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root/OpenMD/branches/development/src/io/DumpWriter.cpp
(Generate patch)

Comparing trunk/src/io/DumpWriter.cpp (file contents):
Revision 251 by tim, Wed Jan 12 23:24:55 2005 UTC vs.
Revision 1024 by tim, Wed Aug 30 18:42:29 2006 UTC

# Line 1 | Line 1
1 < /*
1 > /*
2   * Copyright (c) 2005 The University of Notre Dame. All Rights Reserved.
3   *
4   * The University of Notre Dame grants you ("Licensee") a
# Line 42 | Line 42
42   #include "io/DumpWriter.hpp"
43   #include "primitives/Molecule.hpp"
44   #include "utils/simError.h"
45 + #include "io/basic_teebuf.hpp"
46 + #include "io/gzstream.hpp"
47 + #include "io/Globals.hpp"
48  
49   #ifdef IS_MPI
50   #include <mpi.h>
# Line 49 | Line 52 | namespace oopse {
52  
53   namespace oopse {
54  
55 < DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
56 <                   : info_(info), filename_(filename){
55 >  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info)
56 >    : info_(info), filename_(info->getDumpFileName()), eorFilename_(info->getFinalConfigFileName()){
57 >
58 >    Globals* simParams = info->getSimParams();
59 >    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
60 >    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
61 >    createDumpFile_ = true;
62 > #ifdef HAVE_LIBZ
63 >    if (needCompression_) {
64 >      filename_ += ".gz";
65 >      eorFilename_ += ".gz";
66 >    }
67 > #endif
68 >    
69   #ifdef IS_MPI
70  
71      if (worldRank == 0) {
72   #endif // is_mpi
73 +        
74 +      dumpFile_ = createOStream(filename_);
75  
76 <        dumpFile_.open(filename_.c_str(), std::ios::out | std::ios::trunc);
76 >      if (!dumpFile_) {
77 >        sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
78 >                filename_.c_str());
79 >        painCave.isFatal = 1;
80 >        simError();
81 >      }
82  
61 –        if (!dumpFile_) {
62 –            sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
63 –                    filename_.c_str());
64 –            painCave.isFatal = 1;
65 –            simError();
66 –        }
67 –
83   #ifdef IS_MPI
84  
85      }
86  
87 <    sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully opened output file for dumping.\n");
73 <    MPIcheckPoint();
87 > #endif // is_mpi
88  
89 +  }
90 +
91 +
92 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename)
93 +    : info_(info), filename_(filename){
94 +
95 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
96 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
97 +
98 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
99 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
100 +    createDumpFile_ = true;
101 + #ifdef HAVE_LIBZ
102 +    if (needCompression_) {
103 +      filename_ += ".gz";
104 +      eorFilename_ += ".gz";
105 +    }
106 + #endif
107 +    
108 + #ifdef IS_MPI
109 +
110 +    if (worldRank == 0) {
111   #endif // is_mpi
112  
113 < }
113 >      
114 >      dumpFile_ = createOStream(filename_);
115  
116 < DumpWriter::~DumpWriter() {
116 >      if (!dumpFile_) {
117 >        sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
118 >                filename_.c_str());
119 >        painCave.isFatal = 1;
120 >        simError();
121 >      }
122  
123   #ifdef IS_MPI
124  
125 +    }
126 +
127 + #endif // is_mpi
128 +
129 +  }
130 +  
131 +  DumpWriter::DumpWriter(SimInfo* info, const std::string& filename, bool writeDumpFile)
132 +    : info_(info), filename_(filename){
133 +    
134 +    Globals* simParams = info->getSimParams();
135 +    eorFilename_ = filename_.substr(0, filename_.rfind(".")) + ".eor";    
136 +    
137 +    needCompression_ = simParams->getCompressDumpFile();
138 +    needForceVector_ = simParams->getOutputForceVector();
139 +    
140 + #ifdef HAVE_LIBZ
141 +    if (needCompression_) {
142 +      filename_ += ".gz";
143 +      eorFilename_ += ".gz";
144 +    }
145 + #endif
146 +    
147 + #ifdef IS_MPI
148 +    
