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root/OpenMD/branches/devel_omp/src/nonbonded/InteractionManager.cpp
(Generate patch)

Comparing:
branches/development/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents), Revision 1529 by gezelter, Mon Dec 27 18:35:59 2010 UTC vs.
branches/devel_omp/src/nonbonded/InteractionManager.cpp (file contents), Revision 1608 by mciznick, Tue Aug 9 01:58:56 2011 UTC

# Line 42 | Line 42 | namespace OpenMD {
42   #include "nonbonded/InteractionManager.hpp"
43  
44   namespace OpenMD {
45 –
46 –  bool InteractionManager::initialized_ = false;
47 –  RealType InteractionManager::rCut_ = -1.0;
48 –  RealType InteractionManager::rSwitch_ = -1.0;
49 –  ForceField* InteractionManager::forceField_ = NULL;  
50 –  InteractionManager* InteractionManager::_instance = NULL;
51 –  map<int, AtomType*> InteractionManager::typeMap_;
52 –  map<pair<AtomType*, AtomType*>, set<NonBondedInteraction*> > InteractionManager::interactions_;
45  
46 <  LJ* InteractionManager::lj_ = new LJ();
47 <  GB* InteractionManager::gb_ = new GB();
48 <  Sticky* InteractionManager::sticky_ = new Sticky();
49 <  Morse* InteractionManager::morse_ = new Morse();
50 <  EAM* InteractionManager::eam_ = new EAM();
51 <  SC* InteractionManager::sc_ = new SC();
52 <  Electrostatic* InteractionManager::electrostatic_ = new Electrostatic();
53 <
54 <  InteractionManager* InteractionManager::Instance() {
55 <    if (!_instance) {
56 <      _instance = new InteractionManager();
57 <    }
66 <    return _instance;
46 >  InteractionManager::InteractionManager() {
47 >
48 >    initialized_ = false;
49 >        
50 >    lj_ = new LJ();
51 >    gb_ = new GB();
52 >    sticky_ = new Sticky();
53 >    morse_ = new Morse();
54 >    eam_ = new EAM();
55 >    sc_ = new SC();
56 >    electrostatic_ = new Electrostatic();
57 >    maw_ = new MAW();
58    }
59  
60    void InteractionManager::initialize() {
61      
62 +    ForceField* forceField_ = info_->getForceField();
63 +    
64      lj_->setForceField(forceField_);
65      gb_->setForceField(forceField_);
66      sticky_->setForceField(forceField_);
67      eam_->setForceField(forceField_);
68      sc_->setForceField(forceField_);
69      morse_->setForceField(forceField_);
70 +    electrostatic_->setSimInfo(info_);
71      electrostatic_->setForceField(forceField_);
72 +    maw_->setForceField(forceField_);
73  
74      ForceField::AtomTypeContainer* atomTypes = forceField_->getAtomTypes();
75      ForceField::AtomTypeContainer::MapTypeIterator i1, i2;
# Line 145 | Line 140 | namespace OpenMD {
140          // look for an explicitly-set non-bonded interaction type using the
141          // two atom types.
142          NonBondedInteractionType* nbiType = forceField_->getNonBondedInteractionType(atype1->getName(), atype2->getName());
143 +        
144 +        if (nbiType != NULL) {
145  
146 <        if (nbiType->isLennardJones()) {
147 <          // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
148 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
149 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
150 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
151 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
152 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
146 >          if (nbiType->isLennardJones()) {
147 >            // We found an explicit Lennard-Jones interaction.  
148 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
149 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
150 >            for (it = interactions_[key].begin();
151 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
152 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
153 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
154 >            }
155 >            interactions_[key].insert(lj_);
156 >            vdwExplicit = true;
157            }
158 <          interactions_[key].insert(lj_);
159 <          vdwExplicit = true;
160 <        }
161 <
162 <        if (nbiType->isMorse()) {
163 <          if (vdwExplicit) {
164 <            sprintf( painCave.errMsg,
165 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
166 <                     "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
167 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
168 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
169 <            painCave.isFatal = 1;
170 <            simError();
158 >          
159 >          if (nbiType->isMorse()) {
160 >            if (vdwExplicit) {
161 >              sprintf( painCave.errMsg,
162 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
163 >                       "explicit \n"
164 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
165 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
166 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
167 >              painCave.isFatal = 1;
168 >              simError();
169 >            }
170 >            // We found an explicit Morse interaction.  
