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root/OpenMD/branches/development/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 324 by tim, Sun Feb 13 19:10:25 2005 UTC vs.
Revision 726 by chrisfen, Fri Nov 11 15:22:11 2005 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 42 | Line 42
42   #include "io/DumpWriter.hpp"
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45 + #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48  
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
# Line 49 | Line 52 | namespace oopse {
52  
53   namespace oopse {
54  
55 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
56 <                   : info_(info), filename_(filename){
55 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56 >    : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 >
58 >    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 >    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 >    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
61 >
62 > #ifdef HAVE_LIBZ
63 >    if (needCompression_) {
64 >        filename_ += ".gz";
65 >        eorFilename_ += ".gz";
66 >    }
67 > #endif
68 >    
69   #ifdef IS_MPI
70  
71 <    if (worldRank == 0) {
71 >      if (worldRank == 0) {
72   #endif // is_mpi
73  
59 –        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
74  
75 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
76 +
77          if (!dumpFile_) {
78 <            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
79 <                    filename_.c_str());
80 <            painCave.isFatal = 1;
81 <            simError();
78 >          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
79 >                  filename_.c_str());
80 >          painCave.isFatal = 1;
81 >          simError();
82          }
83  
84   #ifdef IS_MPI
85  
86 +      }
87 +
88 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
89 +      MPIcheckPoint();
90 +
91 + #endif // is_mpi
92 +
93      }
94  
72 –    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 –    MPIcheckPoint();
95  
96 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
97 +    : info_(info), filename_(filename){
98 +
99 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
100 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
101 +
102 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
103 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
104 +
105 + #ifdef HAVE_LIBZ
106 +    if (needCompression_) {
107 +        filename_ += ".gz";
108 +        eorFilename_ += ".gz";
109 +    }
110 + #endif
111 +    
112 + #ifdef IS_MPI
113 +
114 +      if (worldRank == 0) {
115   #endif // is_mpi
116  
77 – }
117  
118 < DumpWriter::~DumpWriter() {
118 >        dumpFile_ = createOStream(filename_);
119  
120 +        if (!dumpFile_) {
121 +          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
122 +                  filename_.c_str());
123 +          painCave.isFatal = 1;
124 +          simError();
125 +        }
126 +
127   #ifdef IS_MPI
128  
129 +      }
130 +
131 +      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
132 +      MPIcheckPoint();
133 +
134 + #endif // is_mpi
135 +
136 +    }
137 +
138 +  DumpWriter::~DumpWriter() {
139 +
140 + #ifdef IS_MPI
141 +
142      if (worldRank == 0) {
143   #endif // is_mpi
144  
145 <        dumpFile_.close();
145 >      delete dumpFile_;
146  
147   #ifdef IS_MPI
148  
# Line 91 | Line 150 | DumpWriter::~DumpWriter() {
150  
151   #endif // is_mpi
152  
153 < }
153 >  }
154  
155 < void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
155 >  void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
156  
157      double currentTime;
158      Mat3x3d hmat;
# Line 108 | Line 167 | void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Sn
167      eta = s->getEta();
168      
169      os << currentTime << ";\t"
170 <         << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
171 <         << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
172 <         << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
170 >       << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
171 >       << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
172 >       << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
173  
174      //write out additional parameters, such as chi and eta
175  
176      os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
177  
178      os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
179 <         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
180 <         << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
179 >       << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
180 >       << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
181          
182 <    os << std::endl;
183 < }
182 >    os << "\n";
183 >  }
184  
185 < void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
185 >  void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
186      const int BUFFERSIZE = 2000;
187      const int MINIBUFFERSIZE = 100;
188  
# Line 134 | Line 193 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
193      Vector3d ji;
194      Vector3d pos;
195      Vector3d vel;
196 +    Vector3d frc;
197 +    Vector3d trq;
198  
199      Molecule* mol;
200      StuntDouble* integrableObject;
# Line 152 | Line 213 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
213  
214      for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
215  
216 <        for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
217 <            integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
216 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
217 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
218                  
219  
220 <            pos = integrableObject->getPos();
221 <            vel = integrableObject->getVel();
220 >        pos = integrableObject->getPos();
221 >        vel = integrableObject->getVel();
222  
223 <            sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
224 <                    integrableObject->getType().c_str(),
225 <                    pos[0], pos[1], pos[2],
226 <                    vel[0], vel[1], vel[2]);
223 >        sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
224 >                integrableObject->getType().c_str(),
225 >                pos[0], pos[1], pos[2],
226 >                vel[0], vel[1], vel[2]);
227  
228 <            strcpy(writeLine, tempBuffer);
228 >        strcpy(writeLine, tempBuffer);
229  
230 <            if (integrableObject->isDirectional()) {
231 <                q = integrableObject->getQ();
232 <                ji = integrableObject->getJ();
