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Comparing trunk/samples/lipid/lipid.md (file contents):
Revision 2 by gezelter, Fri Sep 24 04:16:43 2004 UTC vs.
Revision 790 by tim, Tue Dec 6 16:49:59 2005 UTC

# Line 1 | Line 1 | molecule{
1   molecule{
2    
3    name = "simpleLipid_16";
4 <  nAtoms = 17;
4 >  
5  
6    atom[0]{
7      type = "HEAD";
# Line 73 | Line 73 | molecule{
73      position( 0.0, 0.0, -20.672 );
74    }
75  
76 <  nBonds = 16;
76 >  
77  
78 <  bond[0]{
78 >  bond{
79      members( 0, 1 );
80    }
81 <  bond[1]{
81 >  bond{
82      members( 1, 2 );
83    }
84 <  bond[2]{
84 >  bond{
85      members( 2, 3 );
86    }
87 <  bond[3]{
87 >  bond{
88      members( 3, 4 );
89    }
90 <  bond[4]{
90 >  bond{
91      members( 4, 5 );
92    }
93 <  bond[5]{
93 >  bond{
94      members( 5, 6 );
95    }
96 <  bond[6]{
96 >  bond{
97      members( 6, 7 );
98    }
99 <  bond[7]{
99 >  bond{
100      members( 7, 8 );
101    }
102 <  bond[8]{
102 >  bond{
103      members( 8, 9 );
104    }
105 <  bond[9]{
105 >  bond{
106      members( 9, 10 );
107    }
108 <  bond[10]{
108 >  bond{
109      members( 10, 11 );
110    }
111 <  bond[11]{
111 >  bond{
112      members( 11, 12 );
113    }
114 <  bond[12]{
114 >  bond{
115      members( 12, 13 );
116    }
117 <  bond[13]{
117 >  bond{
118      members( 13, 14 );
119    }
120 <  bond[14]{
120 >  bond{
121      members( 14, 15 );
122    }
123 <  bond[15]{
123 >  bond{
124      members( 15, 16 );
125    }
126  
127 <  nBends = 15;
127 >  
128  
129 <  bend[0]{
129 >  bend{
130      members( 0, 1, 2 );
131    }
132 <  bend[1]{
132 >  bend{
133      members( 1, 2, 3 );
134    }
135 <  bend[2]{
135 >  bend{
136      members( 2, 3, 4 );
137    }
138 <  bend[3]{
138 >  bend{
139      members( 3, 4, 5 );
140    }
141 <  bend[4]{
141 >  bend{
142      members( 4, 5, 6 );
143    }
144 <  bend[5]{
144 >  bend{
145      members( 5, 6, 7 );
146    }
147 <  bend[6]{
147 >  bend{
148      members( 6, 7, 8 );
149    }
150 <  bend[7]{
150 >  bend{
151      members( 7, 8, 9 );
152    }
153 <  bend[8]{
153 >  bend{
154      members( 8, 9, 10 );
155    }
156 <  bend[9]{
156 >  bend{
157      members( 9, 10, 11 );
158    }
159 <  bend[10]{
159 >  bend{
160      members( 10, 11, 12 );
161    }
162 <  bend[11]{
162 >  bend{
163      members( 11, 12, 13 );
164    }
165 <  bend[12]{
165 >  bend{
166      members( 12, 13, 14 );
167    }
168 <  bend[13]{
168 >  bend{
169      members( 13, 14, 15 );
170    }
171 <  bend[14]{
171 >  bend{
172      members( 14, 15, 16 );
173    }
174  
175 <  nTorsions = 14;
175 >  
176  
177 <  torsion[0]{
177 >  torsion{
178      members( 0, 1, 2, 3 );
179    }
180 <  torsion[1]{
180 >  torsion{
181      members( 1, 2, 3, 4 );
182    }
183 <  torsion[2]{
183 >  torsion{
184      members( 2, 3, 4, 5 );
185    }
186 <  torsion[3]{
186 >  torsion{
187      members( 3, 4, 5, 6 );
188    }
189 <  torsion[4]{
189 >  torsion{
190      members( 4, 5, 6, 7 );
191    }
192 <  torsion[5]{
192 >  torsion{
193      members( 5, 6, 7, 8 );
194    }
195 <  torsion[6]{
195 >  torsion{
196      members( 6, 7, 8, 9 );
197    }
198 <  torsion[7]{
198 >  torsion{
199      members( 7, 8, 9, 10 );
200    }
201 <  torsion[8]{
201 >  torsion{
202      members( 8, 9, 10, 11 );
203    }
204 <  torsion[9]{
204 >  torsion{
205      members( 9, 10, 11, 12 );
206    }
207 <  torsion[10]{
207 >  torsion{
208      members( 10, 11, 12, 13 );
209    }
210 <  torsion[11]{
210 >  torsion{
211      members( 11, 12, 13, 14 );
212    }
213 <  torsion[12]{
213 >  torsion{
214      members( 12, 13, 14, 15 );
215    }
216 <  torsion[13]{
216 >  torsion{
217      members( 13, 14, 15, 16 );
218    }
219   }