149      if (worldRank == 0) {
150   #endif // is_mpi
151 +      
152 +      createDumpFile_ = writeDumpFile;
153 +      if (createDumpFile_) {
154 +        dumpFile_ = createOStream(filename_);
155 +      
156 +        if (!dumpFile_) {
157 +          sprintf(painCave.errMsg, "Could not open \"%s\" for dump output.\n",
158 +                  filename_.c_str());
159 +          painCave.isFatal = 1;
160 +          simError();
161 +        }
162 +      }
163 + #ifdef IS_MPI
164 +      
165 +    }
166  
167 <        dumpFile_.close();
167 >    
168 > #endif // is_mpi
169 >    
170 >  }
171  
172 +  DumpWriter::~DumpWriter() {
173 +
174   #ifdef IS_MPI
175  
176 +    if (worldRank == 0) {
177 + #endif // is_mpi
178 +      if (createDumpFile_){
179 +        writeClosing(*dumpFile_);
180 +        delete dumpFile_;
181 +      }
182 + #ifdef IS_MPI
183 +
184      }
185  
186   #endif // is_mpi
187  
188 < }
188 >  }
189  
190 < void DumpWriter::writeCommentLine(std::ostream& os, Snapshot* s) {
190 >  void DumpWriter::writeFrameProperties(std::ostream& os, Snapshot* s) {
191  
192 <    double currentTime;
192 >    char buffer[1024];
193 >
194 >    os << "    <FrameData>\n";
195 >
196 >    RealType currentTime = s->getTime();
197 >    sprintf(buffer, "        Time: %.10g\n", time);
198 >    os << buffer;
199 >
200      Mat3x3d hmat;
100 –    double chi;
101 –    double integralOfChiDt;
102 –    Mat3x3d eta;
103 –    
104 –    currentTime = s->getTime();
201      hmat = s->getHmat();
202 <    chi = s->getChi();
203 <    integralOfChiDt = s->getIntegralOfChiDt();
204 <    eta = s->getEta();
205 <    
206 <    os << currentTime << ";\t"
111 <         << hmat(0, 0) << "\t" << hmat(1, 0) << "\t" << hmat(2, 0) << ";\t"
112 <         << hmat(0, 1) << "\t" << hmat(1, 1) << "\t" << hmat(2, 1) << ";\t"
113 <         << hmat(0, 2) << "\t" << hmat(1, 2) << "\t" << hmat(2, 2) << ";\t";
202 >    sprintf(buffer, "        Hmat: {{ %.10g, %.10g, %.10g }, { %.10g, %.10g, %.10g }, { %.10g, %.10g, %.10g }}\n",
203 >            hmat(0, 0), hmat(1, 0), hmat(2, 0),
204 >            hmat(0, 1), hmat(1, 1), hmat(2, 1),
205 >            hmat(0, 2), hmat(1, 2), hmat(2, 2));
206 >    os << buffer;
207  
208 <    //write out additional parameters, such as chi and eta
208 >    RealType chi = s->getChi();
209 >    RealType integralOfChiDt = s->getIntegralOfChiDt();
210 >    sprintf(buffer, "  Thermostat: %.10g , %.10g\n", chi, integralOfChiDt);
211 >    os << buffer;
212  
213 <    os << chi << "\t" << integralOfChiDt << "\t;";
213 >    Mat3x3d eta;
214 >    eta = s->getEta();
215 >    sprintf(buffer, "    Barostat: {{ %.10g, %.10g, %.10g }, { %.10g, %.10g, %.10g }, { %.10g, %.10g, %.10g }}\n",
216 >            eta(0, 0), eta(1, 0), eta(2, 0),
217 >            eta(0, 1), eta(1, 1), eta(2, 1),
218 >            eta(0, 2), eta(1, 2), eta(2, 2));
219 >    os << buffer;
220  
221 <    os << eta(0, 0) << "\t" << eta(1, 0) << "\t" << eta(2, 0) << ";\t"
222 <         << eta(0, 1) << "\t" << eta(1, 1) << "\t" << eta(2, 1) << ";\t"
121 <         << eta(0, 2) << "\t" << eta(1, 2) << "\t" << eta(2, 2) << ";";
122 <        
123 <    os << std::endl;
124 < }
221 >    os << "    </FrameData>\n";
222 >  }
223  
224 < void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
127 <    const int BUFFERSIZE = 2000;
128 <    const int MINIBUFFERSIZE = 100;
224 >  void DumpWriter::writeFrame(std::ostream& os) {
225  
226 <    char tempBuffer[BUFFERSIZE];
227 <    char writeLine[BUFFERSIZE];
226 > #ifdef IS_MPI
227 >    MPI_Status istatus;
228 > #endif
229  
133 –    Quat4d q;
134 –    Vector3d ji;
135 –    Vector3d pos;
136 –    Vector3d vel;
137 –
230      Molecule* mol;
231      StuntDouble* integrableObject;
232      SimInfo::MoleculeIterator mi;
233      Molecule::IntegrableObjectIterator ii;
142 –  
143 –    int nTotObjects;    
144 –    nTotObjects = info_->getNGlobalIntegrableObjects();
234  
235   #ifndef IS_MPI
236 +    os << "  <Snapshot>\n";
237  
238 <