230 >        if (integrableObject->isDirectional()) {
231 >          q = integrableObject->getQ();
232 >          ji = integrableObject->getJ();
233  
234 <                sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
235 <                        q[0], q[1], q[2], q[3],
236 <                        ji[0], ji[1], ji[2]);
237 <                strcat(writeLine, tempBuffer);
238 <            } else {
239 <                strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
240 <            }
234 >          sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
235 >                  q[0], q[1], q[2], q[3],
236 >                  ji[0], ji[1], ji[2]);
237 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
238 >        } else {
239 >          strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
240 >        }
241  
242 <            os << writeLine;
242 >        if (needForceVector_) {
243 >          frc = integrableObject->getFrc();
244 >          trq = integrableObject->getTrq();
245 >          
246 >          sprintf(tempBuffer, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
247 >                  frc[0], frc[1], frc[2],
248 >                  trq[0], trq[1], trq[2]);
249 >          strcat(writeLine, tempBuffer);
250 >        }
251 >        
252 >        strcat(writeLine, "\n");
253 >        os << writeLine;
254  
255 <        }
255 >      }
256      }
257  
258      os.flush();
# Line 227 | Line 299 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
299      int myPotato;
300      int nProc;
301      int which_node;
302 <    double atomData[13];
302 >    double atomData[19];
303      int isDirectional;
232 –    const char * atomTypeString;
304      char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
305      int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
306      int haveError;
# Line 243 | Line 314 | void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
314      MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
315  
316      if (flag) {
317 <        MAXTAG = *tagub;
317 >      MAXTAG = *tagub;
318      } else {
319 <        MAXTAG = 32767;
319 >      MAXTAG = 32767;
320      }
321  
322      if (worldRank == masterNode) { //master node (node 0) is responsible for writing the dump file
323  
324 <        // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
324 >      // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
325  
326 <        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
327 <        potatoes = new int[nProc];
326 >      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
327 >      potatoes = new int[nProc];
328  
329 <        //write out the comment lines
330 <        for(int i = 0; i < nProc; i++) {
331 <            potatoes[i] = 0;
332 <        }
329 >      //write out the comment lines
330 >      for(int i = 0; i < nProc; i++) {
331 >        potatoes[i] = 0;
332 >      }
333  
334  
335 <        os << nTotObjects << "\n";
336 <        writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
335 >      os << nTotObjects << "\n";
336 >      writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
337  
338 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
338 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
339  
340 <            // Get the Node number which has this atom;
340 >        // Get the Node number which has this atom;
341  
342 <            which_node = info_->getMolToProc(i);
342 >        which_node = info_->getMolToProc(i);
343  
344 <            if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
345 <                if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
346 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
347 <                    // so wrap this processor potato back to 0:        
344 >        if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
345 >          if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
346 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
347 >            // so wrap this processor potato back to 0:        
348  
349 <                    potatoes[which_node] = 0;
350 <                    MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
351 <                             MPI_COMM_WORLD);
352 <                }
349 >            potatoes[which_node] = 0;
350 >            MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
351 >                     MPI_COMM_WORLD);
352 >          }
353  
354 <                myPotato = potatoes[which_node];
354 >          myPotato = potatoes[which_node];
355  
356 <                //recieve the number of integrableObject in current molecule
357 <                MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
358 <                         MPI_COMM_WORLD, &istatus);
359 <                myPotato++;
356 >          //recieve the number of integrableObject in current molecule
357 >          MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
358 >                   MPI_COMM_WORLD, &istatus);
359 >          myPotato++;
360  
361 <                for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
362 <                    if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
363 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
364 <                        // so wrap this processor potato back to 0:        
361 >          for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
362 >            if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
363 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
364 >              // so wrap this processor potato back to 0:        
365  
366 <                        potatoes[which_node] = 0;
367 <                        MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
368 <                                 0, MPI_COMM_WORLD);
369 <                    }
366 >              potatoes[which_node] = 0;
367 >              MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
368 >                       0, MPI_COMM_WORLD);
369 >            }
370  
371 <                    MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
372 <                             which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
373 <                             &istatus);
371 >            MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
372 >                     which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
373 >                     &istatus);
374  
375 <                    atomTypeString = MPIatomTypeString;
375 >            myPotato++;
376  
377 <                    myPotato++;
377 >            MPI_Recv(atomData, 19, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