171 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
172 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
173 >            for (it = interactions_[key].begin();
174 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
175 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
176 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
177 >            }
178 >            interactions_[key].insert(morse_);
179 >            vdwExplicit = true;
180            }
181 <          // We found an explicit Morse interaction.  
182 <          // override all other vdw entries for this pair of atom types:
183 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
184 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
185 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
186 <            if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
181 >          
182 >          if (nbiType->isEAM()) {
183 >            // We found an explicit EAM interaction.  
184 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
185 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
186 >            for (it = interactions_[key].begin();
187 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
188 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
189 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
190 >            }
191 >            interactions_[key].insert(eam_);
192 >            metExplicit = true;
193            }
194 <          interactions_[key].insert(morse_);
195 <          vdwExplicit = true;
196 <        }
197 <
198 <        if (nbiType->isEAM()) {
199 <          // We found an explicit EAM interaction.  
200 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
201 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
202 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
203 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
204 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
205 <          }
206 <          interactions_[key].insert(eam_);
207 <          metExplicit = true;
208 <        }
209 <
210 <        if (nbiType->isSC()) {
211 <          if (metExplicit) {
212 <            sprintf( painCave.errMsg,
213 <                     "InteractionManager::initialize found more than one explicit\n"
214 <                     "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
215 <                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
200 <            painCave.severity = OPENMD_ERROR;
201 <            painCave.isFatal = 1;
202 <            simError();
194 >          
195 >          if (nbiType->isSC()) {
196 >            if (metExplicit) {
197 >              sprintf( painCave.errMsg,
198 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
199 >                       "explicit\n"
200 >                       "\tmetallic interaction for atom types %s - %s\n",
201 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
202 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
203 >              painCave.isFatal = 1;
204 >              simError();
205 >            }
206 >            // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
207 >            // override all other metallic entries for this pair of atom types:
208 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
209 >            for (it = interactions_[key].begin();
210 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
211 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
212 >              if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
213 >            }
214 >            interactions_[key].insert(sc_);
215 >            metExplicit = true;
216            }
217 <          // We found an explicit Sutton-Chen interaction.  
218 <          // override all other metallic entries for this pair of atom types:
219 <          set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
220 <          for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it) {
221 <            InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
222 <            if (ifam == METALLIC_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
223 <          }
224 <          interactions_[key].insert(sc_);
225 <          metExplicit = true;
217 >          
218 >          if (nbiType->isMAW()) {
219 >            if (vdwExplicit) {
220 >              sprintf( painCave.errMsg,
221 >                       "InteractionManager::initialize found more than one "
222 >                       "explicit\n"
223 >                       "\tvan der Waals interaction for atom types %s - %s\n",
224 >                       atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
225 >              painCave.severity = OPENMD_ERROR;
226 >              painCave.isFatal = 1;
227 >              simError();
228 >            }
229 >            // We found an explicit MAW interaction.  
230 >            // override all other vdw entries for this pair of atom types:
231 >            set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
232 >            for (it = interactions_[key].begin();
233 >                 it != interactions_[key].end(); ++it) {
234 >              InteractionFamily ifam = (*it)->getFamily();
235 >              if (ifam == VANDERWAALS_FAMILY) interactions_[key].erase(*it);
236 >            }
237 >            interactions_[key].insert(maw_);
238 >            vdwExplicit = true;
239 >          }        
240          }
241        }
242      }
243      
244 <    // make sure every pair of atom types has a non-bonded interaction:
245 <    for (atype1 = atomTypes->beginType(i1); atype1 != NULL;
246 <         atype1 = atomTypes->nextType(i1)) {
247 <      for (atype2 = atomTypes->beginType(i2); atype2 != NULL;
248 <           atype2 = atomTypes->nextType(i2)) {
244 >    
245 >    // Make sure every pair of atom types in this simulation has a
246 >    // non-bonded interaction.  If not, just inform the user.
