  *(idat.sw)  * preVal * (c2c_ - c2);
581  
582          } else if (summationMethod_ == esm_REACTION_FIELD) {
583 <          rfVal = idat.electroMult * preRF_ * idat.rij * idat.rij;
583 >          rfVal =  *(idat.electroMult) * preRF_ *  *(idat.rij)  *  *(idat.rij) ;
584            vterm = preVal * ( riji + rfVal );            
585 <          dudr  = idat.sw * preVal * ( 2.0 * rfVal - riji ) * riji;
585 >          dudr  =  *(idat.sw)  * preVal * ( 2.0 * rfVal - riji ) * riji;
586  
587          } else {
588            vterm = preVal * riji * erfcVal;            
589  
590 <          dudr  = - idat.sw * preVal * c2;
590 >          dudr  = -  *(idat.sw)  * preVal * c2;
591  
592          }
593  
594 <        idat.vpair += vterm;
595 <        epot += idat.sw * vterm;
594 >        *(idat.vpair) += vterm;
595 >        epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
596  
597          dVdr += dudr * rhat;      
598        }
599  
600        if (j_is_Dipole) {
601          // pref is used by all the possible methods
602 <        pref = idat.electroMult * pre12_ * q_i * mu_j;
603 <        preSw = idat.sw * pref;
602 >        pref =  *(idat.electroMult) * pre12_ * q_i * mu_j;
603 >        preSw =  *(idat.sw)  * pref;
604  
605          if (summationMethod_ == esm_REACTION_FIELD) {
606            ri2 = riji * riji;
607            ri3 = ri2 * riji;
608      
609 <          vterm = - pref * ct_j * ( ri2 - preRF2_ * idat.rij );
610 <          idat.vpair += vterm;
611 <          epot += idat.sw * vterm;
609 >          vterm = - pref * ct_j * ( ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij)  );
610 >          *(idat.vpair) += vterm;
611 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
612  
613            dVdr +=  -preSw * (ri3 * (uz_j - 3.0 * ct_j * rhat) - preRF2_*uz_j);
614 <          duduz_j += -preSw * rhat * (ri2 - preRF2_ * idat.rij);  
614 >          duduz_j += -preSw * rhat * (ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij) );  
615  
616          } else {
617            // determine the inverse r used if we have split dipoles
618            if (j_is_SplitDipole) {
619 <            BigR = sqrt(idat.r2 + 0.25 * d_j * d_j);
619 >            BigR = sqrt( *(idat.r2) + 0.25 * d_j * d_j);
620              ri = 1.0 / BigR;
621 <            scale = idat.rij * ri;
621 >            scale =  *(idat.rij)  * ri;
622            } else {
623              ri = riji;
624              scale = 1.0;
# Line 628 | Line 628 | namespace OpenMD {
628  
629            if (screeningMethod_ == DAMPED) {
630              // assemble the damping variables
631 <            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
631 >            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
632              erfcVal = res.first;
633              derfcVal = res.second;
634              c1 = erfcVal * ri;
# Line 645 | Line 645 | namespace OpenMD {
645            // calculate the potential
646            pot_term =  scale * c2;
647            vterm = -pref * ct_j * pot_term;
648 <          idat.vpair += vterm;
649 <          epot += idat.sw * vterm;
648 >          *(idat.vpair) += vterm;
649 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
650              
651            // calculate derivatives for forces and torques
652  
# Line 661 | Line 661 | namespace OpenMD {
661          cx2 = cx_j * cx_j;
662          cy2 = cy_j * cy_j;
663          cz2 = cz_j * cz_j;
664 <        pref =  idat.electroMult * pre14_ * q_i * one_third_;
664 >        pref =   *(idat.electroMult) * pre14_ * q_i * one_third_;
665            
666          if (screeningMethod_ == DAMPED) {
667            // assemble the damping variables
668 <          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