378 >                     MPI_COMM_WORLD, &istatus);
379 >            myPotato++;
380  
381 <                    MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
309 <                             MPI_COMM_WORLD, &istatus);
310 <                    myPotato++;
381 >            MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
382  
383 <                    MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
383 >            if (msgLen == 13 || msgLen == 19)
384 >              isDirectional = 1;
385 >            else
386 >              isDirectional = 0;
387  
388 <                    if (msgLen == 13)
315 <                        isDirectional = 1;
316 <                    else
317 <                        isDirectional = 0;
388 >            // If we've survived to here, format the line:
389  
390 <                    // If we've survived to here, format the line:
390 >            if (!isDirectional) {
391 >              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
392 >                      MPIatomTypeString, atomData[0],
393 >                      atomData[1], atomData[2],
394 >                      atomData[3], atomData[4],
395 >                      atomData[5]);
396  
397 <                    if (!isDirectional) {
398 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
399 <                                atomTypeString, atomData[0],
400 <                                atomData[1], atomData[2],
401 <                                atomData[3], atomData[4],
402 <                                atomData[5]);
397 >              strcat(writeLine,
398 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
399 >            } else {
400 >              sprintf(writeLine,
401 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
402 >                      MPIatomTypeString,
403 >                      atomData[0],
404 >                      atomData[1],
405 >                      atomData[2],
406 >                      atomData[3],
407 >                      atomData[4],
408 >                      atomData[5],
409 >                      atomData[6],
410 >                      atomData[7],
411 >                      atomData[8],
412 >                      atomData[9],
413 >                      atomData[10],
414 >                      atomData[11],
415 >                      atomData[12]);
416 >            }
417 >            
418 >            if (needForceVector_) {
419 >              if (!isDirectional) {
420 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
421 >                        atomData[6],
422 >                        atomData[7],
423 >                        atomData[8],
424 >                        atomData[9],
425 >                        atomData[10],
426 >                        atomData[11]);
427 >              } else {
428 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
429 >                        atomData[13],
430 >                        atomData[14],
431 >                        atomData[15],
432 >                        atomData[16],
433 >                        atomData[17],
434 >                        atomData[18]);
435 >              }
436 >            }
437  
438 <                        strcat(writeLine,
439 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
330 <                    } else {
331 <                        sprintf(writeLine,
332 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
333 <                                atomTypeString,
334 <                                atomData[0],
335 <                                atomData[1],
336 <                                atomData[2],
337 <                                atomData[3],
338 <                                atomData[4],
339 <                                atomData[5],
340 <                                atomData[6],
341 <                                atomData[7],
342 <                                atomData[8],
343 <                                atomData[9],
344 <                                atomData[10],
345 <                                atomData[11],
346 <                                atomData[12]);
347 <                    }
438 >            sprintf(writeLine, "\n");
439 >            os << writeLine;
440  
441 <                    os << writeLine;
441 >          } // end for(int l =0)
442  
443 <                } // end for(int l =0)
443 >          potatoes[which_node] = myPotato;
444 >        } else { //master node has current molecule
445  
446 <                potatoes[which_node] = myPotato;
354 <            } else { //master node has current molecule
446 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
447  
448 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
449 <
450 <                if (mol == NULL) {
451 <                    sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
452 <                    painCave.isFatal = 1;
361 <                    simError();
362 <                }
448 >          if (mol == NULL) {
449 >            sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
450 >            painCave.isFatal = 1;
451 >            simError();
452 >          }
453                  
454 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
455 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
366 <                        
367 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
454 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
455 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {      
456  
457 <                    pos = integrableObject->getPos();
458 <                    vel = integrableObject->getVel();
457 >            pos = integrableObject->getPos();
458 >            vel = integrableObject->getVel();
459  
460 <                    atomData[0] = pos[0];
461 <                    atomData[1] = pos[1];
462 <                    atomData[2] = pos[2];
460 >            atomData[0] = pos[0];
461 >            atomData[1] = pos[1];
462 >            atomData[2] = pos[2];
463  
464 <                    atomData[3] = vel[0];
465 <                    atomData[4] = vel[1];
466 <                    atomData[5] = vel[2];
464 >            atomData[3] = vel[0];
465 >            atomData[4] = vel[1];
466 >            atomData[5] = vel[2];
467  
468 <                    isDirectional = 0;
468 >            isDirectional = 0;
469  
470 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
471 <                        isDirectional = 1;
470 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
471 >              isDirectional = 1;
472  
473 <                        q = integrableObject->getQ();
