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root/OpenMD/branches/development/forceFields/Amber.frc
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Comparing trunk/forceFields/Amber.frc (file contents):
Revision 1278 by gezelter, Mon Jul 14 12:36:39 2008 UTC vs.
Revision 1418 by gezelter, Thu Mar 25 20:44:11 2010 UTC

# Line 1 | Line 1 | begin Options
1   begin Options
2 <      Name                   = "Amber"
2 >      Name                    "Amber"
3 >      vdW-14-scale            0.5        
4 >      electrostatic-14-scale  0.83333333333333333
5   end Options
6  
7   begin BaseAtomTypes
8   //number                name            mass     (amu)
9 < CT              12.01
10 < C               12.01
11 < CA              12.01
12 < CM              12.01
13 < CC              12.01
14 < CV              12.01
13 < CW              12.01
14 < CR              12.01
15 < CB              12.01
16 < C*              12.01
17 < CN              12.01
18 < CK              12.01
19 < CQ              12.01
20 < N               14.01
21 < NA              14.01
22 < NB              14.01
23 < NC              14.01
24 < N*              14.01
25 < N2              14.01
26 < N3              14.01
27 < OW              16.0
28 < OH              16.0
29 < OS              16.0
30 < O               16.0
31 < O2              16.0
32 < S               32.06
33 < SH              32.06
34 < P               30.97
35 < H               1.008
36 < HW              1.008
37 < HO              1.008
38 < HS              1.008
39 < HA              1.008
40 < HC              1.008
41 < H1              1.008
42 < H2              1.008
43 < H3              1.008
44 < HP              1.008
45 < H4              1.008
46 < H5              1.008
9 > C               12.01
10 > N               14.01
11 > O               16.0
12 > S               32.06
13 > P               30.97
14 > H               1.008
15   Li+             6.940
16   Na+             22.990
17   K+              39.100
# Line 53 | Line 21 | Cl-             35.450
21   Ca+2            40.080
22   Zn+2            65.400
23   Cl-             35.450
24 + EP              0.0
25   end BaseAtomTypes
26  
27  
28   begin AtomTypes
29   //name          baseatomtype
30 + CT              C
31 + CA              C
32 + CM              C
33 + CC              C
34 + CV              C
35 + CW              C
36 + CR              C
37 + CB              C
38 + C*              C
39 + CN              C
40 + CK              C
41 + CQ              C
42 + NA              N
43 + NB              N
44 + NC              N
45 + N*              N
46 + N2              N
47 + N3              N
48 + OW              O
49 + OH              O
50 + OS              O
51 + O2              O
52 + SH              S
53 + HW              H
54 + HO              H
55 + HS              H
56 + HA              H
57 + HC              H
58 + H1              H
59 + H2              H
60 + H3              H
61 + HP              H
62 + H4              H
63 + H5              H
64   GLY-N                   N
65   GLY-CA                  CT
66   GLY-C                   C
# Line 80 | Line 83 | VAL-HB                  HC
83   VAL-HA                  H1
84   VAL-CB                  CT
85   VAL-HB                  HC
86 < VAL-CG1                 CT
87 < VAL-HG1                 HC
85 < VAL-CG2                 CT
86 < VAL-HG2                 HC
86 > VAL-CG                  CT
87 > VAL-HG                  HC
88   LEU-N                   N
89   LEU-CA                  CT
90   LEU-C                   C
# Line 94 | Line 95 | LEU-HG                  HC
95   LEU-HB                  HC
96   LEU-CG                  CT
97   LEU-HG                  HC
98 < LEU-CD1                 CT
99 < LEU-HD1                 HC
99 < LEU-CD2                 CT
100 < LEU-HD2                 HC
98 > LEU-CD                  CT
99 > LEU-HD                  HC
100   ILE-N                   N
101   ILE-CA                  CT
102   ILE-C                   C
# Line 194 | Line 193 | TYR-OH                  OH
193   TYR-HE                  HA
194   TYR-CZ                  CA
195   TYR-OH                  OH
196 < TYR-HH                  HO
196 > TYR-HO                  HO
197   TRP-N                   N
198   TRP-CA                  CT
199   TRP-C                   C
# Line 523 | Line 522 | NGLU-HA                 H1
522   NGLU-HN                 H