668 >          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
669            erfcVal = res.first;
670            derfcVal = res.second;
671            c1 = erfcVal * riji;
# Line 680 | Line 680 | namespace OpenMD {
680          }
681  
682          // precompute variables for convenience
683 <        preSw = idat.sw * pref;
683 >        preSw =  *(idat.sw)  * pref;
684          c2ri = c2 * riji;
685          c3ri = c3 * riji;
686 <        c4rij = c4 * idat.rij;
686 >        c4rij = c4 *  *(idat.rij) ;
687          rhatdot2 = 2.0 * rhat * c3;
688          rhatc4 = rhat * c4rij;
689  
# Line 692 | Line 692 | namespace OpenMD {
692                       qyy_j * (cy2*c3 - c2ri) +
693                       qzz_j * (cz2*c3 - c2ri) );
694          vterm = pref * pot_term;
695 <        idat.vpair += vterm;
696 <        epot += idat.sw * vterm;
695 >        *(idat.vpair) += vterm;
696 >        epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
697                  
698          // calculate derivatives for the forces and torques
699  
# Line 711 | Line 711 | namespace OpenMD {
711  
712        if (j_is_Charge) {
713          // variables used by all the methods
714 <        pref = idat.electroMult * pre12_ * q_j * mu_i;
715 <        preSw = idat.sw * pref;
714 >        pref =  *(idat.electroMult) * pre12_ * q_j * mu_i;
715 >        preSw =  *(idat.sw)  * pref;
716  
717          if (summationMethod_ == esm_REACTION_FIELD) {
718  
719            ri2 = riji * riji;
720            ri3 = ri2 * riji;
721  
722 <          vterm = pref * ct_i * ( ri2 - preRF2_ * idat.rij );
723 <          idat.vpair += vterm;
724 <          epot += idat.sw * vterm;
722 >          vterm = pref * ct_i * ( ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij)  );
723 >          *(idat.vpair) += vterm;
724 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
725            
726            dVdr += preSw * (ri3 * (uz_i - 3.0 * ct_i * rhat) - preRF2_ * uz_i);
727            
728 <          duduz_i += preSw * rhat * (ri2 - preRF2_ * idat.rij);
728 >          duduz_i += preSw * rhat * (ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij) );
729              
730          } else {
731            
732            // determine inverse r if we are using split dipoles
733            if (i_is_SplitDipole) {
734 <            BigR = sqrt(idat.r2 + 0.25 * d_i * d_i);
734 >            BigR = sqrt( *(idat.r2) + 0.25 * d_i * d_i);
735              ri = 1.0 / BigR;
736 <            scale = idat.rij * ri;
736 >            scale =  *(idat.rij)  * ri;
737            } else {
738              ri = riji;
739              scale = 1.0;
# Line 743 | Line 743 | namespace OpenMD {
743              
744            if (screeningMethod_ == DAMPED) {
745              // assemble the damping variables
746 <            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
746 >            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
747              erfcVal = res.first;
748              derfcVal = res.second;
749              c1 = erfcVal * ri;
# Line 760 | Line 760 | namespace OpenMD {
760            // calculate the potential
761            pot_term = c2 * scale;
762            vterm = pref * ct_i * pot_term;
763 <          idat.vpair += vterm;
764 <          epot += idat.sw * vterm;
763 >          *(idat.vpair) += vterm;
764 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
765  
766            // calculate derivatives for the forces and torques
767            dVdr += preSw * (uz_i * c2ri - ct_i * rhat * sc2 * c3);
# Line 773 | Line 773 | namespace OpenMD {
773          // variables used by all methods
774          ct_ij = dot(uz_i, uz_j);
775  
776 <        pref = idat.electroMult * pre22_ * mu_i * mu_j;
777 <        preSw = idat.sw * pref;