474 <                        ji = integrableObject->getJ();
473 >              q = integrableObject->getQ();
474 >              ji = integrableObject->getJ();
475  
476 <                        for(int j = 0; j < 6; j++) {
477 <                            atomData[j] = atomData[j];
478 <                        }
476 >              for(int j = 0; j < 6; j++) {
477 >                atomData[j] = atomData[j];
478 >              }
479  
480 <                        atomData[6] = q[0];
481 <                        atomData[7] = q[1];
482 <                        atomData[8] = q[2];
483 <                        atomData[9] = q[3];
480 >              atomData[6] = q[0];
481 >              atomData[7] = q[1];
482 >              atomData[8] = q[2];
483 >              atomData[9] = q[3];
484  
485 <                        atomData[10] = ji[0];
486 <                        atomData[11] = ji[1];
487 <                        atomData[12] = ji[2];
488 <                    }
485 >              atomData[10] = ji[0];
486 >              atomData[11] = ji[1];
487 >              atomData[12] = ji[2];
488 >            }
489  
490 <                    // If we've survived to here, format the line:
490 >            if (needForceVector_) {
491 >              frc = integrableObject->getFrc();
492 >              trq = integrableObject->getTrq();
493  
494 <                    if (!isDirectional) {
495 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
496 <                                atomTypeString, atomData[0],
497 <                                atomData[1], atomData[2],
498 <                                atomData[3], atomData[4],
499 <                                atomData[5]);
494 >              if (!isDirectional) {
495 >                atomData[6] = frc[0];
496 >                atomData[7] = frc[1];
497 >                atomData[8] = frc[2];
498 >                atomData[9] = trq[0];
499 >                atomData[10] = trq[1];
500 >                atomData[11] = trq[2];
501 >              } else {
502 >                atomData[13] = frc[0];
503 >                atomData[14] = frc[1];
504 >                atomData[15] = frc[2];
505 >                atomData[16] = trq[0];
506 >                atomData[17] = trq[1];
507 >                atomData[18] = trq[2];
508 >              }
509 >            }
510  
511 <                        strcat(writeLine,
412 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
413 <                    } else {
414 <                        sprintf(writeLine,
415 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
416 <                                atomTypeString,
417 <                                atomData[0],
418 <                                atomData[1],
419 <                                atomData[2],
420 <                                atomData[3],
421 <                                atomData[4],
422 <                                atomData[5],
423 <                                atomData[6],
424 <                                atomData[7],
425 <                                atomData[8],
426 <                                atomData[9],
427 <                                atomData[10],
428 <                                atomData[11],
429 <                                atomData[12]);
430 <                    }
511 >            // If we've survived to here, format the line:
512  
513 +            if (!isDirectional) {
514 +              sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
515 +                      integrableObject->getType().c_str(), atomData[0],
516 +                      atomData[1], atomData[2],
517 +                      atomData[3], atomData[4],
518 +                      atomData[5]);
519  
520 <                    os << writeLine;
520 >              strcat(writeLine,
521 >                     "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0");
522 >            } else {
523 >              sprintf(writeLine,
524 >                      "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
525 >                      integrableObject->getType().c_str(),
526 >                      atomData[0],
527 >                      atomData[1],
528 >                      atomData[2],
529 >                      atomData[3],
530 >                      atomData[4],
531 >                      atomData[5],
532 >                      atomData[6],
533 >                      atomData[7],
534 >                      atomData[8],
535 >                      atomData[9],
536 >                      atomData[10],
537 >                      atomData[11],
538 >                      atomData[12]);
539 >            }
540  
541 <                } //end for(iter = integrableObject.begin())
542 <            }
543 <        } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
541 >            if (needForceVector_) {
542 >              if (!isDirectional) {
543 >              sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
544 >                      atomData[6],
545 >                      atomData[7],
546 >                      atomData[8],
547 >                      atomData[9],
548 >                      atomData[10],
549 >                      atomData[11]);
550 >              } else {
551 >                sprintf(writeLine, "\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf",
552 >                        atomData[13],
553 >                        atomData[14],
554 >                        atomData[15],
555 >                        atomData[16],
556 >                        atomData[17],
557 >                        atomData[18]);
558 >              }
559 >            }
560  
561 <        os.flush();
561 >            sprintf(writeLine, "\n");
562 >            os << writeLine;
563 >
564 >          } //end for(iter = integrableObject.begin())
565 >        }
566 >      } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
567 >
568 >      os.flush();
569          
570 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
571 <        MPIcheckPoint();
570 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
571 >      MPIcheckPoint();
572  
573 <        delete [] potatoes;
573 >      delete [] potatoes;
574      } else {
575  
576 <        // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
576 >      // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
577  
578 <        // Set my magic potato to 0:
578 >      // Set my magic potato to 0:
579  
580 <        myPotato = 0;
580 >      myPotato = 0;
581  
582 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
582 >      for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
583  
584 <            // Am I the node which has this integrableObject?