247 >
248 >    set<AtomType*> simTypes = info_->getSimulatedAtomTypes();
249 >    set<AtomType*>::iterator it, jt;
250 >
251 >    for (it = simTypes.begin(); it != simTypes.end(); ++it) {
252 >      atype1 = (*it);
253 >      for (jt = it; jt != simTypes.end(); ++jt) {
254 >        atype2 = (*jt);
255          key = make_pair(atype1, atype2);
256          
257          if (interactions_[key].size() == 0) {
258            sprintf( painCave.errMsg,
259 <                   "InteractionManager unable to find an appropriate non-bonded\n"
260 <                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n",
259 >                   "InteractionManager could not find a matching non-bonded\n"
260 >                   "\tinteraction for atom types %s - %s\n"
261 >                   "\tProceeding without this interaction.\n",
262                     atype1->getName().c_str(), atype2->getName().c_str());
263            painCave.severity = OPENMD_INFO;
264 <          painCave.isFatal = 1;
264 >          painCave.isFatal = 0;
265            simError();
266          }
267        }
268      }
269 <  }
270 <  
271 <  void InteractionManager::doPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij, RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i){
269 >
270 >    initialized_ = true;
271 >  }
272 >
273 >  void InteractionManager::setCutoffRadius(RealType rcut) {
274      
275 <    if (!initialized_) initialize();
276 <          
277 <    DensityData ddat;
275 >    electrostatic_->setCutoffRadius(rcut);
276 >    eam_->setCutoffRadius(rcut);
277 >  }
278  
279 <    ddat.atype1 = typeMap_[*atid1];
280 <    ddat.atype2 = typeMap_[*atid2];
281 <    ddat.rij = *rij;
282 <    ddat.rho_i_at_j = *rho_i_at_j;
283 <    ddat.rho_j_at_i = *rho_j_at_i;
279 >  void InteractionManager::setSwitchingRadius(RealType rswitch) {
280 >    electrostatic_->setSwitchingRadius(rswitch);
281 >  }
282 >  
283 >  void InteractionManager::doPrePair(InteractionData idat){
284 >        printf("%s\tERROR!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!\n", __FUNCTION__);
285 > /*    if (!initialized_) initialize();
286 >        
287 >    // excluded interaction, so just return
288 >    if (idat.excluded) return;
289  
249 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(ddat.atype1, ddat.atype2);
290      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
291  
292 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
292 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
293 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
294        if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
295 <        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(ddat);
295 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
296        }
297 <    }
297 >    }*/
298      
299      return;    
300    }
301    
302 <  void InteractionManager::doPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho, RealType *dfrhodrho){
302 >  void InteractionManager::initializeOMP() {
303 >        if (!initialized_) initialize();
304 >  }
305  
306 <    if (!initialized_) initialize();
307 <          
308 <    FunctionalData fdat;
306 >  void InteractionManager::doPrePairOMP(InteractionDataPrv idatThread){
307 >        InteractionData idat;
308 >    // excluded interaction, so just return
309 >    if (idat.excluded) return;
310  
311 <    fdat.atype = typeMap_[*atid];
268 <    fdat.rho = *rho;
269 <    fdat.frho = *frho;
270 <    fdat.dfrhodrho = *dfrhodrho;
311 >    wrapData(idatThread, idat);
312  
313 <    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(fdat.atype, fdat.atype);
313 >    set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
314 >
315 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
316 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it){
317 >      if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
318 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcDensity(idat);
319 >      }
320 >    }
321 >
322 >    return;
323 >  }
324 >
325 >  void InteractionManager::doPreForce(SelfData sdat){
326 >
327 >    if (!initialized_) initialize();
328 >    
329 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
330      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