523   NGLU-O                  O
524   NGLU-HA                 H1
525 < NCLN-N                  N3
526 < NCLN-CA                 CT
527 < NCLN-C                  C
528 < NCLN-HN                 H
529 < NCLN-O                  O
530 < NCLN-HA                 H1
525 > NGLN-N                  N3
526 > NGLN-CA                 CT
527 > NGLN-C                  C
528 > NGLN-HN                 H
529 > NGLN-O                  O
530 > NGLN-HA                 H1
531 > NGLN-CB                 CT
532 > NGLN-HB                 HC
533 > NGLN-CG                 CT
534 > NGLN-HG                 HC
535 > NGLN-CD                 C
536 > NGLN-OE1                O
537 > NGLN-NE2                N
538 > NGLN-HE2                H
539   NMET-N                  N3
540   NMET-CA                 CT
541   NMET-C                  C
# Line 616 | Line 623 | CPRO-OXT                O2
623   CPRO-CA                 CT
624   CPRO-C                  C
625   CPRO-OXT                O2
626 + CPRO-O                  O
627   CPRO-HA                 H1
628 + CPRO-CB                 CT
629 + CPRO-HB                 HC
630 + CPRO-CG                 CT
631 + CPRO-HG                 HC
632 + CPRO-CD                 CT
633 + CPRO-HD                 H1
634   CPHE-N                  N
635   CPHE-CA                 CT
636   CPHE-C                  C
# Line 961 | Line 975 | TIP3P-H                 HW
975   D3P-OP                  O2
976   TIP3P-O                 OW
977   TIP3P-H                 HW
978 + O_TIP3P                 OW        
979 + O_TIP4P                 OW
980 + O_TIP4P-Ew              OW
981 + O_TIP5P                 OW
982 + O_TIP5P-E               OW
983 + O_SPCE                  OW      
984 + O_SPC                   OW
985 + H_TIP3P                 HW
986 + H_TIP4P                 HW
987 + H_TIP4P-Ew              HW
988 + H_TIP5P                 HW
989 + H_SPCE                  HW
990 + H_SPC                   HW
991 + EP_TIP4P                EP
992 + EP_TIP4P-Ew             EP
993 + EP_TIP5P                EP
994   end AtomTypes
995  
996  
997   begin ChargeAtomTypes
998   //name                  charge
999 + HO                      0.45
1000 + OH                      -0.5.8
1001 + O2                      -0.5
1002 + C                       0.55
1003   GLY-N                   -0.4157
1004   GLY-CA                  -0.0252
1005   GLY-C                   0.5973
# Line 988 | Line 1022 | VAL-HB                  -0.0297
1022   VAL-HA                  0.0969
1023   VAL-CB                  0.2985
1024   VAL-HB                  -0.0297
1025 < VAL-CG1                 -0.3192
1026 < VAL-HG1                 0.0791
993 < VAL-CG2                 -0.3192
994 < VAL-HG2                 0.0791
1025 > VAL-CG                 -0.3192
1026 > VAL-HG                   0.0791
1027   LEU-N                   -0.4157
1028   LEU-CA                  -0.0518
1029   LEU-C                   0.5973
# Line 1002 | Line 1034 | LEU-HG                  -0.0361
1034   LEU-HB                  0.0457
1035   LEU-CG                  0.3531
1036   LEU-HG                  -0.0361
1037 < LEU-CD1                 -0.4121
1038 < LEU-HD1                 0.1000
1007 < LEU-CD2                 -0.4121
1008 < LEU-HD2                 0.1000
1037 > LEU-CD                  -0.4121
1038 > LEU-HD                  0.1000
1039   ILE-N                   -0.4157
1040   ILE-CA                  -0.0597
1041   ILE-C                   0.5973
# Line 1102 | Line 1132 | TYR-OH                  -0.5579
1132   TYR-HE                  0.1656
1133   TYR-CZ                  0.3226
1134   TYR-OH                  -0.5579
1135 < TYR-HH                  0.3992
1135 > TYR-HO                  0.3992
1136   TRP-N                   -0.4157
1137   TRP-CA                  -0.0275
1138   TRP-C                   0.5973
# Line 1431 | Line 1461 | NGLU-HA                 0.1202
1461   NGLU-HN                 0.2391
1462   NGLU-O                  -0.5889
1463   NGLU-HA                 0.1202
1464 < NCLN-N                  0.1493
1465 < NCLN-CA                 0.0769
1466 < NCLN-C                  0.6123
1467 < NCLN-HN                 0.1996
1468 < NCLN-O                  -0.5713
1469 < NCLN-HA                 0.1015
1464 > NGLN-N                  0.1493
1465 > NGLN-CA                 0.0769
1466 > NGLN-C                  0.6123
1467 > NGLN-HN                 0.1996
1468 > NGLN-O                  -0.5713