# Line 221 | Line 221 | molecule{
221   molecule{
222    
223    name = "simpleLipid_16G";
224 <  nAtoms = 17;
224 >  
225  
226    atom[0]{
227      type = "HEAD";
# Line 293 | Line 293 | molecule{
293      position( 0.0, 0.0, -20.672 );
294    }
295  
296 <  nBonds = 16;
296 >  
297  
298 <  bond[0]{
298 >  bond{
299      members( 0, 1 );
300    }
301 <  bond[1]{
301 >  bond{
302      members( 1, 2 );
303    }
304 <  bond[2]{
304 >  bond{
305      members( 2, 3 );
306    }
307 <  bond[3]{
307 >  bond{
308      members( 3, 4 );
309    }
310 <  bond[4]{
310 >  bond{
311      members( 4, 5 );
312    }
313 <  bond[5]{
313 >  bond{
314      members( 5, 6 );
315    }
316 <  bond[6]{
316 >  bond{
317      members( 6, 7 );
318    }
319 <  bond[7]{
319 >  bond{
320      members( 7, 8 );
321    }
322 <  bond[8]{
322 >  bond{
323      members( 8, 9 );
324    }
325 <  bond[9]{
325 >  bond{
326      members( 9, 10 );
327    }
328 <  bond[10]{
328 >  bond{
329      members( 10, 11 );
330    }
331 <  bond[11]{
331 >  bond{
332      members( 11, 12 );
333    }
334 <  bond[12]{
334 >  bond{
335      members( 12, 13 );
336    }
337 <  bond[13]{
337 >  bond{
338      members( 13, 14 );
339    }
340 <  bond[14]{
340 >  bond{
341      members( 14, 15 );
342    }
343 <  bond[15]{
343 >  bond{
344      members( 15, 16 );
345    }
346  
347 <  nBends = 16;
347 >  
348  
349 <  bend[0]{
349 >  bend{
350      members( 0, 1, 2 );
351    }
352 <  bend[1]{
352 >  bend{
353      members( 1, 2, 3 );
354    }
355 <  bend[2]{
355 >  bend{
356      members( 2, 3, 4 );
357    }
358 <  bend[3]{
358 >  bend{
359      members( 3, 4, 5 );
360    }
361 <  bend[4]{
361 >  bend{
362      members( 4, 5, 6 );
363    }
364 <  bend[5]{
364 >  bend{
365      members( 5, 6, 7 );
366    }
367 <  bend[6]{
367 >  bend{
368      members( 6, 7, 8 );
369    }
370 <  bend[7]{
370 >  bend{
371      members( 7, 8, 9 );
372    }
373 <  bend[8]{
373 >  bend{
374      members( 8, 9, 10 );
375    }
376 <  bend[9]{
376 >  bend{
377      members( 9, 10, 11 );
378    }
379 <  bend[10]{
379 >  bend{
380      members( 10, 11, 12 );
381    }
382 <  bend[11]{
382 >  bend{
383      members( 11, 12, 13 );
384    }
385 <  bend[12]{
385 >  bend{
386      members( 12, 13, 14 );
387    }
388 <  bend[13]{
388 >  bend{
389      members( 13, 14, 15 );
390    }
391 <  bend[14]{
391 >  bend{
392      members( 14, 15, 16 );
393    }
394 <  bend[15]{
394 >  bend{
395      members( 0, 1 );
396      ghostVectorSource = 0;
397    }
398  
399  
400 <  nTorsions = 14;
400 >  
401  
402 <  torsion[0]{
402 >  torsion{
403      members( 0, 1, 2, 3 );
404    }
405 <  torsion[1]{
405 >  torsion{
406      members( 1, 2, 3, 4 );
407    }
408 <  torsion[2]{
408 >  torsion{
409      members( 2, 3, 4, 5 );
410    }
411 <  torsion[3]{
411 >  torsion{
412      members( 3, 4, 5, 6 );
413    }
414 <  torsion[4]{
414 >  torsion{
415      members( 4, 5, 6, 7 );
416    }
417 <  torsion[5]{
417 >  torsion{
418      members( 5, 6, 7, 8 );
419    }
420 <  torsion[6]{
420 >  torsion{
421      members( 6, 7, 8, 9 );
422    }
423 <  torsion[7]{
423 >  torsion{
424      members( 7, 8, 9, 10 );
425    }
426 <  torsion[8]{
426 >  torsion{
427      members( 8, 9, 10, 11 );
428    }
429 <  torsion[9]{
429 >  torsion{
430      members( 9, 10, 11, 12 );
431    }
432 <  torsion[10]{
432 >  torsion{
433      members( 10, 11, 12, 13 );
434    }
435 <  torsion[11]{
435 >  torsion{
436      members( 11, 12, 13, 14 );
437    }
438 <  torsion[12]{
438 >  torsion{
439      members( 12, 13, 14, 15 );
440    }
441 <  torsion[13]{
441 >  torsion{
442      members( 13, 14, 15, 16 );
443    }
444   }
# Line 446 | Line 446 | molecule{
446   molecule{
447    
448    name = "twoChain_14G";