331      
332      for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
333        if ((*it)->getFamily() == METALLIC_FAMILY) {
334 <        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(fdat);
334 >        dynamic_cast<MetallicInteraction*>(*it)->calcFunctional(sdat);
335        }
336      }
337      
338      return;    
339    }
340  
341 <  void InteractionManager::doPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw, RealType *vdwMult,RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2, RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2, RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1, RealType *fshift2){
342 <    
343 <    if (!initialized_) initialize();
287 <    
288 <    InteractionData idat;
289 <    
290 <    idat.atype1 = typeMap_[*atid1];
291 <    idat.atype2 = typeMap_[*atid2];
292 <    idat.d = Vector3d(d);
293 <    idat.rij = *r;
294 <    idat.r2 = *r2;
295 <    idat.rcut = *rcut;
296 <    idat.sw = *sw;
297 <    idat.vdwMult = *vdwMult;
298 <    idat.electroMult = *electroMult;
299 <    idat.pot = *pot;
300 <    idat.vpair = *vpair;
301 <    idat.f1 = Vector3d(f1);
302 <    idat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
303 <    idat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
304 <    idat.A1 = RotMat3x3d(A1);
305 <    idat.A2 = RotMat3x3d(A2);
306 <    idat.t1 = Vector3d(t1);
307 <    idat.t2 = Vector3d(t2);
308 <    idat.rho1 = *rho1;
309 <    idat.rho2 = *rho2;
310 <    idat.dfrho1 = *dfrho1;
311 <    idat.dfrho2 = *dfrho2;
312 <    idat.fshift1 = *fshift1;
313 <    idat.fshift2 = *fshift2;
341 >  void InteractionManager::doPair(InteractionData idat){
342 >        printf("%s\tERROR!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!\n", __FUNCTION__);
343 >    /*if (!initialized_) initialize();
344  
315 –    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(idat.atype1, idat.atype2);
345      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
346  
347 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
348 <      (*it)->calcForce(idat);
320 <    
321 <    f1[0] = idat.f1.x();
322 <    f1[1] = idat.f1.y();
323 <    f1[2] = idat.f1.z();
324 <    
325 <    t1[0] = idat.t1.x();
326 <    t1[1] = idat.t1.y();
327 <    t1[2] = idat.t1.z();
328 <    
329 <    t2[0] = idat.t2.x();
330 <    t2[1] = idat.t2.y();
331 <    t2[2] = idat.t2.z();
347 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
348 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
349  
350 +      // electrostatics still has to worry about indirect
351 +      // contributions from excluded pairs of atoms:
352 +
353 +      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
354 +        (*it)->calcForce(idat);
355 +      }
356 +    }*/
357 +    
358      return;    
359    }
360  
361 <  void InteractionManager::doSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r, RealType *skippedCharge1, RealType *skippedCharge2, RealType *sw, RealType *electroMult, RealType *pot, RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1, RealType *eFrame2, RealType *t1, RealType *t2){
361 >  void InteractionManager::wrapData(InteractionDataPrv &src, InteractionData &dst) {
362 >        dst.A1 = src.A1;
363 >        dst.A2 = src.A2;
364 >        dst.atypes = src.atypes;
365 >        dst.d = &src.d;
366 >        dst.dfrho1 = src.dfrho1;
367 >        dst.dfrho2 = src.dfrho2;
368 >        dst.eFrame1 = src.eFrame1;
369 >        dst.eFrame2 = src.eFrame2;
370 >        dst.electroMult = &src.electroMult;
371 >        dst.excluded = src.excluded;
372 >        dst.f1 = &src.f1;
373 >        dst.frho1 = src.frho1;
374 >        dst.frho2 = src.frho2;
375 >        dst.particlePot1 = src.particlePot1;
376 >        dst.particlePot2 = src.particlePot2;
377 >        dst.pot = &src.pot;
378 >        dst.r2 = &src.r2;
379 >        dst.rcut = &src.rcut;
380 >        dst.rho1 = src.rho1;
381 >        dst.rho2 = src.rho2;
382 >        dst.rij = &src.rij;
383 >        dst.shiftedForce = src.shiftedForce;
384 >        dst.shiftedPot = src.shiftedPot;
385 >        dst.skippedCharge1 = src.skippedCharge1;
386 >        dst.skippedCharge2 = src.skippedCharge2;
387 >        dst.sw = &src.sw;
388 >        dst.t1 = src.t1;
389 >        dst.t2 = src.t2;