585 <            int whichNode = info_->getMolToProc(i);
586 <            if (whichNode == worldRank) {
587 <                if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
584 >        // Am I the node which has this integrableObject?
585 >        int whichNode = info_->getMolToProc(i);
586 >        if (whichNode == worldRank) {
587 >          if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
588  
589 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
590 <                    // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
591 <                    // node 0 says we can go:
589 >            // The potato was going to exceed the maximum value,
590 >            // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
591 >            // node 0 says we can go:
592  
593 <                    MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
594 <                             &istatus);
595 <                }
593 >            MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
594 >                     &istatus);
595 >          }
596  
597 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
597 >          mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
598  
599                  
600 <                nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
600 >          nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
601  
602 <                MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
603 <                myPotato++;
602 >          MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
603 >          myPotato++;
604  
605 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
606 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
605 >          for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
606 >               integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
607  
608 <                    if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
608 >            if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
609  
610 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
611 <                        // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
612 <                        // node 0 says we can go:
610 >              // The potato was going to exceed the maximum value,
611 >              // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
612 >              // node 0 says we can go:
613  
614 <                        MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
615 <                                 &istatus);
616 <                    }
614 >              MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
615 >                       &istatus);
616 >            }
617  
618 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
618 >            pos = integrableObject->getPos();
619 >            vel = integrableObject->getVel();
620  
621 <                    pos = integrableObject->getPos();
622 <                    vel = integrableObject->getVel();
621 >            atomData[0] = pos[0];
622 >            atomData[1] = pos[1];
623 >            atomData[2] = pos[2];
624  
625 <                    atomData[0] = pos[0];
626 <                    atomData[1] = pos[1];
627 <                    atomData[2] = pos[2];
625 >            atomData[3] = vel[0];
626 >            atomData[4] = vel[1];
627 >            atomData[5] = vel[2];
628  
629 <                    atomData[3] = vel[0];
499 <                    atomData[4] = vel[1];
500 <                    atomData[5] = vel[2];
629 >            isDirectional = 0;
630  
631 <                    isDirectional = 0;
631 >            if (integrableObject->isDirectional()) {
632 >              isDirectional = 1;
633  
634 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
635 <                        isDirectional = 1;
634 >              q = integrableObject->getQ();
635 >              ji = integrableObject->getJ();
636  
637 <                        q = integrableObject->getQ();
638 <                        ji = integrableObject->getJ();
637 >              atomData[6] = q[0];
638 >              atomData[7] = q[1];
639 >              atomData[8] = q[2];
640 >              atomData[9] = q[3];
641  
642 <                        atomData[6] = q[0];
643 <                        atomData[7] = q[1];
644 <                        atomData[8] = q[2];
645 <                        atomData[9] = q[3];
642 >              atomData[10] = ji[0];
643 >              atomData[11] = ji[1];
644 >              atomData[12] = ji[2];
645 >            }
646  
647 <                        atomData[10] = ji[0];
648 <                        atomData[11] = ji[1];
649 <                        atomData[12] = ji[2];
650 <                    }
647 >            if (needForceVector_) {
648 >              frc = integrableObject->getFrc();
649 >              trq = integrableObject->getTrq();
650 >              
651 >              if (!isDirectional) {
652 >                atomData[6] = frc[0];