149 <    os << nTotObjects << "\n";
150 <        
151 <    writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
238 >    writeFrameProperties(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
239  
240 +    os << "    <StuntDoubles>\n";
241      for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
242  
243 <        for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
244 <            integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
245 <                
243 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
244 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {  
245 >        os << prepareDumpLine(integrableObject);
246  
247 <            pos = integrableObject->getPos();
248 <            vel = integrableObject->getVel();
247 >      }
248 >    }    
249 >    os << "    </StuntDoubles>\n";
250  
251 <            sprintf(tempBuffer, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
163 <                    integrableObject->getType().c_str(),
164 <                    pos[0], pos[1], pos[2],
165 <                    vel[0], vel[1], vel[2]);
251 >    os << "  </Snapshot>\n";
252  
253 <            strcpy(writeLine, tempBuffer);
254 <
255 <            if (integrableObject->isDirectional()) {
256 <                q = integrableObject->getQ();
257 <                ji = integrableObject->getJ();
258 <
259 <                sprintf(tempBuffer, "%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
260 <                        q[0], q[1], q[2], q[3],
261 <                        ji[0], ji[1], ji[2]);
262 <                strcat(writeLine, tempBuffer);
177 <            } else {
178 <                strcat(writeLine, "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
179 <            }
180 <
181 <            os << writeLine;
182 <
183 <        }
253 >    os.flush();
254 > #else
255 >    //every node prepares the dump lines for integrable objects belong to itself
256 >    std::string buffer;
257 >    for (mol = info_->beginMolecule(mi); mol != NULL; mol = info_->nextMolecule(mi)) {
258 >      
259 >      for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
260 >           integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {  
261 >        buffer += prepareDumpLine(integrableObject);
262 >      }
263      }
264 <
186 < #else // is_mpi
187 <    /*********************************************************************
188 <     * Documentation?  You want DOCUMENTATION?
189 <     *
190 <     * Why all the potatoes below?  
191 <     *
192 <     * To make a long story short, the original version of DumpWriter
193 <     * worked in the most inefficient way possible.  Node 0 would
194 <     * poke each of the node for an individual atom's formatted data
195 <     * as node 0 worked its way down the global index. This was particularly
196 <     * inefficient since the method blocked all processors at every atom
197 <     * (and did it twice!).
198 <     *
199 <     * An intermediate version of DumpWriter could be described from Node
200 <     * zero's perspective as follows:
201 <     *
202 <     *  1) Have 100 of your friends stand in a circle.
203 <     *  2) When you say go, have all of them start tossing potatoes at
204 <     *     you (one at a time).
205 <     *  3) Catch the potatoes.
206 <     *
207 <     * It was an improvement, but MPI has buffers and caches that could
208 <     * best be described in this analogy as "potato nets", so there's no
209 <     * need to block the processors atom-by-atom.
210 <     *
211 <     * This new and improved DumpWriter works in an even more efficient
212 <     * way:
213 <     *
214 <     *  1) Have 100 of your friend stand in a circle.
215 <     *  2) When you say go, have them start tossing 5-pound bags of
216 <     *     potatoes at you.
217 <     *  3) Once you've caught a friend's bag of potatoes,
218 <     *     toss them a spud to let them know they can toss another bag.
219 <     *
220 <     * How's THAT for documentation?