776 >        pref =  *(idat.electroMult) * pre22_ * mu_i * mu_j;
777 >        preSw =  *(idat.sw)  * pref;
778  
779          if (summationMethod_ == esm_REACTION_FIELD) {
780            ri2 = riji * riji;
# Line 783 | Line 783 | namespace OpenMD {
783  
784            vterm = pref * ( ri3 * (ct_ij - 3.0 * ct_i * ct_j) -
785                             preRF2_ * ct_ij );
786 <          idat.vpair += vterm;
787 <          epot += idat.sw * vterm;
786 >          *(idat.vpair) += vterm;
787 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
788              
789            a1 = 5.0 * ct_i * ct_j - ct_ij;
790              
# Line 797 | Line 797 | namespace OpenMD {
797            
798            if (i_is_SplitDipole) {
799              if (j_is_SplitDipole) {
800 <              BigR = sqrt(idat.r2 + 0.25 * d_i * d_i + 0.25 * d_j * d_j);
800 >              BigR = sqrt( *(idat.r2) + 0.25 * d_i * d_i + 0.25 * d_j * d_j);
801              } else {
802 <              BigR = sqrt(idat.r2 + 0.25 * d_i * d_i);
802 >              BigR = sqrt( *(idat.r2) + 0.25 * d_i * d_i);
803              }
804              ri = 1.0 / BigR;
805 <            scale = idat.rij * ri;
805 >            scale =  *(idat.rij)  * ri;
806            } else {
807              if (j_is_SplitDipole) {
808 <              BigR = sqrt(idat.r2 + 0.25 * d_j * d_j);
808 >              BigR = sqrt( *(idat.r2) + 0.25 * d_j * d_j);
809                ri = 1.0 / BigR;
810 <              scale = idat.rij * ri;
810 >              scale =  *(idat.rij)  * ri;
811              } else {
812                ri = riji;
813                scale = 1.0;
# Line 815 | Line 815 | namespace OpenMD {
815            }
816            if (screeningMethod_ == DAMPED) {
817              // assemble damping variables
818 <            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
818 >            res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
819              erfcVal = res.first;
820              derfcVal = res.second;
821              c1 = erfcVal * ri;
# Line 837 | Line 837 | namespace OpenMD {
837            preSwSc = preSw * scale;
838            c2ri = c2 * ri;
839            c3ri = c3 * ri;
840 <          c4rij = c4 * idat.rij;
840 >          c4rij = c4 *  *(idat.rij) ;
841  
842            // calculate the potential
843            pot_term = (ct_ij * c2ri - ctidotj * c3);
844            vterm = pref * pot_term;
845 <          idat.vpair += vterm;
846 <          epot += idat.sw * vterm;
845 >          *(idat.vpair) += vterm;
846 >          epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
847  
848            // calculate derivatives for the forces and torques
849            dVdr += preSwSc * ( ctidotj * rhat * c4rij  -
# Line 862 | Line 862 | namespace OpenMD {
862          cy2 = cy_i * cy_i;
863          cz2 = cz_i * cz_i;
864  
865 <        pref = idat.electroMult * pre14_ * q_j * one_third_;
865 >        pref =  *(idat.electroMult) * pre14_ * q_j * one_third_;
866  
867          if (screeningMethod_ == DAMPED) {
868            // assemble the damping variables
869 <          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt(idat.rij);
869 >          res = erfcSpline_->getValueAndDerivativeAt( *(idat.rij) );
870            erfcVal = res.first;
871            derfcVal = res.second;
872            c1 = erfcVal * riji;
# Line 881 | Line 881 | namespace OpenMD {
881          }
882            
883          // precompute some variables for convenience
884 <        preSw = idat.sw * pref;
884 >        preSw =  *(idat.sw)  * pref;
885          c2ri = c2 * riji;
886          c3ri = c3 * riji;
887 <        c4rij = c4 * idat.rij;
887 >        c4rij = c4 *  *(idat.rij) ;
888          rhatdot2 = 2.0 * rhat * c3;
889          rhatc4 = rhat * c4rij;
890  