653 >                atomData[7] = frc[1];
654 >                atomData[8] = frc[2];
655 >                
656 >                atomData[9] = trq[0];
657 >                atomData[10] = trq[1];
658 >                atomData[11] = trq[2];
659 >              } else {
660 >                atomData[13] = frc[0];
661 >                atomData[14] = frc[1];
662 >                atomData[15] = frc[2];
663 >                
664 >                atomData[16] = trq[0];
665 >                atomData[17] = trq[1];
666 >                atomData[18] = trq[2];
667 >              }
668 >            }
669  
670 <                    strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
670 >            strncpy(MPIatomTypeString, integrableObject->getType().c_str(), MINIBUFFERSIZE);
671  
672 <                    // null terminate the  std::string before sending (just in case):
673 <                    MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
672 >            // null terminate the  std::string before sending (just in case):
673 >            MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
674  
675 <                    MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
676 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
675 >            MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
676 >                     myPotato, MPI_COMM_WORLD);
677  
678 <                    myPotato++;
678 >            myPotato++;
679  
680 <                    if (isDirectional) {
681 <                        MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
682 <                                 MPI_COMM_WORLD);
683 <                    } else {
684 <                        MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
685 <                                 MPI_COMM_WORLD);
686 <                    }
680 >            if (isDirectional && needForceVector_) {
681 >              MPI_Send(atomData, 19, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
682 >                       MPI_COMM_WORLD);
683 >            } else if (isDirectional) {
684 >              MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
685 >                       MPI_COMM_WORLD);
686 >            } else if (needForceVector_) {
687 >              MPI_Send(atomData, 12, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
688 >                       MPI_COMM_WORLD);
689 >            } else {
690 >              MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
691 >                       MPI_COMM_WORLD);
692 >            }
693  
694 <                    myPotato++;
695 <                }
694 >            myPotato++;
695 >          }
696                      
697 <            }
697 >        }
698              
699 <        }
700 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
701 <        MPIcheckPoint();
699 >      }
700 >      sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
701 >      MPIcheckPoint();
702      }
703  
704   #endif // is_mpi
705  
706 +  }
707 +
708 +  void DumpWriter::writeDump() {
709 +    writeFrame(*dumpFile_);
710 +  }
711 +
712 +  void DumpWriter::writeEor() {
713 +    std::ostream* eorStream;
714 +    
715 + #ifdef IS_MPI
716 +    if (worldRank == 0) {
717 + #endif // is_mpi
718 +
719 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
720 +
721 + #ifdef IS_MPI
722 +    }
723 + #endif // is_mpi    
724 +
725 +    writeFrame(*eorStream);
726 +
727 + #ifdef IS_MPI
728 +    if (worldRank == 0) {
729 + #endif // is_mpi
730 +    delete eorStream;
731 +
732 + #ifdef IS_MPI
733 +    }
734 + #endif // is_mpi  
735 +
736 +  }
737 +
738 +
739 +  void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
740 +    std::vector<std::streambuf*> buffers;
741 +    std::ostream* eorStream;
742 + #ifdef IS_MPI
743 +    if (worldRank == 0) {
744 + #endif // is_mpi
745 +
746 +      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
747 +
748 +      eorStream = createOStream(eorFilename_);
749 +
750 +      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
751 +        
752 + #ifdef IS_MPI
753 +    }
754 + #endif // is_mpi    
755 +
756 +    TeeBuf tbuf(buffers.begin(), buffers.end());
757 +    std::ostream os(&tbuf);
758 +
759 +    writeFrame(os);
760 +
761 + #ifdef IS_MPI
762 +    if (worldRank == 0) {
763 + #endif // is_mpi
764 +    delete eorStream;
765 +
766 + #ifdef IS_MPI
767 +    }
768 + #endif // is_mpi  
769 +    
770 +  }
771 +
772 + std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
773 +
774 +    std::ostream* newOStream;
775 + #ifdef HAVE_LIBZ
776 +    if (needCompression_) {
777 +        newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
778 +    } else {
779 +        newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
780 +    }
781 + #else
782 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
783 + #endif
784 +    return newOStream;
785   }
786  
787   }//end namespace oopse

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