221 <     *
222 <     *********************************************************************/
264 >    
265      const int masterNode = 0;
266  
267 <    int * potatoes;
268 <    int myPotato;
269 <    int nProc;
270 <    int which_node;
271 <    double atomData[13];
272 <    int isDirectional;
273 <    const char * atomTypeString;
274 <    char MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE];
275 <    int msgLen; // the length of message actually recieved at master nodes
234 <    int haveError;
235 <    MPI_Status istatus;
236 <    int nCurObj;
237 <    
238 <    // code to find maximum tag value
239 <    int * tagub;
240 <    int flag;
241 <    int MAXTAG;
242 <    MPI_Attr_get(MPI_COMM_WORLD, MPI_TAG_UB, &tagub, &flag);
267 >    if (worldRank == masterNode) {      
268 >      os << "  <Snapshot>\n";  
269 >      writeFrameProperties(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
270 >      os << buffer;    
271 >      os << "    <StuntDoubles>\n";
272 >        
273 >      int nProc;
274 >      MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
275 >      for (int i = 1; i < nProc; ++i) {
276  
277 <    if (flag) {
278 <        MAXTAG = *tagub;
277 >        // receive the length of the string buffer that was
278 >        // prepared by processor i
279 >
280 >        int recvLength;
281 >        MPI_Recv(&recvLength, 1, MPI_INT, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
282 >        char* recvBuffer = new char[recvLength];
283 >        if (recvBuffer == NULL) {
284 >                        
285 >        } else {
286 >          MPI_Recv(&recvBuffer, recvLength, MPI_CHAR, i, 0, MPI_COMM_WORLD, &istatus);
287 >          os << recvBuffer;
288 >          delete recvBuffer;
289 >        }
290 >            
291 >      }
292 >      os << "    </StuntDoubles>\n";
293 >      
294 >      os << "  </Snapshot>\n";
295 >      os.flush();
296      } else {
297 <        MAXTAG = 32767;
297 >      int sendBufferLength = buffer.size();
298 >      MPI_Send(&sendBufferLength, 1, MPI_INT, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);
299 >      MPI_Send((void *)buffer.c_str(), sendBufferLength, MPI_CHAR, masterNode, 0, MPI_COMM_WORLD);                              
300      }
301  
302 <    if (worldRank == masterNode) { //master node (node 0) is responsible for writing the dump file
302 > #endif // is_mpi
303  
304 <        // Node 0 needs a list of the magic potatoes for each processor;
304 >  }
305  
306 <        MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &nProc);
307 <        potatoes = new int[nProc];
306 >  std::string DumpWriter::prepareDumpLine(StuntDouble* integrableObject) {
307 >        
308 >    int index = integrableObject->getGlobalIntegrableObjectIndex();
309 >    std::string type("pv");
310 >    std::string line;
311 >    char tempBuffer[4096];
312  
313 <        //write out the comment lines
314 <        for(int i = 0; i < nProc; i++) {
315 <            potatoes[i] = 0;
316 <        }
313 >    Vector3d pos;
314 >    Vector3d vel;
315 >    pos = integrableObject->getPos();
316 >    vel = integrableObject->getVel();          
317 >    sprintf(tempBuffer, "%18.10g\t%18.10g\t%18.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g",
318 >            pos[0], pos[1], pos[2],
319 >            vel[0], vel[1], vel[2]);                    
320 >    line += tempBuffer;
321  
322 +    if (integrableObject->isDirectional()) {
323 +      type += "qj";
324 +      Quat4d q;
325 +      Vector3d ji;
326 +      q = integrableObject->getQ();
327 +      ji = integrableObject->getJ();
328 +      sprintf(tempBuffer, "\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g",
329 +              q[0], q[1], q[2], q[3],
330 +              ji[0], ji[1], ji[2]);
331 +      line += tempBuffer;
332 +    }
333  
334 <        os << nTotObjects << "\n";
335 <        writeCommentLine(os, info_->getSnapshotManager()->getCurrentSnapshot());
336 <
337 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
338 <
339 <            // Get the Node number which has this atom;
340 <
341 <            which_node = info_->getMolToProc(i);
334 >    if (needForceVector_) {
335 >      type += "ft";
336 >      Vector3d frc;
337 >      Vector3d trq;
338 >      frc = integrableObject->getFrc();
339 >      trq = integrableObject->getTrq();
340 >              
341 >      sprintf(tempBuffer, "\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g\t%14.10g",
342 >              frc[0], frc[1], frc[2],
343 >              trq[0], trq[1], trq[2]);
344 >      line += tempBuffer;
345 >    }
346 >        