1469 > NGLN-HA                 0.1015
1470   NMET-N                  0.1592
1471   NMET-CA                 0.0429
1472   NMET-C                  0.6123
# Line 1869 | Line 1899 | TIP3P-H                 0.417
1899   D3P-OP                  -0.8200
1900   TIP3P-O                -0.834
1901   TIP3P-H                 0.417
1902 + O_TIP3P         -0.834
1903 + O_SPCE          -0.8476
1904 + O_SPC           -0.82
1905 + H_TIP3P         0.417
1906 + H_TIP4P         0.520
1907 + H_TIP4P-Ew      0.52422
1908 + H_TIP5P         0.241
1909 + H_SPCE          0.4238
1910 + H_SPC           0.42
1911 + EP_TIP4P        -1.040
1912 + EP_TIP4P-Ew     -1.04844
1913 + EP_TIP5P        -0.241
1914   Li+                     1.000
1915   Na+                     1.000
1916   K+                      1.000
# Line 1905 | Line 1947 | OW             0.152000        3.150752
1947   N2              0.170000        3.249999
1948   N3              0.170000        3.340870
1949   OW              0.152000        3.150752
1950 + O_TIP3P         0.1521          3.15061
1951 + O_TIP4P         0.1550          3.15365
1952 + O_TIP4P-Ew      0.16275         3.16435
1953 + O_TIP5P         0.16            3.12  
1954 + O_TIP5P-E       0.178           3.097  
1955 + O_SPCE          0.15532         3.16549
1956 + O_SPC           0.15532         3.16549
1957   OH              0.210400        3.066473
1958   OS              0.170000        3.000012
1959   O               0.210000        2.959922
# Line 2213 | Line 2262 | OW      HW      HW      Harmonic        127.740000    
2262   OS      P       O2      Harmonic        108.230000      200.000000
2263   O2      P       O2      Harmonic        119.900000      280.000000
2264   OW      HW      HW      Harmonic        127.740000      0.000000
2265 + C       OH      HO      Harmonic        113.00          50.00000
2266   end BendTypes
2267  
2268  
# Line 2552 | Line 2602 | CT      S       S       CT      Charmm  3.500000      
2602   CT      OS      P       OS      Charmm  0.250000        3       0.000000                1.2             2               0
2603   CT      OS      P       O2      Charmm  0.250000        3       0.000000
2604   CT      S       S       CT      Charmm  3.500000        2       0.000000                0.6             3               0
2605 + CT      C       OH      HO      Charmm  2.30000000      2       180.0
2606   end TorsionTypes
2607  
2608  
2609   begin InversionTypes
2610 < CT      N       C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2611 < CM      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2612 < CB      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2613 < N*      NA      C       O       ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2614 < CT      O2      C       O2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2615 < CA      CA      CA      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2616 < CA      CA      CA      OH      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2617 < CA      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2618 < CN      CA      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2619 < NC      CM      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2620 < CA      CB      CA      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2621 < CB      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2622 < NA      NC      CA      N2      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2623 < N2      N2      CA      N2      ImproperCosine  10.500000       2       180.000000
2624 < CM      CA      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2625 < C       CM      CM      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2626 < C       CM      CM      HA      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2627 < N*      CM      CM      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2628 < NA      CV      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2629 < NA      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2630 < NB      CW      CC      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2631 < CC      NB      CV      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2632 < CC      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2633 < C*      NA      CW      H4      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2634 < NA      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2635 < NB      NA      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2636 < NA      NB      CR      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2637 < CW      CB      C*      CT      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2638 < NB      N*      CK      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2639 < NC      NC      CQ      H5      ImproperCosine  1.100000        2       180.000000