390 >        dst.topoDist = src.topoDist;
391 >        dst.vdwMult = &src.vdwMult;
392 >        dst.vpair = &src.vpair;
393 >  }
394  
395 <    if (!initialized_) initialize();
339 <    
340 <    SkipCorrectionData skdat;
341 <    
342 <    skdat.atype1 = typeMap_[*atid1];
343 <    skdat.atype2 = typeMap_[*atid2];
344 <    skdat.d = Vector3d(d);
345 <    skdat.rij = *r;
346 <    skdat.skippedCharge1 = *skippedCharge1;
347 <    skdat.skippedCharge2 = *skippedCharge2;
348 <    skdat.sw = *sw;
349 <    skdat.electroMult = *electroMult;
350 <    skdat.pot = *pot;
351 <    skdat.vpair = *vpair;
352 <    skdat.f1 = Vector3d(f1);
353 <    skdat.eFrame1 = Mat3x3d(eFrame1);
354 <    skdat.eFrame2 = Mat3x3d(eFrame2);
355 <    skdat.t1 = Vector3d(t1);
356 <    skdat.t2 = Vector3d(t2);
357 <
358 <    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(skdat.atype1, skdat.atype2);
395 >  void InteractionManager::doPairOMP(InteractionDataPrv &idatThread){
396      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
397 +    InteractionData idat;
398  
399 <    for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
400 <      if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
401 <        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSkipCorrection(skdat);
399 >    wrapData(idatThread, idat);
400 >
401 >    for (it = interactions_[ idat.atypes ].begin();
402 >         it != interactions_[ idat.atypes ].end(); ++it) {
403 >
404 >      // electrostatics still has to worry about indirect
405 >      // contributions from excluded pairs of atoms:
406 >
407 >      if (!idat.excluded || (*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
408 >        (*it)->calcForce(idat);
409        }
410      }
366 –    
367 –    f1[0] = skdat.f1.x();
368 –    f1[1] = skdat.f1.y();
369 –    f1[2] = skdat.f1.z();
370 –    
371 –    t1[0] = skdat.t1.x();
372 –    t1[1] = skdat.t1.y();
373 –    t1[2] = skdat.t1.z();
374 –    
375 –    t2[0] = skdat.t2.x();
376 –    t2[1] = skdat.t2.y();
377 –    t2[2] = skdat.t2.z();
411  
412 <    return;    
412 >    return;
413    }
414  
415 <  void InteractionManager::doSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge, RealType *pot, RealType *t){
415 >  void InteractionManager::doSelfCorrection(SelfData sdat){
416  
417      if (!initialized_) initialize();
418      
419 <    SelfCorrectionData scdat;
387 <    
388 <    scdat.atype = typeMap_[*atid];
389 <    scdat.eFrame = Mat3x3d(eFrame);
390 <    scdat.skippedCharge = *skippedCharge;
391 <    scdat.pot = *pot;
392 <    scdat.t = Vector3d(t);
393 <
394 <    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(scdat.atype, scdat.atype);
419 >    pair<AtomType*, AtomType*> key = make_pair(sdat.atype, sdat.atype);
420      set<NonBondedInteraction*>::iterator it;
421  
422      for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it){
423        if ((*it)->getFamily() == ELECTROSTATIC_FAMILY) {
424 <        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(scdat);
424 >        dynamic_cast<ElectrostaticInteraction*>(*it)->calcSelfCorrection(sdat);
425        }
426      }
427 <        
403 <    t[0] = scdat.t.x();
404 <    t[1] = scdat.t.y();
405 <    t[2] = scdat.t.z();
406 <
427 >      
428      return;    
429    }
430  
410 –
431    RealType InteractionManager::getSuggestedCutoffRadius(int *atid) {
432      if (!initialized_) initialize();
433      
# Line 418 | Line 438 | namespace OpenMD {
438      RealType cutoff = 0.0;
439      
440      for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
441 <      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
441 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
442      return cutoff;    
443    }
444  
# Line 430 | Line 450 | namespace OpenMD {
450      RealType cutoff = 0.0;
451      
452      for (it = interactions_[key].begin(); it != interactions_[key].end(); ++it)
453 <      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(atype, atype));  
453 >      cutoff = max(cutoff, (*it)->getSuggestedCutoffRadius(key));  
454      return cutoff;    
455    }
436 –
456   } //end namespace OpenMD
438 –
439 – extern "C" {
440 –  
441 – #define fortranDoPrePair FC_FUNC(do_prepair, DO_PREPAIR)
442 – #define fortranDoPreForce FC_FUNC(do_preforce, DO_PREFORCE)