# Line 894 | Line 894 | namespace OpenMD {
894                       qzz_i * (cz2 * c3 - c2ri) );
895          
896          vterm = pref * pot_term;
897 <        idat.vpair += vterm;
898 <        epot += idat.sw * vterm;
897 >        *(idat.vpair) += vterm;
898 >        epot +=  *(idat.sw)  * vterm;
899  
900          // calculate the derivatives for the forces and torques
901  
# Line 909 | Line 909 | namespace OpenMD {
909        }
910      }
911  
912 <    idat.pot[2] += epot;
913 <    idat.f1 += dVdr;
912 >    idat.pot[ELECTROSTATIC_FAMILY] += epot;
913 >    *(idat.f1) += dVdr;
914  
915      if (i_is_Dipole || i_is_Quadrupole)
916 <      idat.t1 -= cross(uz_i, duduz_i);
916 >      *(idat.t1) -= cross(uz_i, duduz_i);
917      if (i_is_Quadrupole) {
918 <      idat.t1 -= cross(ux_i, dudux_i);
919 <      idat.t1 -= cross(uy_i, duduy_i);
918 >      *(idat.t1) -= cross(ux_i, dudux_i);
919 >      *(idat.t1) -= cross(uy_i, duduy_i);
920      }
921 <
921 >    
922      if (j_is_Dipole || j_is_Quadrupole)
923 <      idat.t2 -= cross(uz_j, duduz_j);
923 >      *(idat.t2) -= cross(uz_j, duduz_j);
924      if (j_is_Quadrupole) {
925 <      idat.t2 -= cross(uz_j, dudux_j);
926 <      idat.t2 -= cross(uz_j, duduy_j);
925 >      *(idat.t2) -= cross(uz_j, dudux_j);
926 >      *(idat.t2) -= cross(uz_j, duduy_j);
927      }
928  
929      return;
# Line 933 | Line 933 | namespace OpenMD {
933  
934      if (!initialized_) initialize();
935      
936 <    ElectrostaticAtomData data1 = ElectrostaticMap[idat.atypes.first];
937 <    ElectrostaticAtomData data2 = ElectrostaticMap[idat.atypes.second];
936 >    ElectrostaticAtomData data1 = ElectrostaticMap[idat.atypes->first];
937 >    ElectrostaticAtomData data2 = ElectrostaticMap[idat.atypes->second];
938      
939      // logicals
940  
# Line 951 | Line 951 | namespace OpenMD {
951  
952      if (i_is_Charge) {
953        q_i = data1.charge;
954 <      idat.skippedCharge2 += q_i;
954 >      *(idat.skippedCharge2) += q_i;
955      }
956  
957      if (j_is_Charge) {
958        q_j = data2.charge;
959 <      idat.skippedCharge1 += q_j;
959 >      *(idat.skippedCharge1) += q_j;
960      }
961  
962      // the rest of this function should only be necessary for reaction field.
# Line 970 | Line 970 | namespace OpenMD {
970  
971        // some variables we'll need independent of electrostatic type:
972        
973 <      riji = 1.0 / idat.rij;
974 <      rhat = idat.d  * riji;
973 >      riji = 1.0 /  *(idat.rij) ;
974 >      rhat =  *(idat.d)  * riji;
975  
976        if (i_is_Dipole) {
977          mu_i = data1.dipole_moment;
978 <        uz_i = idat.eFrame1.getColumn(2);      
978 >        uz_i = idat.eFrame1->getColumn(2);      
979          ct_i = dot(uz_i, rhat);
980          duduz_i = V3Zero;
981        }
982              
983        if (j_is_Dipole) {
984          mu_j = data2.dipole_moment;
985 <        uz_j = idat.eFrame2.getColumn(2);      
985 >        uz_j = idat.eFrame2->getColumn(2);      
986          ct_j = dot(uz_j, rhat);
987          duduz_j = V3Zero;
988        }
989      
990        if (i_is_Charge) {
991          if (j_is_Charge) {
992 <          preVal = idat.electroMult * pre11_ * q_i * q_j;
993 <          rfVal = preRF_ * idat.rij * idat.rij;
992 >          preVal =  *(idat.electroMult) * pre11_ * q_i * q_j;
993 >          rfVal = preRF_ *  *(idat.rij)  *  *(idat.rij) ;
994            vterm = preVal * rfVal;
995 <          myPot += idat.sw * vterm;        
996 <          dudr  = idat.sw * preVal * 2.0 * rfVal * riji;        
995 >          myPot +=  *(idat.sw)  * vterm;        
996 >          dudr  =  *(idat.sw)  * preVal * 2.0 * rfVal * riji;        
997            dVdr += dudr * rhat;
998          }
999          
1000          if (j_is_Dipole) {