2640 < C       CT      N       CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2641 < C       CT      N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2642 < C       H       N       H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2643 < C       C       NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2644 < C       CA      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2645 < CR      CW      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2646 < CC      CR      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2647 < CW      CN      NA      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2648 < CM      C       N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2649 < CK      CB      N*      CT      ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2650 < CT      CA      N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2651 < CA      H       N2      H       ImproperCosine  1.000000        2       180.000000
2610 > C       CT      N       O       AmberImproper   10.500000
2611 > C       CM      NA      O       AmberImproper   10.500000
2612 > C       CB      NA      O       AmberImproper   10.500000
2613 > C       N*      NA      O       AmberImproper   10.500000
2614 > C       CT      O2      O2      AmberImproper   10.500000
2615 > CA      CA      CA      CT      AmberImproper   1.100000
2616 > CA      CA      CA      OH      AmberImproper   1.100000
2617 > CA      CA      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2618 > CA      CN      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2619 > CA      NC      CM      N2      AmberImproper   1.100000
2620 > CA      CA      CB      HA      AmberImproper   1.100000
2621 > CA      CB      NC      N2      AmberImproper   1.100000
2622 > CA      NA      NC      N2      AmberImproper   1.100000
2623 > CA      N2      N2      N2      AmberImproper   10.500000
2624 > CM      CM      CA      HA      AmberImproper   1.100000
2625 > CM      C       CM      CT      AmberImproper   1.100000
2626 > CM      C       CM      HA      AmberImproper   1.100000
2627 > CM      N*      CM      H4      AmberImproper   1.100000
2628 > CC      NA      CV      CT      AmberImproper   1.100000
2629 > CC      NA      CW      CT      AmberImproper   1.100000
2630 > CC      NB      CW      CT      AmberImproper   1.100000
2631 > CV      CC      NB      H4      AmberImproper   1.100000
2632 > CW      CC      NA      H4      AmberImproper   1.100000
2633 > CW      C*      NA      H4      AmberImproper   1.100000
2634 > CR      NA      NA      H5      AmberImproper   1.100000
2635 > CR      NB      NA      H5      AmberImproper   1.100000
2636 > CR      NA      NB      H5      AmberImproper   1.100000
2637 > C*      CW      CB      CT      AmberImproper   1.100000
2638 > CK      NB      N*      H5      AmberImproper   1.100000
2639 > CQ      NC      NC      H5      AmberImproper   1.100000
2640 > N       C       CT      CT      AmberImproper   1.000000
2641 > N       C       CT      H       AmberImproper   1.000000
2642 > N       C       H       H       AmberImproper   1.000000
2643 > NA      C       C       H       AmberImproper   1.000000
2644 > NA      C       CA      H       AmberImproper   1.000000
2645 > NA      CR      CW      H       AmberImproper   1.000000
2646 > NA      CC      CR      H       AmberImproper   1.000000
2647 > NA      CW      CN      H       AmberImproper   1.000000
2648 > N*      CM      C       CT      AmberImproper   1.000000
2649 > N*      CK      CB      CT      AmberImproper   1.000000
2650 > N2      CT      CA      H       AmberImproper   1.000000
2651 > N2      CA      H       H       AmberImproper   1.000000
2652 > C       CT      OH      O2      AmberImproper   10.5
2653   end InversionTypes
2654  

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> Changed lines