443 – #define fortranDoPair FC_FUNC(do_pair, DO_PAIR)
444 – #define fortranDoSkipCorrection FC_FUNC(do_skip_correction, DO_SKIP_CORRECTION)
445 – #define fortranDoSelfCorrection FC_FUNC(do_self_correction, DO_SELF_CORRECTION)
446 – #define fortranGetCutoff FC_FUNC(get_cutoff, GET_CUTOFF)
447 –
448 –  void fortranDoPrePair(int *atid1, int *atid2, RealType *rij,
449 –                        RealType *rho_i_at_j, RealType *rho_j_at_i) {
450 –            
451 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPrePair(atid1, atid2, rij,
452 –                                                             rho_i_at_j,  
453 –                                                             rho_j_at_i);
454 –  }
455 –  void fortranDoPreForce(int *atid, RealType *rho, RealType *frho,
456 –                         RealType *dfrhodrho) {  
457 –    
458 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPreForce(atid, rho, frho,
459 –                                                              dfrhodrho);    
460 –  }
461 –  
462 –  void fortranDoPair(int *atid1, int *atid2, RealType *d, RealType *r,
463 –                     RealType *r2, RealType *rcut, RealType *sw,
464 –                     RealType *vdwMult, RealType *electroMult, RealType *pot,
465 –                     RealType *vpair, RealType *f1, RealType *eFrame1,
466 –                     RealType *eFrame2, RealType *A1, RealType *A2,
467 –                     RealType *t1, RealType *t2, RealType *rho1, RealType *rho2,
468 –                     RealType *dfrho1, RealType *dfrho2, RealType *fshift1,
469 –                     RealType *fshift2){
470 –    
471 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doPair(atid1, atid2, d, r,
472 –                                                          r2, rcut, sw,
473 –                                                          vdwMult, electroMult,
474 –                                                          pot, vpair, f1,
475 –                                                          eFrame1, eFrame2,
476 –                                                          A1, A2, t1, t2, rho1,
477 –                                                          rho2, dfrho1, dfrho2,
478 –                                                          fshift1, fshift2);
479 –  }
480 –  
481 –  void fortranDoSkipCorrection(int *atid1, int *atid2, RealType *d,
482 –                               RealType *r, RealType *skippedCharge1,
483 –                               RealType *skippedCharge2, RealType *sw,
484 –                               RealType *electroMult, RealType *pot,
485 –                               RealType *vpair, RealType *f1,
486 –                               RealType *eFrame1, RealType *eFrame2,
487 –                               RealType *t1, RealType *t2){
488 –    
489 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSkipCorrection(atid1,
490 –                                                                    atid2, d,
491 –                                                                    r,
492 –                                                                    skippedCharge1,
493 –                                                                    skippedCharge2,
494 –                                                                    sw, electroMult, pot,
495 –                                                                    vpair, f1, eFrame1,
496 –                                                                    eFrame2, t1, t2);
497 –  }
498 –  
499 –  void fortranDoSelfCorrection(int *atid, RealType *eFrame, RealType *skippedCharge,
500 –                               RealType *pot, RealType *t) {
501 –    
502 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->doSelfCorrection(atid,
503 –                                                                    eFrame,
504 –                                                                    skippedCharge,
505 –                                                                    pot, t);
506 –  }
507 –  RealType fortranGetCutoff(int *atid) {    
508 –    return OpenMD::InteractionManager::Instance()->getSuggestedCutoffRadius(atid);
509 –  }
510 – }

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