449 <  nAtoms = 31;
449 >  
450  
451    atom[0]{
452      type = "HEAD";
# Line 574 | Line 574 | molecule{
574      position( 6.164077, -0.903155, -19.023077 );
575    }
576  
577 <  nBonds = 30;
577 >  
578  
579 <  bond[0]{
579 >  bond{
580      members( 0, 1 );
581    }
582 <  bond[1]{
582 >  bond{
583      members( 1, 2 );
584    }
585 <  bond[2]{
585 >  bond{
586      members( 2, 3 );
587    }
588 <  bond[3]{
588 >  bond{
589      members( 3, 4 );
590    }
591 <  bond[4]{
591 >  bond{
592      members( 4, 5 );
593    }
594 <  bond[5]{
594 >  bond{
595      members( 5, 6 );
596    }
597 <  bond[6]{
597 >  bond{
598      members( 6, 7 );
599    }
600 <  bond[7]{
600 >  bond{
601      members( 7, 8 );
602    }
603 <  bond[8]{
603 >  bond{
604      members( 8, 9 );
605    }
606 <  bond[9]{
606 >  bond{
607      members( 9, 10 );
608    }
609 <  bond[10]{
609 >  bond{
610      members( 10, 11 );
611    }
612 <  bond[11]{
612 >  bond{
613      members( 11, 12 );
614    }
615 <  bond[12]{
615 >  bond{
616      members( 12, 13 );
617    }
618 <  bond[13]{
618 >  bond{
619      members( 13, 14 );
620    }
621 <  bond[14]{
621 >  bond{
622      members( 14, 15 );
623    }
624 <  bond[15]{
624 >  bond{
625      members( 15, 16 );
626    }
627 <  bond[16]{
627 >  bond{
628      members( 2, 17 );
629    }
630 <  bond[17]{
630 >  bond{
631      members( 17, 18 );
632    }
633 <  bond[18]{
633 >  bond{
634      members( 18, 19 );
635    }
636 <  bond[19]{
636 >  bond{
637      members( 19, 20 );
638    }
639 <  bond[20]{
639 >  bond{
640      members( 20, 21 );
641    }
642 <  bond[21]{
642 >  bond{
643      members( 21, 22 );
644    }
645 <  bond[22]{
645 >  bond{
646      members( 22, 23 );
647    }
648 <  bond[23]{
648 >  bond{
649      members( 23, 24 );
650    }
651 <  bond[24]{
651 >  bond{
652      members( 24, 25 );
653    }
654 <  bond[25]{
654 >  bond{
655      members( 25, 26 );
656    }
657 <  bond[26]{
657 >  bond{
658      members( 26, 27 );
659    }
660 <  bond[27]{
660 >  bond{
661      members( 27, 28 );
662    }
663 <  bond[28]{
663 >  bond{
664      members( 28, 29 );
665    }
666 <  bond[29]{
666 >  bond{
667      members( 29, 30 );
668    }
669  
670 <  nBends = 30;
670 >  
671  
672 <  bend[0]{
672 >  bend{
673      members( 0, 1, 2 );
674    }
675 <  bend[1]{
675 >  bend{
676      members( 1, 2, 3 );
677    }
678 <  bend[2]{
678 >  bend{
679      members( 2, 3, 4 );
680    }
681 <  bend[3]{
681 >  bend{
682      members( 3, 4, 5 );
683    }
684 <  bend[4]{
684 >  bend{
685      members( 4, 5, 6 );
686    }
687 <  bend[5]{
687 >  bend{
688      members( 5, 6, 7 );
689    }
690 <  bend[6]{
690 >  bend{
691      members( 6, 7, 8 );
692    }
693 <  bend[7]{
693 >  bend{
694      members( 7, 8, 9 );
695    }
696 <  bend[8]{
696 >  bend{
697      members( 8, 9, 10 );
698    }
699 <  bend[9]{
699 >  bend{
700      members( 9, 10, 11 );
701    }
702 <  bend[10]{
702 >  bend{
703      members( 10, 11, 12 );
704    }
705 <  bend[11]{
705 >  bend{
706      members( 11, 12, 13 );
707    }
708 <  bend[12]{
708 >  bend{
709      members( 12, 13, 14 );
710    }
711 <  bend[13]{
711 >  bend{
712      members( 13, 14, 15 );
713    }
714 <  bend[14]{
714 >  bend{
715      members( 14, 15, 16 );
716    }
717 <  bend[15]{
717 >  bend{
718      members( 0, 1 );
719      ghostVectorSource = 0;
720    }
721 <  bend[16]{
721 >  bend{
722      members( 1, 2, 17 );
723    }
724 <  bend[17]{
724 >  bend{
725      members( 2, 17, 18 );
726    }
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767 >  
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849    }
850  

Diff Legend

– Removed lines
+ Added lines
< Changed lines
> Changed lines