347 >    sprintf(tempBuffer, "%d\t%s\t%s\n", index, type.c_str(), line.c_str());
348 >    return std::string(tempBuffer);
349 >  }
350  
351 <            if (which_node != masterNode) { //current molecule is in slave node
352 <                if (potatoes[which_node] + 1 >= MAXTAG) {
353 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
275 <                    // so wrap this processor potato back to 0:        
351 >  void DumpWriter::writeDump() {
352 >    writeFrame(*dumpFile_);
353 >  }
354  
355 <                    potatoes[which_node] = 0;
356 <                    MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node, 0,
357 <                             MPI_COMM_WORLD);
358 <                }
355 >  void DumpWriter::writeEor() {
356 >    std::ostream* eorStream;
357 >    
358 > #ifdef IS_MPI
359 >    if (worldRank == 0) {
360 > #endif // is_mpi
361  
362 <                myPotato = potatoes[which_node];
362 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
363  
364 <                //recieve the number of integrableObject in current molecule
365 <                MPI_Recv(&nCurObj, 1, MPI_INT, which_node, myPotato,
366 <                         MPI_COMM_WORLD, &istatus);
287 <                myPotato++;
364 > #ifdef IS_MPI
365 >    }
366 > #endif // is_mpi    
367  
368 <                for(int l = 0; l < nCurObj; l++) {
290 <                    if (potatoes[which_node] + 2 >= MAXTAG) {
291 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
292 <                        // so wrap this processor potato back to 0:        
368 >    writeFrame(*eorStream);
369  
370 <                        potatoes[which_node] = 0;
371 <                        MPI_Send(&potatoes[which_node], 1, MPI_INT, which_node,
372 <                                 0, MPI_COMM_WORLD);
373 <                    }
370 > #ifdef IS_MPI
371 >    if (worldRank == 0) {
372 > #endif // is_mpi
373 >      writeClosing(*eorStream);
374 >      delete eorStream;
375 > #ifdef IS_MPI
376 >    }
377 > #endif // is_mpi  
378  
379 <                    MPI_Recv(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR,
300 <                             which_node, myPotato, MPI_COMM_WORLD,
301 <                             &istatus);
379 >  }
380  
303 –                    atomTypeString = MPIatomTypeString;
381  
382 <                    myPotato++;
382 >  void DumpWriter::writeDumpAndEor() {
383 >    std::vector<std::streambuf*> buffers;
384 >    std::ostream* eorStream;
385 > #ifdef IS_MPI
386 >    if (worldRank == 0) {
387 > #endif // is_mpi
388  
389 <                    MPI_Recv(atomData, 13, MPI_DOUBLE, which_node, myPotato,
308 <                             MPI_COMM_WORLD, &istatus);
309 <                    myPotato++;
389 >      buffers.push_back(dumpFile_->rdbuf());
390  
391 <                    MPI_Get_count(&istatus, MPI_DOUBLE, &msgLen);
391 >      eorStream = createOStream(eorFilename_);
392  
393 <                    if (msgLen == 13)
314 <                        isDirectional = 1;
315 <                    else
316 <                        isDirectional = 0;
317 <
318 <                    // If we've survived to here, format the line:
319 <
320 <                    if (!isDirectional) {
321 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
322 <                                atomTypeString, atomData[0],
323 <                                atomData[1], atomData[2],
324 <                                atomData[3], atomData[4],
325 <                                atomData[5]);
326 <
327 <                        strcat(writeLine,
328 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
329 <                    } else {
330 <                        sprintf(writeLine,
331 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
332 <                                atomTypeString,
333 <                                atomData[0],
334 <                                atomData[1],
335 <                                atomData[2],
336 <                                atomData[3],
337 <                                atomData[4],
338 <                                atomData[5],
339 <                                atomData[6],
340 <                                atomData[7],
341 <                                atomData[8],
342 <                                atomData[9],
343 <                                atomData[10],
344 <                                atomData[11],
345 <                                atomData[12]);
346 <                    }
347 <
348 <                    os << writeLine;
349 <
350 <                } // end for(int l =0)
351 <
352 <                potatoes[which_node] = myPotato;
353 <            } else { //master node has current molecule
354 <
355 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
356 <
357 <                if (mol == NULL) {
358 <                    sprintf(painCave.errMsg, "Molecule not found on node %d!", worldRank);
359 <                    painCave.isFatal = 1;
360 <                    simError();
361 <                }
362 <                
363 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
364 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
365 <                        
366 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
367 <
368 <                    pos = integrableObject->getPos();
369 <                    vel = integrableObject->getVel();
370 <
371 <                    atomData[0] = pos[0];
372 <                    atomData[1] = pos[1];
373 <                    atomData[2] = pos[2];
374 <
375 <                    atomData[3] = vel[0];
376 <                    atomData[4] = vel[1];
377 <                    atomData[5] = vel[2];
378 <
379 <                    isDirectional = 0;
380 <
381 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
382 <                        isDirectional = 1;
383 <
384 <                        q = integrableObject->getQ();
385 <                        ji = integrableObject->getJ();
386 <
387 <                        for(int j = 0; j < 6; j++) {
388 <                            atomData[j] = atomData[j];
389 <                        }
390 <
391 <                        atomData[6] = q[0];
392 <                        atomData[7] = q[1];
393 <                        atomData[8] = q[2];
394 <                        atomData[9] = q[3];
395 <
396 <                        atomData[10] = ji[0];
397 <                        atomData[11] = ji[1];
398 <                        atomData[12] = ji[2];
399 <                    }
400 <
401 <                    // If we've survived to here, format the line:
402 <
403 <                    if (!isDirectional) {
404 <                        sprintf(writeLine, "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t",
405 <                                atomTypeString, atomData[0],
406 <                                atomData[1], atomData[2],
407 <                                atomData[3], atomData[4],
408 <                                atomData[5]);
409 <
410 <                        strcat(writeLine,
411 <                               "0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\t0.0\n");
412 <                    } else {
413 <                        sprintf(writeLine,
414 <                                "%s\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\t%lf\n",
415 <                                atomTypeString,
416 <                                atomData[0],
417 <                                atomData[1],
418 <                                atomData[2],
419 <                                atomData[3],
420 <                                atomData[4],
421 <                                atomData[5],
422 <                                atomData[6],
423 <                                atomData[7],
424 <                                atomData[8],
425 <                                atomData[9],
426 <                                atomData[10],
427 <                                atomData[11],
428 <                                atomData[12]);
429 <                    }
430 <
431 <
432 <                    os << writeLine;
433 <
434 <                } //end for(iter = integrableObject.begin())
435 <            }
436 <        } //end for(i = 0; i < mpiSim->getNmol())
437 <
438 <        os.flush();
393 >      buffers.push_back(eorStream->rdbuf());
394          
395 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
396 <        MPIcheckPoint();
395 > #ifdef IS_MPI
396 >    }
397 > #endif // is_mpi    
398  
399 <        delete [] potatoes;
400 <    } else {
399 >    TeeBuf tbuf(buffers.begin(), buffers.end());
400 >    std::ostream os(&tbuf);
401  
402 <        // worldRank != 0, so I'm a remote node.  
402 >    writeFrame(os);
403  
404 <        // Set my magic potato to 0:
404 > #ifdef IS_MPI
405 >    if (worldRank == 0) {
406 > #endif // is_mpi
407 >      writeClosing(*eorStream);
408 >      delete eorStream;
409 > #ifdef IS_MPI
410 >    }
411 > #endif // is_mpi  
412 >    
413 >  }
414  
415 <        myPotato = 0;
415 >  std::ostream* DumpWriter::createOStream(const std::string& filename) {
416  
417 <        for(int i = 0; i < info_->getNGlobalMolecules(); i++) {
418 <
419 <            // Am I the node which has this integrableObject?
420 <            int whichNode = info_->getMolToProc(i);
421 <            if (whichNode == worldRank) {
422 <                if (myPotato + 1 >= MAXTAG) {
458 <
459 <                    // The potato was going to exceed the maximum value,
460 <                    // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
461 <                    // node 0 says we can go:
462 <
463 <                    MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
464 <                             &istatus);
465 <                }
466 <
467 <                mol = info_->getMoleculeByGlobalIndex(i);
468 <
469 <                
470 <                nCurObj = mol->getNIntegrableObjects();
471 <
472 <                MPI_Send(&nCurObj, 1, MPI_INT, 0, myPotato, MPI_COMM_WORLD);
473 <                myPotato++;
474 <
475 <                for (integrableObject = mol->beginIntegrableObject(ii); integrableObject != NULL;
476 <                    integrableObject = mol->nextIntegrableObject(ii)) {
477 <
478 <                    if (myPotato + 2 >= MAXTAG) {
479 <
480 <                        // The potato was going to exceed the maximum value,
481 <                        // so wrap this processor potato back to 0 (and block until
482 <                        // node 0 says we can go:
483 <
484 <                        MPI_Recv(&myPotato, 1, MPI_INT, 0, 0, MPI_COMM_WORLD,
485 <                                 &istatus);
486 <                    }
487 <
488 <                    atomTypeString = integrableObject->getType().c_str();
489 <
490 <                    pos = integrableObject->getPos();
491 <                    vel = integrableObject->getVel();
492 <
493 <                    atomData[0] = pos[0];
494 <                    atomData[1] = pos[1];
495 <                    atomData[2] = pos[2];
496 <
497 <                    atomData[3] = vel[0];
498 <                    atomData[4] = vel[1];
499 <                    atomData[5] = vel[2];
500 <
501 <                    isDirectional = 0;
502 <
503 <                    if (integrableObject->isDirectional()) {
504 <                        isDirectional = 1;
505 <
506 <                        q = integrableObject->getQ();
507 <                        ji = integrableObject->getJ();
508 <
509 <                        atomData[6] = q[0];
510 <                        atomData[7] = q[1];
511 <                        atomData[8] = q[2];
512 <                        atomData[9] = q[3];
513 <
514 <                        atomData[10] = ji[0];
515 <                        atomData[11] = ji[1];
516 <                        atomData[12] = ji[2];
517 <                    }
518 <
519 <                    strncpy(MPIatomTypeString, atomTypeString, MINIBUFFERSIZE);
520 <
521 <                    // null terminate the  std::string before sending (just in case):
522 <                    MPIatomTypeString[MINIBUFFERSIZE - 1] = '\0';
523 <
524 <                    MPI_Send(MPIatomTypeString, MINIBUFFERSIZE, MPI_CHAR, 0,
525 <                             myPotato, MPI_COMM_WORLD);
526 <
527 <                    myPotato++;
528 <
529 <                    if (isDirectional) {
530 <                        MPI_Send(atomData, 13, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
531 <                                 MPI_COMM_WORLD);
532 <                    } else {
533 <                        MPI_Send(atomData, 6, MPI_DOUBLE, 0, myPotato,
534 <                                 MPI_COMM_WORLD);
535 <                    }
536 <
537 <                    myPotato++;
538 <                }
539 <                    
540 <            }
541 <            
542 <        }
543 <        sprintf(checkPointMsg, "Sucessfully took a dump.\n");
544 <        MPIcheckPoint();
417 >    std::ostream* newOStream;
418 > #ifdef HAVE_LIBZ
419 >    if (needCompression_) {
420 >      newOStream = new ogzstream(filename.c_str());
421 >    } else {
422 >      newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
423      }
424 + #else
425 +    newOStream = new std::ofstream(filename.c_str());
426 + #endif
427 +    //write out MetaData first
428 +    (*newOStream) << "<OOPSE version=4>" << std::endl;
429 +    (*newOStream) << "  <MetaData>" << std::endl;
430 +    (*newOStream) << info_->getRawMetaData();
431 +    (*newOStream) << "  </MetaData>" << std::endl;
432 +    return newOStream;
433 +  }
434  
435 < #endif // is_mpi
435 >  void DumpWriter::writeClosing(std::ostream& os) {
436  
437 < }
437 >    os << "</OOPSE>\n";
438 >    os.flush();
439 >  }
440  
441   }//end namespace oopse

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