1001            ri2 = riji * riji;
1002            ri3 = ri2 * riji;        
1003 <          pref = idat.electroMult * pre12_ * q_i * mu_j;
1004 <          vterm = - pref * ct_j * ( ri2 - preRF2_ * idat.rij );
1005 <          myPot += idat.sw * vterm;        
1006 <          dVdr += -idat.sw * pref * ( ri3 * ( uz_j - 3.0 * ct_j * rhat) - preRF2_ * uz_j);
1007 <          duduz_j += -idat.sw * pref * rhat * (ri2 - preRF2_ * idat.rij);
1003 >          pref =  *(idat.electroMult) * pre12_ * q_i * mu_j;
1004 >          vterm = - pref * ct_j * ( ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij)  );
1005 >          myPot +=  *(idat.sw)  * vterm;        
1006 >          dVdr += - *(idat.sw)  * pref * ( ri3 * ( uz_j - 3.0 * ct_j * rhat) - preRF2_ * uz_j);
1007 >          duduz_j += - *(idat.sw)  * pref * rhat * (ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij) );
1008          }
1009        }
1010        if (i_is_Dipole) {
1011          if (j_is_Charge) {
1012            ri2 = riji * riji;
1013            ri3 = ri2 * riji;        
1014 <          pref = idat.electroMult * pre12_ * q_j * mu_i;
1015 <          vterm = - pref * ct_i * ( ri2 - preRF2_ * idat.rij );
1016 <          myPot += idat.sw * vterm;        
1017 <          dVdr += idat.sw * pref * ( ri3 * ( uz_i - 3.0 * ct_i * rhat) - preRF2_ * uz_i);      
1018 <          duduz_i += idat.sw * pref * rhat * (ri2 - preRF2_ * idat.rij);
1014 >          pref =  *(idat.electroMult) * pre12_ * q_j * mu_i;
1015 >          vterm = - pref * ct_i * ( ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij)  );
1016 >          myPot +=  *(idat.sw)  * vterm;        
1017 >          dVdr +=  *(idat.sw)  * pref * ( ri3 * ( uz_i - 3.0 * ct_i * rhat) - preRF2_ * uz_i);      
1018 >          duduz_i +=  *(idat.sw)  * pref * rhat * (ri2 - preRF2_ *  *(idat.rij));
1019          }
1020        }
1021        
1022        // accumulate the forces and torques resulting from the self term
1023 <      idat.pot[2] += myPot;
1024 <      idat.f1 += dVdr;
1023 >      idat.pot[ELECTROSTATIC_FAMILY] += myPot;
1024 >      *(idat.f1) += dVdr;
1025        
1026        if (i_is_Dipole)
1027 <        idat.t1 -= cross(uz_i, duduz_i);
1027 >        *(idat.t1) -= cross(uz_i, duduz_i);
1028        if (j_is_Dipole)
1029 <        idat.t2 -= cross(uz_j, duduz_j);
1029 >        *(idat.t2) -= cross(uz_j, duduz_j);
1030      }
1031    }
1032      
# Line 1049 | Line 1049 | namespace OpenMD {
1049          sdat.pot[2] -= 0.5 * preVal;
1050          
1051          // The self-correction term adds into the reaction field vector
1052 <        Vector3d uz_i = sdat.eFrame.getColumn(2);
1052 >        Vector3d uz_i = sdat.eFrame->getColumn(2);
1053          Vector3d ei = preVal * uz_i;
1054  
1055          // This looks very wrong.  A vector crossed with itself is zero.
1056 <        sdat.t -= cross(uz_i, ei);
1056 >        *(sdat.t) -= cross(uz_i, ei);
1057        }
1058      } else if (summationMethod_ == esm_SHIFTED_FORCE || summationMethod_ == esm_SHIFTED_POTENTIAL) {
1059        if (i_is_Charge) {        
1060          chg1 = data.charge;
1061          if (screeningMethod_ == DAMPED) {
1062 <          self = - 0.5 * (c1c_ + alphaPi_) * chg1 * (chg1 + sdat.skippedCharge) * pre11_;
1062 >          self = - 0.5 * (c1c_ + alphaPi_) * chg1 * (chg1 + *(sdat.skippedCharge)) * pre11_;
1063          } else {        
1064 <          self = - 0.5 * rcuti_ * chg1 * (chg1 + sdat.skippedCharge) * pre11_;
1064 >          self = - 0.5 * rcuti_ * chg1 * (chg1 +  *(sdat.skippedCharge)) * pre11_;
1065          }
1066 <        sdat.pot[2] += self;
1066 >        sdat.pot[ELECTROSTATIC_FAMILY] += self;
1067        }
1068      }
1069    }

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines